Рея (трубопровод) - Rhea (pipeline)

Рея
Рея Logo.png
Разработчики)Илиас Лагкувардос, Сандра Фишер, Нирадж Кумар, Томас Клавель
изначальный выпуск16 ноября 2016 г. (2016-11-16)
Стабильный выпуск
1.1.0
Написано вр
Операционная системаWindows, macOS, Ubuntu, Fedora, Red Hat Linux, openSUSE
ЛицензияЛицензия MIT
Интернет сайтhttps://lagkouvardos.github.io/Rhea/

Рея[1] это биоинформатический конвейер написано в R язык для анализа микробных профилей. Он был выпущен в конце 2016 года и общедоступен через GitHub репозиторий.[2]

Начиная с Оперативная таксономическая единица (OTU) конвейер содержит скрипты, которые выполняют следующие общие аналитические шаги:

  1. Нормализация таблицы OTU
  2. Расчет альфа-разнообразие для каждого образца
  3. Расчет бета-разнообразие и визуализация результатов с PCoA
  4. Таксономическое объединение
  5. Статистическое тестирование
  6. Корреляционный анализ

Название Рея в первую очередь было дано трубопроводу как фонетическая и визуальная ссылка на р язык, используемый в процессе разработки. Более того, как указано в оригинальной публикации,[1] название было выбрано, чтобы отразить текущую и развивающуюся природу сценариев, поскольку «поток» является одной из предполагаемых этимологий имени мифологической богини. Рея.

Рекомендации

  1. ^ а б Лагкувардос, Илиас; Фишер, Сандра; Кумар, Нирадж; Клавель, Томас (11 января 2017 г.). «Рея: прозрачный и модульный R-конвейер для микробного профилирования на основе ампликонов гена 16S рРНК». PeerJ. 5: e2836. Дои:10.7717 / peerj.2836. ЧВК  5234437.
  2. ^ "Рея Лагкувардоса". lagkouvardos.github.io.