IFT140 - Википедия - IFT140

IFT140
Идентификаторы
ПсевдонимыIFT140, MZSDS, SRTD9, WDTC2, c305C8.4, c380F5.1, gs114, внутриглажечный транспорт 140, RP80
Внешние идентификаторыOMIM: 614620 MGI: 2146906 ГомолоГен: 40979 Генные карты: IFT140
Расположение гена (человек)
Хромосома 16 (человек)
Chr.Хромосома 16 (человек)[1]
Хромосома 16 (человек)
Геномное расположение IFT140
Геномное расположение IFT140
Группа16p13.3Начинать1,510,427 бп[1]
Конец1,612,072 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

9742

106633

Ансамбль

ENSG00000187535

ENSMUSG00000024169

UniProt

Q96RY7

E9PY46

RefSeq (мРНК)

NM_014714

NM_134126

RefSeq (белок)

NP_055529

NP_598887

Расположение (UCSC)Chr 16: 1.51 - 1.61 МбChr 17: 25.02 - 25,1 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

IFT140, Внутрилагеллярный транспорт 140 гомолог, это белок что у людей кодируется IFT140 ген. Продукт гена является основным компонентом комплекса IFT-A, который является незаменимым для ретроградного внутрижладжковый транспорт в пределах первичная ресничка.[5]

Клиническое значение

Мутации в этом гене были связаны со случаями скелетной цилиопатия так называемый синдром Майнцера-Салдино, характеризующийся аномалиями развития скелета, дегенерацией сетчатки и фиброзно-кистозным заболеванием почек, известным как нефронофтиз.[6][7][8] Это также было описано у пациентов с Синдром Jeune[9] и изолированные Врожденный амавроз Леберса при отсутствии других синдромальных признаков.[10]

Модельные организмы

Модельные организмы были использованы в исследовании функции IFT140. Условный нокаутирующая мышь линия называется Ift140tm1a (КОМП) Wtsi был создан на Wellcome Trust Sanger Institute.[11] Самцы и самки животных прошли стандартизованный фенотипический скрининг[12] для определения последствий удаления.[13][14][15][16] Проведены дополнительные проверки: - Углубленное иммунологическое фенотипирование[17]

Мышь, производная от ENU (Cauli) несущие гомозиготные IFT140 аллели (c.2564T> A, p. I855K) генерировались на Детский научно-исследовательский институт Мердока в Мельбурне, Австралия.[9] В Cauli у мыши наблюдалась летальность в середине беременности, экзэнцефалия, расщелина позвоночника, черепно-лицевой дисморфизм, аномалии пальцев, аномалии сердца и дефекты формирования паттерна сомитов.[9] Эктопическая передача сигналов hedgehog была продемонстрирована с помощью totalmount на месте гибридизация в зачатках конечностей и аномальная морфология первичных ресничек внутри зачатков конечностей была продемонстрирована с помощью сканирующей электронной микроскопии.[9]

Пациент с синдромом Майнцера-Салдино, носящий составной гетерозиготный варианты в IFT140 имел индуцированные плюрипотентные стволовые клетки перепрограммирован и CRISPR ген скорректирован перед дифференцировкой обеих линий стволовых клеток в почки органоиды для транскрипционного сравнения.[8] Помимо подтверждения морфологии булавовидной формы первичных ресничек, наблюдаемой в зачатке конечности стебля мышей в регенерированных канальцах нефрона IFT140c.634G> A / c.2176C> G органоиды по сравнению с IFT140WT / c.2176C> GСравнение объемного секвенирования РНК продемонстрировало значительные различия в путях генов, связанных с апикобазальной полярностью, межклеточными соединениями и сборкой аксонемного динеина.[8]

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000187535 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000024169 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ Степанек, Людек; Пигино, Гайя (2016-05-06). «Дублеты микротрубочек - это двухколейные железные дороги для внутрижладовых транспортных поездов». Наука. 352 (6286): 721–724. Дои:10.1126 / science.aaf4594. ISSN  1095-9203. PMID  27151870. S2CID  206648246.
  6. ^ Шмидтс М., Фрэнк В., Эйзенбергер Т., Аль-Турки С., Бизе А.А., Энтони Д., Рикс С., Деккер С., Бахманн Н., Лысый М., Винке Т., Тоеншофф Б., Ди Донато Н., Нойханн Т., Хартли Дж. Л., Махер Э. Р., Bogdanović R, Peco-Antić A, Mache C, Hurles ME, Joksić I, Guć-Šćekić M, Dobricic J, Brankovic-Magic M, Bolz HJ, Pazour GJ, Beales PL, Scambler PJ, Saunier S, Mitchison HM, Bergmann C (Май 2013). «Комбинированные подходы NGS выявляют мутации во внутрижладжеллярном транспортном гене IFT140 при скелетных цилиопатиях с ранним прогрессирующим заболеванием почек». Человеческая мутация. 34 (5): 714–24. Дои:10.1002 / humu.22294. ЧВК  4226634. PMID  23418020.
  7. ^ Перро, Изабель; Сонье, Софи; Ханейн, Сильвен; Филхол, Эмили; Bizet, Albane A .; Коллинз, Фелисити; Салих, Мустафа А. М .; Гербер, Сильви; Дельфин, Натали (2012-05-04). «Синдром Майнцера-Салдино - это цилиопатия, вызванная мутациями IFT140». Американский журнал генетики человека. 90 (5): 864–870. Дои:10.1016 / j.ajhg.2012.03.006. ISSN  1537-6605. ЧВК  3376548. PMID  22503633.
  8. ^ а б c Forbes, Thomas A .; Howden, Sara E .; Лоулор, Кинан; Фипсон, Белинда; Максимович, Йована; Хейл, Лорна; Уилсон, Шон; Куинлан, Кэтрин; Хо, Глэдис (2018-05-03). «Полученные пациентом ИПСК почечные органоиды демонстрируют функциональное подтверждение цилиопатического почечного фенотипа и выявляют лежащие в основе патогенетические механизмы». Американский журнал генетики человека. 102 (5): 816–831. Дои:10.1016 / j.ajhg.2018.03.014. ISSN  0002-9297. ЧВК  5986969. PMID  29706353.
  9. ^ а б c d Миллер, Керри А .; Ах-Канн, Кейси Дж .; Благосостояние, Меган Ф .; Tan, Tiong Y .; Папа, Кейт; Каруана, Джорджина; Фрекманн, Мэри-Луиза; Саварирайан, Рави; Бертрам, Джон Ф. (август 2013 г.). «Cauli: линия мышей с мутацией Ift140, которая приводит к цилиопатии скелета, моделирующей синдром Jeune». PLOS Genetics. 9 (8): e1003746. Дои:10.1371 / journal.pgen.1003746. ISSN  1553-7404. ЧВК  3757063. PMID  24009529.
  10. ^ Билс, Родни К .; Велебер, Ричард Г. (2007). «Коноренальная дисплазия: синдром конусообразного эпифиза, заболевание почек в детстве, пигментный ретинит и аномалия проксимального отдела бедренной кости». Американский журнал медицинской генетики, часть A. 143A (20): 2444–2447. Дои:10.1002 / ajmg.a.31948. ISSN  1552-4833. PMID  17853467. S2CID  32559930.
  11. ^ Гердин А.К. (2010). «Программа генетики мыши Сэнгера: характеристика мышей с высокой пропускной способностью». Acta Ophthalmologica. 88: 925–7. Дои:10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x. S2CID  85911512.
  12. ^ а б «Международный консорциум по фенотипированию мышей».
  13. ^ Скарнес В.С., Розен Б., Вест А.П., Кутсуракис М., Бушелл В., Айер В., Мухика А.О., Томас М., Харроу Дж., Кокс Т., Джексон Д., Северин Дж., Биггс П., Фу Дж., Нефедов М., де Йонг П.Дж., Стюарт AF, Брэдли А. (июнь 2011 г.). «Ресурс условного нокаута для полногеномного исследования функции генов мыши». Природа. 474 (7351): 337–42. Дои:10.1038 / природа10163. ЧВК  3572410. PMID  21677750.
  14. ^ Долгин Э (июнь 2011 г.). "Библиотека мыши настроена на нокаут". Природа. 474 (7351): 262–3. Дои:10.1038 / 474262a. PMID  21677718.
  15. ^ Коллинз Ф.С., Россант Дж., Вурст В. (январь 2007 г.). «Мышь по всем причинам». Клетка. 128 (1): 9–13. Дои:10.1016 / j.cell.2006.12.018. PMID  17218247. S2CID  18872015.
  16. ^ Уайт Дж. К., Гердин А. К., Карп Н. А., Райдер Э., Бульян М., Басселл Дж. Н., Солсбери Дж., Клэр С., Ингем Нью-Джерси, Подрини С., Хоутон Р., Эстабель Дж., Боттомли Дж. Р., Мелвин Д. Дж., Сантер Д., Адамс Н. , Logan DW, Macarthur DG, Flint J, Mahajan VB, Tsang SH, Smyth I, Watt FM, Skarnes WC, Dougan G, Adams DJ, Ramirez-Solis R, Bradley A, Steel KP (июль 2013 г.). «Полногеномное поколение и систематическое фенотипирование мышей с нокаутом открывает новые роли для многих генов». Клетка. 154 (2): 452–64. Дои:10.1016 / j.cell.2013.06.022. ЧВК  3717207. PMID  23870131.
  17. ^ а б «Консорциум иммунофенотипирования инфекций и иммунитета (3i)».