C1orf131 - C1orf131

C1orf131
Идентификаторы
ПсевдонимыC1orf131, хромосома 1 открытая рамка считывания 131
Внешние идентификаторыMGI: 1913773 ГомолоГен: 11982 Генные карты: C1orf131
Расположение гена (человек)
Хромосома 1 (человек)
Chr.Хромосома 1 (человек)[1]
Хромосома 1 (человек)
Геномное расположение C1orf131
Геномное расположение C1orf131
Группа1q42.2Начинать231,223,763 бп[1]
Конец231,241,187 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

128061

66523

Ансамбль

ENSG00000143633

н / д

UniProt

Q8NDD1

Q8CIL4

RefSeq (мРНК)

NM_152379
NM_001300830

NM_025615

RefSeq (белок)

NP_001287759
NP_689592

NP_079891

Расположение (UCSC)Chr 1: 231.22 - 231.24 Мбн / д
PubMed поиск[2][3]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Неохарактеризованный белок C1orf131 это белок что у людей кодируется ген C1orf131. Первый ортолог этого белка был обнаружен у человека.[4][5] Впоследствии, благодаря использованию алгоритмов и биоинформатики, гомологи C1orf131 были обнаружены у многих видов, и в результате название большинства белков в этом семействе белков - гомолог нехарактеризованного белка C1orf131.


Ген

В людях C1orf131 расположен на минусовой нити хромосома 1 и на цитогенетической полосе 1q42.2 вместе с 193 другими генами.[6] Примечательно, что ген перед C1orf131 является GNPAT, а ген ниже по течению C1orf131 является TRIM67. Когда этот ген транскрибируется у людей, C1orf131 чаще всего образует мРНК длиной 1458 пар оснований, состоящую из семи экзонов. Есть как минимум девять других альтернативных форм сплайсинга у людей, которые продуцируют белки. Их размер варьируется от 129 пар оснований (2 экзона) до 1458 пар оснований (7 экзонов).[7]

Протеин

В семействе белков C1orf131 белки имеют длину от 93 до 450 аминокислот; однако большинство из них, как правило, составляют от 160 до 295 аминокислот. Они имеют молекулярную массу от 10,6 до 49,0 кДа, в большинстве случаев от 18,6 до 32,7 кДа. У них изоэлектрическая точка между 9,6 и 11,2.[8] Было идентифицировано более 30 ортологов млекопитающих, птиц и ящериц, имеющих сайт связывания поли (А) РНК.[9] Все ортологи этого семейства белков имеют область неизвестной функции DUF4602.[9][10] Было показано, что белок человека фосфорилирован и ацетилирован.[11][12][13][14][15][16] Эти белки лизины богатые заряженные аминокислоты (DEЧАСKр ) и основные заряженные аминокислоты (ЧАСKр ).[17] Вторичная структура этих белков в основном состоит из альфа-спиралей и клубков с небольшим процентом бета-цепей.[18] C1orf131 взаимодействует с убиквитин[19] через захват сродства с последующим масс-спектрометрии и ПРИЛОЖЕНИЕ (белок-предшественник амилоида бета (A4))[20] через восстановленный комплекс.

Графический обзор человеческого белка C1orf131 с DUF4602 показан зеленым цветом, фосфорилирование - красными точками, а ацетилирование - серыми точками.

DUF4602

DUF4602 (PF15375) обычно состоит из 120+ аминокислот.[21] Обычно существует только один ген, содержащий этот домен DUF; однако домен DUF был идентифицирован в двух разных белках у нескольких видов. В Trichuris suis DUF4602 обнаружен как в гипотетическом белке M5114_09117, так и в тРНК псевдоуридинсинтазе D, а также в Echinocuccus granulosus DUF4602 был обнаружен в гипотетическом белке EGR 05135 и экспрессировал консервативный белок. DUF4602 был обнаружен в основном у эукариот; однако DUF4602 был идентифицирован в вирусе DRHN1, Bacillus sp. UNC41MFS5, Enterococcus faecalis, и Enterococcus faecalis 13-SD-W-01. В ортологах C1orf131 домены DUF обычно расположены в середине гена по направлению к С-концу в более крупных белках (250+ остатков), а в меньших ортологах (160-250 остатков) домен DUF расположен рядом с N-концом. . Также в более крупных ортологах есть области низкой сложности, которые могут указывать на то, что эти белки внутренне неупорядоченные белки.

Эволюционная история

Это семейство генов существует только у эукариот. Паралогов этого гена нет; однако есть несколько псевдогены из C1orf131. До сих пор они были обнаружены только у орангутангов, мышей-лемуров и ленивцев.[10] Когда это семейство генов сравнивается с цитохромом C, медленно развивающимся геном,[22] и гамма-цепь фибриногена, быстро развивающийся ген[23] показано, что он развивается быстрее, чем фибриноген.

График дивергенции этого гена по сравнению с фибриногеном и цитохромом C.

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000143633 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  3. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ Герхард Д.С., Вагнер Л. и др. (Октябрь 2004 г.). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Геномные исследования. 14 (10b): 212–2127. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
  5. ^ Ота, Т .; Suzuki, Y .; и другие. (21 декабря 2004 г.). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Природа Генетика. 36 (1): 40–45. Дои:10,1038 / ng1285. PMID  14702039.
  6. ^ "Просмотреть клоны кДНК ORF Homo sapiens по хромосоме 1, карта 1q42, страница 1".
  7. ^ «AceView: Gene: C1orf131, полная аннотация генов человека, мыши и червя с мРНК или ESTsAceView».
  8. ^ Козловский, Л.П. (2016). «IPC - Калькулятор изоэлектрической точки». Биология Директ. 11 (1): 55. Дои:10.1186 / s13062-016-0159-9. ЧВК  5075173. PMID  27769290. Архивировано из оригинал на 2013-04-29. Получено 2015-05-08.
  9. ^ а б "Uniprot Gene: C1orf131". Получено 7 мая, 2015.
  10. ^ а б «БЛАТ». Получено 7 мая, 2015.
  11. ^ Olsen JV, Vermeulen M, Santamaria A, Kumar C, Miller ML, Jensen LJ, Gnad F, Cox J, Jensen TS, Nigg EA, Brunak S, Mann M (январь 2010 г.). «Количественная фосфопротеомика показывает широко распространенную занятость сайта полного фосфорилирования во время митоза». Научная сигнализация. 3 (104): ra3. Дои:10.1126 / scisignal.2000475. PMID  20068231.
  12. ^ Ван Б., Малик Р., Нигг Е.А., Кёрнер Р. (декабрь 2008 г.). «Оценка низкоспецифической протеазы эластазы для крупномасштабного анализа фосфопротеома». Аналитическая химия. 80 (24): 9526–9533. Дои:10.1126 / scisignal.2000475. PMID  20068231. Получено 26 апреля, 2015.
  13. ^ Мацуока С., Баллиф Б.А., Смогоржевска А., Макдональд Э.Р. 3-й, Хуров К.Э., Ло Дж., Бакаларски К.Э., Чжао З., Солимини Н., Леренталь Ю., Шайло И., Гиги С.П., Элледж С.Дж. (май 2007 г.). «Анализ субстрата ATM и ATR выявляет обширные белковые сети, реагирующие на повреждение ДНК». Наука. 316 (5828): 1160–1166. Bibcode:2007Научный ... 316.1160M. Дои:10.1126 / наука.1140321. PMID  17525332.
  14. ^ Ким Д., Хан Й (9 июля 2011 г.). «Идентификация новых сайтов модификации фосфорилирования в человеческих белках, возникших после расхождения человека и шимпанзе». Биоинформатика. 27 (18): 2494–501. Дои:10.1093 / биоинформатика / btr426. PMID  21775310. Получено 26 апреля, 2015.
  15. ^ Дефур Н., Чжоу С., Виллен Дж., Босолей С.А., Бакаларски С.Э., Элледж С.Дж., Гиги С.П. (август 2008 г.). «Количественный атлас митотического фосфорилирования». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 105 (31): 10762–10767. Bibcode:2008PNAS..10510762D. Дои:10.1073 / pnas.0805139105. ЧВК  2504835. PMID  18669648.
  16. ^ Чоудхари К., Кумар С., Гнад Ф, Нильсен М.Л., Рехман М., Вальтер Т.К., Олсен Дж. В., Манн М. (август 2010 г.). «Ацетилирование лизина нацелено на белковые комплексы и ко-регулирует основные клеточные функции». Наука. 325 (5942): 834–40. Bibcode:2009Sci ... 325..834C. Дои:10.1126 / science.1175371. PMID  19608861.
  17. ^ Брендель В., Бухер П., Нурбахш И. Р., Блейсделл Б. Е., Карлин С. (март 1992 г.). «Методы и алгоритмы статистического анализа белковых последовательностей». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 89 (6): 2002–2006. Bibcode:1992PNAS ... 89.2002B. Дои:10.1073 / пнас.89.6.2002. ЧВК  48584. PMID  1549558.
  18. ^ Гарнье Дж., Гибрат Дж. Ф., Робсон Б. (1996). Метод прогнозирования вторичной структуры газового фактора версия IV. Методы в энзимологии. 266. С. 540–553. Дои:10.1016 / S0076-6879 (96) 66034-0. ISBN  9780121821678. PMID  8743705.
  19. ^ Стес Е., Лага М., Уолтон А., Самин Н., Тиммерман Е., Де Смет И., Гурмахтиг С., Геваерт К. (июнь 2014 г.). «Протокол COFRADIC для изучения убиквитинирования белков». J Proteome Res (3-е изд.). 13 (6): 3107–3113. Дои:10.1021 / pr4012443. PMID  24816145.
  20. ^ Олах Дж., Винче О, Вирок Д., Саймон Д., Бозсо З., Токеси Н., Хорват I, Хлаванда Э, Ковач Дж., Мадьяр А., Сюч М., Орош Ф., Пенке Б., Овади Дж. (Сентябрь 2011 г.). «Взаимодействие патологических характерных белков: белок / p25, способствующий полимеризации тубулина, бета-амилоид и альфа-синуклеин». J. Biol. Chem. (39-е изд.). 286 (39): 34088–34100. Дои:10.1074 / jbc.m111.243907. ЧВК  3190826. PMID  21832049.
  21. ^ «Семья: DUF4602». Получено 8 мая, 2015.
  22. ^ Дикерсон, Р. (1971). «Структура цитохрома с и скорости молекулярной эволюции». Журнал молекулярной эволюции (1-е изд.). 1 (1): 26–45. Bibcode:1971JMolE ... 1 ... 26D. Дои:10.1007 / bf01659392. PMID  4377446.
  23. ^ Причитко TM, Мур WS (2000). «Сравнительная эволюция митохондриального гена цитохрома b и интрона 7 ядерного бета-фибриногена у дятлов». Мол Биол Эвол. 17 (7): 1101–11. Дои:10.1093 / oxfordjournals.molbev.a026391. PMID  10889223. Получено 8 мая, 2015.