TMCO4 - TMCO4

Трансмембранные и спиральные домены 4, TMCO4, представляет собой белок у людей, который кодируется геном TMCO4. В настоящее время его функция четко не определена. Предполагается, что это трансмембранный белок трижды пересекает мембрану эндоплазматического ретикулума. TMCO4 взаимодействует с другими белками, которые, как известно, играют роль в развитии рака, что указывает на возможную роль в заболевании раком.

Ген

Расположение TMCO4 на хромосоме 1.[1]

TMCO4 расположен на минусовой цепи первая хромосома при 1p36.13.[2] Ген состоит из 118 172 пар оснований, простирающихся от пары оснований 19 682 213 до 19 800 385.[2] Для TMCO4 нет общих псевдонимов. Гены CAPZB и LOC105376823 соседствуют с TMCO4 на хромосоме 1.[1] TMCO4 состоит из 16 экзонов.[1]

мРНК

Существует двадцать вариантов транскриптов мРНК (X1-X20), продуцируемых различными комбинациями шестнадцати различных экзонов.[3] Наиболее распространенным вариантом является X1, который включает все экзоны и охватывает все 118 172 пары оснований.[1]

Протеин

Схематическое изображение белка TMCO4. Желтые ромбы представляют предполагаемые сайты фосфорилирования, а голубые ромбы представляют предполагаемые сайты O-связанного гликозилирования.
Четыре возможных прогноза вторичной структуры, созданные программой iTASSER.[1] Первая предсказанная структура в крайнем левом углу является наиболее стабильной и, следовательно, наиболее вероятной предсказанной структурой.

Первичная последовательность

Наиболее распространенный белок, кодируемый TMCO4, имеет длину 634 аминокислоты с номером доступа XP_011539488.1.[2]

Общие свойства и состав

В молекулярный вес TMCO4 составляет 67,9 килодальтон. В изоэлектрическая точка составляет 5,48. В целом белок TMCO4 не имеет аномального распределения аминокислот. У него есть три длинных свободных участка, которые соответствуют расположению трех различных трансмембранных областей. Первый цитозольный домен TMCO4 действительно имеет аномально высокое количество лейцин и глютаминовая кислота и аномально низкие количества аспарагин. Более крупный просветный домен TMCO4 также имеет аномально низкое количество аспарагина и фенилаланин.

Концептуальный перевод TMCO4 стр. 1. Желтые кружки указывают предполагаемые сайты фосфорилирования, а синие кружки указывают предсказанные сайты O-связанного гликозилирования. Выделение ближе к 3 'концу последовательности предсказывает образование петли стебля.

Особенности белка

Две основные области, представляющие интерес в белке TMCO4, - это три трансмембранные области и большой Абгидролазная область.[4] В N-конец TMCO4 предположительно находится в цитозоле клетки, а C-конец предполагается, что он находится в просвете эндоплазматического ретикулума. TMCO4 также прогнозируется лейциновая молния и большой домен спиральной катушки.[5]

Вторичная структура

В вторичная структура TMCO4, по прогнозам, будет преобладать альфа спирали на основе прогнозов программы iTASSER.[6]

Посттрансляционные модификации

Много фосфорилирование сайты были предсказаны для двух цитозольных областей TMCO4.[7] О-связанное гликозилирование сайты были предсказаны в конце второго просвета TMCO4.[8] Эти предсказанные сайты можно увидеть как на схематической иллюстрации TMCO4, приведенной выше, так и в концептуальном переводе TMCO4, приведенном ниже.

Субклеточная локализация

Согласно прогнозам, TMCO4 находится в мембране эндоплазматического ретикулума во многих странах. гомологи.[5]

Концептуальный перевод TMCO4 стр. 2.
ОрганизмРаспространенное имяЭндоплазматический ретикулумГольджиМитохондриальныйЯдернаяПлазматическая мембрана
Homo sapienЧеловек44.4%22.2%22.2%11.1%-
Mus musculisМышь39.1%4.3%17.4%8.7%21.7%
Xenopus laevisЛягушка55.6%-22.2%11.1%-
Данио РериоРыба-зебра33.3%11.1%11.1%-22.2%
Callorhinchus miliiАвстралийская акула-призрак33.3%11.1%33.3%-22.2%

Взаимодействующие белки

Было обнаружено, что TMCO4 взаимодействует со многими белками. Один интересный белок, с которым взаимодействует TMCO4, - это FLT1.[9] FLT1 - это Рецептор VEGF[10]. Известно, что VEGF играет важную роль в развитии рака. Другие белки, с которыми TMCO4 взаимодействует экспериментально, это УББ, UBC, КПТН, и BVLF1.[9] UBB и UBC являются полиубиквитины эти молекулы-мишени для разложения, предполагая, что TMCO4 в какой-то момент разлагается.[11][12] KPTN - это белок, который играет важную роль в нейроморфогенезе.[13] BVLF1 - это Вирус Эпштейна-Барра белок.[14]

Гомология

Паралоги

TMCO4 не имеет паралоги.

Ортологи

Ортологи к TMCO4 можно найти в бактериях, простейших, растениях, грибах, трихоплаках, беспозвоночных, рыбах, земноводных, рептилиях, птицах и млекопитающих.[15] Некоторые из этих ортологов можно найти в таблице ниже.[15] Ортологи отсортированы в порядке убывания даты эволюции от человека, а затем в порядке убывания процентной идентичности последовательностей. TMCO4 - это быстро эволюционирующий ген, который на протяжении всей эволюции сохранялся в высокой степени.[15] Области TMCO4, которые являются высококонсервативными среди ортологов, включают различные трансмембранные домены и область абгидролазы.

Род и видыРегистрационный номерДлина последовательностиИдентичность последовательностиСходство последовательностей
Homo sapiens (Человек)NP_859070.3634100%100%
Папио анубус (Бабуин)XP_017813266.156896%97%
Mus musculus (Мышь)AAH13471.163183%88%
Ursus maritimus (Полярный медведь)XP_008692882.160887%90%
Гавия звездчатая (Краснозобый гагара)XP_009808720.161078%87%
Питон бивиттатус (Бирманский питон)XP_007441490.161770%83%
Xenopus laevis (Лягушка)XP_018083828.163575%87%
Данио Рерио (Рыба-зебра)XP_003201275.268859%74%
Parasteatoda tepidariorum (Паук)XP_015925328.164256%74%
Caenorhabditis elegansNP_494812.261742%59%
Trichoplax adhaerensXP_002107886.137852%70%
Aspergillus clavatusXP_001275560.168640%58%
Вибрион парагемолитическийWP_069539226.141228%48%

Выражение

Уровень экспрессии TMCO4 в различных тканях стр. 1.[1]
Уровень экспрессии TMCO4 в различных тканях стр. 2.[1]

TMCO4 высоко экспрессируется во многих тканях. Наибольшая экспрессия наблюдается в простате, трахее, матке, тонком кишечнике, плаценте, щитовидной железе, слюнной железе и надпочечнике. По прогнозам, экспрессия TMCO4 будет контролироваться многими факторы транскрипции.

Клиническое значение

TMCO4 в настоящее время не связан напрямую с каким-либо заболеванием или фенотипом. Однако взаимодействие с рецептором VEGF может указывать на возможную роль в развитии рака.

Рекомендации

  1. ^ а б c d е ж грамм «Трансмембранные и спиральные домены TMCO4 4 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-05-06.
  2. ^ а б c База данных, генокарты Human Gene. "Ген TMCO4 - GeneCards | Белок TMCO4 | Антитело TMCO4". www.genecards.org. Получено 2017-02-18.
  3. ^ [email protected], Даниэль Тьерри-Миг и Жан Тьерри-Миег, NCBI / NLM / NIH. «AceView: Gene: TMCO4, полная аннотация генов человека, мыши и червя с мРНК или ESTsAceView». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-02-18.
  4. ^ «трансмембранный белок 4, содержащий домен спиральной спирали [Homo sapien - Protein - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-02-18.
  5. ^ а б «Прогноз PSORT II». psort.hgc.jp. Получено 2017-05-06.
  6. ^ «Сервер I-TASSER для предсказания структуры и функции белков». zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Получено 2017-05-06.
  7. ^ "Сервер NetPhos 3.1". www.cbs.dtu.dk. Получено 2017-05-06.
  8. ^ «Сервер NetOGlyc 4.0». www.cbs.dtu.dk. Получено 2017-05-06.
  9. ^ а б "STRING: функциональные сети ассоциации белков". string-db.org. Получено 2017-05-06.
  10. ^ "FLT1 - предшественник рецептора 1 фактора роста эндотелия сосудов - Homo sapiens (человек) - ген и белок FLT1". www.uniprot.org. Получено 2017-05-06.
  11. ^ «UBC - предшественник полиубиквитина-C - Homo sapiens (человек) - ген и белок UBC». www.uniprot.org. Получено 2017-05-06.
  12. ^ «UBB - предшественник полиубиквитина-B - Homo sapiens (человек) - ген и белок UBB». www.uniprot.org. Получено 2017-05-06.
  13. ^ «KPTN - Kaptin - Homo sapiens (Человек) - ген и белок KPTN». www.uniprot.org. Получено 2017-05-06.
  14. ^ «BVLF1 - BVLF1 - вирус Эпштейна-Барра (штамм GD1) (HHV-4) - ген и белок BVLF1». www.uniprot.org. Получено 2017-05-06.
  15. ^ а б c «Protein BLAST: поиск в базах данных белков с помощью белкового запроса». blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-05-06.