FAM83A - FAM83A

FAM83A
Доступные конструкции
PDBПоиск ортолога: PDBe RCSB
Идентификаторы
ПсевдонимыFAM83A, BJ-TSA-9, семейство со сходством последовательностей 83 члена A
Внешние идентификаторыMGI: 2447773 ГомолоГен: 13158 Генные карты: FAM83A
Расположение гена (человек)
Хромосома 8 (человек)
Chr.Хромосома 8 (человек)[1]
Хромосома 8 (человек)
Геномное расположение FAM83A
Геномное расположение FAM83A
Группа8q24.13Начинать123,178,960 бп[1]
Конец123,210,079 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

84985

239463

Ансамбль

ENSG00000147689

ENSMUSG00000051225

UniProt

Q86UY5

Q8K2P2

RefSeq (мРНК)

NM_001288587
NM_032899
NM_207006
NM_001321630

NM_173862

RefSeq (белок)

NP_001275516
NP_001308559
NP_116288
NP_996889

NP_776287

Расположение (UCSC)Chr 8: 123.18 - 123.21 Мбн / д
PubMed поиск[2][3]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Белок FAM83A (член семейства со сходством последовательностей 83), также известный как опухолевый антиген BJ-TSA-9 это белок что у человека кодируется FAM83A ген.[4]

Предполагается, что этот белок содержит один домен с неизвестной функцией 1669 (DUF1669), который помещает этот белок в PLDc_SuperFamily.[4][5][6] Это было связано с потенциалом биомаркер в легкое, предстательная железа, и мочевой пузырь раки.[7][8][9]

Ген

FAM83A находится на хромосома 8, локус q24.13,[4] и охватывает 27,566 пар оснований.[4] Существует промоутер приблизительно 4000 пар оснований выше по течению, как прогнозирует инструмент ElDorado от Genomatix.[10] Делеции в этой части хромосомы, включая ген FAM83A, часто приводят к Синдром Лангера-Гедиона.[11]

мРНК

FAM83A мРНК имеет 10 различных форм стыковки,[12] с вариантом 1 стенограммы, являющимся предметом данной статьи. Эта мРНК состоит примерно из 2 900 пар оснований. Он содержит домен неизвестной функции 1669 (DUF1669) и является членом суперсемейства PLDc_SF.[13] Он был помещен в это суперсемейство на основе очень похожих последовательностей между FAM83A и другим N-концом. фосфолипаза D-подобные домены; однако в нем отсутствует функциональный гистидин, и поэтому предполагается, что он имеет аналогичную структуру.[6] Четыре экзоны составляют эту мРНК.[4][14] Прогнозы показывают несколько возможных РНК стержень петля образования в нетранслируемых участках мРНК.[15]

Схема белкового продукта FAM83A, показывающая его основные гипотетические и предсказанные ориентиры.

Протеин

Ген FAM83A кодирует изоформу A белка FAM83A.[4] Этот белок 434 аминокислоты в длину и весит примерно 45 килодальтон.[16] Хотя структура не подтверждена, с использованием GOR4 прогнозируется наличие четырех альфа спирали и пять бета-листы,[17] с изоэлектрическая точка из 8.964[15] Кажется, нет сигнальный пептид[18] и не трансмембранный белок.[19] Используя CBLAST, было обнаружено, что последовательность имеет общую последовательность с белком 3H0G,[20] однако не в предсказанной функциональной области FAM83A. Тем не менее, это может предоставить ценную информацию о возможной частичной структуре этого белка.

Выражение

FAM83A экспрессируется во многих различных областях человеческого тела и на самых разных уровнях.[21] стандартное восточное время данные свидетельствуют о том, что этот ген экспрессируется преимущественно у взрослых. Он показывает значительные уровни в рот и гортань, с другим приподнятым выражением в простате, легких и пищевод.[21] Эти нормальные уровни еще выше в голове и шее. опухоли, опухоли легких, рак простаты и мочевого пузыря карциномы.[21] Микрочип данные экспрессии также показывают различные условия окружающей среды, особенно раздражители. Такими раздражителями может быть сигаретный дым, для которого было показано, что FAM83A усиливает экспрессию после 24 часов воздействия,[22] и экстракт клещей домашней пыли на бронхах эпителиальный клетки, в которых экспрессия FAM83A также увеличивается после воздействия.[23] FAM83A показывает снижение экспрессии при активирующий фактор транскрипции 2 (ATF2) выбито.[24] Поскольку было предсказано, что ATF2 не будет связываться в промоторной области, это предполагает, что существует косвенная связь между FAM83A и ATF2. Повышенная экспрессия раздражителей и аллергенов наряду с косвенной связью с ATF2 позволяет предположить, что FAM83A может быть в сигнальном пути.

Данные экспрессии на микрочипах для FAM83A при воздействии сигаретного дыма. Как видно, через 24 часа уровни экспрессии увеличиваются по сравнению с контролем.[22]
Данные экспрессии на микрочипах для FAM83A при воздействии экстракта клещей домашней пыли. Экспрессия FAM83A увеличивается при воздействии этого раздражителя по сравнению с контролем.[23]
Данные экспрессии на микрочипе для FAM83A при отключении ATF2. Как видно, уровни экспрессии снижаются вместе со снижением уровней ATF2. Поскольку предполагаемого прямого взаимодействия нет, предлагается косвенное взаимодействие.[24]

Рак

Существует множество исследований, которые связывают сверхэкспрессию FAM83A с раком легких, простаты и мочевого пузыря. Исследователи считают, что этот ген может стать хорошим кандидатом для раннего выявления этих видов рака, особенно рака легких.[7][8] Неизвестно, почему и как FAM83A активируется. Исследования показали, что мышьяк может ацетилировать промотор, вызывая повышенную регуляцию, предполагая, что это может быть механизм, аналогичный тому, как этот ген становится нерегулируемым при раке.[9]

Белковое взаимодействие

Было показано, что FAM83A взаимодействует с белком, связанным с раком неба, легких и носового эпителия (PLUNC ) с помощью инструмента STRING.[25] Эта информация была получена с помощью текстового майнинга, посвященного раку.[8]

Гомология

FAM83A является относительно новым геном с ВЗРЫВ и BLAT только показ ортология обратно через костлявых рыб.[14][26] Он хорошо сохраняется благодаря своим родственникам.[26] Домен DUF1669 является наиболее консервативной областью белка, а области вне его более вариабельны. Ниже приводится таблица ортологов, при этом следует отметить, что это не полный список:

Род РазновидностьОбщее название организмаДивергенция от людей (MYA) [27]Регистрационный номер белка NCBIИдентичность последовательностиДлина белка
Homo sapiensЛюди--NM_032899.4[16]100%434
Пан троглодитыШимпанзе6.2XP_001147312.2[28]99%434
Bos taurusКрупный рогатый скот97.4XP_599662.2[29]89%435
Canis lupusСобака97.4XP_851601.2[30]89%435
Mus musculusМышь91NP_776287.2[31]87%436
Анолис каролинскийЯщерица324.5XP_003228186.1[32]70%438
Gallus gallusКурица324.5XP_001233861.2[33]69%439
Xenopus laevisЛягушка361.2NP_001079963.1[34]64%443
Данио РериоДанио454.6XP_001340276.3[35]59%426

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000147689 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  3. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ а б c d е ж «Энтрез Джин, FAM83A». NCBI. Получено 2012-04-22.
  5. ^ "PLDc_SF". NCBI.
  6. ^ а б "FAM83A, категоризация PLDc_SF". NCBI.
  7. ^ а б Лю Л., Ляо GQ, Хэ П, Чжу Х, Лю PH, Цюй YM, Сон XM, Сюй QW, Гао Q, Чжан Y, Чен WF, Инь YH (август 2008 г.). «Обнаружение циркулирующих раковых клеток у больных раком легкого с помощью панели маркерных генов». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 372 (4): 756–60. Дои:10.1016 / j.bbrc.2008.05.101. PMID  18514066.
  8. ^ а б c Ли И, Дун Х, Инь И, Су И, Сюй Цюй, Чжан И, Пан Х, Чжан И, Чен В. (декабрь 2005 г.). «BJ-TSA-9, новый опухолеспецифический ген человека, имеет потенциал в качестве биомаркера рака легких». Неоплазия. 7 (12): 1073–80. Дои:10.1593 / neo.05406. ЧВК  1501171. PMID  16354590.
  9. ^ а б Дженсен Т.Дж., Возняк Р.Дж., Эблин К.Э., Винек С.М., Гандольфи А.Дж., Футчер Б.В. (февраль 2009 г.). «Эпигенетическая активация транскрипции WNT5A участвует в связанной с мышьяком злокачественной трансформации». Toxicol. Appl. Pharmacol. 235 (1): 39–46. Дои:10.1016 / j.taap.2008.10.013. ЧВК  4438681. PMID  19061910.
  10. ^ "Геноматикс, Эльдорадо". Геноматикс. Получено 2012-04-26.[неудачная проверка ]
  11. ^ Переза ​​Н., Северински С., Остойч С., Волк М., Мавер А., Деканич КБ, Капович М., Петерлин Б. (март 2012 г.). «Третий случай делеции 8q23.3-q24.13 у пациента с фенотипом синдрома Лангера-Гедиона без делеции гена TRPS1». Являюсь. J. Med. Genet. А. 158A (3): 659–63. Дои:10.1002 / ajmg.a.35201. PMID  22315192. S2CID  22175474.
  12. ^ "Ансамбл, FAM83A". Получено 2012-04-26.
  13. ^ "Entrez, PLDc_SuperFamily". NCBI. Получено 2012-04-22.
  14. ^ а б Кент WJ (апрель 2002 г.). «BLAT - инструмент для выравнивания типа BLAST». Genome Res. 12 (4): 656–64. Дои:10.1101 / гр.229202. ЧВК  187518. PMID  11932250.
  15. ^ а б «Верстак биологии». Сан-Диего Суперкомпьютер.
  16. ^ а б «ГенПепт, FAM83A». NCBI. Получено 2012-04-26.
  17. ^ Сен Т.З., Джерниган Р.Л., Гарнье Дж., Клоцковски А. (июнь 2005 г.). «Сервер GOR V для предсказания вторичной структуры белков». Биоинформатика. 21 (11): 2787–8. Дои:10.1093 / биоинформатика / bti408. ЧВК  2553678. PMID  15797907.
  18. ^ Петерсен Т.Н., Брунак С, von Heijne G, Нильсен Х (2011). «SignalP 4.0: различение сигнальных пептидов из трансмембранных областей». Nat. Методы. 8 (10): 785–6. Дои:10.1038 / nmeth.1701. PMID  21959131. S2CID  16509924.
  19. ^ Крог А, Ларссон Б, von Heijne G, Sonnhammer EL (январь 2001 г.). «Прогнозирование топологии трансмембранного белка со скрытой марковской моделью: приложение для полных геномов». J. Mol. Биол. 305 (3): 567–80. Дои:10.1006 / jmbi.2000.4315. PMID  11152613.
  20. ^ "CBLAST". NCBI. Получено 2012-04-26.
  21. ^ а б c "Профили EST, FAM83A". NCBI.
  22. ^ а б «Выражение GDS1348, FAM83A для сигаретного дыма». NCBI.
  23. ^ а б Vroling AB, Duinsbergen D, Fokkens WJ, van Drunen CM (ноябрь 2007 г.). «Вызванная аллергеном экспрессия гена эпителиальных клеток дыхательных путей показывает возможную роль TNF-альфа». Аллергия. 62 (11): 1310–9. Дои:10.1111 / j.1398-9995.2007.01495.x. PMID  17919147. S2CID  20942216.
  24. ^ а б Бхумик А., Фихтман Б., Деросси С., Брейтвизер В., Клюгер Х. М., Дэвис С., Субтил А., Мельцер П., Краевски С., Джонс Н., Ронаи З. (февраль 2008 г.). «Супрессорная роль активации фактора транскрипции 2 (ATF2) при раке кожи». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 105 (5): 1674–9. Bibcode:2008PNAS..105.1674B. Дои:10.1073 / pnas.0706057105. ЧВК  2234203. PMID  18227516.
  25. ^ Шкларчик Д., Франческини А., Кун М., Симонович М., Рот А., Мингез П., Дёркс Т., Старк М., Мюллер Дж., Борк П., Йенсен Л. Дж., Фон Меринг С. (январь 2011 г.). «База данных STRING в 2011 году: сети функционального взаимодействия белков, глобально интегрированные и оцененные». Нуклеиновые кислоты Res. 39 (Выпуск базы данных): D561–8. Дои:10.1093 / nar / gkq973. ЧВК  3013807. PMID  21045058.
  26. ^ а б "ВЗРЫВ". NCBI. Получено 2012-04-22.
  27. ^ «Дерево времени».
  28. ^ "Нуклеотид NCBI: XP_001147312.2".
  29. ^ «Нуклеотид NCBI: XP_599662.2».
  30. ^ "Нуклеотид NCBI: XP_851601.2".
  31. ^ «Нуклеотид NCBI: NP_776287.2».
  32. ^ "Нуклеотид NCBI: XP_003228186.1".
  33. ^ "Нуклеотид NCBI: XP_001233861.2".
  34. ^ "Нуклеотид NCBI: NP_001079963.1".
  35. ^ «Нуклеотид NCBI: XP_001340276.3».