РНК-Helicase A - Википедия - RNA Helicase A

DHX9
Доступные конструкции
PDB	Поиск ортолога: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	3LLM, 3VYX, 3VYY
Идентификаторы
Псевдонимы	DHX9, DDX9, LKP, NDH2, NDHII, RHA, РНК-геликаза A, DEAH-бокс-геликаза 9, DExH-бокс-геликаза 9
Внешние идентификаторы	OMIM: 603115 MGI: 108177 ГомолоГен: 1039 Генные карты: DHX9
Расположение гена (человек)
Chr.	Хромосома 1 (человек)
Конец	182,887,982 бп
Расположение гена (Мышь)
Chr.	Хромосома 1 (мышь)
Конец	153,487,660 бп
Экспрессия РНК шаблон
	; ; ; ;
	Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция	• РНК-геликазная активность; • связывание нуклеотидов; • GO: 0008026 геликазная активность; • Связывание фактора транскрипции РНК-полимеразы II; • GO: 0001948 связывание с белками; • связывание нуклеиновой кислоты; • гидролазная активность; • Связывание РНК; • Связывание ДНК; • связывание одноцепочечной ДНК; • связывание двухцепочечной РНК; • связывание одноцепочечной РНК; • нуклеозид-трифосфатазная активность; • связывание хроматина с ДНК; • GO: 0033681 3'-5 'ДНК / РНК-геликазная активность; • GO: 0034459 3'-5 'РНК-геликазная активность; • связывание триплексной ДНК; • активность нуклеозид-трифосфатдифосфатазы; • Связывание с белками семейства импортин-альфа; • одноцепочечная ДНК-зависимая АТФ-зависимая 3'-5'-ДНК-геликазная активность; • связывание миРНК; • связывание мРНК; • Связывание стебель-петля РНК; • полисомное связывание; • промотор-специфическое связывание хроматина; • Связывание ядра РНК-полимеразы II; • регуляторная область связывания РНК; • GO: 0001104 активность корегулятора транскрипции; • GO: 0001105 активность коактиватора транскрипции; • Связывание с ориджином репликации ДНК; • связывание двухцепочечной ДНК; • GO: 0004003 ДНК-геликазная активность; • Связывание АТФ; • АТФазная активность; • Связывание РНК-полимеразы; • GO: 0043140 3'-5 'ДНК-геликазная активность; • Привязка комплекса RISC; • Последовательно-специфическое связывание мРНК; • связывание ионов металлов; • GO: 0000980 Связывание ДНК, специфичное для последовательности цис-регуляторной области РНК-полимеразы II;
Сотовый компонент	• CRD-опосредованный комплекс стабильности мРНК; • цитозоль; • центросома; • мембрана; • цитоплазматическая гранула рибонуклеопротеина; • ядро клетки; • ядрышко; • перихроматиновые фибриллы; • цитоплазма; • гранула ядерного стресса; • ядерное тело; • полисомальная рибосома; • полисом; • актиновый цитоскелет; • RISC-погрузочный комплекс; • нуклеоплазма; • центр организации микротрубочек; • цитоскелет; • макромолекулярный комплекс; • рибонуклеопротеин;
Биологический процесс	• CRD-опосредованная стабилизация мРНК; • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы; • Обработка РНК; • ритмический процесс; • локализация белка в цитоплазматической стрессовой грануле; • дифференцировка остеобластов; • положительное регулирование выработки интерферона I типа; • Раскрутка вторичной структуры РНК; • положительное регулирование репарации ДНК; • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II; • положительная регуляция ответа на цитокиновый стимул; • клеточный ответ на экзогенную дцРНК; • альтернативный сплайсинг мРНК через сплайсосомы; • ДНК-шаблонная вирусная транскрипция; • положительная регуляция вирусной транскрипции; • положительное регулирование вирусной трансляции; • положительная регуляция цитоплазматической трансляции; • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II; • Раскрутка дуплекса ДНК; • положительная регуляция репликации ДНК; • положительное регулирование пролиферации фибробластов; • регуляция обработки мРНК; • положительная регуляция активности фактора транскрипции NF-kappaB; • клеточный ответ на фактор некроза опухоли; • положительная регуляция активности ДНК-топоизомеразы (АТФ-гидролизирующая); • регуляция цитоплазматической трансляции; • нацеливание мРНК на разрушение, участвующее в интерференции РНК; • положительное регулирование выработки интерлейкина-18; • G-квадруплексное раскручивание ДНК; • положительная регуляция врожденного иммунного ответа; • положительная регуляция экспорта РНК из ядра; • регулирование защитного ответа на вирус со стороны хозяина; • положительная регуляция воспалительного ответа; • пироптоз; • загрузка малых РНК на RISC; • положительное регулирование связывания полисома; • положительная регуляция сайленсинга генов с помощью miRNA; • иммунная система; • Репликация ДНК; • транскрипция, ДНК-шаблон; • ДНК-шаблонная транскрипция, терминация; • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон; • обработка мРНК; • регулирование перевода; • транспорт; • воспалительная реакция; • Сплайсинг РНК; • подавление гена с помощью РНК; • врожденная иммунная система; • транспорт мРНК;
	Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
	1660
	13211
	ENSG00000135829
	ENSMUSG00000042699
	Q08211
	O70133
	NM_001357; NM_030588
	NM_007842
	NP_001348
	NP_031868
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека	Просмотр / редактирование мыши

АТФ-зависимая РНК-геликаза А (RHA; также известный как DHX9, LKP и NDHI) является фермент что у людей кодируется DHX9 ген.^[5]^[6]^[7]

Функция

Геликалы DEAD / DEAH box белки и предполагаемые РНК геликасы. Они участвуют в ряде клеточных процессов, включающих изменение вторичной структуры РНК, таких как инициация трансляции, ядерный и митохондриальный сплайсинг, а также сборка рибосом и сплайсосом. Основываясь на паттернах их распространения, считается, что некоторые члены этого семейства участвуют в эмбриогенезе, сперматогенезе, а также росте и делении клеток. Этот ген кодирует DEAD-бокс-белок с РНК-геликазной активностью. Он может участвовать в плавлении гибридов ДНК: РНК, таких как те, которые возникают во время транскрипции, и может играть роль в экспрессии X-сцепленного гена. Он содержит 2 копии двухцепочечного РНК-связывающего домена, сердцевинный домен DEXH и блок RGG. РНК-связывающие домены и RGG-бокс влияют и регулируют активность РНК-геликазы.^[7]В DHX9 ген находится на длинная рука q из хромосома 1.

Взаимодействия

DHX9 был показан взаимодействовать с:

дальнейшее чтение

Ли CG, Hurwitz J (март 1992 г.). «Новая РНК-геликаза, выделенная из клеток HeLa, которая каталитически перемещается в направлении от 3 'до 5'». Журнал биологической химии. 267 (7): 4398–407. PMID 1537828.
Ли К.Г., Заморе П.Д., Грин М.Р., Гурвиц Дж. (Июнь 1993 г.). «Активность отжига РНК внутренне связана с U2AF». Журнал биологической химии. 268 (18): 13472–8. PMID 7685763.
Абдельхалим М.М., Хамид С., Классен Д., Гринберг А.Х. (март 1996 г.). «Лейкофизин: молекула, родственная РНК-геликазе А, идентифицированная в цитотоксических Т-клеточных гранулах и везикулах». Журнал иммунологии. 156 (6): 2026–35. PMID 8690889.
Накадзима Т., Учида К., Андерсон С.Ф., Ли К.Г., Гурвиц Дж., Парвин Д.Д., Монтмини М. (сентябрь 1997 г.). «РНК-геликаза А опосредует ассоциацию CBP с РНК-полимеразой II». Клетка. 90 (6): 1107–12. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 80376-1. PMID 9323138.
Loor G, Zhang SJ, Zhang P, Toomey NL, Lee MY (декабрь 1997 г.). «Идентификация белков репликации ДНК и клеточного цикла, которые взаимодействуют с PCNA». Исследования нуклеиновых кислот. 25 (24): 5041–6. Дои:10.1093 / nar / 25.24.5041. ЧВК 147130. PMID 9396813.
Ли CG, Eki T, Okumura K, da Costa Soares V, Hurwitz J (февраль 1998 г.). «Молекулярный анализ кДНК и геномной ДНК, кодирующей мышиную РНК-геликазу А». Геномика. 47 (3): 365–71. Дои:10.1006 / geno.1997.5139. PMID 9480750.
Андерсон С.Ф., Шлегель Б.П., Накадзима Т., Вулпин Е.С., Парвин Д.Д. (июль 1998 г.). «Белок BRCA1 связан с холоферментным комплексом РНК-полимеразы II через РНК-геликазу А». Природа Генетика. 19 (3): 254–6. Дои:10.1038/930. PMID 9662397.
Ли К.Г., да Коста Соарес В., Ньюбергер К., Манова К., Лейси Е., Гурвиц Дж. (Ноябрь 1998 г.). «РНК-геликаза A необходима для нормальной гаструляции». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 95 (23): 13709–13. Дои:10.1073 / пнас.95.23.13709. ЧВК 24884. PMID 9811865.
Ли Дж., Тан Х, Маллен Т.М., Вестберг К., Редди Т.Р., Роуз Д.В., Вонг-Стаал Ф. (январь 1999 г.). «Роль РНК-геликазы А в посттранскрипционной регуляции ВИЧ 1 типа». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 96 (2): 709–14. Дои:10.1073 / pnas.96.2.709. ЧВК 15201. PMID 9892698.
Тан Х., Макдональд Д., Мидлсворт Т., Хоуп Т.Дж., Вонг-Стаал Ф. (май 1999 г.). «Карбоксильный конец РНК-геликазы А содержит двунаправленный ядерный транспортный домен». Молекулярная и клеточная биология. 19 (5): 3540–50. Дои:10.1128 / mcb.19.5.3540. ЧВК 84146. PMID 10207077.
Вестберг К., Ян Дж. П., Тан Х, Редди Т. Р., Вонг-Стаал Ф (июль 2000 г.). «Новый белок-челнок связывается с РНК-геликазой А и активирует конститутивный транспортный элемент ретровируса». Журнал биологической химии. 275 (28): 21396–401. Дои:10.1074 / jbc.M909887199. PMID 10748171.
Тан Х, Вонг-Стаал Ф (октябрь 2000 г.). «Специфическое взаимодействие между РНК-геликазой А и Tap, двумя клеточными белками, которые связываются с конститутивным транспортным элементом ретровируса типа D». Журнал биологической химии. 275 (42): 32694–700. Дои:10.1074 / jbc.M003933200. PMID 10924507.
Ли CG, Eki T, Okumura K, Nogami M, Soares Vda C, Murakami Y, Hanaoka F, Hurwitz J (январь 1999 г.). «Ген РНК-геликазы A человека (DDX9) отображается в локусе восприимчивости к раку простаты на полосе хромосомы 1q25 и его псевдоген (DDX9P) - на 13q22, соответственно». Соматическая клетка и молекулярная генетика. 25 (1): 33–9. Дои:10.1023 / B: SCAM.0000007138.44216.3a. PMID 10925702.
Reddy TR, Tang H, Xu W., Wong-Staal F (июль 2000 г.). «Sam68, РНК-геликаза A и Tap взаимодействуют в посттранскрипционной регуляции вируса иммунодефицита человека и мРНК ретровируса типа D». Онкоген. 19 (32): 3570–5. Дои:10.1038 / sj.onc.1203676. PMID 10951562.
Пеллиццони Л., Шарру Б., Раппсилбер Дж., Манн М., Дрейфус Г. (январь 2001 г.). «Функциональное взаимодействие между комплексом выживания мотонейрона и РНК-полимеразой II». Журнал клеточной биологии. 152 (1): 75–85. Дои:10.1083 / jcb.152.1.75. ЧВК 2193649. PMID 11149922.
Такасаки Ю., Когуре Т., Такеучи К., Канеда К., Яно Т., Хирокава К., Хиросе С., Шираи Т., Хашимото Н. (апрель 2001 г.). «Реактивность мышиных моноклональных антител против ядерного антигена пролиферирующих клеток (PCNA) и человеческих аутоантител к мультибелковым комплексам PCNA, участвующим в пролиферации клеток». Журнал иммунологии. 166 (7): 4780–7. Дои:10.4049 / jimmunol.166.7.4780. PMID 11254741.
Ян Дж. П., Тан Х, Редди Т. Р., Вонг-Стаал Ф (август 2001 г.). «Картирование функциональных доменов HAP95, белка, который связывает РНК-геликазу A и активирует конститутивный транспортный элемент ретровирусов типа D». Журнал биологической химии. 276 (33): 30694–700. Дои:10.1074 / jbc.M102809200. PMID 11402034.
Аратани С., Фуджи Р., Оиси Т., Фудзита Х., Амано Т., Охшима Т., Хагивара М., Фукамизу А., Накадзима Т. (июль 2001 г.). «Двойная роль РНК-геликазы А в CREB-зависимой транскрипции». Молекулярная и клеточная биология. 21 (14): 4460–9. Дои:10.1128 / MCB.21.14.4460-4469.2001. ЧВК 87106. PMID 11416126.

[refGRCh38Ensembl-1] а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000135829 - Ансамбль, Май 2017

[refGRCm38Ensembl-2] а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000042699 - Ансамбль, Май 2017

[3] "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[4] "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[pmid8344961-5] Ли К.Г., Гурвиц Дж. (Август 1993 г.). «Человеческая РНК-геликаза А гомологична белку без самцов дрозофилы». Журнал биологической химии. 268 (22): 16822–30. PMID 8344961.

[pmid9111062-6] Zhang S, Grosse F (апрель 1997 г.). «Доменная структура ядерной ДНК-геликазы II человека (РНК-геликазы А)». Журнал биологической химии. 272 (17): 11487–94. Дои:10.1074 / jbc.272.17.11487. PMID 9111062.

[entrez-7] а ^б "Ген Entrez: полипептид 9 DHX9 DEAH (Asp-Glu-Ala-His)".

[pmid11402034-8] Ян Дж. П., Тан Х, Редди Т. Р., Вонг-Стаал Ф (август 2001 г.). «Картирование функциональных доменов HAP95, белка, который связывает РНК-геликазу A и активирует конститутивный транспортный элемент ретровирусов типа D». Журнал биологической химии. 276 (33): 30694–700. Дои:10.1074 / jbc.M102809200. PMID 11402034.

[pmid10748171-9] Вестберг К., Ян Дж. П., Тан Х, Редди Т. Р., Вонг-Стаал Ф (июль 2000 г.). «Новый белок-челнок связывается с РНК-геликазой А и активирует конститутивный транспортный элемент ретровируса». Журнал биологической химии. 275 (28): 21396–401. Дои:10.1074 / jbc.M909887199. PMID 10748171.

[pmid12592385-10] Шлегель Б. П., Старита Л. М., Парвин Д. Д. (февраль 2003 г.). «Сверхэкспрессия белкового фрагмента РНК-геликазы А вызывает ингибирование эндогенной функции BRCA1 и дефекты плоидности и цитокинеза в эпителиальных клетках молочной железы». Онкоген. 22 (7): 983–91. Дои:10.1038 / sj.onc.1206195. PMID 12592385.

[pmid9662397-11] Андерсон С.Ф., Шлегель Б.П., Накадзима Т., Вулпин Е.С., Парвин Д.Д. (июль 1998 г.). «Белок BRCA1 связан с холоферментным комплексом РНК-полимеразы II через РНК-геликазу А». Природа Генетика. 19 (3): 254–6. Дои:10.1038/930. PMID 9662397.

[pmid18005418-12] Уилсон BJ, Giguère V (ноябрь 2007 г.). «Идентификация новых партнеров пути геликаз РНК p68 и p72 с помощью метаанализа Oncomine». BMC Genomics. 8: 419. Дои:10.1186/1471-2164-8-419. ЧВК 3225811. PMID 18005418.

[pmid10951562-13] Reddy TR, Tang H, Xu W., Wong-Staal F (июль 2000 г.). «Sam68, РНК-геликаза A и Tap взаимодействуют в посттранскрипционной регуляции вируса иммунодефицита человека и мРНК ретровируса типа D». Онкоген. 19 (32): 3570–5. Дои:10.1038 / sj.onc.1203676. PMID 10951562.

[pmid12665568-14] Fujita H, Fujii R, Aratani S, Amano T, Fukamizu A, Nakajima T. (апрель 2003 г.). «Антитетические эффекты MBD2a на регуляцию генов». Молекулярная и клеточная биология. 23 (8): 2645–57. Дои:10.1128 / mcb.23.8.2645-2657.2003. ЧВК 152551. PMID 12665568.

[pmid10924507-15] Тан Х, Вонг-Стаал Ф (октябрь 2000 г.). «Специфическое взаимодействие между РНК-геликазой А и Tap, двумя клеточными белками, которые связываются с конститутивным транспортным элементом ретровируса типа D». Журнал биологической химии. 275 (42): 32694–700. Дои:10.1074 / jbc.M003933200. PMID 10924507.

[pmid15084609-16] Смит В.А., Шуртер Б.Т., Вонг-Стаал Ф., Дэвид М. (май 2004 г.). «Метилирование аргинина РНК-геликазы А определяет ее внутриклеточную локализацию». Журнал биологической химии. 279 (22): 22795–8. Дои:10.1074 / jbc.C300512200. PMID 15084609.

[pmid15355351-17] Тецука Т., Ураниши Х., Санда Т., Асамицу К., Ян Дж. П., Вонг-Стаал Ф., Окамото Т. (сентябрь 2004 г.). «РНК-геликаза A взаимодействует с ядерным фактором kappaB p65 и функционирует как транскрипционный коактиватор». Европейский журнал биохимии / FEBS. 271 (18): 3741–51. Дои:10.1111 / j.1432-1033.2004.04314.x. PMID 15355351.

[pmid11149922-18] Пеллиццони Л., Шарру Б., Раппсилбер Дж., Манн М., Дрейфус Г. (январь 2001 г.). «Функциональное взаимодействие между комплексом выживания мотонейрона и РНК-полимеразой II». Журнал клеточной биологии. 152 (1): 75–85. Дои:10.1083 / jcb.152.1.75. ЧВК 2193649. PMID 11149922.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

РНК-Helicase A - Википедия - RNA Helicase A

Содержание

Функция

Взаимодействия

Рекомендации

дальнейшее чтение