LENG9 - LENG9


Член кластера рецепторов лейкоцитов 9 (LENG 9) нехарактерный белок кодируется геном LENG9.[1][2] Предполагается, что у людей LENG9 играет роль в фертильности и репродуктивных нарушениях, связанных со структурами женского эндометрия.[3][4]

Ген

Место расположения

Окрестности гена LENG9 на 19 хромосоме.[1]

LENG9 расположен в 19q13.42 на хромосоме 19, охватывая чувственная нить (-) с 54 461 796 б.п. до 54 463 711 б.п.[5] Ген LENG9 имеет длину 1930 пар оснований и содержит один экзон.[1][2]

Gene Neighborhood

Гены LENG8-AS1 и CDC42EP5 соседствуют с LENG9 на 19 хромосоме.[2] CDC42EP5 простирается по той же области LENG9, в то время как LENG8-AS1 располагается слева от обоих генов.[5] TTYH1 и LENG8 также находятся в одном и том же районе гена, но расположены на противоположной цепи.

Выражение

Экспрессия LENG9 в различных тканях[6]

LENG9 высоко экспрессируется (75-100%) в скелетных мышцах и части тканей печени плода, тогда как повсеместная экспрессия LENG9 умеренная (50-75%) во всех других наблюдаемых тканях.[6][7] Экспрессия LENG9 у человека наблюдается в шейке матки, легких и плаценте взрослых.[8] Ген также экспрессируется при болезненных состояниях, включая опухоли легких и примитивные нейроэктодермальные опухоли, обычно обнаруживается у детей или молодых людей. Однако LENG9 не экспрессируется на ювенильной стадии развития.[8]

Промоутер

Предполагается, что промоторная область будет иметь длину 1101 пару оснований.[9] В сайт начала транскрипции обнаруженный в этой области расположен на 119 п.н. выше стартового кодона.[1] а также стоп-кодон в рамке от 1087 до 1089 пар оснований.[5]

транскрипт мРНК

Варианты стыковки

У человека LENG9 имеет две неспецифицированные мРНК. варианты расшифровки.[5] Вариант (1) представляет собой самый длинный и наиболее консервативный транскрипт гена и состоит из одного экзона, состоящего из 1919 п.н.

Протеин

Общие свойства

LENG9 имеет длину 501 аминокислоту с прогнозируемой молекулярной массой 53,2 кДа.[10] В изоэлектрическая точка белка LENG9 прогнозируется равным 7,7.[11] Не известно трансмембранный последовательности были найдены для LENG9.[12]

Сочинение

Предсказанная третичная структура белка LENG9.[13]

Анализ белка LENG9 проводили по «человеческой» базе данных,[10] что указывает на более высокую частоту аминокислот аланина и пролина, чем у нормального человеческого белка. И наоборот, была обнаружена аномально более низкая частота аминокислот аспартата, изолейцина, метионина, аспарагина, серина и тирозина.

Структура

В вторичная структура LENG9, по прогнозам, будет состоять из альфа-спирали и бета-листы на протяжении всей последовательности.[14][13][15] В третичная структура LENG9 отображается на изображении справа.

Субклеточная локализация

Сильный сигнальный пептид, обнаруженный в области митохондрии (0,788), предполагает, что белок LENG9 локализуется в митохондриальный матрица.[12] Однако дальнейший анализ среди ортологов других млекопитающих предсказал субклеточную локализацию в цитоплазма и ядерная локализация для Данио Рерио.[12][16]

Пост-трансляционные модификации

Предсказанные сайты фосфорилирования LENG9.[17]

Ожидается, что LENG9 подвергнется посттрансляционные модификации Такие как фосфорилирование, N-концевое ацетилирование, сумоилирование, и C-терминал Гликозилфосфатидилинозитол (GPI) модификация якоря.

Фосфорилирование

LENG9 содержит множество сайтов фосфорилирования, распределенных в последовательности белка, как показано на диаграмме справа. Эти сайты включают казеинкиназа 2 (CK2), цАМФ-зависимая протеинкиназа (ПКА), протеинкиназа C (PKC), атаксия, телеангиэктазия, мутировавшая киназа (АТМ), циклин-зависимая киназа 5 (CDK5) и казеин киназа 1 (СК1).[18]

N-концевое ацетилирование

Существует один предсказанный сайт N-концевого ацетилирования, обнаруженный в белке LENG9 в аминокислотном положении серина 3.[19]

Сумоилирование

Есть два предполагаемых сайта сумоилирования в LENG9 в положениях 82 и 452 на остатках лизина.[20]

Модификация якоря GPI C-терминала

Сайт модификации С-конца GPI был обнаружен на остатке глицина в положении 486.[21]

Домены и мотивы

В LENG9 есть 3 консервативных домена. Домен цинкового пальца, связывающий ионы металлов, ZnF_C3H1[22] находится от аминокислоты 46 до 61. LENG9 также имеет домен с неизвестной функцией, принадлежащий к семейству доменов DUF504, который простирается от аминокислоты 109 до 160. Последний консервативный домен простирается от аминокислоты 320 до 500 и известен как AKAP7 2 '5' РНК-лигазоподобный домен (AKAP7_NLS).[5][23]

Сохранено WD40 повторяет находятся в LENG9, охватывая от 98 до 159 аминокислот.[13][24] Для этого мотива характерны бета-винт структуры в третичной структуре.

Схема PTM, домена и мотива гена LENG9.[25]

Белковые взаимодействия

Обнаружено, что LENG9 взаимодействует с белком C9ORF41, который кодирует метилтрансфераза, участвует в конвертации карнозин к ансерин присутствует в скелетных мышцах. Другой интерактор CDC5L,[26] который является положительным регулятором клеточного цикла для перехода от фазы G2 к M.[27] FOXS1 - еще один взаимодействующий белок, который действует как репрессор транскрипции для подавления таких промоторов, как FASLG, FOXO3 и FOXO4.[28]

Клиническое значение

Ассоциация болезней

Ген LENG9 оказался регулируемый и выражается в эндотелиальный эндометрий (hEECs) ткани на различных стадиях менструального / репродуктивного цикла при трансфекции геном РНК, miR-30d.[3][29] В качестве эктопический сверхэкспрессия miR-30d в hEECs влияет на гены, связанные с раком, LENG9, как предполагается, играет роль в нарушениях репродуктивной и эндокринной системы.

Плодородие

Анализ восприимчивости эндометрия с использованием miRNA рецептивного и пререцептивного эндометрия от фертильных женщин также показал значительное повышение регуляции miR-30d.[4] Следовательно, индуцированная экспрессия LENG9 из miR-30d трансфекция предполагает возможную связь между геном LENG9 и функциями женской фертильности.

Гомология

Изменение скорости эволюции LENG9 по сравнению с фибриногеном и цитохромом C.[30]

Эволюция

Сравнение белка LENG9 проводилось с фибриноген и цитохром с наблюдать за скоростью эволюционных изменений. Относительно высокая скорость изменения LENG9 по сравнению с другими белками предполагает, что ген адаптивен к жизненно важным клеточным структурам и функциям.

Паралоги

Для LENG9 нет известных паралогов.[2]

Ортологи

LENG9 высоко консервативен у млекопитающих и костных рыб, например у рыбок данио.[24] Он также сохраняется у некоторых рептилий и амфибий.[31] Гена нет у беспозвоночных, птиц, бактерий или грибов.[32]

Род и видРаспространенное имяЗаказРасхождение

от человека

Происхождение (MYA)

Присоединение к NCBI

Число

Длина последовательности

(бп)

Процент идентичности

к человеку

Процент сходства с человеком
Homo sapiensЧеловекПриматы0NP_945339.2501100%100%
Пан троглодитыШимпанзе6.65XP_003316725.147994.4%94.4%
Горилла горилла гориллаГорилла9.06XP_018870227.145889.4%89.8%
Macaca mulattaМакака-резус29.44XP_014980381.147680.7%83.5%
Ictidomys tridecemlineatusБелка с тринадцатью линиямиRodentia90XP_005341645.149062.1%68.2%
Peromyscus maniculatus bairdiiОлень мышь90XP_006995933.148856.6%63.5%
Ceratotherium simum simumЮжный белый носорогПериссодактиля96XP_014649760.152858.3%64.1%
Equus caballusЛошадь96XP_001488865.250658.0%63.5%
Odobenus rosmarus divergensМоржХищник94XP_004415925.152759.3%62.5%
Panthera pardusЛеопард96XP_019292295.154055.1%61.0%
Bos taurusКрупный рогатый скотПарнокопытные96XP_005192875.153553.6%58.7%
Овис ОвенОвца96XP_014955819.166941.1%47.1%
Аллигатор миссисипиенсисАмериканский аллигаторКрокодилла312XP_014459626.145239.0%46.5%
Тамнофис сирталисОбычная подвязка змеяSquamata312XP_013921249.150532.6%45.5%
Xenopus laevisАфриканская когтистая лягушкаАнура352XP_018080040.143130.9%40.6%
Nanorana parkeriВысокая гималайская лягушка352XP_018430267.140129.4%39.3%
Поздний калькариферБаррамундиОколообразные435XP_018538114.156531.3%38.2%
Nothobranchius furzeriЧерепаха-убийцаCyprinodontiformes435XP_015805834.153730.3%39.4%
Данио РериоДанио435XP_005157957.154227.9%37.5%
Poecilia formosaАмазонка Молли435XP_007550061.156926.7%37.5%

Рекомендации

  1. ^ а б c d «Член 9 кластера лейкоцитарных рецепторов LENG9 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-05-06.
  2. ^ а б c d База данных, генокарты Human Gene. "Ген LENG9 - Генные карты | Белок LENG9 | Антитело LENG9". www.genecards.org. Получено 2017-04-30.
  3. ^ а б Морено-Мойя, Хуан Мануэль; Вилелла, Фелипе; Мартинес, Себастьян; Пеллисер, Антонио; Симон, Карлос (2014-06-01). «Транскриптомные и протеомные эффекты эктопической сверхэкспрессии miR-30d в эпителиальных клетках эндометрия человека». MHR: фундаментальная наука репродуктивной медицины. 20 (6): 550–566. Дои:10,1093 / мольхр / gau010. ISSN  1360-9947. PMID  24489115.
  4. ^ а б Альтмяэ, Сигне; Мартинес-Конехеро, Хосе А .; Эстебан, Франсиско Дж .; Руис-Алонсо, Мария; Ставреус-Эверс, Аннели; Horcajadas, Jose A .; Салумец, Андрес (2012-08-17). «МикроРНК miR-30b, miR-30d и miR-494 регулируют рецептивность эндометрия человека». Репродуктивные науки. 20 (3): 308–317. Дои:10.1177/1933719112453507. ЧВК  4077381. PMID  22902743.
  5. ^ а б c d е «Член 9 кластера лейкоцитарных рецепторов LENG9 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-02-19.
  6. ^ а б «49016057 - Профили GEO - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-05-06.
  7. ^ «Кластер рецепторов лейкоцитов (LRC), член 9 (LENG9)». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-05-06.
  8. ^ а б Группа, Шулер. "Профиль EST - Hs.590976". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-05-06.
  9. ^ "Genomatix: Аннотация и анализ". www.genomatix.de. Получено 2017-04-30.
  10. ^ а б «САПС». Верстак биологии. Получено 6 мая, 2017.[постоянная мертвая ссылка ]
  11. ^ "ЧИСЛО ПИ". Получено 6 мая, 2017.[постоянная мертвая ссылка ]
  12. ^ а б c «Сервер TargetP 1.1». www.cbs.dtu.dk. Получено 2017-04-30.
  13. ^ а б c «Итоги I-TASSER». zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Получено 2017-05-06.[постоянная мертвая ссылка ]
  14. ^ «Результаты Phyre 2 для неопределенного». www.sbg.bio.ic.ac.uk. Получено 2017-04-30.[постоянная мертвая ссылка ]
  15. ^ "ЧОФАС". Верстак биологии. Получено 6 мая, 2017.[постоянная мертвая ссылка ]
  16. ^ «Прогноз PSORT II». psort.hgc.jp. Получено 2017-05-06.
  17. ^ «Сервер NetPhos 3.1». www.cbs.dtu.dk. Получено 2017-05-07.
  18. ^ "Сервер NetPhos 3.1". www.cbs.dtu.dk. Получено 2017-05-06.
  19. ^ «Сервер NetAcet 1.0». www.cbs.dtu.dk. Получено 2017-05-06.
  20. ^ "Программа анализа SUMOplot ™ | Abgent".
  21. ^ «Сервер прогнозирования GPI». mendel.imp.ac.at. Получено 2017-05-06.
  22. ^ "SMART: аннотация домена ZnF_C3H1". smart.embl.de. Получено 2017-05-06.
  23. ^ "член кластера лейкоцитарных рецепторов 9 изоформа 1 [Homo sapiens] - белок - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-05-06.
  24. ^ а б "CLUSTALW". Верстак биологии. Получено 6 мая, 2017.[постоянная мертвая ссылка ]
  25. ^ Кастро, Эдуард де. "ПРОСТА". prosite.expasy.org. Получено 2017-05-06.
  26. ^ Huttlin, Edward L .; Тинг, Лили; Брукнер, Рафаэль Дж .; Гебреаб, Фана; Гайги, Мелани П .; Шпит, Джон; Тэм, Стэнли; Заррага, Габриэла; Колби, Грег (16.07.2015). "Сеть BioPlex: систематическое исследование человеческого взаимодействия". Клетка. 162 (2): 425–440. Дои:10.1016 / j.cell.2015.06.043. ISSN  1097-4172. ЧВК  4617211. PMID  26186194.
  27. ^ Ллер, Давид; Денегри, Марко; Бигджогера, Марко; Аджух, Пол; Ламонд, Ангус И. (01.06.2010). «Прямое взаимодействие между hnRNP-M и белками CDC5L / PLRG1 влияет на выбор альтернативного сайта сплайсинга». EMBO отчеты. 11 (6): 445–451. Дои:10.1038 / embor.2010.64. ISSN  1469-3178. ЧВК  2892320. PMID  20467437.
  28. ^ Ли, Сюй; Ван, Венци; Ван, Цзядон; Малованная, Анна; Си, Юаньсинь; Ли, Вэй; Герра, Руди; Хоук, Дэвид Х .; Цинь, июнь (21 января 2015 г.). «Протеомные анализы выявляют различные комплексы связанных с хроматином и растворимых факторов транскрипции». Молекулярная системная биология. 11 (1): 775. Дои:10.15252 / msb.20145504. ISSN  1744-4292. ЧВК  4332150. PMID  25609649.
  29. ^ База данных, генокарты Human Gene. "Ген MIR30D - Генные карты | Ген РНК MIR30D". www.genecards.org. Получено 2017-05-07.
  30. ^ «Protein BLAST: поиск в базах данных белков с помощью белкового запроса». blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-05-07.
  31. ^ "Человеческий поиск BLAT". genome.ucsc.edu. Получено 2017-05-07.
  32. ^ «Protein BLAST: поиск в базах данных белков с помощью белкового запроса». blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-05-06.