Палочковидный вирус Sulfolobus islandicus 2 - Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 2

Палочковидный вирус Sulfolobus islandicus 2
Классификация вирусов е
(без рейтинга):Вирус
Царство:incertae sedis
Королевство:incertae sedis
Тип:incertae sedis
Класс:incertae sedis
Порядок:Ligamenvirales
Семья:Rudiviridae
Род:Рудивирус
Виды:Палочковидный вирус Sulfolobus islandicus 2

Sulfolobus islandicus палочковидный вирус 2, также называемый SIRV2, является археальный вирус тот, чей единственный известный хозяин - архея Sulfolobus islandicus. Этот вирус принадлежит к семейству Rudiviridae.[1] Как и другие вирусы в семье Rudiviridae, это обычное явление в геотермальной среде.[1]

Биология и биохимия

SIRV2 имеет линейный геном двухцепочечной ДНК. Вирусный ДНК реплицируется на 4 хоста ДНК-полимеразы: Dpo1 через Dpo4.[1]

Вирус имеет палочковидную морфологию шириной 23 нанометры (нм) и длиной 900 нм. На обоих концах вируса наблюдались три концевых волокна длиной 28 нм.[2] Концевые волокна опосредуют прикрепление вируса к пили типа 4, в большом количестве присутствующие на поверхности клетки-хозяина.[3][4]

SIRV2 может выдержать добавление 6 моляр (M) мочевина, абсолютный этиловый спирт, октанол-2, и 0,1% Тритон Х-100 в нейтральном pH и 25 градусов Цельсия.[2] Тестирование in vitro показало, что SIRV2 все еще способен инфицировать при 70–80 градусах Цельсия и в растворе с pH 3.[5]

SIRV2gp19 оказался одноцепочечной ДНК. эндонуклеаза в 2011 году. Это было доказано путем индукции мутации в белке SIRVgp19 Motif II из аминокислоты аспартат к аланин что привело к потере нуклеаза Мероприятия. Этот белок функционален в пределах pH 7-10. Хлорид магния оказался кофактор к этому белку в 1971 г.[6][5] Натрия хлорид концентрации выше 100 мМ подавляют SIRV2gp19.[5]

Структура

Трехмерная реконструкция вириона SIRV2 с разрешением ~ 4 ангстрем была получена с помощью криоэлектронной микроскопии.[7] Структура выявила ранее неизвестную форму организации вириона, при которой основной белок капсида альфа-спирали SIRV2 оборачивается вокруг ДНК, делая ее недоступной для растворителя. Было обнаружено, что вирусная ДНК полностью находится в А-форме, что предполагает общий механизм защиты ДНК в самых неблагоприятных условиях с бактериальными спорами.

использованная литература

  1. ^ а б c Мартинес-Альварес, Лаура; Дэн, Линг; Пэн, Сюй (2017-04-19). «Формирование вирусного фокуса репликации в клетках Sulfolobus, инфицированных палочковидным вирусом Rudivirus Sulfolobus islandicus 2». Журнал вирусологии. 91 (13). Дои:10.1128 / jvi.00486-17. ISSN  0022-538X. ЧВК  5469267. PMID  28424282.
  2. ^ а б Прангишвили, В .; Арнольд, Д .; Götz, H.P .; Ziese, D .; Holz, U .; Кристьянссон, I .; Зиллиг, Дж. К. (1999). «Новое семейство вирусов Rudiviridae: структура, взаимодействие вируса с хозяином и вариабельность генома вирусов SIRV1 и SIRV2». Генетика. 152 (4): 1387–96. OCLC  678661646. ЧВК  1460677. PMID  10430569.
  3. ^ Quemin, ER; Лукас, S; Даум, Б; Quax, TE; Кюльбрандт, Вт; Forterre, P; Альберс, SV; Прангишвили, Д; Крупович, М (2013). «Первые сведения о процессе проникновения гипертермофильных вирусов архей». Журнал вирусологии. 87 (24): 13379–85. Дои:10.1128 / JVI.02742-13. ЧВК  3838266. PMID  24089554.
  4. ^ Ванга, Ф; Цвиркайте-Крупович, В; Кройцбергер, МАБ; Вс, З; де Оливейра, GAP; Осинский, Т; Шерман, Н; DiMaio, F; Wall, JS; Прангишвили, Д; Крупович, М; Эгельман, EH (2019). «Экстенсивно гликозилированный пильс архей выживает в экстремальных условиях». Природная микробиология. 4 (8): 1401–1410. Дои:10.1038 / с41564-019-0458-х. ЧВК  6656605. PMID  31110358.
  5. ^ а б c Гарднер, Эндрю Ф .; Прангишвили, Давид; Джек, Уильям Э. (11.06.2011). «Характеристика палочковидного вируса 2 gp19 Sulfolobus islandicus, однонитевой специфической эндонуклеазы». Экстремофилов. 15 (5): 619–624. Дои:10.1007 / s00792-011-0385-0. ISSN  1431-0651. ЧВК  3158340. PMID  21667093.
  6. ^ Кушнер, С. Р .; Nagaishi, H .; Templin, A .; Кларк, А. Дж. (1971-04-01). «Генетическая рекомбинация в Escherichia coli: роль экзонуклеазы I». Труды Национальной академии наук. 68 (4): 824–827. Bibcode:1971ПНАС ... 68..824К. Дои:10.1073 / pnas.68.4.824. ISSN  0027-8424. ЧВК  389052. PMID  4927675.
  7. ^ DiMaio, F; Ю, Х; Rensen, E; Крупович, М; Прангишвили, Д; Эгельман, EH (2015). «Вирусология. Вирус, поражающий гипертермофил, инкапсидирует ДНК А-формы». Наука. 348 (6237): 914–7. Дои:10.1126 / science.aaa4181. ЧВК  5512286. PMID  25999507.