Джеймс Кафф - James Cuff

Не путать с Джеймс Кафф (значения).

Доктор Джеймс Эндрю Кафф
Родившийся1974 (45–46 лет)[нужна цитата ]
Альма-матерКрайст-Черч, Оксфорд
Научная карьера
УчрежденияГарвардский университет
Broad Institute

Европейский институт биоинформатики
Оксфордский университет
Манчестерский университет
ТезисПрогнозирование структуры белка  (1999)
ДокторантДжеффри Дж. Бартон[1]
Интернет сайтблог.jcuff.сеть
о.мне/ jcuff
твиттер.com/ jamesdotcuff
ученый.harvard.edu/ jcuff

Джеймс Эндрю Кафф, (родившийся Престон, Ланкашир ) является британцем биофизик. Кафф занимала руководящие должности в Гарвардский университет, то Broad Institute, Институт Wellcome Trust Sanger и Европейский институт биоинформатики.

Образование

Кафф имеет докторскую степень в Прогноз структуры белка[1] от Оксфордский университет и имеет степень бакалавра наук в Химия из Манчестерский университет.

Исследование

Кафф исследует геномика, предсказание структуры белка, биоинформатика и Высокопроизводительные вычисления (HPC).[2][3] Кафф работал в составе команд, которые выполнили первый одновременный анализ генома двадцати девяти млекопитающих.[4] уточнение количества генов человека,[5] и первые структуры двухвалентного хроматина, обнаруженные в эмбриональных стволовых клетках.[6] Кроме того, Cuff внесла свой вклад в несколько масштабных биоинформатика и вычислительная биология проекты в том числе Ансамбль,[7] Jalview,[8] и первый онлайн-консенсус прогноз вторичной структуры алгоритм JPred.[9][10] Он поддержал разрешение геномов мыши, собаки и монодельфиса.[11][12][13] и ранний КОДИРОВАТЬ проект.[14]

На основе ранних работ с компьютерные кластеры,[15] Манжета помогла в дизайне и архитектуре Массачусетский экологический центр высокопроизводительных вычислений, многомиллионный[16] дата-центр проект между Гарвардский университет, Массачусетский технологический институт, Бостонский университет, Северо-Восточный университет, и Массачусетский университет. Кафф также является соавтором популярного метода аутентификации с открытым исходным кодом под названием JAuth.[17] Кафф также является главным следователем.

Рекомендации

  1. ^ а б Кафф, Джеймс (1999). Прогнозирование структуры белка (Кандидатская диссертация). Оксфордский университет.
  2. ^ Джеймс Кафф публикации, проиндексированные Google ученый
  3. ^ Список публикаций из Microsoft Academic
  4. ^ Lindblad-Toh, K .; Гарбер, М .; Zuk, O .; Lin, M. F .; Паркер, Б. Дж .; Washietl, S .; Kheradpour, P .; Эрнст, Дж .; Jordan, G .; Mauceli, E .; Ward, L.D .; Lowe, C.B .; Холлоуэй, А. К .; Зажим, М .; Gnerre, S .; Alföldi, J .; Бил, К .; Chang, J .; Clawson, H .; Cuff, J .; Di Palma, F .; Fitzgerald, S .; Flicek, P .; Guttman, M .; Hubisz, M. J .; Jaffe, D. B .; Jungreis, I .; Kent, W. J .; Костка, Д .; Лара, М. (2011). «Карта с высоким разрешением эволюционных ограничений человека с использованием 29 млекопитающих». Природа. 478 (7370): 476–482. Bibcode:2011Натура 478..476.. Дои:10.1038 / природа10530. ЧВК  3207357. PMID  21993624.
  5. ^ Зажим, М .; Фрай, Б .; Kamal, M .; Се, X .; Cuff, J .; Lin, M. F .; Kellis, M .; Lindblad-Toh, K .; Ландер, Э. С. (2007). «Различение кодирующих и некодирующих белков генов в геноме человека». Труды Национальной академии наук. 104 (49): 19428–19433. Дои:10.1073 / pnas.0709013104. ЧВК  2148306. PMID  18040051.
  6. ^ Bernstein, B.E .; Mikkelsen, T. S .; Се, X .; Kamal, M .; Huebert, D. J .; Cuff, J .; Фрай, Б .; Meissner, A .; Wernig, M .; Plath, K .; Jaenisch, R .; Wagschal, A .; Feil, R .; Schreiber, S.L .; Ландер, Э. С. (2006). «Двухвалентная структура хроматина отмечает ключевые гены развития в эмбриональных стволовых клетках». Клетка. 125 (2): 315–326. Дои:10.1016 / j.cell.2006.02.041. PMID  16630819.
  7. ^ Хаббард, Т.; Barker, D .; Бирни, Э.; Cameron, G .; Chen, Y .; Clark, L .; Cox, T .; Cuff, J .; Curwen, V .; Вниз, Т .; Durbin, R .; Eyras, E .; Gilbert, J .; Hammond, M .; Huminiecki, L .; Kasprzyk, A .; Lehvaslaiho, H .; Lijnzaad, P .; Melsopp, C .; Mongin, E .; Pettett, R .; Pocock, M .; Potter, S .; Rust, A .; Schmidt, E .; Searle, S .; Слейтер, G .; Smith, J .; Spooner, W .; Стабенау, А. (2002). «Проект базы данных генома Ensembl». Исследования нуклеиновых кислот. 30 (1): 38–41. Дои:10.1093 / nar / 30.1.38. ЧВК  99161. PMID  11752248.
  8. ^ Зажим, М .; Cuff, J .; Searle, S.M .; Бартон, Дж. Дж. (2004). "Редактор выравнивания Jalview Java". Биоинформатика. 20 (3): 426–427. Дои:10.1093 / биоинформатика / btg430. PMID  14960472.
  9. ^ Cuff, J. A .; Бартон, Дж. Дж. (2000). «Применение нескольких профилей выравнивания последовательностей для улучшения предсказания вторичной структуры белка». Белки: структура, функции и генетика. 40 (3): 502–511. Дои:10.1002 / 1097-0134 (20000815) 40: 3 <502 :: AID-PROT170> 3.0.CO; 2-Q. PMID  10861942.
  10. ^ Cuff, J. A .; Бартон, Дж. Дж. (1999). «Оценка и улучшение методов множественных последовательностей для предсказания вторичной структуры белков». Белки: структура, функции и генетика. 34 (4): 508–519. Дои:10.1002 / (SICI) 1097-0134 (19990301) 34: 4 <508 :: AID-PROT10> 3.0.CO; 2-4. PMID  10081963.
  11. ^ Chinwalla, A. T .; Waterston, L.L .; Lindblad-Toh, K.D .; Birney, G.A .; Роджерс, Л. А .; Abril, R. S .; Agarwal, T. A .; Agarwala, L.W .; Ainscough, E. R .; Alexandersson, J. D .; An, T. L .; Antonarakis, W. E .; Attwood, J. O .; Baertsch, M.N .; Bailey, K. H .; Barlow, C. S .; Beck, T. C .; Берри, В .; Birren, J .; Bloom, E .; Bork, R.H .; Botcherby, M. C .; Bray, R.K .; Brent, S.P .; Brown, P .; Brown, E .; Bult, B .; Burton, T .; Батлер, Д.Г .; и другие. (2002). «Первоначальное секвенирование и сравнительный анализ генома мыши». Природа. 420 (6915): 520–562. Bibcode:2002 Натур. 420..520Вт. Дои:10.1038 / природа01262. PMID  12466850.
  12. ^ Lindblad-Toh, K .; Wade, C.M .; Mikkelsen, T. S .; Карлссон, Э. К .; Jaffe, D. B .; Kamal, M .; Зажим, М .; Chang, J. L .; Кульбокас, Э. Дж .; Zody, M. C .; Mauceli, E .; Се, X .; Breen, M .; Уэйн, Р. К .; Острандер, Э. А .; Ponting, C.P .; Галиберт, Ф .; Smith, D. R .; Dejong, P.J .; Киркнесс, Э .; Alvarez, P .; Biagi, T .; Brockman, W .; Батлер, Дж .; Chin, C.W .; Кук, А .; Cuff, J .; Daly, M. J .; Decaprio, D .; и другие. (2005). «Последовательность генома, сравнительный анализ и структура гаплотипов домашней собаки». Природа. 438 (7069): 803–819. Bibcode:2005Натура.438..803л. Дои:10.1038 / природа04338. PMID  16341006.
  13. ^ Mikkelsen, T. S .; Wakefield, M. J .; Aken, B .; Amemiya, C.T .; Chang, J. L .; Duke, S .; Гарбер, М .; Джентлз, А. Дж .; Goodstadt, L .; Heger, A .; Jurka, J .; Kamal, M .; Mauceli, E .; Searle, S.M.J .; Шарп, Т .; Baker, M. L .; Batzer, M. A .; Benos, P. V .; Белов, К .; Зажим, М .; Кук, А .; Cuff, J .; Das, R .; Davidow, L .; Deakin, J.E .; Fazzari, M. J .; Glass, J. L .; Grabherr, M .; Greally, J.M .; Гу, В. (2007). «Геном сумчатого Monodelphis domestica обнаруживает нововведение в некодирующих последовательностях». Природа. 447 (7141): 167–177. Bibcode:2007Натура.447..167М. Дои:10.1038 / природа05805. PMID  17495919.
  14. ^ Консорциум проектов ENCODE; Бирни Э; Стаматояннопулос Ж.А.; Датта А; Guigó R; Gingeras TR; Маргулис EH; Weng Z; Снайдер М; Dermitzakis ET; и другие. (2007). «Идентификация и анализ функциональных элементов в 1% генома человека в рамках пилотного проекта ENCODE». Природа. 447 (7146): 799–816. Bibcode:2007Натура.447..799Б. Дои:10.1038 / природа05874. ЧВК  2212820. PMID  17571346.
  15. ^ Cuff, J. A .; Коутс, Г. М .; Каттс, Т. Дж .; Рэй, М. (2004). "Комплексная вычислительная архитектура". Геномные исследования. 14 (5): 971–975. Дои:10.1101 / гр.1866304. ЧВК  479128. PMID  15123594.
  16. ^ Пресс-релиз Министерства торговли, 24 августа 2011 г.
  17. ^ https://github.com/mclamp/jauth/