Семейство протеаз созревания гидрогеназы - Hydrogenase maturation protease family
| Протеаза созревания гидрогеназы | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 гидрогеназа созревающая эндопептидаза hybd из e. кишечная палочка | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | HycI | ||||||||
| Pfam | PF01750 | ||||||||
| Pfam клан | CL0095 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR000671 | ||||||||
| МЕРОПЫ | A31 | ||||||||
| SCOP2 | 1cfz / Объем / СУПФАМ | ||||||||
| |||||||||
В молекулярной биологии Семейство протеаз созревания гидрогеназы это семья из аспарагиновые эндопептидазы принадлежащий МЕРОПЫ семья A31.
Большая субъединица [NiFe] -гидрогеназа, а также другие никель металлоферменты, синтезируется как предшественник лишены активного центра металлофермента. Этот предшественник претерпевает сложную посттрансляционный процесс созревания, требующий ряда аксессуаров белки.[1][2][3] На одном этапе этого процесса после включения никеля каждый гидрогеназа изофермент обрабатывается протеолитическое расщепление на C-терминал заканчивается соответствующей эндопептидазой созревания гидрогеназы.[4] Например, кишечная палочка HycI участвует в процессинге пре-HycE (большая субъединица гидрогеназы 3);[5][6] HybD участвует в процессинге пре-HybC (большая субъединица гидрогеназы 2);[7] и HyaD, как предполагается, участвует в процессинге большой субъединицы гидрогеназы 1.
Сайт расщепления находится после Его или Arg, освобождая короткий пептид.[5][8] Это расщепление происходит только в присутствии никеля, и эндопептидаза, вероятно, использует металл в большой субъединице [NiFe] -гидрогеназы в качестве мотива распознавания.[4] Нет прямых доказательств активный сайт или же субстрат -обвязка сайта, но есть прогнозы, основанные на доступном структура.[7]
Номенклатура примечание: следующие имена используются в разных организмы для членов этого семейства: HycI, HybD, HyaD, HoxM, HoxW, HupD, HynC, HupM, VhoD, VhtD.[1] Названия генов / белков иногда используются как синонимы для обозначения различных «кластеров гидрогеназ». белки не связаны друг с другом в различных организмы. Например, для членов этой группы, но также и для неродственных белков используются следующие имена: HupD используется в Azotobacter chroococcum и Анабаена виды для обозначения несвязанного фактора созревания гидрогеназы; HydD используется для обозначения структурной гидрогеназы. гены в Термококк литоралис, Pyrococcus abyssi, и другие виды.
внешняя ссылка
Рекомендации
- ^ а б Casalot L, Rousset M (май 2001 г.). «Созревание [NiFe] гидрогеназ». Тенденции Microbiol. 9 (5): 228–37. Дои:10.1016 / S0966-842X (01) 02009-1. PMID 11336840.
- ^ Блокеш М., Пашос А., Теодорату Э., Бауэр А., Хубе М., Хут С., Бок А. (август 2002 г.). «Введение металлов в NiFe-гидрогеназы». Biochem. Soc. Транс. 30 (4): 674–80. Дои:10.1042 / bst0300674. PMID 12196162.
- ^ Марони MJ (апрель 1999 г.). «Структура / функция отношений в металлобиохимии никеля». Curr Opin Chem Biol. 3 (2): 188–99. Дои:10.1016 / S1367-5931 (99) 80032-5. PMID 10226043.
- ^ а б Теодорату Е., Пашос А., Магалон А., Фриче Е., Хубер Р., Бок А. (апрель 2000 г.). «Никель служит мотивом распознавания субстрата для эндопептидазы, участвующей в созревании гидрогеназы». Евро. J. Biochem. 267 (7): 1995–9. Дои:10.1046 / j.1432-1327.2000.01202.x. PMID 10727938.
- ^ а б Россманн Р., Заутер М., Лотцпайх Ф, Бок А. (март 1994 г.). «Созревание большой субъединицы (HYCE) гидрогеназы 3 Escherichia coli требует включения никеля с последующим C-концевым процессингом на Arg537». Евро. J. Biochem. 220 (2): 377–84. Дои:10.1111 / j.1432-1033.1994.tb18634.x. PMID 8125094.
- ^ Теодорату Э., Пашос А., Минц-Вебер, Бок А. (февраль 2000 г.). «Анализ специфичности сайта расщепления эндопептидазы, участвующей в созревании большой субъединицы гидрогеназы 3 из Escherichia coli». Arch. Микробиол. 173 (2): 110–6. Дои:10.1007 / s002039900116. PMID 10795682. S2CID 5613272.
- ^ а б Fritsche E, Paschos A, Beisel HG, Bock A, Huber R (май 1999 г.). «Кристаллическая структура эндопептидазы HYBD, созревающей гидрогеназу из Escherichia coli». J. Mol. Биол. 288 (5): 989–98. Дои:10.1006 / jmbi.1999.2719. PMID 10331925.
- ^ Менон Н.К., Роббинс Дж., Дер Вартаниан М., Патил Д., Пек HD, Менон А.Л., Робсон Р.Л., Пшибила А.Е. (сентябрь 1993 г.). «Карбоксиконцевой процессинг большой субъединицы [NiFe] гидрогеназ». FEBS Lett. 331 (1–2): 91–5. Дои:10.1016 / 0014-5793 (93) 80303-C. PMID 8405419. S2CID 39302159.