Kazal домен - Kazal domain
| Домен ингибитора сериновой протеазы Kazal-типа | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 структура комплекса фоллистатин: активин | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | Казал_1 | ||||||||
| Pfam | PF00050 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR002350 | ||||||||
| PROSITE | PDOC00254 | ||||||||
| SCOP2 | 3гб / Объем / СУПФАМ | ||||||||
| |||||||||
| Домен ингибитора сериновой протеазы Kazal-типа | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 структура fs1, гепарин-связывающего домена фоллистатина | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | Казал_2 | ||||||||
| Pfam | PF07648 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR011497 | ||||||||
| PROSITE | PDOC00254 | ||||||||
| SCOP2 | 3гб / Объем / СУПФАМ | ||||||||
| |||||||||
В Kazal домен это эволюционно сохраненный белковый домен обычно указывает на сериновая протеаза ингибиторы. Однако казалеподобные домены также наблюдаются во внеклеточной части Агринс, которые, как известно, не являются ингибиторами протеаз.
У животных ингибиторы сериновой протеазы, которые действуют через их домен Kazal, сгруппированы под МЕРОПЫ семейство ингибиторов I1, клан IA.[1][2]
Казал 1
Kazal домены часто встречаются в тандемных массивах. Маленький альфа + бета складка содержащий три дисульфидные связи. Выравнивание также включает один домен от транспортеров семейства OATP / PGT. P46721.
Пептид ингибиторы протеиназ можно найти как одиночный домен белки или как один или несколько домены внутри белков; они называются либо простыми, либо сложными ингибиторами соответственно. Во многих случаях они синтезируются как часть более крупного предшественник белок, либо в виде препропептида, либо в виде N-концевого домена, связанного с неактивным пептидаза или же зимоген. Этот домен предотвращает доступ субстрат к активный сайт. Удаление N-концевого домена ингибитора путем взаимодействия со второй пептидазой или путем автокаталитический расщепление активирует зимоген. Другие ингибиторы взаимодействовать напрямую с протеиназы с использованием простого нековалентного механизма замка и ключа; в то время как другие используют конформационный захват на основе изменений механизм это зависит от их структурный и термодинамический характеристики.
Это семейство ингибиторов Kazal принадлежит к семейству ингибиторов MEROPS I1, клан IA. Они подавлять серин пептидазы семейства S1 (ИНТЕРПРО ).[3] Члены в основном являются многоклеточными животными, но включают исключения в альвеолах (apicomplexa), stramenopiles, высшие растения и бактерии.
Ингибиторы Kazal, которые ингибируют ряд сериновых протеаз (таких как трипсин и эластаза), относятся к семейство белков который включает секреторный трипсин ингибитор; птичий овомукоид; ингибитор акрозина; и ингибитор эластазы. Эти белки содержат от 1 до 7 ингибиторов Казала повторяет.[4][5]
В структура Казальского повтора включает большое количество удлиненных цепочек, 2 коротких альфа-спирали и трехцепочечный антипараллельный бета-лист.[4] Ингибитор совершает 11 контактов со своим фермент субстрат: необычно, 8 из этих важных остатки гипервариабельны.[5] Изменение остатков, контактирующих с ферментом, и особенно остатков связи активного центра, влияет на силу ингибирования и специфичность ингибитора конкретного серина протеазы.[5][6] Присутствие этого домена Pfam обычно указывает на серин. протеаза ингибиторы, однако, казал-подобные домены также видны в внеклеточный часть агринов, которые, как известно, не являются ингибиторами протеиназ.
Белки человека с доменами Kazal 1:
- УСМЕШКА, CPAMD8
- FST, FSTL3, FSTL4, FSTL5
- IGFBPL1
- SMOC1, SPARC, SPARCL1, SPINK1, SPINK2, SPINK4, SPINK5, SPINK5L2, SPINK5L3, SPINK6, SPINK7, SPINK9
- TMEFF1, TMEFF2
Казал 2
Этот домен обычно указывает на сериновую протеазу ингибиторы которые принадлежат Merops ингибитор семейства: I1, I2, I17 и I31. Однако казалоподобный домены также видны в внеклеточный часть агринов, которые, как известно, не ингибиторы протеазы. Казал домены часто встречается в тандемные массивы и имеют центральную альфа-спираль, короткую двухцепочечную антипараллельный бета-лист и несколько дисульфидных облигации.[7][8][9] Аминоконцевой сегмент этого домена связывает к активный сайт его протеаз-мишеней, тем самым подавляя их функцию.
Белки человека с доменами Kazal 2:
- C6, CFI
- FSTL1, FSTL3
- HTRA1, HTRA3, HTRA4
- IGFBP7, КАЗАЛД1, LST3, RECK
- SLC21A8, SLCO1A2, SLCO1B1, SLCO1B3, SLCO1C1, SLCO2A1, SLCO3A1, SLCO4A1, SLCO4C1, SLCO5A1, SLCO6A1, SMOC2, SPINK5, SPOCK1, SPOCK2, SPOCK3
- WFIKKN1, WFIKKN2
Рекомендации
- ^ Семейство MEROPS I1
- ^ ИнтерПро: IPR001239
- ^ Роулингс Н.Д., Толле Д.П., Барретт А.Дж. (март 2004 г.). «Эволюционные семейства ингибиторов пептидазы». Biochem. J. 378 (Pt 3): 705–16. Дои:10.1042 / BJ20031825. ЧВК 1224039. PMID 14705960.
- ^ а б Уильямсон член парламента; Марион Д; Вютрих К. (март 1984 г.). «Вторичная структура в растворе конформации ингибитора протеиназы IIA из семенной плазмы быка с помощью ядерного магнитного резонанса». J. Mol. Биол. 173 (3): 341–59. Дои:10.1016/0022-2836(84)90125-6. PMID 6699915.
- ^ а б c Laskowski M, Kato I., Ardelt W., Cook J, Denton A, Empie MW, Kohr WJ, Park SJ, Parks K, Schatzley BL (январь 1987 г.). «Третьи овомукоидные домены от 100 видов птиц: выделение, последовательности и гипервариабельность контактных остатков фермент-ингибитор». Биохимия. 26 (1): 202–21. Дои:10.1021 / bi00375a028. PMID 3828298.
- ^ Empie MW, Laskowski M (май 1982). «Термодинамика и кинетика замены одиночных остатков в третьих доменах овомукоида птиц: влияние на взаимодействие ингибиторов с сериновыми протеиназами». Биохимия. 21 (10): 2274–84. Дои:10.1021 / bi00539a002. PMID 7046785.
- ^ Schlott B, Wöhnert J, Icke C, Hartmann M, Ramachandran R, Gührs KH, Glusa E, Flemming J, Görlach M, Grosse F, Ohlenschläger O (апрель 2002 г.). «Взаимодействие доменов ингибиторов Kazal-типа с сериновыми протеиназами: биохимические и структурные исследования». J. Mol. Биол. 318 (2): 533–46. Дои:10.1016 / S0022-2836 (02) 00014-1. PMID 12051857.
- ^ Стаббс М.Т., Моренвайзер Р., Штюрцебехер Дж., Бауэр М., Боде В., Хубер Р., Пехоттка Г. П., Матшинер Г., Зоммерхофф С. П., Фриц Х., Ауэрсвальд Е. А. (август 1997 г.). «Трехмерная структура рекомбинантного ингибитора триптазы, полученного из пиявки, в комплексе с трипсином. Влияние на структуру триптазы тучных клеток человека и ее ингибирование». J. Biol. Chem. 272 (32): 19931–7. Дои:10.1074 / jbc.272.32.19931. PMID 9242660.
- ^ ван де Лохт А., Ламба Д., Бауэр М., Хубер Р., Фридрих Т., Крегер Б., Хёффкен В., Боде В. (ноябрь 1995 г.). «Две головы лучше, чем одна: кристаллическая структура производного насекомого двухдоменного ингибитора казала родниина в комплексе с тромбином». EMBO J. 14 (21): 5149–57. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1995.tb00199.x. ЧВК 394622. PMID 7489704.