Methanosarcinaceae - Methanosarcinaceae

Methanosarcinaceae
	Methanosarcina barkeri fusaro
Научная классификация
Домен:	Археи
Королевство:	Euryarchaeota
Тип:	Euryarchaeota
Учебный класс:	Метаномикробия
Заказ:	Methanosarcinales
Семья:	Methanosarcinaceae
Биномиальное имя
	Methanosarcinaceae; Балч и Вулф 1981
Роды
	Галометанококк ♦ Ю и Кавамура 1988; Метанимикрококк Sprenger et al. 2000 г.; Methanococcoides Сеятели и Ферри 1985; Метаногалобий Жилина и Заварзин 1988; Methanohalophilus Патерек и Смит 1988; Метанолобус Кениг и Стеттер, 1983 г.; Метанометиловоранс Lomans et al. 2004 г.; Methanosalsum Бун и Бейкер 2002; Methanosarcina Клюйвер и ван Ниль 1936 исправляют. Ni et al. 1994 г.;

В таксономия, то Methanosarcinaceae площадь семья из Methanosarcinales.^[1]

Филогения

В настоящее время принятая таксономия основана на Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN)^[2] и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI)^[3]а филогения основана на высвобождении LTP на основе 16S рРНК 106 посредством Проект "Все виды живого дерева".^[4]

?Halomethanococcus doii ♦ Ю и Кавамура 1988

?Methanohalobium evestigatum Жилина и Заварзин 1988

Methanosalsum zhilinae (Матрани и др., 1988) Бун и Бейкер, 2002 г.

Метанометиловоранс

	?М. victoriae ♠ Muyodi et al. 2000 г.

	M. hollandica Lomans et al. 2004 г. (тип sp.)

	М. термофила Цзян и др. 2005 г.

Methanimicrococcus blatticola Sprenger et al. 2000 г.

Methanosarcina

?М. horonobensis Shimizu et al. 2011 г.

?М. метаника (Смит 1930) Клюйвер и ван Ниль 1936 (ном. Рейч. )

?M. siciliae (Stetter and König 1989) Ni et al. 1994 исправление. Элберсон и Сауэрс 1997

?М. vacuolata Жилина и Заварзин 1987

	M. semesiae Lyimo et al. 2000 г.

	М. балтика von Klein et al. 2002 исправление. Singh et al. 2005 г.

M. lacustris Симанкова и др. 2002 г.

М. mazei (Баркер 1936) Ма и Кун 1984

М. acetivorans Sowers et al. 1986 г.

	М. баркери Schnellen 1947 исправить. Maestrojuán et al. 1992 г. (тип sp.)

	М. термофила Зиндер и др. 1985 г.

Methanococcoides

	?M. methylutens Сеятели и Ферри 1985 (тип sp.)

	М. аляскенс Singh et al. 2005 г.

	М. burtonii Franzmann et al. 1993 г.

Methanohalophilus

	?M. euhalobius ♠ (Образцова и др., 1987) Давыдова и др. 1997 г.

	?М. halophilus (Жилина 1984) Wilharm et al. 1991 г.

	М. махии Патерек и Смит 1988 (тип sp.)

	М. portucalensis Boone et al. 1993 г.

Метанолобус

?М. bombayensis Кадам и др. 1994 г.

?М. психрофильный ♠ Zhang et al. 2008 г.

?М. тиндариус Кениг и Стеттер, 1983 г. (тип sp.)

М. зиндери Doerfert et al. 2009 г.

М. oregonensis (Лю и др., 1990) Бун, 2002 г.

М. taylorii Оремланд и Бун 1994

	М. profundi Mochimaru et al. 2009 г.

	M. vulcani Stetter et al. 1989 исправление. Кадам и Бун 1995

Примечания:
♠ Штаммы, обнаруженные на Национальный центр биотехнологической информации (NCBI), но не указаны в Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN)
♦ Тип штамма утерян или недоступен

Биохимия

Примечательная черта Methanosarcinaceae это они метаногены которые содержат необычную аминокислоту пирролизин в свои ферменты.^[5] Фермент монометиламинметилтрансфераза катализирует реакцию монометиламин к метан. Этот фермент включает пирролизин. Необычная аминокислота вставляется с помощью уникального тРНК, антикодоном которого является UAG. В большинстве организмов и в большинстве белков Methanosarcinaceae UAG является стоп-кодон. Однако в этот фермент и где-либо еще пирролизин включен, вероятно, через контекстные маркеры на мРНК, загруженная пирролизином тРНК вставляется вместо фактор выпуска. У них также есть уникальный аминоацил-тРНК синтетаза специально для загрузки этой тРНК пирролизином. Эта уникальная адаптация до сих пор является предметом серьезных исследований.

дальнейшее чтение

Научные журналы

Кавальер-Смит, Т. (2002). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация». Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 52 (Чт 1): 7–76. Дои:10.1099/00207713-52-1-7. PMID 11837318.
Springer E; Sachs MS; Woese CR; Бун Д.Р. (1995). «Неполные генные последовательности для субъединицы А метил-кофермента М редуктазы (mcrI) как филогенетический инструмент для семейства Methanosarcinaceae». Int. J. Syst. Бактериол. 45 (3): 554–559. Дои:10.1099/00207713-45-3-554. PMID 8590683.
Кавальер-Смит, Т. (1986). «Царства организмов». Природа. 324 (6096): 416–417. Bibcode:1986Натура. 324..416C. Дои:10.1038 / 324416a0. PMID 2431320.
Сеятели КР; Джонсон JL; Ферри Дж. Г. (1984). «Филогенетические отношения между метилотрофными метан-продуцирующими бактериями и исправление семейства Methanosarcinaceae». Int. J. Syst. Бактериол. 34 (4): 444–450. Дои:10.1099/00207713-34-4-444.
Balch WE; Fox GE; Magrum LJ; Woses CR; и другие. (1979). «Метаногены: переоценка уникальной биологической группы». Microbiol. Rev. 43 (2): 260–296. Дои:10.1128 / MMBR.43.2.260-296.1979. ЧВК 281474. PMID 390357.

Научные книги

Бун DR; Whitman WB; Кога Й (2001). «Орден III. Methanosarcinales ord. Nov.». В DR Boone; Р. У. Кастенхольц (ред.). Руководство Берги по систематической бактериологии, том 1: Археи и глубоко разветвленные и фототрофные бактерии (2-е изд.). Нью-Йорк: Springer Verlag. стр.169. ISBN 978-0-387-98771-2.
Грант WD; Камекура М; McGenity TJ; Ventosa A (2001). «Класс III. Класс галобактерий. Nov.». В DR Boone; Р. У. Кастенхольц (ред.). Руководство Берги по систематической бактериологии, том 1: Археи и глубоко разветвленные и фототрофные бактерии (2-е изд.). Нью-Йорк: Springer Verlag. стр.169. ISBN 978-0-387-98771-2.

Научные базы данных

внешняя ссылка

[1] Увидеть NCBI веб-страница о Methanosarcinaceae. Данные извлечены из "Ресурсы таксономии NCBI". Национальный центр биотехнологической информации. Получено 2007-03-19.

[2] J.P. Euzéby. «Метаномикробия». Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (ЛПСН). Архивировано из оригинал на 2013-01-27. Получено 2011-11-17.

[3] Сэйерс; и другие. «Метаномикробия». Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) база данных таксономии. Получено 2011-06-05.

[4] Проект "Все виды живого дерева".«Выпуск 106 LTP на основе 16S рРНК (полное дерево)» (PDF). Комплексная база данных рибосомных РНК Silva. Получено 2011-11-17.

[5] Lehninger A, Nelson D, Cox M. Lehninger принципы биохимии. 6-е изд. Нью-Йорк: W.H. Фримен; 2013 г. 1124-1126.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]