ФармГКБ - PharmGKB

ФармГКБ
PharmGKB logo.png
Содержание
ОписаниеВ Фармакогеномика База знаний
Типы данных
захвачен		Фармакогеномика и Фармакогенетика
ОрганизмыЧеловек
Контакт
Исследовательский центрСтэндфордский Университет
Основное цитированиеPMID  22992668
Дата выхода2000
Доступ
Интернет сайтwww.pharmgkb.org
Скачать URLwww.pharmgkb.org/ загрузки
веб-сервис URLapi.pharmgkb.org
Разное
ЛицензияЛицензия Creative Commons BY-SA 4.0 www.pharmgkb.org/страница/ dataUsagePolicy
Политика курированияда

База знаний по фармакогеномике (ФармГКБ) является общедоступным в Интернете база знаний отвечает за сбор, курирование, интеграцию и распространение знаний о влиянии генетической изменчивости человека на реакцию на лекарства.[1] Он финансируется Национальные институты здоровья (НАЦИОНАЛЬНЫЕ ИНСТИТУТЫ ЗДРАВООХРАНЕНИЯ США) Национальный институт общих медицинских наук (NIGMS) и является партнером Национальные институты здравоохранения США Сеть исследований фармакогеномики (PGRN). Это управлялось в Стэндфордский Университет с момента основания в 2000 году.[2]

Цель

Основная цель PharmGKB - помочь исследователям понять, как вариации в генетическом составе человека влияют на то, как он или она реагирует на лекарство, в этой области, известной как фармакогеномика или же фармакогенетика (PGx). Для достижения этой цели PharmGKB вручную собирает информацию о PGx из первичной литературы, а затем сохраняет ее в база знаний. Эта информация может быть агрегирована, что позволяет PharmGKB идентифицировать согласованные генетический вариант -лекарственные реакции взаимодействия. Взаимодействие вариантов с лекарственными средствами с большим количеством подтверждающих доказательств можно затем рассмотреть для потенциального клинического применения.[3] Чтобы извлечь выгоду из случаев, когда существуют убедительные литературные данные о PGx, PharmGKB является соучредителем Консорциума клинического фармакогенетического внедрения (CPIC), организации, ответственной за создание и распространение проверенных, свободно доступных руководств по дозированию лекарств на основе генотипа для клиницистов.[4][5][6] PharmGKB также работает с различными международными консорциумными группами, такими как Международный консорциум по фармакогенетике варфарина (IWPC) и Международный консорциум по фармакогеномике клопидогреля (ICPC), облегчая сотрудничество и анализ больших наборов данных PGx.[7][8]

Содержание

PharmGKB имеет много различных типов информации, связанной с PGx, доступной на веб-сайте, обсуждаемой в разделах ниже. PharmGKB имеет содержание PGx на генетических вариантах (включая однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) и гаплотипы, а также некоторые варианты числа копий (CNV) и инделы ), гены, лекарства, фенотипы (включая болезни и побочные эффекты ) и PubMed ID (PMID).[1]

Аннотации к вариантам

Аннотации к вариантам - это краткие описания того, как генетический полимофизм связана с лекарственной реакцией, как сообщается в одной публикации. Примеры лекарственной реакции включают: побочные реакции на лекарства, изменения в эффективности препарата и изменения в скорости или скорости приема препарата метаболизируется. Кураторы просматривают прошлую и настоящую литературу и добавляют любые исследования, содержащие результаты, относящиеся к PGx, в база знаний через эти вариантные аннотации. Ассоциации вариант-препарат могут быть отрицательными или положительными, и они исходят из самых разных типов исследований, в том числе полногеномные ассоциации исследований, клинические испытания, и функциональный in vitro исследования. Все вариантные аннотации содержат стандартизированное предложение, которое позволяет легко сравнивать и противопоставлять результаты между исследованиями на протяжении всего исследования. база знаний. Помимо регистрации ассоциации генетического варианта и фенотипа лекарственного средства, ключевые параметры исследования, такие как размер исследования, этническая принадлежность популяции, п-значения и частоты аллелей также указаны в аннотации [1][3][8]

Клинические аннотации

Клинические аннотации объединяют все вариантные аннотации, в которых обсуждается одна и та же ассоциация вариант-лекарственный фенотип, и объединяют их в единое письменное резюме ассоциации. Клинические аннотации состоят из сводного текста, который записывается как ассоциация для каждого генотипа по сравнению с другими генотипами. Под этим итоговым текстом клинические аннотации содержат список всех вариантных аннотаций, которые поддерживают данную конкретную ассоциацию вариант-лекарственный фенотип. Каждой клинической аннотации также дается уровень доказательности, обеспечивающий меру уверенности в ассоциации. Уровень доказательности клинической аннотации оценивается вручную и основан на таких критериях, как количество исследований, в которых получены положительные и отрицательные результаты, п-значения и размеры исследования:[1][3][8]

  • Уровень 1А: Клиническая аннотация для комбинации вариант-лекарство в рекомендациях CPIC или медицинского общества, одобренных PGx, или реализована на сайте сети фармакогеномических исследований (PGRN) или в другой крупной системе здравоохранения.
  • Уровень 1B: Клиническая аннотация для комбинации вариант-лекарственное средство, где преобладающие доказательства показывают связь. Ассоциация должна быть воспроизведена более чем в одной когорте со значительными p-значениями и, предпочтительно, будет иметь сильный эффект.
  • Уровень 2А: Клиническая аннотация для комбинации вариант-лекарственное средство, которая соответствует уровню 2B, если вариант находится в пределах Очень важный фармакоген (VIP) согласно определению ФармГКБ. Варианты на уровне 2А относятся к известным фармакогенам, поэтому функциональное значение более вероятно.
  • Уровень 2B: Клиническая аннотация для комбинации вариант-лекарственное средство с умеренными доказательствами связи. Связь должна быть воспроизведена, но могут быть некоторые исследования, которые не показывают статистической значимости, и / или размер эффекта может быть небольшим.
  • Уровень 3: Аннотация для комбинации вариант-лекарственный препарат, основанная на единственном значимом (еще не воспроизведенном), или аннотация для комбинации вариант-лекарственный препарат, оцененная в нескольких исследованиях, но без четких доказательств связи.
  • Уровень 4: Аннотация, основанная только на описании случая, незначительном исследовании или доказательствах in vitro, молекулярных или функциональных анализов.[3][9]

Резюме очень важных фармакогенов (VIP)

VIP - это обзоры важных генов, участвующих в реакции на лекарства. Они предназначены для того, чтобы предоставить пользователям лучшее понимание конкретного PGx-релевантного гена, и содержат справочную информацию о гене, включая любые ассоциации с болезнями, и подробный обзор его фармакогенетика. Хотя VIP-сообщения доступны на веб-сайте PharmGKB в интерактивном формате, они также обычно публикуются в журнале. Фармакогенетика и геномика.[1][8] VIP-адреса также предоставляют ссылки на сводки по особо важным вариантам в этом гене - они известны как сводки VIP-вариантов.[10]

Пути

Пути PharmGKB - это научно обоснованные диаграммы, подробно описывающие фармакокинетика (PK) или фармакодинамика (PD) PGx-релевантного лекарственного средства, сопровождаемое текстом с описанием препарата и обсуждением его ПК, PD и PGx. Пути обычно публикуются в журнале Фармакогенетика и геномика.[1][8] Пути создаются вручную после обширного обзора литературы, а связи на диаграммах путей подкреплены ссылками на литературу; эти подтверждающие цитаты можно просмотреть в онлайн-версиях путей. Кроме того, информация, содержащаяся в каждой схеме путей, доступна для загрузки в TSV, BioPAX и форматы GPML.[1][8]

«Список путей PharmGKB». ФармГКБ.

Рекомендации по дозированию

PharmGKB предоставляет руководящие принципы дозирования препаратов на основе PGx от CPIC, а также от Рабочей группы Королевской голландской ассоциации по развитию фармакогенетики (DWPG) и профессиональных обществ, таких как The Американский колледж ревматологии.[1] Более подробную информацию о DPWG, их целях и методах можно найти на сайте PharmGKB.[11]

CPIC

CPIC состоит из членов Национальные институты здравоохранения США Сеть исследований фармакогеномики (PGRN), сотрудники PharmGKB и эксперты в области PGx и медицины. Целью CPIC является создание свободно доступных, прошедших экспертную оценку рекомендаций по дозированию лекарств для врачей, имеющих доступ к результатам превентивного генетического тестирования.[4][5][6] Руководства CPIC написаны для ассоциаций PGx, которые имеют существенные подтверждающие доказательства, такие как ассоциации между HLA-B*58:01 и Синдром Стивенса-Джонсона /токсический эпидермальный некролиз у пациентов, принимающих аллопуринол,[12] и SLCO1B1 rs4149056 и миопатия у пациентов, принимающих симвастатин[13] Рекомендации CPIC опубликованы в журнале. Клиническая фармакология и терапия, а также доступны через ФармГКБ в интерактивном формате.[6] Рекомендации по дозированию CPIC на PharmGKB включают выдержку из опубликованного руководства, рекомендации по терапевтическому дозированию в виде таблицы и версии руководства и дополнения в формате PDF. PharmGKB также предоставляет инструмент для руководства по дозированию, где пользователи могут ввести интересующий генотип и получить соответствующие рекомендации по дозированию. Загружаемые, вычислимые версии руководящих принципов в JSON формат также доступны на PharmGKB.[14]

«Список рекомендаций по дозированию CPIC». ФармГКБ.

«Список всех руководств по дозированию PharmGKB». ФармГКБ.

Маркировка лекарств FDA и EMA

PharmGKB курирует и аннотирует этикетки лекарств, содержащие информацию PGx из обоих Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA) и Европейское агентство по лекарствам (EMA).[1] Этикетки одобренных FDA лекарств с информацией о PGx получены от FDA Таблица фармакогеномных биомаркеров на этикетках лекарств страницы, либо идентифицированные кураторами. На этикетках лекарственных средств, одобренных EMA (известных как Европейские общественные отчеты об оценке (EPAR)), вручную выполняется поиск лекарств в таблице биомаркеров FDA. PharmGKB помечает каждый FDA или же EMA этикетка с уровнем PGx на основе внутренних рекомендаций:

  • Требуется генетическое тестирование: На этикетке указано или подразумевается, что ген, белок или же хромосомный тестирование, в том числе генетическое тестирование, функциональные белковые тесты, цитогенетический перед применением этого препарата следует провести исследования и др. Это требование может относиться только к определенной группе пациентов. ФармГКБ считает этикетки, которые вариант является показанием к применению препарата, так как подразумевает необходимость проведения теста. Если на этикетке указано, что тест «должен быть выполнен», это также интерпретируется как требование.
  • Рекомендуется генетическое тестирование: На этикетке указано или подразумевается, что ген, белок или же хромосомное тестирование, включая генетическое тестирование, функциональные белковые тесты, цитогенетический исследования и др., рекомендуется перед применением этого препарата. Эта рекомендация может быть только для определенной группы пациентов. PharmGKB считает, что этикетки с надписью «тестирование следует рассматривать» как рекомендательные.
  • Активный PGx: На этикетке не говорится о генетическом или другом тестировании на ген /белок /хромосомный варианты, но содержат информацию об изменениях эффективности, дозировки или токсичность из-за таких вариантов. Этикетка может упоминать противопоказания к применению препарата у определенной группы пациентов, но не требует и не рекомендует. ген, белок или же хромосомный тестирование.
  • Информативный PGx: На этикетке упоминается ген или же белок участвует в метаболизм или же фармакодинамика препарата, но нет информации, позволяющей предположить, что вариация в этих генах / белках приводит к разному ответу.[15][16]

Некоторые проблемы существуют в курировании одобренных FDA этикеток лекарств; они обсуждаются в Сообщение в блоге PharmGKB, 2013 г..

«Список этикеток лекарственных средств FDA и EMA». ФармГКБ.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c d е ж грамм час я «Обзор ФармГКБ». ФармГКБ.
  2. ^ «История ФармГКБ». ФармГКБ.
  3. ^ а б c d Whirl-Carrillo M, McDonagh EM, Hebert JM, Gong L, Sangkuhl K, Thorn CF и др. (Октябрь 2012 г.). «Знания фармакогеномики для персонализированной медицины». Клиническая фармакология и терапия. 92 (4): 414–7. Дои:10.1038 / clpt.2012.96. ЧВК  3660037. PMID  22992668.
  4. ^ а б "Что такое CPIC?". ФармГКБ.
  5. ^ а б Реллинг М.В., Кляйн Т.Э. (март 2011 г.). «CPIC: Консорциум внедрения клинической фармакогенетики Сети исследований фармакогеномики». Клиническая фармакология и терапия. 89 (3): 464–7. Дои:10.1038 / clpt.2010.279. ЧВК  3098762. PMID  21270786.
  6. ^ а б c Caudle KE, Klein TE, Hoffman JM, Muller DJ, Whirl-Carrillo M, Gong L и др. (Февраль 2014). «Включение фармакогеномики в повседневную клиническую практику: процесс разработки рекомендаций Консорциума по внедрению клинической фармакогенетики (CPIC)». Текущий метаболизм лекарств. 15 (2): 209–17. Дои:10.2174/1389200215666140130124910. ЧВК  3977533. PMID  24479687.
  7. ^ «ФармГКБ Проекты». ФармГКБ.
  8. ^ а б c d е ж McDonagh EM, Whirl-Carrillo M, Garten Y, Altman RB, Klein TE (декабрь 2011 г.). «От получения фармакогеномных знаний до клинического применения: PharmGKB как ресурс клинических фармакогеномных биомаркеров». Биомаркеры в медицине. 5 (6): 795–806. Дои:10.2217 / bmm.11.94. ЧВК  3339046. PMID  22103613.
  9. ^ «Клинические аннотации уровней доказательности». ФармГКБ.
  10. ^ «VIP-персоны: очень важные фармакогены». ФармГКБ.
  11. ^ "DPWG: Голландская рабочая группа по фармакогенетике".
  12. ^ «Аннотация к руководству CPIC по аллопуринолу и HLA-B». ФармГКБ.
  13. ^ «Аннотация к руководству CPIC для симвастатина и SLCO1B1». ФармГКБ.
  14. ^ Барбарино, Юлия М .; Whirl-Carrillo, Мишель; Кляйн, Тери Э. (2014). "PharmGKB: База знаний фармакогеномики" в Справочнике по фармакогеномике и стратифицированной медицине. Эльзевир. С. 289–306. ISBN  978-0-12-386882-4.
  15. ^ «Информация на этикетке лекарственного средства и легенда». ФармГКБ.
  16. ^ http://pharmgkb.blogspot.com/2013/11/pharmgkb-drug-labels-description-update.html