Джулиан Гоф (ученый) - Julian Gough (scientist)

Для ирландского писателя см. Джулиан Гоф.
Джулиан Гоф
Родившийся
Джулиан Джон Терстан Гоф[1]

Сентябрь 1974 г. (46 лет)[2]
ОбразованиеШкола Персе
Альма-матер
ИзвестенБаза данных надсемейства
Научная карьера
Поля
Учреждения
ТезисСкрытые марковские модели и их применение к анализу генома в контексте структуры белков  (2001)
ДокторантСайрус Чотия[5][6]
Интернет сайтwww2.mrc-lmb.cam.ac.Великобритания/ группы-лидеры/ а-к-г/ julian-gough/

Джулиан Джон Терстан Гоф (1974 г.р.)[2] является лидером группы в Лаборатория молекулярной биологии (ЛКМ) Совет медицинских исследований (MRC).[3][7][8] Ранее он был[когда? ] профессор Биоинформатика на Бристольский университет.[9]

Образование

Гоф получил образование в Школа Персе[10] в Кембридж и Бристольский университет где он был награжден совместная диплом с отличием по математике и Физика в 1998 г.[9][10] Он продолжил свою докторскую степень в Лаборатория молекулярной биологии (ЛКМ) под наблюдением Сайрус Чотия на анализ генома и структура белка в качестве аспиранта Колледж Сидни Сассекс, Кембридж Выпускник 2001 г.[6]

Карьера и исследования

Получив докторскую степень, Гоф завершил постдокторское исследование на ЛКМ и Стэндфордский Университет, с Майкл Левитт. Впоследствии он был ученым в RIKEN в Токио до назначения член факультета на Бристольский университет, где работает с 2007 года.[10] Он также был приглашенный ученый на Институт Пастера в Париже и Доцент в Токийский медицинский и стоматологический университет.[9]

Научные интересы Гофа лежат в биоинформатика, вычислительная биология, молекулярная биология, геномика[3] что привело к созданию База данных надсемейства[11][12] из Скрытые марковские модели (HMMs), представляющие все белки известной структуры. Его исследования были опубликованы в ведущих экспертная оценка научные журналы включая Природа,[13][14] Наука,[15][16] Клетка,[17] Исследования нуклеиновых кислот,[18][19][20][21][22] PNAS,[23][24] то Биохимический журнал,[25] то Журнал молекулярной биологии,[26][27][28] Геномные исследования,[29] Биоинформатика,[30] PLOS Genetics,[31]Природа Генетика[32] и Журнал бактериологии.[33]

Исследование Гоф финансировалось Совет по исследованиям биотехнологии и биологических наук (BBSRC), Совет по инженерным и физическим наукам (EPSRC), Совет по исследованию окружающей среды (НКРЭ),[34] то Евросоюз (ЕВРОПА) Седьмая рамочная программа исследований (FP7), Японское общество содействия науке (JSPS) и Королевское общество Лондона.[9]

Среди его бывших докторантов и постдоков Ральф Петика,[5][35][36] Оуэн Рэкхэм,[5][37] Хашем Шихаб,[38][39][40][41] Мэтт Оутс,[42][43] и Димитриос Вавулис.[41][42]

Рекомендации

  1. ^ "Каталог диссертаций университетской библиотеки: Джулиан Джон Терстан Гоф". Кембриджский университет. Архивировано из оригинал 16 марта 2015 г.
  2. ^ а б c d "Джулиан ГОУ". Лондон: Регистрационная палата правительства Соединенного Королевства. Архивировано из оригинал 18 июля 2016 г.
  3. ^ а б c Джулиан Гоф публикации, проиндексированные Google ученый Отредактируйте это в Викиданных
  4. ^ «Genetrainer (генетически управляемый фитнес) в борьбе за главную технологическую награду». Бристольский университет. 3 июня 2013 г. Архивировано с оригинал 11 ноября 2014 г.
  5. ^ а б c Джулиан Гоф на Проект "Математическая генеалогия"
  6. ^ а б Гоф, Джулиан (2001). Скрытые марковские модели и их применение к анализу генома в контексте структуры белка (PDF) (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет. OCLC  879396947. EThOS  599547. Архивировано из оригинал (PDF) 11 марта 2015 г.
  7. ^ Джулиан Гоф в DBLP Сервер библиографии Отредактируйте это в Викиданных
  8. ^ Публикации Джулиана Гофа индексируется Scopus библиографическая база данных. (требуется подписка)
  9. ^ а б c d "Группа вычислительной геномики: профессор Джулиан Гоф". Бристольский университет. Архивировано из оригинал 11 марта 2015 г.
  10. ^ а б c "Профиль Джулиана Гофа". LinkedIn. Архивировано из оригинал 15 апреля 2015 г.
  11. ^ Гоф, Дж.; Чотия, К. (2002). «SUPERFAMILY: HMMs, представляющие все белки известной структуры. Поиск последовательностей SCOP, выравнивание и назначение генома». Исследования нуклеиновых кислот. 30 (1): 268–272. Дои:10.1093 / nar / 30.1.268. ЧВК  99153. PMID  11752312.
  12. ^ Де Лима Мораис, Д. А .; Fang, H .; Rackham, O.J. L .; Wilson, D .; Pethica, R .; Чотия, К.; Гоф, Дж. (2010). «SUPERFAMILY 1.75, включая доменно-ориентированный метод онтологии генов». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (Проблема с базой данных): D427 – D434. Дои:10.1093 / нар / gkq1130. ЧВК  3013712. PMID  21062816.
  13. ^ Консорциум FANTOM и RIKEN PMI и CLST (DGT); Форрест, А. Р .; Кавадзи, H; Рехли, М; Baillie, J. K .; Де Хун, М. Дж .; Haberle, V; Лассманн, Т; Кулаковский, И. В .; Лицио, М; Ито, М; Андерссон, Р. Mungall, C.J .; Meehan, T. F .; Шмайер, S; Бертин, Н; Jørgensen, M; Димонт, Э; Арнер, Э; Шмидл, К; Schaefer, U; Медведева, Ю. А .; Плесси, К; Витезич, М; Северин, Дж; Семпл, C; Ishizu, Y; Янг, Р. С .; Francescatto, M; и другие. (2014). "Атлас экспрессии млекопитающих на уровне промотора". Природа. 507 (7493): 462–70. Дои:10.1038 / природа13182. ЧВК  4529748. PMID  24670764.
  14. ^ Окадзаки, Й .; Furuno, M .; Kasukawa, T .; Adachi, J .; Bono, H .; Кондо, С .; Nikaido, I .; Osato, N .; Saito, R .; Suzuki, H .; Яманака, I .; Kiyosawa, H .; Яги, К .; Tomaru, Y .; Hasegawa, Y .; Nogami, A .; Schönbach, C .; Годжобори, Т.; Baldarelli, R .; Hill, D.P .; Bult, C .; Хьюм, Д. А .; Quackenbush, J.; Schriml, L.M .; Канапин, А .; Matsuda, H .; Баталов, С .; Beisel, K. W .; Blake, J. A .; и другие. (2002). «Анализ транскриптома мыши на основе функциональной аннотации 60 770 полноразмерных кДНК». Природа. 420 (6915): 563–573. Дои:10.1038 / природа01266. PMID  12466851.
  15. ^ Chothia, C; Гоф, Дж.; Vogel, C; Тайхманн, С.А. (2003). «Эволюция белкового репертуара». Наука. 300 (5626): 1701–3. Дои:10.1126 / science.1085371. PMID  12805536.
  16. ^ Carninci, P; Kasukawa, T; Катаяма, S; Гоф, Дж.; Frith, M.C .; Maeda, N; Ояма, Р. Раваси, Т; Ленхард, Б; Уэллс, С; Кодзиус, Р; Shimokawa, K; Bajic, V. B .; Бреннер, С.; Баталов, С; Форрест, А. Р .; Заволан, М; Дэвис, М. Дж .; Wilming, L.G .; Aidinis, V; Allen, J.E .; Амбези-Импиомбато, А; Апвейлер, Р; Aturaliya, R. N .; Bailey, T. L .; Бансал, М; Бакстер, L; Beisel, K. W .; Берсано, Т; и другие. (2005). «Транскрипционный ландшафт генома млекопитающих». Наука. 309 (5740): 1559–63. Дои:10.1126 / science.1112014. PMID  16141072.
  17. ^ Раваси, Т; Сузуки, H; Cannistraci, C. V .; Катаяма, S; Bajic, V. B .; Бак; Акалин, А; Шмайер, S; Канамори-Катаяма, М. Бертин, Н; Carninci, P; Daub, C.O .; Форрест, А. Р .; Гоф, Дж; Гриммонд, S; Han, J. H .; Хашимото, Т; Hide, W; Хофманн, О; Камбуров А; Каур, М; Кавадзи, H; Кубосаки, А; Лассманн, Т; Ван Нимвеген, Э; MacPherson, C.R .; Огава, К; Радованович, А; Шварц, А; Teasdale, R.D .; Тегнер, Дж; Ленхард, Б; Тайхманн, С.А.; Аракава, Т; Ninomiya, N; Мураками, К; Тагами, М; Фукуда, S; Имамура, К; Кай, К; Ishihara, R; Китадзуме, Y; Каваи, Дж; Хьюм, Д.А.; Идекер, Т; Хаяшизаки, Y (2010). «Атлас комбинаторной регуляции транскрипции у мышей и человека». Клетка. 140 (5): 744–52. Дои:10.1016 / j.cell.2010.01.044. ЧВК  2836267. PMID  20211142. открытый доступ
  18. ^ Lewis, T. E .; Силлитоэ, I; Андреева А; Blundell, T. L .; Buchan, D. W .; Chothia, C; Cozzetto, D; Dana, J.M .; Филиппис, I; Гоф, Дж.; Джонс, Д. Т .; Kelley, L.A .; Клейвегт, Г. Дж.; Minneci, F; Мистри, Дж; Мурзин, А.Г .; Очоа-Монтаньо, B; Oates, M.E .; Пунта, М; Rackham, O.J .; Stahlhacke, J; Штернберг, М. Дж.; Веланкар, S; Оренго, К. (2015). «Genome3D: использование структуры, чтобы помочь пользователям понять свои последовательности». Исследования нуклеиновых кислот. 43 (Выпуск базы данных): D382–6. Дои:10.1093 / нар / gku973. ЧВК  4384030. PMID  25348407.
  19. ^ Митчелл, А; Chang, H. Y .; Догерти, L; Фрейзер, М; Хантер, S; Lopez, R; МакАнулла, C; Макменамин, К; Nuka, G; Пессе, S; Санградор-Вегас, А; Щереметьев, М; Рато, C; Yong, S. Y .; Бейтман, А; Пунта, М; Аттвуд, Т.К.; Sigrist, C.J .; Редащи, Н; Ривуар, С; Ксенариос, I; Кан, Д; Гайо, Д; Борк, П; Letunic, I; Гоф, Дж.; Оутс, М; Хафт, Д; Хуанг, Н; Натале, Д. А. (2015). «База данных семейств белков InterPro: ресурс классификации через 15 лет». Исследования нуклеиновых кислот. 43 (Выпуск базы данных): D213–21. Дои:10.1093 / нар / gku1243. ЧВК  4383996. PMID  25428371. открытый доступ
  20. ^ Хантер, С .; Jones, P .; Mitchell, A .; Apweiler, R .; Attwood, T. K .; Bateman, A .; Бернард, Т .; Binns, D .; Bork, P .; Burge, S .; De Castro, E .; Coggill, P .; Corbett, M ​​.; Das, U .; Догерти, Л .; Duquenne, L .; Finn, R.D .; Fraser, M .; Gough, J .; Haft, D .; Hulo, N .; Kahn, D .; Kelly, E .; Letunic, I .; Lonsdale, D .; Lopez, R .; Madera, M .; Maslen, J .; McAnulla, C .; МакДауэл, Дж. (2011). «InterPro в 2011 году: новые разработки в базе данных прогнозирования семей и доменов». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Проблема с базой данных): D306 – D312. Дои:10.1093 / nar / gkr948. ЧВК  3245097. PMID  22096229.
  21. ^ Хантер, С .; Апвейлер, Р.; Аттвуд, Т.; Байроч, А.; Бейтман, А.; Binns, D .; Борк, П.; Das, U .; Догерти, L .; Duquenne, L .; Finn, R.D .; Гоф, Дж.; Haft, D .; Hulo, N .; Kahn, D .; Kelly, E .; Laugraud, A .; Letunic, I .; Lonsdale, D .; Lopez, R .; Madera, M .; Maslen, J .; McAnulla, C .; McDowall, J .; Mistry, J .; Mitchell, A .; Mulder, N .; Natale, D .; Оренго, С .; Куинн, А. Ф. (январь 2009 г.). «InterPro: комплексная база данных сигнатур белков». Исследования нуклеиновых кислот. 37 (Проблема с базой данных): D211 – D215. Дои:10.1093 / nar / gkn785. ISSN  0305-1048. ЧВК  2686546. PMID  18940856. открытый доступ
  22. ^ Малдер, Н. Дж .; Апвейлер, Р; Аттвуд, Т.К.; Байроч, А; Бейтман, А; Биннс, Д; Брэдли, П.; Борк, П; Bucher, P; Cerutti, L; Копли, Р. Courcelle, E; Дас, У; Дурбин, Р.; Fleischmann, W; Гоф, Дж.; Хафт, Д; Harte, N; Хуло, Н; Кан, Д; Канапин, А; Крестьянинова, М; Lonsdale, D; Lopez, R; Letunic, I; Мадера, М; Маслен, Дж; МакДауэлл, Дж; Митчелл, А; и другие. (2005). «ИнтерПро, прогресс и статус в 2005 году». Исследования нуклеиновых кислот. 33 (Выпуск базы данных): D201–5. Дои:10.1093 / нар / gki106. ЧВК  540060. PMID  15608177. открытый доступ
  23. ^ Виноградов, С. Н .; Hoogewijs, D; Байи, X; Арредондо-Питер, Р. Гертин, М; Гоф, Дж; Девильд, S; Моенс, L; Ванфлетерен, Дж. Р. (2005). «Три глобиновые линии, принадлежащие к двум структурным классам в геномах трех царств жизни». Труды Национальной академии наук. 102 (32): 11385–9. Дои:10.1073 / pnas.0502103102. ЧВК  1183549. PMID  16061809.
  24. ^ Герарди, Э; Youles, M.E .; Miguel, R.N .; Blundell, T. L .; Ямеле, L; Гоф, Дж; Bandyopadhyay, A; Hartmann, G; Батлер, П. Дж. (2003). «Функциональная карта и доменная структура MET, продукта протоонкогена c-met и рецептора фактора роста гепатоцитов / фактора рассеяния». Труды Национальной академии наук. 100 (21): 12039–44. Дои:10.1073 / pnas.2034936100. ЧВК  218709. PMID  14528000.
  25. ^ Chothia, C; Гоф, Дж (2009). «Геномные и структурные аспекты эволюции белков». Биохимический журнал. 419 (1): 15–28. Дои:10.1042 / BJ20090122. PMID  19272021.
  26. ^ Apic, G; Гоф, Дж.; Тайхманн, С.А. (2001). «Комбинации доменов в протеомах архей, эубактерий и эукариот». Журнал молекулярной биологии. 310 (2): 311–25. Дои:10.1006 / jmbi.2001.4776. PMID  11428892.
  27. ^ Gough, J .; Karplus, K .; Hughey, R .; Чотия, К. (2001). «Присвоение гомологии последовательностям генома с использованием библиотеки скрытых марковских моделей, которые представляют все белки известной структуры1». Журнал молекулярной биологии. 313 (4): 903–919. CiteSeerX  10.1.1.144.6577. Дои:10.1006 / jmbi.2001.5080. PMID  11697912.
  28. ^ Тайхманн, С.А.; Rison, S.C .; Торнтон, Дж. М.; Райли, М; Гоф, Дж.; Chothia, C (2001). «Эволюция и структурная анатомия метаболических путей малых молекул в Escherichia coli». Журнал молекулярной биологии. 311 (4): 693–708. CiteSeerX  10.1.1.121.1628. Дои:10.1006 / jmbi.2001.4912. PMID  11518524.
  29. ^ Kasukawa, T; Фуруно, М; Никайдо, я; Боно, Н; Хьюм, Д. А .; Bult, C; Hill, D.P .; Baldarelli, R; Гоф, Дж.; Канапин, А; Мацуда, H; Schriml, L.M .; Хаяшизаки, Y; Окадзаки, Y; Quackenbush, J (2003). «Разработка и оценка автоматизированного конвейера аннотации и системы аннотации кДНК». Геномные исследования. 13 (6B): 1542–51. Дои:10.1101 / гр.992803. ЧВК  403710. PMID  12819153. открытый доступ
  30. ^ Shihab, H.A .; Гоф, Дж; Купер, Д. Н .; День, И. Н .; Гонт, Т. Р. (2013). «Прогнозирование функциональных последствий аминокислотных замен, связанных с раком». Биоинформатика. 29 (12): 1504–10. Дои:10.1093 / биоинформатика / btt182. ЧВК  3673218. PMID  23620363.
  31. ^ Liu, J .; Гоф, Дж.; Рост, Б. (2006). «Отличие кодирования белков от некодирующих РНК с помощью машин опорных векторов». PLoS Genetics. 2 (4): e29. Дои:10.1371 / journal.pgen.0020029. ЧВК  1449884. PMID  16683024.
  32. ^ Фантом, Консорциум; Сузуки, H; Форрест, А. Р .; Ван Нимвеген, Э; Daub, C.O .; Balwierz, P.J .; Ирвин, К. М .; Лассманн, Т; Раваси, Т; Hasegawa, Y; Де Хун, М. Дж .; Катаяма, S; Шредер, К; Carninci, P; Томару, Y; Канамори-Катаяма, М. Кубосаки, А; Акалин, А; Андо, Y; Арнер, Э; Асада, М; Асахара, H; Бейли, Т; Bajic, V. B .; Бауэр, Д; Beckhouse, A.G .; Бертин, Н; Björkegren, J; Бромбахер, Ф; и другие. (2009). «Транскрипционная сеть, которая контролирует остановку роста и дифференцировку в линии клеток миелоидной лейкемии человека». Природа Генетика. 41 (5): 553–62. Дои:10,1038 / нг.375. ЧВК  6711855. PMID  19377474.
  33. ^ Бабу, М. М .; Priya, M. L .; Сельван, А. Т .; Мадера, М; Гоф, Дж; Аравинд, L; Шанкаран, К (2006). «База данных бактериальных липопротеинов (ДОЛОП) с функциональным назначением предсказанных липопротеинов». Журнал бактериологии. 188 (8): 2761–73. Дои:10.1128 / JB.188.8.2761-2773.2006. ЧВК  1446993. PMID  16585737.
  34. ^ «Грант правительства Великобритании присужден Джулиану Гофу». Исследовательские советы Великобритании. Архивировано из оригинал 15 марта 2015 г.
  35. ^ Петика, Ральф Брайан (2011). Последовательности, структуры и биологические функции молекулярной эволюции (Кандидатская диссертация). Бристольский университет. OCLC  784569999.
  36. ^ Pethica, R. B .; Левитт, М.; Гоф, Дж. (2012). «Эволюционно согласованные семейства в SCOP: последовательность, структура и функции». BMC Структурная биология. 12: 27. Дои:10.1186/1472-6807-12-27. ЧВК  3495643. PMID  23078280. открытый доступ
  37. ^ Рэкхэм, Оуэн Джон Ллевеллин (2012). Понимание и управление многомасштабной сложностью клетки (Кандидатская диссертация). Бристольский университет. Архивировано из оригинал 16 марта 2015 г.
  38. ^ Али Шихаб, Хашем (2013). Прогнозирование функциональных эффектов генетической изменчивости (Кандидатская диссертация). Бристольский университет. Архивировано из оригинал 19 марта 2015 г.
  39. ^ Shihab, H.A .; Гоф, Дж; Морт, М; Купер, Д. Н .; День, И. Н .; Гонт, Т. Р. (2014). «Ранжирование несинонимичных однонуклеотидных полиморфизмов на основе концепции болезни». Геномика человека. 8: 11. Дои:10.1186/1479-7364-8-11. ЧВК  4083756. PMID  24980617.
  40. ^ Shihab, H.A .; Гоф, Дж; Купер, Д. Н .; День, И. Н .; Гонт, Т. Р. (2013). «Прогнозирование функциональных последствий аминокислотных замен, связанных с раком». Биоинформатика. 29 (12): 1504–10. Дои:10.1093 / биоинформатика / btt182. ЧВК  3673218. PMID  23620363.
  41. ^ а б «Люди из группы вычислительной геномики в Бристоле». Бристольский университет. Архивировано из оригинал 19 марта 2015 г.
  42. ^ а б Oates, M.E .; Stahlhacke, J; Вавулис, Д. В .; Смитерс, Б; Rackham, O.J .; Sardar, A.J .; Zaucha, J; Thurlby, N; Фанг, H; Гоф, Дж (2015). «База данных SUPERFAMILY 1.75 в 2014 году: удвоение данных». Исследования нуклеиновых кислот. 43 (Выпуск базы данных): D227–33. Дои:10.1093 / нар / gku1041. ЧВК  4383889. PMID  25414345.
  43. ^ Oates, M.E .; Ромеро, П; Ishida, T; Ghalwash, M; Мизианты, М. Дж .; Сюэ, Б; Dosztányi, Z; Уверский, В. Н .; Обрадович, З; Курган, Л; Дункер, А. К .; Гоф, Дж (2013). "D²P²: База данных предсказаний неупорядоченного белка". Исследования нуклеиновых кислот. 41 (Выпуск базы данных): D508–16. Дои:10.1093 / нар / гкс1226. ЧВК  3531159. PMID  23203878.