Lumi (программное обеспечение) - Lumi (software)

люми это свободный, Открытый исходный код и проект программного обеспечения открытой разработки для анализа и понимания Иллюмина данные микрочипов экспрессии и метилирования. Проект был запущен летом 2006 года и был направлен на предоставление алгоритмов и инструментов управления данными Illumina в рамках Биокондуктор. Он основан на статистический Язык программирования R.

Функции

В люми Пакет предоставляет конвейер анализа данных микроматрицы Illumina экспрессии и метилирования на уровне зонда, включая управление идентификаторами зонда (nuID ), обновленное картирование и аннотация от зонда к генам с использованием последней версии RefSeq (nuIDblast), преобразование интенсивности зонда (VST) и нормализация (RSN), контроль качества (QA / QC) и методы предварительной обработки, специфичные для данных метилирования Illumina. Расширяя объект ExprSet специфическими функциями Illumina, люми разработан для работы с другими пакетами Bioconductor, такими как Limma и GOstats, для обнаружения дифференциальных генов и проведения анализа онтологии генов.

История

В люми проект был запущен летом 2006 года в основном центре биоинформатики Онкологического центра Роберта Х. Лурье, Северо-Западный университет. Изначально люми был разработан для анализа данных Illumina Expression BeadArray. Начиная с 2010 года (версия> 2.0) добавлены функции анализа данных микрочипа метилирования Illumina. Команда проекта состоит из докторов. Пан Ду, Саймон М. Лин и Уоррен А. Киббе. Проект был запущен по запросу о сотрудничестве от Д-р Сердар Э. Булун проанализировать набор новых данных микроматрицы Illumina, полученных в его лаборатории, по изучению влияния ретиноевой кислоты на рак. Д-р Пан Ду руководил разработкой программного обеспечения проекта. люми был первым программным пакетом, использовавшим уникальный дизайн избыточности beadArrays для процессов преобразования и нормализации данных. Первый выпуск люми 3 января 2007 г. Биокондуктор интернет сайт. Перед официальным выпуском он прошел бета-тестирование в Норвежской радиобольнице, Медицинском центре Лейденского университета, Университете Амстердама, Университете студий в Брешии, Калифорнийском университете в Дэвисе, Государственном университете Уэйна, Национальном институте здравоохранения, онкологическом центре Андерсона, Университет Кейс Вестерн Резерв, Гарвардский университет. , Вашингтонский университет и Институт медицинских исследований Уолтера и Элизы Холл.

Смотрите также

• Биокондуктор, интегрированное программное обеспечение для статистического анализа влажных лабораторных данных в молекулярной биологии
• Illumina Inc. и его технология beadArray

внешняя ссылка

• люми сайт выпуска программного обеспечения
• Старый люми Интернет сайт
• Официальный веб-сайт Bioconductor