Митали Мукерджи - Википедия - Mitali Mukerji

Эта статья об индийских биологах. Для бангладешского певца см. Митали Мукерджи.

Доктор Митали Мукерджи
Родившийся (1967-11-13) 13 ноября 1967 г. (возраст 53 года)
Мадхья-Прадеш, Индия
НациональностьИндийский
ГражданствоИндийский
Альма-матерIISc Бангалор
НаградыНациональная премия молодых женщин-биологов (2007), Премия Шанти Сварупа Бхатнагара (2010)
Научная карьера
Полягеномика человека и аюргеномика
УчрежденияНью-Дели

Митали Мукерджи (1967 г.р.) - главный научный сотрудник CSIR Институт геномики и интегративной биологии с заметными достижениями в области геномика человека и персонализированная медицина. Она наиболее известна тем, что в партнерстве со своим коллегой доктором Бхаваной Прашером (доктор медицины Аюрведы) под руководством профессора Самира К. Брахмачари начала заниматься «аюргеномикой». Аюргеномика - это инновационное исследование, сочетающее в себе принципы Аюрведа - традиционная индийская система медицины - с геномикой. Мукерджи также является одним из основных участников Индийского консорциума вариаций генома, всеобъемлющей базы данных, которая создает «первый генетический ландшафт индийской популяции», и был автором многих публикаций, в которых для изучения популяционной геномики используются базы данных IGV.[1] Мукерджи провел обширные исследования наследственных атаксий и участвует во многих других проектах, связанных с отслеживанием происхождения болезней и историй мутаций. Она удостоена престижных Премия Шанти Сварупа Бхатнагара в 2010 году за ее вклад в области медицинские науки.

Личная жизнь

Мукерджи родился 13 ноября 1967 г. в г. Мадхья-Прадеш к Бенгальский родители. В настоящее время она проживает в Нью-Дели, Индия.[2] Имеет докторскую степень (Ph.D) в бактериальный молекулярная генетика от Индийский институт науки, Бангалор.[3] В интервью Мукерджи заявляет, что один из ее самых влиятельных наставников был Д-р Самир Кумар Брахмачари, бывший генеральный директор Совет научных и промышленных исследований известен своими работами в области биофизики и фармакогенетики.[4][5]

Карьера и исследования

После получения докторской степени Мукерджи присоединилась к Институту геномики и интегративной биологии в Нью-Дели в 1997 году. С тех пор она работала в области популяционной генетики и эволюционной геномики, а также проявляла особый интерес к персонализированной медицине и интеграции западной медицины. и аюрведические медицинские практики.

Одна из самых заметных ее работ - расшифровка функций Алу регионы, наиболее обильные транспозон найден в популяциях приматов. Она и ее команда пришли к выводу, что эти последовательности кодируют РНК, которые служат факторы транскрипции, регулируя множество функций клеток, в том числе реакции на тепловой шок и стресс. Публикации Мукерджи о последовательностях Alu предоставляют доказательства его участия в поддержании гомеостаза у людей, а также о функциях miRNA как регуляторных путей, специфичных для людей.[6] С тех пор Мукерджи продолжал работать, пытаясь понять механизмы, лежащие в основе систем ответа на тепловой шок, и функции сателлитной некодирующей РНК как репрессора транскрипции.[7]

Она приняла активное участие в создании Индийского консорциума по изменению генома. Эта база данных, созданная в 2003 году, собирает информацию о генетических вариациях между многочисленными субпопуляциями в Индии, чтобы улучшить персонализированные фармацевтические препараты и понять генетическую предрасположенность к болезням.[8] Она установила, что геномные данные могут быть использованы для расшифровки «признаков естественного отбора и отслеживания. мутационный историй », и использовала свои исследования для отслеживания моделей миграции многих азиатских популяций и происхождения болезней. Данные этой инициативы были использованы в публикации, в которой участвовала Мукерджи, в которой говорится о генетической родословной Сидди люди из западного региона Индии в банту - говорящие восточноафриканские племена.[9]

Другое исследование, в котором Мукерджи использовал базу данных IGV, находится в стадии изучения ороговение гены, связанные с гидроизоляцией слоев эпидермиса и вносящие вклад в различные фенотипы кожи у популяций, живущих в разном климате. Она хотела узнать, реагирует ли этот ген на стрессы окружающей среды и насколько интенсивно или быстро. Используя анализ копировать варианты номера и различия в последовательности ДНК и белков среди различных индейских популяций из разного климата, Мукерджи делает выводы об изменениях в этой области генов, связанных с кожей, и о роли, которую они играют в адаптации в ответ на раздражители окружающей среды.[10]

Синим цветом обозначен мозжечок; эта часть головного мозга опухает или повреждается при мозжечковой атаксии.

Mukerji также проделал значительную работу по улучшению процессов клинической диагностики расстройств в Индии. В частности, она работала с группой нейродегенеративных заболеваний, известных как Мозжечковая атаксия, наследственное состояние, в котором мозжечок часть мозга становится поврежденной. Известно, что это состояние возникает в результате комбинации многих мутаций, поэтому установить четкую генетическую корреляцию сложно, что также затрудняет клинический скрининг. Проследив происхождение болезни и «историю мутаций», а также изучив тысячи индийских семей, Мукерджи и ее команда смогли лучше понять основные генетические механизмы, вызывающие атаксию, и разработать клинический скрининг, чтобы иметь возможность проверить восприимчивость к болезням здоровых пациентов. Этот метод используется на Всеиндийский институт медицинских наук и помогает снизить экономическую и медицинскую нагрузку на семьи.[11] Дальнейшие исследования, проведенные Мукерджи, показывают больше доказательств механизмов, лежащих в основе атаксии. Ее работа по изучению спиноцеребеллярной атаксии идентифицирует мутацию повторной экспансии как причину расстройства. Анализ однонуклеотидных полиморфизмов в индийских и мексиканских семьях показывает общую картину распространения в этих двух географически различных группах, что позволяет лучше понять происхождение этих конкретных мутаций, вызывающих это заболевание.[12]

В другом исследовании Мукерджи и ее команда проанализировали другое наследственное нервное расстройство, дислексия. Они идентифицировали гены кластера PCDHG и определили конкретные хромосомные местоположения полиморфизмов, которые вносят вклад в заболевание. Они также отслеживали историю мутаций и линии этого полиморфизма как у людей, так и у других родственных приматов. Их работа помогает лучше объяснить механизмы дислексии и ассоциацию генов PCDHG с «белками нервной адгезии», которые связаны с когнитивными функциями у приматов.[13] Мукерджи также изучал активную легочную туберкулез в популяциях Северной Индии. Через изучение цитокин Уровни сыворотки между пациентами с активным туберкулезом и здоровыми людьми, Мукерджи смог идентифицировать пять полиморфизмов генов цитокинов, коррелирующих с иммунитетом против туберкулеза.[14]

Наряду с другими своими проектами по отслеживанию истории мутаций и эволюции болезней, Мукерджи также занималась изучением корреляций между полиморфизмами в APOBEC3B ген и восприимчивость к малярии. Многие версии этого гена с различными вставками и делециями встречаются в человеческих популяциях. Исследование Мукерджи обнаружило четкую корреляцию между вставкой в ​​этот ген и популяциями с эндемическими уровнями falciparum малярия, наиболее тяжелая форма малярии, или в геномах потомков из таких районов. Соответственно, их исследование также показывает сильную корреляцию между делецией в этом гене и ослабленной защитой от малярии falciparum. Это является прямым доказательством популяционного генетического обследования, которое предполагает, что варианты APOBEC3B оказывают определенное влияние на восприимчивость к этой форме малярии.[15]

Мукерджи активно инициировал область «аюргеномики», интегрируя принципы аюрведы фенотипирования индийской медицинской системы с «объективными параметрами современной медицины для определения молекулярных масс». эндофенотипы «Она заявляет, что хочет, чтобы ее исследование могло« современить Аюрведу », найдя действительную молекулярную основу для аюрведических практик и имея возможность использовать их для улучшения профилактической медицинской практики.[5] Ее исследования по SNP и CNV разнообразие индийского населения в рамках Индийского консорциума вариации генома предоставило генетические доказательства аюрведического «пракрита» или подгрупп здоровых людей, основанных на фенотипических различиях, которые определяют образ жизни и медицинский профиль человека.[16] Эти «Пракрити» используются для «оценки восприимчивости к болезням и лекарственной реакции», концепции, которая соответствует идеям персонализированных фармацевтических препаратов в западной медицине.[17] Один молекулярный пример, изученный Мукерджи и ее командой, должен соответствовать EGLN1 ген, связанный с задержкой кислорода в тканях организма и состоянием гипоксия. Различия в этом ключевом гене связаны с высотной адаптацией в определенных популяциях и согласуются с различием разных Пракрити, давая молекулярную основу для древней медицинской практики.[18] Мукерджи обнаружил другие подобные биологические маркеры, которые также поддерживают аюрведические типы телосложения, такие как уровни липидов.[5] Уникальное открытие ее исследований в области геномики состоит в том, что « этнически и лингвистически разнообразное индийское население было объединено различными структурами ДНК ».[4] Это привело к выводу, что основанные на геномике методы фармакогенетики, также включающие аюрведические практики, возможны.[нужна цитата ]

Мукерджи продолжила свое обучение с гипоксия в изучении и попытке расшифровать его связь с астма и другие легочные заболевания. В исследовании, проведенном на мышах, использовалась фармакологически индуцированная гипоксическая реакция, чтобы изучить, как состояние влияет на экспрессию генов и факторы индукции и как это может приводить к симптомам, вызывающим развитие астмы. Мукерджи и ее команда обнаружили, что чрезмерная гипоксическая реакция действительно усиливала астму у мышей, даже до фатального уровня. Это имеет клиническое значение, так как многие фармацевтические препараты действуют, вмешиваясь в эти механизмы гипоксического ответа, хотя детали механизмов и его воздействия на организм хорошо не известны.[19]

В январе 2014 года Мукерджи прочитал лекцию на мероприятии TEDx в Нью-Дели, Индия, о практике персонализированной медицины через Аюрведу и ее интеграции с современной медициной и геномикой.[20]

Награды

Мукерджи получил несколько престижных наград. 24 сентября 2001 г. она была удостоена премии CSIR Young Scientist Award. Затем в 2006 году она была номинирована на членство в HUGO, Организации генома человека. В 2008 году она получила Национальную премию молодых женщин-биологов и престижную награду. Премия Шанти Сварупа Бхатнагара в 2010 году. В 2014 году Мукерджи стал избранным членом Индийская академия наук а в 2016 году была удостоена премии ВАСВИК для женщин-ученых. Совсем недавно, в 2017 году, Митали Мукерджи была удостоена Национальной женской премии Pushpalata Ranade.[21][22]

Публикации

У Мукерджи есть несколько технических публикаций. Она также является заместителем редактора по эволюционной и популяционной генетике журнала Frontiers.[23] Некоторые из ее известных публикаций:[24]

  • Связывание фактора теплового шока в Alu-повторах расширяет его участие в стрессе за счет антисмыслового механизма. Pandey R, Mandal AK, Jha V, Mukerji M. (2011) Genome Biol. 12 (11): R117.
  • Аюргеномика: новый способ преодоления молекулярной изменчивости для стратифицированной медицины. Сетхи Т.П., Прашер Б., Мукерджи М. (2011) ACS Chem Biol. 6 (9): 875-880.
  • Недавняя примесь в индийском населении африканского происхождения. Наранг А., Джа П., Рават В., Мукхопадхьяй А., Дэш Д. Консорциум вариаций индийского генома, Басу А., Мукерджи М. (2011) Ам Дж. Хам Генет. 89 (1): 111-120.
  • Участие EGLN1 в высотной адаптации выявлено посредством генетического анализа экстремальных типов конституции, определенных в Аюрведе. Аггарвал С., Неги С., Джа П., Сингх П.К., Стобдан Т., Паша М.А., Гош С., Агравал А. Консорциум вариаций индийского генома, Прашер Б., Мукерджи М. (2010) Proc Natl Acad Sci USA. 107 (44): 18961-18966.
  • Экспрессия всего генома и биохимические корреляты крайних конституциональных типов, определенных в Аюрведе. Прашер Б., Неги С., Аггарвал С., Мандал А.К., Сетхи Т.П., Дешмук С.Р., Пурохит С.Г., Сенгупта С., Кханна С., Мохаммад Ф., Гарг Г., Брахмачари С.К., и Мукерджи М. (2008) Дж. Пер. Med. 6:48.
  • Генетический ландшафт народа Индии: холст для исследования генов болезней. Индийский консорциум вариаций генома. (2008) Дж. Генет. 87 (1): 3–20.
  • Полногеномное предсказание ДНК G4 как регуляторных мотивов: роль в глобальной регуляции Escherichia coli. Rawal P, Kummarasetti VBR, Ravindran J, Kumar N, Halder K, Sharma R, Mukerji M, Das SK, Chowdhury S. (2006) Исследование генома. 16 (5): 644–55.
  • Родственники первой степени пациентов с глютеновой болезнью обладают кишечной транскриптомной подписью, которая может защитить их от повреждения энтероцитами. Ачарья П., Кутум Р., Пандей Р., Мишра А., Саха Р., Мунджал А., Ахуджа В., Мукерджи М., Махария Г. К.. (2018) Клин Транс Гастроэнтерол. 9 (10): 195.
  • Экстремальное разнообразие кишечных микробов в сельских районах Западной Индии Пракрити Эндофенотипы выявляют сигнатурные микробы. Чаухан Н.С., Пандей Р., Мондал А.К., Гупта С., Верма М.К., Джайн С., Ахмед В., Патил Р., Агарвал Д., Гирас Б., Шривастава А, Мобин Ф., Шарма В., Шривастава Т.П., Ювекар С.К., Прашер Б., Мукерджи М. , Дэш Д. (2018) Front Microbiol. 9: 118.
  • Резюме типов конституции Аюрведы с помощью машинного обучения фенотипических черт. Тивари П., Кутум Р., Сетхи Т., Шривастава А., Гирас Б., Аггарвал С., Патил Р., Агарвал Д., Гаутам П., Агравал А., Даш Д., Гош С., Джувекар С., Мукерджи М., Прашер Б. (2017) PLOS One . 2 (10): e0185380.
  • Взаимодействия Alu-miRNA модулируют разнообразие изоформ транскрипта в ответ на стресс и выявляют признаки положительного отбора. Пандей Р., Бхаттачарья А., Бхардвадж В., Джа В., Мандал А. К., Мукерджи М. (2016) Sci Rep. 6: 32348.
  • Некодирующие РНК сателлита-III человека модулируют репрессию транскрипции, вызванную тепловым шоком. Гоенка А., Сенгупта С., Пандей Р., Парихар Р., Моханта Г.К., Мукерджи М., Ганеш С. (2016) J Cell Sci. 129 (19): 3541-3552.
  • Наследственные вариации кластера генов PCDHG предрасполагают к дислексии в мультиплексной семье. Наскар Т., Фарук М., Банерджи П., Хан М., Мидха Р., Кумари Р., Девасенапати С., Праджапати Б., Сенгупта С., Джайн Д., Мукерджи М., Сингх Н. С., Синха С. (2018) EBioMedicine. 28: 168-179.

Рекомендации

  1. ^ «Премия С.С. Бхатнагара достается Митали Мукерджи». Получено 15 марта 2014.
  2. ^ "Стипендия | Индийская академия наук". www.ias.ac.in. Получено 11 декабря 2018.
  3. ^ «Личный рецепт: Митали Мукерджи». Индия сегодня. 10 сентября 2010 г.. Получено 15 марта 2014.
  4. ^ а б "Митали Мукерджи". Outlook (Индия). Получено 12 декабря 2018.
  5. ^ а б c Пулла, Приянка (24 октября 2014 г.). «В поисках науки в традиционной медицине Индии». Наука. 346 (6208): 410. Bibcode:2014Научный ... 346..410P. Дои:10.1126 / science.346.6208.410. ISSN  1095-9203. PMID  25342781.
  6. ^ Панди, Раджеш; Мандал, Амит К .; Джа, Винит; Мукерджи, Митали (23 ноября 2011 г.). «Связывание фактора теплового шока в Alu-повторах расширяет его участие в стрессе через антисмысловой механизм». Геномная биология. 12 (11): R117. Дои:10.1186 / gb-2011-12-11-r117. ISSN  1474-760X. ЧВК  3334603. PMID  22112862.
  7. ^ Гоенка, Аншика; Сенгупта, Сонали; Панди, Раджеш; Парихар, Рашми; Моханта, Гириш Чандра; Мукерджи, Митали; Ганеш, Субраманиам (1 октября 2016 г.). «Некодирующие РНК сателлита-III человека модулируют репрессию транскрипции, вызванную тепловым шоком». Журнал клеточной науки. 129 (19): 3541–3552. Дои:10.1242 / jcs.189803. ISSN  1477-9137. PMID  27528402.
  8. ^ «IGVDB». www.igvdb.res.in. Получено 11 декабря 2018.
  9. ^ Наранг, Анкита; Джа, Панкадж; Рават, Вимал; Мукхопадхайя, Ариджит; Даш, Дебасис; Басу, Аналабха; Мукерджи, Митали (15 июля 2011 г.). «Недавняя примесь индейского населения африканского происхождения». Американский журнал генетики человека. 89 (1): 111–120. Дои:10.1016 / j.ajhg.2011.06.004. ISSN  0002-9297. ЧВК  3135806. PMID  21737057.
  10. ^ Гаутам, Прамод; Чауразия, Амит; Бхаттачарья, Аникет; Гровер, Ритика; Индийский консорциум по изменению генома; Мукерджи, Митали; Натараджан, Вивек Т. (март 2015 г.). «Популяционное разнообразие и адаптивная эволюция генов кератинизации: влияние окружающей среды на формирование фенотипов кожи». Молекулярная биология и эволюция. 32 (3): 555–573. Дои:10.1093 / molbev / msu342. ISSN  1537-1719. PMID  25534032.
  11. ^ Кумари, Рену; Кумар, Дипак; Брахмачари, Самир К .; Шривастава, Ахал К .; Фарук, Мохаммед; Мукерджи, Митали (июль 2018 г.). «Парадигма деконволюции болезни при редких нейродегенеративных расстройствах в индийском населении: выводы из исследований мозжечковой атаксии». Журнал генетики. 97 (3): 589–609. Дои:10.1007 / s12041-018-0948-2. ISSN  0973-7731. PMID  30027898.
  12. ^ Фарук, Мохаммед; Magaña, Jonathan J .; Суролия, Варун; Наранг, Анкита; Мурильо-Мело, Надя М .; Эрнандес-Эрнандес, Оскар; Шривастава, Ахал К .; Мукерджи, Митали (сентябрь 2017 г.). «Полная ассоциация интронного SNP rs6798742 с происхождением локусов распространения спиноцеребеллярной атаксии типа 7-CAG в популяции Индии и Мексики». Анналы генетики человека. 81 (5): 197–204. Дои:10.1111 / ahg.12200. ISSN  1469-1809. PMID  28597910.
  13. ^ Наскар, Тиста; Фарук, Мохаммед; Банерджи, Прияджит; Хан, Массарат; Мидха, Раши; Кумари, Рену; Девасенапати, Субхашри; Праджапати, Бхарат; Сенгупта, Сангхамитра (февраль 2018 г.). «Родовые вариации кластера генов PCDHG предрасполагают к дислексии в мультиплексной семье». EBioMedicine. 28: 168–179. Дои:10.1016 / j.ebiom.2017.12.031. ISSN  2352-3964. ЧВК  5835549. PMID  29409727.
  14. ^ Абхиманью, ноль; Мангангча, Иренгбам Рокки; Джа, Панкадж; Арора, Комал; Мукерджи, Митали; Банаваликер, Джаянт Нагеш; Индийский консорциум по изменению генома; Брахмачари, Вани; Бозе, Мридула (июль 2011 г.). «Дифференциальные уровни цитокинов в сыворотке крови связаны с полиморфизмом генов цитокинов у северных индейцев с активным туберкулезом легких». Инфекция, генетика и эволюция. 11 (5): 1015–1022. Дои:10.1016 / j.meegid.2011.03.017. ISSN  1567-7257. PMID  21463712.
  15. ^ Джа, Панкадж; Sinha, Swapnil; Канчан, Каника; Кидвай, Табиш; Наранг, Анкита; Сингх, Прашант Кумар; Pati, Sudhanshu S .; Моханти, Санджиб; Мишра, Сародж К. (январь 2012 г.). «Делеция гена APOBEC3B сильно влияет на восприимчивость к малярии falciparum». Инфекция, генетика и эволюция. 12 (1): 142–148. Дои:10.1016 / j.meegid.2011.11.001. ISSN  1567-7257. PMID  22108670.
  16. ^ TEDx Talks, Аюргеномика - предопределяет практически все: доктор Митали Мукерджи из TEDxSGGSCC, получено 11 декабря 2018
  17. ^ Тивари, Прадип; Кутум, Ринту; Сетхи, Тавпритеш; Шривастава, Анкита; Гирасе, Бхушан; Аггарвал, Шилпи; Патил, Рутуджа; Агарвал, Дхирадж; Гаутам, Прамод (2017). «Резюме типов конституции Аюрведы с помощью машинного обучения фенотипических черт». PLOS One. 12 (10): e0185380. Bibcode:2017PLoSO..1285380T. Дои:10.1371 / journal.pone.0185380. ISSN  1932-6203. ЧВК  5628820. PMID  28981546.
  18. ^ "Журнал генетики | Индийская академия наук". www.ias.ac.in. Получено 12 декабря 2018.
  19. ^ Ахмад, Танвир; Кумар, Маниш; Мабалираджан, Улаганатан; Патнаик, Биджай; Аггарвал, Шилпи; Сингх, Ранджана; Сингх, Сучита; Мукерджи, Митали; Гош, Баларам (июль 2012 г.). «Гипоксический ответ при астме: дифференциальная модуляция воспаления и повреждения эпителия». Американский журнал респираторной клетки и молекулярной биологии. 47 (1): 1–10. Дои:10.1165 / rcmb.2011-0203OC. ISSN  1535-4989. PMID  22312019.
  20. ^ "TEDxSGGSCC | TED". www.ted.com. Получено 11 декабря 2018.
  21. ^ "Национальная награда женщин-биологов". Национальный центр информатики. Архивировано из оригинал 10 апреля 2009 г.. Получено 15 марта 2014.
  22. ^ "Митали Мукерджи | Институт геномики и интегративной биологии (CSIR)". igib.res.in. Получено 12 декабря 2018.
  23. ^ "Митали Мукерджи". Frontiuers Media. Получено 15 марта 2014.
  24. ^ pubmeddev. "митали мукерджи - PubMed - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 11 декабря 2018.

внешняя ссылка