MALSU1 - Википедия - MALSU1
MALSU1 это ген на хромосома 7 у людей, который кодирует белок MALSU1.[5] Этот белок локализуется в митохондриях и, вероятно, участвует в митохондриальной трансляции или биогенез большого подразделения митохондриальная рибосома.
Протеин
MALSU1 является членом DUF143[6] семья (= область неизвестной функции 143, Pfam PF02410 ), который хорошо сохраняется в обоих прокариоты и эукариоты но нет археи.[7] Примеры сохранения млекопитающих приведены ниже с использованием инструмента ALIGN из Суперкомпьютерный центр Сан-Диего Верстак биологии.[8] Проценты указывают на идентичность, разделяемую человеческим белком и соответствующим белком млекопитающего. Номера доступа взяты из базы данных NCBI.
| Разновидность | Номер доступа | Личность |
|---|---|---|
| Macaca mulatta | XP_001098609 | 93.20% |
| Sus scrofa | NP_001092054 | 85.50% |
| Bos taurus | NP_001068866 | 88.50% |
| Собаки фамильярные | XP_853850 | 77.30% |
| Раттус норвегикус | NP_001100063 | 81.60% |
| Equus caballus | XP_001497879 | 90.70% |
Нет никаких известных или прогнозируемых паралогов в Homo sapiens. То есть MALSU1 является геном с одной копией.
Этот домен находится в положении 93–194 человеческого белка и составляет 43,2% последовательности. Этот консервативный домен также присутствует в гене растения. iojap, ген структурных полос у кукурузы.[9][10] Однако, поскольку его функция была решена, по крайней мере, у бактерий, это больше не «область неизвестной функции».
Функция белка
Хотя функция белка в митохондриях не является окончательной[11][12] его бактериальный гомолог подавляет бактериальный перевод заблокировав два рибосомальный подразделения от присоединения, поэтому он был назван РСФС (= фактор сайленсинга рибосом в голодной или стационарной фазе, синоним RsfA[13]).
Белковые взаимодействия. С помощью двухгибридного дрожжевого скрининга было показано, что RsfS взаимодействует с рибосомным белком L14 у четырех видов бактерий, а также в митохондриях.[13] Было показано, что MALSU1 взаимодействует с белком CHMP.[14] который является частью ESCRT-III комплекс (Необходимый для транспортировки эндосомальный сортировочный комплекс). Также было показано, что DUF143 взаимодействует с UFD1, тРНК синтетазами класса II и цитидилилтрансферазой в различных архитектурах.[15]
Характеристики
Биоинформатика предсказал следующие свойства для LOC_115416:
- Молекулярный вес: 26,2 кДал
- Изоэлектрическая точка: 5.155
Ген
C7ORF30 расположен на хромосоме 7 человека и имеет длину от 23 305 465 до 23 315 705.[16] Есть четыре предсказанных экзона в гене человека, сохранение которых характерно для большинства видов млекопитающих. Нет убедительных данных относительно того, повсеместно ли этот ген экспрессируется в тканях человека, но выраженный тег последовательности базы данных показывают, что он экспрессируется во многих тканях.[17]
Соседние гены
MALSU1 соседствует с GPNMB вверх по течению и IGF2BP3 ниже по течению, однако последний ген транскрибируется на противоположной цепи, идущей от 3 'до 5' конца. Существует некоторое небольшое перекрытие нетранслируемых областей C7ORF30 и IGF2BP3, тогда как расстояние между C7ORF30 и GPNMB составляет 24 211 пар оснований.
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000156928 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000029815 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Entrez Protein: LOC_115416".
- ^ "DUF 143".
- ^ «Предварительно рассчитанные результаты BLAST для LOC115416 [Homo sapiens]». МИГАЕТ ("BLAST Link"). Национальный центр биотехнологической информации, Национальные институты здравоохранения США.
- ^ "SDSC Biology Workbench".
- ^ «InterPro: IPR004394 Iojap-родственный белок».
- ^ Марчлер-Бауэр А., Андерсон Дж. Б., Дербишир М.К., ДеВиз-Скотт К., Гонсалес Н.Р., Гвадз М., Хао Л., Хе С., Гурвиц Д.И., Джексон Д.Д., Ке З., Крылов Д., Ланчицки С.Дж., Либерт К.А., Лю С., Лу Ф, Лу С., Марчлер Г. Х., Муллокандов М., Сонг Дж. С., Танки Н., Ямасита Р. А., Инь Дж. Дж., Чжан Д., Брайант С.Х. (ноябрь 2006 г.). «CDD: база данных сохраненных доменов для интерактивного анализа семейства доменов». Остатки нуклеиновых кислот. 35 (D237-40): D237-40. Дои:10.1093 / нар / gkl951. ЧВК 1751546. PMID 17135202.
- ^ «MitoProt II - v1.101». MitoProt II - прогноз v1.101. Institut für Humangenetik, Technische Universität, München.[постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Кларос М.Г., Винсенс П. (ноябрь 1996 г.). «Вычислительный метод для прогнозирования митохондриально импортированных белков и их целевых последовательностей». Европейский журнал биохимии / FEBS. 241 (3): 779–86. Дои:10.1111 / j.1432-1033.1996.00779.x. PMID 8944766.
- ^ а б Häuser, R .; Печ, М .; Kijek, J .; Yamamoto, H .; Titz, B.R .; Naeve, F .; Товчигречко, А .; Ямамото, К .; Szaflarski, W .; Takeuchi, N .; Stellberger, T .; Дифенбахер, М. Э .; Nierhaus, K. H .; Уэц, П. (2012). Хьюз, Диармайд (ред.). «Белки RsfA (YbeB) являются консервативными рибосомными факторами молчания». PLOS Genetics. 8 (7): e1002815. Дои:10.1371 / journal.pgen.1002815. ЧВК 3400551. PMID 22829778.
- ^ Цанг Х. Т., Коннелл Дж. У., Браун С. Е., Томпсон А., Рид Е., Сандерсон С. М. (сентябрь 2006 г.). «Систематический анализ человеческих взаимодействий с белками CHMP: дополнительные белки, содержащие домен MIT, связываются с множеством компонентов человеческого комплекса ESCRT III». Геномика. 88 (3): 333–46. Дои:10.1016 / j.ygeno.2006.04.003. PMID 16730941.
- ^ "Доменная организация Института Сэнгера PF02410".[постоянная мертвая ссылка ]
- ^ "Браузер генома UCSD".
- ^ "Данные выражения NCBI Unigene".
внешняя ссылка
- Человек MALSU1 расположение генома и MALSU1 страница сведений о генах в Браузер генома UCSC.