Протеин, богатый пролином 30 - Proline-rich protein 30

Пролин-богатый протеин 30 (PRR30 или C2orf53) белок в организме человека, который кодируется PRR30 ген.[1] PRR30 является членом семейства Белки, богатые пролином характеризуются внутренним отсутствием структуры. Копировать варианты чисел в PRR30 ген были связаны с повышенным риском нейрофиброматоз.

Ген

В PRR30 ген расположен на коротком плече хромосома 2 человека на полосе 2п23.3. Он фланкирован связыванием регуляторного элемента пролактина (PREB ) и фактор транскрипции 23 (TCF23). В гене три Экзоны в итоге. PRR30 имеет длину 2618 пар оснований линейных ДНК.[2]

PRR30 Генное окружение[3]

Регион промоутера

В PRR30 промоутер непосредственно фланкирует ген и имеет длину 1162 пары оснований.[4]

Стенограмма

PRR30 мРНК транскрипт имеет длину 2063 пары оснований. Есть четыре сайты сращивания всего все они находятся в 5 'UTR. Нет известных изоформы или же альтернативное сращивание из PRR30.

Протеин

Человеческий белок PRR30 состоит из 412 аминокислотные остатки. Он имеет молекулярную массу 44,7 кдал и изоэлектрическая точка из 10.7.[5][6] это пролин богатый и состоящий в основном из заменимые аминокислоты. Через ортологи от остатков 187 до 321.[7] PRR30, по-видимому, локализуется субклеточно в ядро клетки.[8] NetNES предсказывает сигнал ядерного экспорта от остатков 213 до 216.[9] IntAct предсказывает, что PRR30 взаимодействует с человеческим семенниковым белком 37 или TEX37, цистиен-богатым хвостовым белком 1 (CYSRT1) и кератин-ассоциированным белком 6-2 (KRTAP6-2).[10] Прогнозируется, что PRR30 подвергнется посттрансляционные модификации в виде гликозилирование и фосфорилирование.[11][12][13]

Адаптированный рисунок Prosite, показывающий домены, сайты фосфорилирования (красный), сайты гликозилирования (серый) и ядерный экспортный сигнал (зеленый).[14]
И-Тассер предсказал белок PRR30. В значительной степени неструктурирован с минимальным сворачиванием в высококонсервативной области.[15]

Структура

PRR30 - это внутренне неупорядоченный белок (IDP) и не имеет формальных третичная структура или же четвертичная структура.[8] И-Тассер и Phyre предсказывают минимальную намотку во всем PRR30 в целом. В области высокой сохранности прогнозируются альфа спирали & бета-листы.[15][16]

Функция

Неструктурированные белки, такие как PRR30, сильно различаются по функциям.[17] Было показано, что другие богатые пролином белки обладают сродством к связыванию кальций через различные ткани человеческого тела.[18][19] ТРЕНЕР предсказывает несколько лиганд привязка домены связана с кальций через PRR30. Кальций с максимальной достоверностью связывающий домен находится в зоне наибольшего сохранения.[20][21]

Выражение

Профили NCBI EST показали разницу выражение во многих тканях, но повышенные уровни у человека яички и глотка.[22]

Гомология

PRR30 является эксклюзивным для млекопитающие но не у всех млекопитающих. PRR30 высоко консервативен в Приматы но показывает потерю гена у членов Грызунов и Лавразиатерия.[23] Самый далекий известный ортолог PRR30 обнаружен в С. harrisii, Тасманский дьявол. Ген PRR30, по-видимому, развивается относительно быстро.[24]

Сравнение эволюционных историй между Цитохром с (серый), Фибриноген (оранжевый) и PRR30 (синий).[25]

Паралоги

Нет известных паралоги для PRR30.[26]

Ортологи

Род и виды[27]Идентичность последовательности[27]Дата расхождения (MYA)[27]Длина последовательности[27]
Homo sapiens100%0412
Пан панискус99%6.4412
Пан троглодит99%6.4412
Pongo abelii93%15.2413
Nomascus leucogenys94%19.43412
Горилла берингей96%8.61412
Macaca fascicularis93%28.1412
Папио анубис93%28.1412
Макака неместрина93%28.1412
Acinonyx jubatus66%94394
Bos taurus65%94396
Bos indicus65%94396
Heterocephalus glaber57%88373
Cavia porcellus54%88391
Octodon degus61%88402
Mus musculus52%88399
Эхинопс телфаири61%102313
Erinaceus europaeus57%94375
Тупая китайская68%85410
Sorex araneus59%94298
Элефантулус Эдварда51%102286
Rhinolophus sinicus68%94359
Miniopterus natalensis63%94396
Myotis brandtii64%94239
Sarcophilus harrisii57%160376
  • Этот список не является исчерпывающим

Клиническое значение

Из исследования нейрофиброматоза этот график показывает, что пациенты, страдающие Нейрофиброматоз 1 типа вероятно, будет дополнительная копия C2orf53.[28]

В недавнем исследовании 2015 г. изменение количества копий гена PRR30 был связан с увеличением риска нейрофиброматоз. 78% пациентов с кожными нейрофибромами, ассоциированными с типом 1, несли дополнительную копию гена PRR30. Не было описано механизма, освещающего корреляцию.[28]

Рекомендации

  1. ^ Lamesch, P; Ли, Н; Мильштейн, S; Вентилятор, C; Хао, Т; Сабо, G; Ху, Z; Венкатесан, К; Вефиль, G; Мартин, П.; Роджерс, Дж; Лоулор, S; McLaren, S; Дрико, А; Борик, Н; Cusick, ME; Vandenhaute, J; Данхэм, я; Hill, DE; Видаль, М. (март 2007 г.). «hORFeome v3.1: ресурс человеческих открытых рамок считывания, представляющий более 10 000 человеческих генов». Геномика. 89 (3): 307–15. Дои:10.1016 / j.ygeno.2006.11.012. ЧВК  4647941. PMID  17207965.
  2. ^ 7. NCBI (Национальный центр биотехнологической информации) запись о PRR30 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/148236530
  3. ^ «PRR30, богатый пролином 30 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-05-04.
  4. ^ «Genomatix: браузер Genomatix Genome». www.genomatix.de. Получено 2017-04-27.
  5. ^ Brendel, V .; Bucher, P .; Нурбахш, И. Р .; Blaisdell, B.E .; Карлин, С. (1992). «Методы и алгоритмы статистического анализа белковых последовательностей». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 89 (6): 2002–2006. Bibcode:1992PNAS ... 89.2002B. Дои:10.1073 / пнас.89.6.2002. ЧВК  48584. PMID  1549558.
  6. ^ Фолькер Брендель, Факультет математики Стэнфордского университета, Стэнфорд Калифорния 94305, США, с изменениями; любые ошибки связаны с модификацией.[требуется разъяснение ]
  7. ^ Thompson, J.D .; Higgins, D.G .; Гибсон, Т. (1994). «CLUSTAL W: повышение чувствительности прогрессивного множественного выравнивания последовательностей за счет взвешивания последовательностей, штрафов за пропуски в зависимости от позиции и выбора весовой матрицы». Нуклеиновые кислоты Res. 22 (22): 4673–4680. Дои:10.1093 / nar / 22.22.4673. ЧВК  308517. PMID  7984417.
  8. ^ а б Рост, Буркхард. «PredictProtein - анализ белковой последовательности, прогноз структурных и функциональных характеристик». www.predictprotein.org. Получено 2017-04-28.
  9. ^ ла Кур, Таня; Кимер, Ларс; Мёльгаард, Энн; Гупта, Рамнек; Скривер, Карен; Брунак, Сорен (2004). «Анализ и прогнозирование сигналов ядерного экспорта, богатого лейцином». Protein Eng. Des. Sel. 17 (6): 527–36. Дои:10.1093 / белок / gzh062. PMID  15314210.
  10. ^ Orchard, S .; Ammari, M .; Aranda, B .; Breuza, L .; Briganti, L .; Broackes-Carter, F .; Кэмпбелл, Н. Х .; Chavali, G .; Chen, C .; Del-Toro, N .; Duesbury, M .; Dumousseau, M .; Galeota, E .; Hinz, U .; Iannuccelli, M .; Jagannathan, S .; Jimenez, R .; Khadake, J .; Lagreid, A .; Licata, L .; Lovering, R.C .; Meldal, B .; Melidoni, A.N .; Milagros, M .; Peluso, D .; Perfetto, L .; Porras, P .; Рагхунатх, А .; Ricard-Blum, S .; и другие. (2013). «Проект MIntAct - IntAct как общая платформа для 11 баз данных молекулярных взаимодействий». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (Проблема с базой данных): D358 – D363. Дои:10.1093 / нар / gkt1115. ЧВК  3965093. PMID  24234451.
  11. ^ Blom, N .; Sicheritz-Pontén, T .; Gupta, R .; Gammeltoft, S .; Брунак, С. (2004). «Прогнозирование посттрансляционного гликозилирования и фосфорилирования белков по аминокислотной последовательности». Протеомика. 4 (6): 1633–1649. Дои:10.1002 / pmic.200300771. PMID  15174133.
  12. ^ Blom, N .; Gammeltoft, S .; Брунак, С. (1999). «Последовательность и предсказание на основе структуры сайтов фосфорилирования эукариотических белков». Журнал молекулярной биологии. 294 (5): 1351–1362. Дои:10.1006 / jmbi.1999.3310. PMID  10600390.
  13. ^ Прогнозирование сайтов N-гликозилирования в белках человека. Р. Гупта, Э. Юнг и С. Брунак. В стадии подготовки, 2004 г.
  14. ^ Кастро, Эдуард де. "ПРОСТА". prosite.expasy.org. Получено 2017-05-04.
  15. ^ а б Чжан, Ян (2008). «Сервер I-TASSER для предсказания трехмерной структуры белков». BMC Bioinformatics. 9: 40. Дои:10.1186/1471-2105-9-40. ЧВК  2245901. PMID  18215316.
  16. ^ Келли, штат Луизиана; и другие. (2015). «Веб-портал Phyre2 для моделирования, прогнозирования и анализа белков». Протоколы природы. 10 (6): 845–858. Дои:10.1038 / nprot.2015.053. ЧВК  5298202. PMID  25950237.
  17. ^ Дункер, А. К .; Lawson, J.D .; Brown, C.J .; Williams, R.M .; Ромеро, П; О, J. S .; Oldfield, C.J .; Campen, A.M .; Ratliff, C.M .; Hipps, K.W .; Ausio, J; Nissen, M. S .; Ривз, Р.; Канг, С; Kissinger, C.R .; Bailey, R.W .; Griswold, M.D .; Чиу, Вт; Гарнер, Э. С .; Обрадович, З (2001). «Внутренне неупорядоченный белок». Журнал молекулярной графики и моделирования. 19 (1): 26–59. Дои:10.1016 / с1093-3263 (00) 00138-8. PMID  11381529.
  18. ^ Wong, R. S .; Бенник, А. (1980). «Первичная структура кальцийсвязывающего богатого пролином фосфопротеина (протеина С) слюны, возможного предшественника родственного протеина А слюны». Журнал биологической химии. 255 (12): 5943–5948. PMID  7380845.
  19. ^ Бенник, А (1982). «Протеины слюны, богатые пролином». Молекулярная и клеточная биохимия. 45 (2): 83–99. Дои:10.1007 / bf00223503. PMID  6810092. S2CID  31373141.
  20. ^ Yang, J .; Рой, А .; Чжан, Ю. (2012). «BioLiP: полуавтоматическая база данных для биологически значимых взаимодействий лиганд-белок». Исследования нуклеиновых кислот. 41 (Проблема с базой данных): D1096 – D1103. Дои:10.1093 / нар / gks966. ЧВК  3531193. PMID  23087378.
  21. ^ Yang, J .; Рой, А .; Чжан, Ю. (2013). «Распознавание сайта связывания белок-лиганд с использованием комплементарного сравнения специфичных для связывания субструктур и выравнивания профиля последовательности». Биоинформатика (Оксфорд, Англия). 29 (20): 2588–95. Дои:10.1093 / биоинформатика / btt447. ЧВК  3789548. PMID  23975762.
  22. ^ Группа, Шулер. "Профиль EST - HS.136555". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-05-04.
  23. ^ «Ген: PRR30 (ENSG00000186143) - Дерево усиления / потери генов - Homo sapiens - Браузер генома ансамбля 88». www.ensembl.org. Получено 2017-05-06.
  24. ^ "Поиск ортолога | cegg.unige.ch Computational Evolutionary Genomics Group". www.orthodb.org. Получено 2017-05-06.
  25. ^ «Ген: PRR30 (ENSG00000186143) - Генное дерево - Homo sapiens - Браузер генома ансамбля 88». www.ensembl.org. Получено 2017-05-06.
  26. ^ База данных, генокарты Human Gene. "Ген PRR30 - Генные карты | Белок PRR30 | Антитело PRR30". www.genecards.org. Получено 2017-04-27.
  27. ^ а б c d Altschul, S.F .; Gish, W .; Miller, W .; Myers, E.W .; Липман, Д.Дж. (1990). «Базовый инструмент поиска локального выравнивания». J. Mol. Биол. 215 (3): 403–410. Дои:10.1006 / jmbi.1990.9999. PMID  2231712.
  28. ^ а б Asai, A .; Karnan, S .; Ота, А .; Takahashi, M .; Damdindorj, L .; Konishi, Y .; Хосокава, Ю. (2015). «Сравнительный анализ геномной гибридизации с высоким разрешением 400К олигонуклеотидных массивов нейрофиброматозных кожных нейрофибром, связанных с нейрофиброматозом 1 типа». Ген. 558 (2): 220–226. Дои:10.1016 / j.gene.2014.12.064. PMID  25562418.