Варианты гистонов - Википедия - Histone variants

Варианты гистонов являются белками, заменяющими основные канонические гистоны (H3, H4, H2A, H2B ) в нуклеосомах эукариот и часто обладают специфическими структурными и функциональными особенностями. Термин может также включать в себя набор варианты линкерного гистона (H1), у которых отсутствует четкая каноническая изоформа. Различия между коровыми каноническими гистонами и их вариантами можно резюмировать следующим образом: (1) канонические гистоны зависят от репликации и экспрессируются во время S-фазы клеточного цикла, тогда как варианты гистонов не зависят от репликации и экспрессируются во всей клетке. цикл; (2) у животных гены, кодирующие канонические гистоны, обычно сгруппированы вдоль хромосомы, присутствуют в множестве копий и относятся к наиболее консервативным из известных белков, тогда как варианты гистонов часто являются генами с одной копией и демонстрируют высокую степень вариабельности между видами; (3) канонические гены гистонов не имеют интронов и используют структуру петли стебля на 3 ’конце своей мРНК, тогда как гены вариантов гистонов могут иметь интроны, и их хвост мРНК обычно полиаденилирован. Сложные многоклеточные организмы обычно имеют большое количество вариантов гистонов, обеспечивающих множество различных функций. В последнее время накапливаются данные о роли различных вариантов гистонов, подчеркивающие функциональные связи между вариантами и тонкую регуляцию развития организма.

Номенклатура вариантов гистонов

Различные названия, исторически присвоенные гомологичным белкам у разных видов, усложняют номенклатуру вариантов гистонов. Недавно предложенная унифицированная номенклатура вариантов гистонов следует подходу, основанному на филогенезе, для наименования вариантов.[1] Согласно этой номенклатуре буквенные суффиксы или префиксы в основном используются для обозначения структурно разных монофилетических кладок семейства гистонов (например, H2A.Z, H2B.W, subH2B). Предполагается, что числовые суффиксы зависят от вида (например, H1.1), но рекомендуется использовать их единообразно между видами, уникальные ортологии которых очевидны. Однако по историческим причинам наименования некоторых вариантов могут все же отклоняться от этих правил.

Варианты гистона H3

На протяжении эукариоты самый распространенный гистон H3 варианты - H3.3 и вариант центромерного H3 (cenH3, также называемый CENPA в людях).[2] Хорошо изученные видоспецифичные варианты включают H3.1, H3.2, TS H3.4 (млекопитающие ), H3.5 (гоминиды ), H3.Y (приматы ).[2]За исключением гистона cenH3, варианты H3 являются высококонсервативными по последовательности, отличаясь лишь несколькими аминокислотами.[3][4] Было обнаружено, что гистон H3.3 играет важную роль в поддержании целостности генома во время развития млекопитающих.[5]

Варианты гистона H4

Гистон H4 является одним из самых медленно эволюционирующих белков, не имеющим функциональных вариантов у большинства видов. Причина отсутствия вариантов последовательности остается неясной. Трипаносома известны варианты H4, названные H4.V.[1] В Дрозофила есть гены замены H4, которые конститутивно экспрессируются на протяжении клеточного цикла и кодируют белки, идентичные по последовательности основному H4.[6]

Варианты гистона Н2А

Гистон H2A имеет наибольшее количество известных вариантов, некоторые из которых относительно хорошо охарактеризованы.[2][7][8] H2A.X является наиболее распространенным вариантом H2A с определяющим мотивом последовательности «SQ (E / D) Φ’ (где Φ- представляет собой гидрофобный остаток, обычно Tyr у млекопитающих). Он фосфорилируется во время реакции на повреждение ДНК, ремоделирования хроматина и инактивации Х-хромосомы в соматических клетках. H2A.X и канонический H2A несколько раз расходились в филогенетической истории, но каждая версия H2A.X характеризуется сходной структурой и функцией, что позволяет предположить, что она может представлять наследственное состояние.H2A.Z регулирует транскрипцию, репарацию ДНК, подавление антисмысловой РНК и рекрутинг РНК-полимеразы II. Примечательные особенности H2A.Z включают мотив последовательности «DEELD», вставку одной аминокислоты в L1-петлю и делецию одной аминокислоты в стыковочном домене относительно канонического H2A. Было высказано предположение, что вариант H2A.Z.2 способствует прогрессированию злокачественной меланомы. Канонический H2A можно обменять в нуклеосомах на H2A.Z со специальными ферментами ремоделирования. macroH2A содержит гистоновый складчатый домен и дополнительный длинный С-концевой макродомен, который может связывать поли-АДФ-рибозу. Этот вариант гистона используется в X-инактивации и регуляции транскрипции. Структуры обоих доменов доступны, но междоменный линкер слишком гибкий, чтобы кристаллизоваться. H2A.B (вариант с дефицитом тельца Барра) - это быстро развивающийся вариант, специфичный для млекопитающих, известный своим участием в сперматогенезе. H2A.B имеет укороченный стыковочный домен, который оборачивается вокруг короткой области ДНК. H2A.L и H2A.P варианты тесно связаны с H2A.B, но менее изучены. H2A.W представляет собой специфичный для растений вариант с мотивами SPKK на N-конце с предполагаемой активностью связывания с малой бороздкой. H2A.1 является специфическим вариантом для семенников, ооцитов и зигот млекопитающих. Он может предпочтительно димеризоваться с H2B.1. Пока что он охарактеризован только у мышей, но доступен аналогичный ген у человека, который расположен в конце самого большого кластера гистоновых генов. В настоящее время начинают появляться другие, менее изученные варианты H2A, такие как H2A.J.

Варианты гистона H2B

Известно, что гистоновый тип H2B имеет ограниченное количество вариантов, по крайней мере, у млекопитающих, апикомплексов и морских ежей.[1][2][7][8] H2B.1 - это специфический для семенников, ооцитов и зигот вариант, который образует субнуклеосомные частицы, по крайней мере, в сперматидах. Он может димеризоваться с H2A.L и H2A.1. H2B.W участвует в сперматогенезе, функциях, связанных с теломерами, в сперме и обнаруживается в сперматогенных клетках. Он характеризуется удлинением N-концевого хвоста. subH2B участвует в регуляции спермиогенеза и обнаруживается в ненуклеосомных частицах субакросомы сперматозоидов. Этот вариант имеет сигнал двусторонней ядерной локализации. H2B.Z - это апикомплексный вариант, который, как известно, взаимодействует с H2A.Z. «Н2В сперматозоидов» - это предполагаемая группа, которая содержит гистоны Н2В сперматозоидов морских и песчаных ежей и потенциально является общей для эхинацеи. Недавно открытый вариант H2B.E участвует в регуляции функции обонятельных нейронов у мышей.

Базы данных и ресурсы

«HistoneDB 2.0 - с вариантами», база данных гистонов и их вариантов, поддерживаемая Национальный центр биотехнологической информации, в настоящее время служит наиболее полным вручную курируемым ресурсом по гистонам и их вариантам, который следует новой унифицированной номенклатуре вариантов гистонов, основанной на филогенезе. "Histome: The Histone Infobase" - это вручную созданная база данных вариантов гистонов у людей и связанных с ними посттрансляционных модификаций а также модифицирующие ферменты.[9] MS_HistoneDB - это протеомно-ориентированная база данных, созданная вручную для вариантов гистонов мыши и человека.[10]

Рекомендации

  1. ^ а б c Талберт П.Б., Ахмад К., Альмоузни Дж., Аусио Дж., Бергер Ф., Бхалла П.Л., Боннер В.М., Канде В.З., Чедвик Б.П., Чан С.В., Кросс Г.А., Цуй Л., Димитров С.И., Дунеке Д., Эйрин-Лопес Дж.М., Горовский М.А., Hake SB, Hamkalo BA, Holec S, Jacobsen SE, Kamieniarz K, Khochbin S, Ladurner AG, Landsman D, Latham JA, Loppin B, Malik HS, Marzluff WF, Pehrson JR, Postberg J, Schneider R, Singh MB, Smith MM , Thompson E, Torres-Padilla ME, Tremethick DJ, Turner BM, Waterborg JH, Wollmann H, Yelagandula R, Zhu B, Henikoff S (12 апреля 2012 г.). «Единая номенклатура на основе филогении для вариантов гистонов». Эпигенетика и хроматин. 5:7: 7. Дои:10.1186/1756-8935-5-7. ЧВК  3380720. PMID  22650316.
  2. ^ а б c d «База данных вариантов гистонов 2.0». Национальный центр биотехнологической информации. Получено 13 января 2017.
  3. ^ Марзлафф В.Ф., Гонджиди П., Вудс К.Р., Джин Дж., Мальтаис Л.Дж. (ноябрь 2002 г.). «Репликационно-зависимые гены гистонов человека и мыши». Геномика. 80 (5): 487–98. Дои:10.1016 / S0888-7543 (02) 96850-3. PMID  12408966.
  4. ^ Хак С.Б., Гарсия Б.А., Дункан Э.М., Кауэр М., Деллер Дж., Шабановиц Дж., Базетт-Джонс Д.П., Allis CD, Hunt DF (январь 2006 г.). «Паттерны экспрессии и посттрансляционные модификации, связанные с вариантами гистона H3 млекопитающих». Журнал биологической химии. 281 (1): 559–68. Дои:10.1074 / jbc.M509266200. PMID  16267050.
  5. ^ Jang CW, Shibata Y, Starmer J, Yee D, Magnuson T (июль 2015 г.). «Гистон H3.3 поддерживает целостность генома во время развития млекопитающих». Гены и развитие. 29 (13): 1377–92. Дои:10.1101 / gad.264150.115. ЧВК  4511213. PMID  26159997.
  6. ^ Камакака, Биггинс (2005). "Варианты гистонов: девианты?". Genes Dev. 19 (3): 295–316. Дои:10.1101 / gad.1272805. PMID  15687254.
  7. ^ а б Драйзен Э.Дж., Шайтан А.К., Марино-Рамирес Л., Тальберт ПБ, Ландсман Д., Панченко А.Р. (2016). «HistoneDB 2.0: база данных гистонов с вариантами - интегрированный ресурс для изучения гистонов и их вариантов». База данных: журнал биологических баз данных и курирования. 2016: baw014. Дои:10.1093 / база данных / baw014. ЧВК  4795928. PMID  26989147.
  8. ^ а б Шайтан А.К., Ландсман Д., Панченко А.Р. (2015). «Нуклеосомная адаптивность, обеспечиваемая последовательностью и структурными вариациями в димерах гистона H2A-H2B». Текущее мнение в структурной биологии. 32: 48–57. Дои:10.1016 / j.sbi.2015.02.004. ЧВК  4512853. PMID  25731851.
  9. ^ "Гистом: информационная база гистонов". Получено 13 января 2017.
  10. ^ Эль Кеннани С., Адрайт А., Шайтан А.К., Хочбин С., Брюли С., Панченко А.Р., Ландсман Д., Пфлигер Д., Говин Дж. (2017). "MS_HistoneDB, вручную созданный ресурс для протеомного анализа гистонов человека и мыши". Эпигенетика хроматина. 10: 2. Дои:10.1186 / s13072-016-0109-x. ЧВК  5223428. PMID  28096900.

внешняя ссылка