C5orf46 - Википедия - C5orf46
| C5orf46 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | C5orf46, SSSP1, открытая рамка считывания хромосомы 5 46 | ||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | MGI: 2684940 ГомолоГен: 19192 Генные карты: C5orf46 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ортологи | |||||||||||||||||||||||||
| Разновидность | Человек | Мышь | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ансамбль | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (мРНК) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (белок) | |||||||||||||||||||||||||
| Расположение (UCSC) | Chr 5: 147,88 - 147,91 Мб | Chr 18: 43.78 - 43.79 Мб | |||||||||||||||||||||||
| PubMed поиск | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
C5orf46 ген, кодирующий белок, расположенный на хромосома 5 в людях. Он также известен как sssp1, или белок 1, секретируемый кожей и слюной. Существуют две известные изоформы у человека, причем изоформа 2 (анализируемая на этой странице) является более длинной из двух. Предполагается, что кодируемый белок имеет один трансмембранный домен, прогнозируемую молекулярную массу 9 692 Да и базальную изоэлектрическая точка из 4,67.[5]
Ген
Изоформа X2 c5orf46, обнаруженная на минусовой цепи хромосомы 5, имеет длину 4679 нуклеотидов и 4 экзона.
Эволюция и ортологи
Ортологи C5orf46 встречаются только в Хордовые, причем самый ранний экземпляр был найден в Орниторинхус анатинус около 177 миллионов лет назад.[6] Высококонсервативные области включают последовательность сигнального пептида, обнаруженную по направлению к N-концу белка. У людей паралогов не обнаружено.
| Род / Вид | Общее название организма | Заказ | Регистрационный номер | Длина (аминокислоты) | Идентичность последовательности с человеком | Сходство последовательности с человеком |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Человек | Приматы | XP_005268503.2 | 102 | 100 | 100 |
| Пан панискус | Бонобо | Приматы | XP_003829110.1 | 87 | 98 | 98 |
| Octodon degus | Дегу обыкновенный | Rodentia | XP_004631400.1 | 73 | 68 | 82 |
| Mus musculus | Домовая мышь | Rodentia | NP_001028452.1 | 93 | 68 | 77 |
| Urocitellus parryii | Арктический суслик | Rodentia | XP_026240295.1 | 92 | 59 | 72 |
| Leptonychotes weddelli | Печать Уэдделла | Хищник | XP_006732700.1 | 124 | 78 | 94 |
| Acinonyx jubatus | Гепард | Хищник | XP_026897868.1 | 147 | 76 | 87 |
| Залофус калифронианус | Калифорнийский морской лев | Хищник | XP_027462230.1 | 84 | 75 | 86 |
| Sorex araneus | Обыкновенная бурозубка | Eulipotyphla | XP_004618219.1 | 73 | 74 | 79 |
| Vicugna pacos | Альпака | Парнокопытные | XP_006204536.1 | 88 | 73 | 81 |
| Дельфинапертус левкас | Кит белуга | Парнокопытные | XP_030618631.1 | 88 | 73 | 81 |
| Camelus bactrianus | Двугорбый верблюд | Парнокопытные | XP_010954370.1 | 83 | 73 | 79 |
| Orcinus orca | Косатка | Парнокопытные | XP_004280428.1 | 88 | 71 | 83 |
| Sus scrofa | Дикий кабан | Парнокопытные | XP_003354397.2 | 90 | 67 | 82 |
| Manis javanica | Сеунда панголин | Pholidota | XP_017496222.1 | 155 | 62 | 79 |
| Myotis davidii | Летучая мышь | Рукокрылые | XP_015428095.1 | 104 | 41 | 50 |
| Элефантулус Эдварда | Слоновая землеройка | Macroscelidea | XP_006893786.1 | 76 | 78 | 80 |
| Dasypus novemcinctus | Девятиполосный броненосец | Cingulata | XP_004447160.1 | 88 | 72 | 82 |
| Vombatus urinus | Обыкновенный вомбат | Дипротодонтия | XP_027697780.1 | 78 | 45 | 62 |
| Phascolarctos cinereus | Коала | Дипротодонтия | XP_020854530.1 | 78 | 44 | 62 |
| Орниторинхус анатинус | Утконос | Монотремата | XP_028912384.1 | 80 | 43 | 61 |
Промоутеры
А Геноматикс Эльдорадо Поиск по базе данных промоторов предсказал один промотор для c5orf46. Этот промоутер имеет идентификационный номер GXP_123762 и идентификационный номер транскрипта GXT_22785522. Промотор расположен на минусовой цепи хромосома 5, и был предсказан диапазон от 147906451 до 147908007 нуклеотидов, что составляет 1557 нуклеотидов в длину.
Факторы транскрипции
Было предсказано, что в общей сложности 428 сайтов связывания факторов транскрипции будут расположены в пределах предсказанной промоторной последовательности. Прогнозы включали следующие факторы транскрипции:[7]
- Гомеодоменные факторы синуса окулиса (SIXF)
- супрессор опухоли p53 (P53F)
- Гомологи энхансера расщепленного комплекса (HESF) у позвоночных
- Гистоновый ядерный фактор P (HNFP)
- Факторы гомеодомена NKX (NKXH)
- Гомологичный белок C / EBP (CHOP)
- Факторы связывания X-box (XBBF)
- Класс гомеодомена TALE, распознающий мотивы TG (TALE)
- Факторы ETS1 человека и мыши (ETSF)
- Связанные с SWI / SNF нуклеофосфопротеины с ДНК-связывающим мотивом RING finger (RUSH)
- Факторы домена головки вилки (FKHD)
- Фактор транскрипции РНК-полимеразы II B (TF2B)
- Белки апоптоза, индуцированные TGF-бета (TAIP)
- Факторы связывания GATA (GATA)
- Ccaat / связывающий белок энхансер (CEBP)
- белки, связывающие цАМФ-чувствительный элемент (CREB)
- Фактор связывающего белка ТАТА позвоночных (VTBP)
Выражение
C5orf46 в значительной степени экспрессируется в слюнных железах и кожной ткани, хотя также наблюдается некоторая экспрессия в сердечной ткани, семенниках и плаценте.[8]
Данные микроматрицы, измеряющие экспрессию c5orf46 у пациентов с псориазом, выявили тенденцию к низкой экспрессии у пациентов с пораженным псориазом. Образцы от пациентов с пораженным псориазом имели значительно более низкую экспрессию c5orf46 по сравнению с пациентами с непораженным псориазом и здоровыми контрольными образцами.[9]
Протеин
Первичная структура
C5orf46 имеет длину 102 аминокислоты. Белок имеет последовательность сигнального пептида на своем N-конце. Последовательность сигнального пептида высоко консервативна в ортологах. Аминокислотная последовательность включает последовательность DDKPD, которая повторяется с участком, богатым аспартатом и лизином.
Вторичная структура
С помощью программного обеспечения для прогнозирования, включая Сервер прогнозирования вторичной структуры Чоу и Фасмана и Праби ГОР IV Прогнозный анализ, были предсказаны два альфа-спиральных сегмента.[10][11]
Третичная структура
Прогностические модели, созданные Phyre2 и SWISS-Model, показали два альфа-спиральных домена с изгибом между ними.[12][13]
Белковая регуляция
C5orf46 имеет несколько предполагаемых сайтов посттрансляционных модификаций и одну модификацию, идентифицированную с помощью масс-спектрометрии. Масс-спектрометрический анализ экстрактов из линии клеток рака легких NCI-H2228 идентифицировал сайт ацетилирования на K42.[14] C5orf46 предсказал фосфорилирование сайты в T14, S52, S84 и S86.[15] Предсказанный сумоилирование сайты присутствуют в K41, K44, K48, K54 и K57.[16] Есть два предсказанных сайта O-GlcNAcylation, обнаруженных в S100 и S101.[17]
Локализация
Анализ аминокислотной последовательности c5orf46 показал, что белок, вероятно, секретируется.[18] Дальнейшие анализы последовательности предсказали, что белок имеет один трансмембранный домен с внутриклеточным N-концевым доменом.[19][20]
Взаимодействия
C5orf46 будет взаимодействовать с фосфопантотеноилцистеинсинтетаза (PPCS ) и мотив трансмембранного ингибитора BAX, содержащий 6 (TMBIM6 ) методами аффинной очистки-масс-спектрометрии.[21]
Клиническое значение
Было показано, что C5orf46 является прогностическим маркером рака почек и шейки матки, при этом высокая экспрессия связана с неблагоприятными исходами. Эти выводы были основаны на анализе экспрессии генов в Атласе патологии белков человека и результатах выживаемости 651 и 291 пациента с раком почек и шейки матки соответственно.[22] В этих анализах было показано, что пациенты с высокой экспрессией c5orf46 после 10 лет имели на 50% меньшую выживаемость, чем пациенты с низкой экспрессией.
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000178776 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000071858 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "C5orf46 (человек)". www.phosphosite.org. Получено 2020-03-02.
- ^ «Protein BLAST: поиск в базах данных белков с помощью белкового запроса». blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-03-02.
- ^ «Genomatix - Анализ данных NGS и персонализированная медицина». www.genomatix.de. Получено 2020-05-03.
- ^ "C5orf46 хромосома 5 открытая рамка считывания 46 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-03.
- ^ а б "GDS4602 / 1554195_a_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-03.
- ^ "CFSSP: Сервер прогнозирования вторичной структуры Chou & Fasman". www.biogem.org. Получено 2020-05-03.
- ^ "NPS @: прогноз вторичной структуры GOR4". npsa-prabi.ibcp.fr. Получено 2020-05-03.
- ^ "Сервер распознавания складок PHYRE Protein". www.sbg.bio.ic.ac.uk. Получено 2020-05-03.
- ^ «ШВЕЙЦАРСКАЯ МОДЕЛЬ». swissmodel.expasy.org. Получено 2020-05-03.
- ^ «Lys42». www.phosphosite.org. Получено 2020-05-03.
- ^ "Сервер NetPhos 3.1". www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-03.
- ^ "Программа анализа SUMOplot ™ | Abcepta". www.abcepta.com. Получено 2020-05-03.
- ^ "Сервер YinOYang 1.2". www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-03.
- ^ «Добро пожаловать на psort.org !!». www.psort.org. Получено 2020-05-03.
- ^ "Сервер ТМХММ, версия 2.0". www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-03.
- ^ "長 浜 バ イ オ 大学 学 内 ア ク セ ス". ripple.nagahama-i-bio.ac.jp. Получено 2020-05-03.
- ^ "C5orf46 (UNQ472 / PRO839) Сводка результатов | BioGRID". thebiogrid.org. Получено 2020-05-03.
- ^ «Экспрессия C5orf46 при раке - Резюме - Атлас белков человека». www.proteinatlas.org. Получено 2020-03-02.