KIAA1958 - Википедия - KIAA1958

KIAA1958
Идентификаторы
ПсевдонимыKIAA1958
Внешние идентификаторыOMIM: 617390 ГомолоГен: 136743 Генные карты: KIAA1958
Расположение гена (человек)
Хромосома 9 (человек)
Chr.Хромосома 9 (человек)[1]
Хромосома 9 (человек)
Геномное расположение KIAA1958
Геномное расположение KIAA1958
Группа9q32Начинать112,486,847 бп[1]
Конец112,669,397 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

158405

н / д

Ансамбль

ENSG00000165185

н / д

UniProt

Q8N8K9

н / д

RefSeq (мРНК)

NM_001287036
NM_001287038
NM_133465

н / д

RefSeq (белок)

NP_001273965
NP_001273967
NP_597722

н / д

Расположение (UCSC)Chr 9: 112.49 - 112.67 Мбн / д
PubMed поиск[2]н / д
Викиданные
Просмотр / редактирование человека

Белок KIAA1958 это белок что у человека кодируется KIAA1958 ген.[3] Ортологи KIAA1958 уходят далеко в прошлое в хордовые, хотя по гомологии он ближе к приматы чем любые другие ортологи. KIAA1958 не знает паралоги.

Ген

KIAA1958 находится на длинной руке хромосома 9 (9.q32) у людей на положительной цепи от 115249248 до 115427597.[4] Его мРНК имеет 2683 п.н.[3] У гена есть следующие соседи на хромосоме 9:

Соседи гена KIAA1958

HSDL2: белок 2, подобный гидроксистероиддегидрогеназе, играет роль в нуклеотид переплет оксидоредуктаза активность, и стерол привязка.[5]

C9orf147: открытая рамка считывания 147 хромосомы 9 выполняет неизвестную функцию.[6]

C9orf80: открытая рамка считывания 80 хромосомы 9 является компонентом комплекса SOSS, мультибелкового комплекса, который функционирует ниже комплекса MRN, чтобы способствовать Ремонт ДНК и G2 /M пропускной пункт. Комплекс SOSS связывается с одноцепочечной ДНК в повреждениях ДНК и влияет на различные конечные точки в клетке. Повреждение ДНК ответ в том числе контрольная точка клеточного цикла активация, рекомбинационная репарация и поддержание стабильности генома.[7]

SNX30: Сортировка нексина-30 может быть связана с фосфатидилинозитол привязка.[8]

Выражение

KIAA1958 выражается в наибольших количествах в гортань как предложено EST.[9] Высшее выражение в стадия развития это бластоциста а по состоянию здоровья его больше всего можно найти в опухоли матки.[9]Данные из профиля NCBI GEO[10] показывает, что экспрессия KIAA1958 включает многие типы тканей человеческого тела. Используя EMBL-EBI, было обнаружено, что KIAA1958 сверхэкспрессируется в псевдопод РНК во время миграции метастатический рак клетки.[11] KIAA1958 также сверхэкспрессируется в Stat5 / ab и stat 3, которые являются факторами транскрипции, которые, как сообщается, имеют решающее значение для роста и жизнеспособности клеток рака простаты.[11] и оба эмбриональная стволовая клетка и плюрипотентные стволовые клетки.[11]

Протеин

KIAA1958 предсказал фосфорилированные сайты

KIAA1958 состоит из 716 аминокислоты и весит 79212 Да с изоэлектрической точкой 6,375.[12] Хотя о белке KIAA1958 известно немногое, научные прогнозы были сделаны с использованием суперкомпьютеров для предсказания структуры и функции KIAA1958. KIAA1958 проходит посттрансляционные модификации. Самая интересная модификация - это фосфорилирование. По сравнению с другими белками, KIAA1958 имеет существенно значительное количество серинов, фосфорилированных во время посттрансляционной модификации. Предполагается, что 36 серинов будут фосфорилированы.

Структура

PELE на SDSC Biology WorkBench - это суперкомпьютер, способный предсказывать вторичную структуру белка KIAA1958.[13] Согласно этому инструменту, вторичная структура белка представляет собой комбинацию альфа-спиралей и бета-листов, почти в равных количествах и почти равномерно распределенных по всему белку.

Взаимодействия

В настоящее время нет известных доказательств того, что KIAA1958 взаимодействует с какими-либо другими белками.[14]

Гомология

Род и видРаспространенное имяРегистрационный номерSeq. ДлинаSeq. ЛичностьSeq. Сходство
Пан троглодитыШимпанзеXM_5283917945 п.н.99%99%
Mus musculusМышьBAC38268719 а97%98%
Каллитрикс Яхус Обыкновенная мартышкаXM_0027432042346бп97%82%
Pongo abeliiСуматранский орангутангXM_0028201121120бп96%4%
Sus scrofaДикий кабанXM_0031220702502 п.н.93%81%
Ailuropoda melanoleucaГигантская пандаXM_0029259382151 п.н.85%91%
Nomascus leucogenysБелощекий гиббонXM_003263945950 п.н.93%5%
Oryctolagus cuniculusЕвропейский кроликXM_0027079902223 п.н.93%43%
Loxodonta africana Африканский слонXM_0034075212388 п.н.93%80%
Cricetulus griseus Китайский хомякXM_0035055082534 п.н.92%42%
Equus caballusЛошадьXM_0019163022536 п.н.91%93%
Bos taurusКороваXM_876102.52480 п.н.91%81%
Раттус норвегикусКрысаXM_0027265321364 п.н.91%36%
Cavia porcellusморская свинкаXM_0034637912217 п.н.91%43%
Monodelphis domesticaОпоссумXM_0013759762217 п.н.78%41%
Branchiostoma floridaeЛанцетникXP_002611438719 а29%48%
Амфимедон королевскийГубкаXP_003390994388 а25%48%
Acyrthosiphon pisumГороховая тляXP_0019437201197 лет назад24%43%
Oikopleura dioicaХордовыйCBY34656629 а22%43%
Циона кишечникаВаза-оболочкаXP_0021259641004 года назад23%43%
Xenopus (silurana) tropicalisЗападная когтистая лягушкаAAI61073679 а23%43%
Halocynthia roretziМорской ананасBAB40645980 а23%45%

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000165185 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  3. ^ а б "Homo sapiens KIAA1958 (KIAA1958), мРНК". NCBI. Получено 20 апреля 2012.
  4. ^ «Ген KIAA1958 человека Homo sapiens, кодирующий KIAA1958». AceView. Получено 19 апреля 2012.
  5. ^ "Q6YN16 (HSDL2_HUMAN) Проверено, UniProtKB / Swiss-Prot". UniProt. Получено 1 мая 2012.
  6. ^ «Ген C9orf147 человека Homo sapiens, кодирующий открытую рамку считывания 147 хромосомы 9». AceView. Получено 1 мая 2012.
  7. ^ "Q9NRY2 (SOSSC_HUMAN) Проверено, UniProtKB / Swiss-Prot". Получено 1 мая 2012.
  8. ^ "Q5VWJ9 (SNX30_HUMAN) Проверено, UniProtKB / Swiss-Prot". Получено 1 мая 2012.
  9. ^ а б «Unigene EST профиль». Unigene. Получено 8 мая 2012.
  10. ^ «Геопрофили». NCBI. Получено 28 апреля 2012.
  11. ^ а б c «Профили экспрессии генов». Эмбл-Эби. Получено 8 мая 2012.
  12. ^ "Биология WorkBench". SDSC. Получено 3 мая 2012.
  13. ^ «Верстак биологии». Стенд SDSC по биологии. Получено 28 апреля 2012.
  14. ^ «Белковые взаимодействия». Нить. Получено 7 мая 2012.

дальнейшее чтение

  • Олсен Дж. В., Благоев Б., Гнад Ф, Мачек Б., Кумар С., Мортенсен П., Манн М. (ноябрь 2006 г.). «Глобальная, in vivo и сайт-специфическая динамика фосфорилирования в сигнальных сетях». Клетка. 127 (3): 635–48. Дои:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID  17081983. S2CID  7827573.