PRP36 - PRP36
LOC105371752 | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | |||||||
Псевдонимы | PRP36 | ||||||
Внешние идентификаторы | Генные карты: [1] | ||||||
Ортологи | |||||||
Разновидность | Человек | Мышь | |||||
Entrez |
|
| |||||
Ансамбль |
|
| |||||
UniProt |
|
| |||||
RefSeq (мРНК) |
|
| |||||
RefSeq (белок) |
|
| |||||
Расположение (UCSC) | н / д | н / д | |||||
PubMed поиск | н / д | ||||||
Викиданные | |||||||
|
PRP36 (Пролин, богатый протеином 36) является внеклеточный белок в Homo sapiens который кодируется PRR36 (Proline Rich Region 36) ген который содержит область неизвестной функции, DUF4596, в сторону Конечная точка C белка.[1] Функция PRP36 неизвестна, но высокая экспрессия гена наблюдается в различных областях мозга, таких как префронтальная кора, мозжечок, а миндалина.[2][3] PRP36 имеет один псевдоним: Предполагаемый неохарактеризованный белок FLJ22184.[4]
Ген
Ген PRR36 человека состоит из 7 экзоны и составляет 5723 пар оснований длинный.[5]
Locus
PRR36 расположен на коротком плече хромосома человека 19 при 19p13.2 (область 1, полоса 3 и поддиапазон 2).[5] Ген расположен между номерами пар оснований 7868719 и 7874441 на хромосоме 19 и расположен между двумя другими генами - LYPLA2P2, a псевдоген, и EVI5L, ген, который производит белок, регулирующий Rab GTPase Мероприятия.[6][7]
мРНК и варианты сплайсинга
Альтернативная сварка гена PRR36 приводит к двум варианты расшифровки. PRR36 (FLJ22184) Вариант транскрипта 1, показанный на изображении ниже, имеет длину 4518 пар оснований и состоит из шести экзонов, из которых последние пять используются в кодировании белка. Вырабатываемый белок PRP36 состоит из 1346 аминокислоты.[8] Вариант 2 транскрипта PRR36 имеет длину 780 пар оснований и состоит из пяти экзонов. Вариант 2 транскрипта PRR36 теоретически кодирует белок длиной 260 аминокислот. Однако в настоящее время есть подозрения, что этот вариант расшифровки никогда не будет переведено.[5]
PRR36 Transcript Variant 1 только один полиаденилирование сайт.[9]
Протеин
Домен и мотивы
DUF4596 на человеческом PRP36 состоит из 47 аминокислот, имеет изоэлектрическая точка 3,77, и почти полностью консервированный через млекопитающие.[10] Несмотря на отсутствие сигнальный пептид, Предполагается, что PRP36 выводится из клетки после того, как она подвергнется обработке.[11][12]
Несколько разных тандем повторяет, отдельные повторы и повторяющиеся последовательности существуют по всему PRP36. Эти повторы наблюдаются у приматов PRP36. ортологи но отсутствуют в ортологах PRP36 от более отдаленных видов, таких как опоссум, что позволяет предположить, что некоторая форма эволюция встречается на протяжении всей последовательности PRP36 в относительно недавней истории.[10]
Сочинение
PRP36 состоит из 1346 аминокислот и пролин богатый, что означает, что большая часть остатков пролина присутствует во всем белке, включая домен DUF4596, по сравнению с другими белками человека. Белки, богатые пролином часто наблюдаются внутренне неструктурированный и были связаны с белок-белковыми взаимодействиями в сигнальных путях.[13] Однако неясно, сохраняются ли эти черты в PRP36. В PRP36 аминокислоты изолейцин, тирозин, и аспарагин присутствуют в меньшем количестве по сравнению с типичным человеческим белком. По отношению к N конечная PRP36, тогда как в доменах DUF4596 по направлению к С-концу существует крайне отрицательная последовательность. В целом, однако, PRP36, по-видимому, является слегка основным и в целом положительно заряженным белком, так как он имеет соответствующую изоэлектрическую точку 10,98.[10] PRP36 - это полярный и растворимый белок.[14]
Посттрансляционные модификации
Прогнозируется, что PRP36 будет содержать 24 фосфорилирование сайтов у человека, в том числе 14 серин, 9 треонин и 1 тирозиновый сайт.[15][16][17] Дополнительно прогнозируется 8 N-ацетилглюкозамин сайтов прикрепления и 2 высококонсервативных предсказанных СУМОилирование места.[18][19]
Вторичная структура
PRP36 вторичная структура не был точно определен, но прогнозы, основанные на мРНК PRR36, дают некоторые возможности. Альфа-спирали, бета-листы, и другие структурные характеристики не могут быть сохранены в ортологах PRP36, за исключением мотива бета-цепи альфа-спирали, альфа-спирали, бета-цепи, который был высококонсервативным у млекопитающих.[10] Этот мотив начинается немного раньше и переносится в область DUF4596, что указывает на высокую важность этого домена в функции PRP36.
Взаимодействующие белки
НИТЬ предсказал белковые взаимодействия для человеческого PRP36.
PRP36 имеет средние баллы за предсказанное взаимодействие с двумя другими белками с неизвестной функцией, OVCH1 и FAM179A.[20] Эти прогнозы, однако, не были подтверждены экспериментально, поэтому уверенность белок-белковое взаимодействие с PRP36 не очень высока.[20]
Сотовая связь
Фобиус предсказал расположение белка PRP36 человека.
Нет сигнальный пептид или другой маркер, как предполагается, существует с последовательностью PRP36.[21] Однако, согласно Фобиусу, предполагается, что PRP36 является нецитоплазматическим белком, существующим во внеклеточном пространстве.[21] Если предположить, что этот прогноз верен, это может указывать на то, что PRP36 подвергается нетрадиционная секреция белка.
Выражение
Промоутер
Один промоутер предсказывает существование Геноматикс для белка PRP36. Этот промотор существует на отрицательной цепи с позиции 7939226 до 7939826 и составляет 601 пар оснований в длину.[22] Промоторная область PRP36 содержит ряд предсказанных факторы транскрипции различных типов, включая различные цинковые пальцы, E2F факторы и факторы CDF. Следует отметить присутствие промотора XGene на минусовой нити, который является медиатором РНК-полимераза II для промоутеров, не имеющих Коробка ТАТА, как и в случае промотора PRP36.[23] В следующей таблице приведены 12 факторов транскрипции, которые взаимодействуют с PRP36, как было предсказано инструментом ElDorado от Genomatix - все указанные факторы получили минимальную оценку Matrix Sim, равную 0,877.[23]
Семья Матрицы | Подробная информация о матрице | Подробная информация о семье | Начальная позиция | Конечное положение | Положение якоря | Strand | Последовательность |
---|---|---|---|---|---|---|---|
O $ XCPE | Элемент корового промотора гена X 1 | Активатор-, медиатор- и TBP-зависимый коровой промоторный элемент для транскрипции РНК-полимеразы II с промоторов без TATA | 513 | 523 | 518 | + | ggGCGGgaccg |
V $ ZF5F | ZF5 POZ домен цинковый палец, белок цинкового пальца 161 | ZF5 POZ домен цинковый палец | 477 | 491 | 484 | + | gagcgCGCGcccccg |
V $ GLIF | Цинковый палец семейства GLIS 2 | Семейство цинковых пальцев GLI | 16 | 32 | 24 | + | tcgaCCCCccaaccaga |
V $ ZF02 | Цинковый палец и домен BTB, содержащий 7A, покемон | C2H2 факторы транскрипции цинкового пальца 2 | 550 | 572 | 561 | + | gcagcCCCCtcccctcgcctcct |
V $ E2FF | Фактор транскрипции E2F 6 | Активатор E2F-myc / регулятор клеточного цикла | 490 | 506 | 498 | - | cgcggGCGGgagagccg |
V $ E2FF | Фактор транскрипции E2F 2 | Активатор E2F-myc / регулятор клеточного цикла | 476 | 492 | 484 | + | cgagcGCGCgcccccgg |
V $ SP1F | Sp2, член факторов транскрипции Sp / XKLF с тремя цинковыми пальцами C2H2 в консервативном карбоксиконцевом домене | Факторы GC-Box SP1 / GC | 189 | 205 | 197 | - | ccaggaggcgGGACcac |
V $ MAZF | Myc-ассоциированный белок цинкового пальца (MAZ) | Цинковые пальцы, ассоциированные с Myc | 557 | 569 | 563 | - | agcGAGGggagg |
V $ E2FF | Фактор транскрипции E2F 2 | Активатор E2F-myc / регулятор клеточного цикла | 411 | 427 | 419 | + | ccaaaGCGCgcttctcc |
O $ XCPE | Элемент корового промотора гена X 1 | Активатор-, медиатор- и TBP-зависимый коровый промоторный элемент для транскрипции РНК-полимеразы II с промоторов без TATA | 493 | 503 | 498 | - | ggGCGGgagag |
V $ E2FF | Фактор транскрипции E2F 3 | Активатор E2F-myc / регулятор клеточного цикла | 475 | 491 | 483 | - | cggggGCGCgcgctcga |
O $ XCPE | Элемент корового промотора гена X 1 | Активатор-, медиатор- и TBP-зависимый коровой промоторный элемент для транскрипции РНК-полимеразы II с промоторов без TATA | 190 | 200 | 195 | - | agGCGGgacca |
Выражение
Дисплей обилия кДНК кДНК Unigene и Protein Atlas показывают, что PRP36 имеет значительные уровни экспрессии в мозг, эмбриональная ткань, глаза, кишечник, почки, нервы, и яичники.[24] Дополнительные данные подтверждают некоторые из этих результатов, поскольку анализ нормальных тканей показал, что более 50% клеток в мозжечок, мозг плода, префронтальная кора, и верхний шейный ганглий выраженный PRP36.[25][26] PRP36, по-видимому, чрезмерно экспрессируется в образцах клеток, взятых у пациентов с протоковые карциномы из молочная железа, предполагая, что болезненное состояние и экспрессия PRP36 могут быть связаны.[27]
Присутствие белка PRP36 в анализе транскриптома человека.
Присутствие белка PRP36 в анализе нормальной ткани.
Присутствие белка PRP36 в клетках протоковой карциномы молочной железы.
Гомология
Ортологи
PRP36 не знает паралоги у людей, но ряд ортологи были обнаружены у видов на всем протяжении млекопитающее Королевство.[28] PRP36 высоко консервативен в приматы, но существует несколько коротких последовательностей, уникальных для человеческой версии гена.[10] На основании отсутствия сохранности у всех млекопитающих можно предположить быструю эволюцию PRP36. Однако область DUF4596 является высококонсервативной у млекопитающих, что позволяет предположить, что этот домен имеет решающее значение для функции PRP36, в то время как с остальной частью белка легче манипулировать, не причиняя вреда. Список ортологов для PRP36 можно найти ниже.[28]
# | Род и виды | Распространенное имя | Дивергенция (MYA)[29] | Регистрационный номер | E-значение | Длина (аа) | Личность (%) | Сходство (%) |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | Homo sapiens | Человек | 0 | NP_001177396 | 0 | 1346 | 100 | 100 |
2 | Пан троглодиты | Шимпанзе | 6.3 | XP_009432808 | 0 | 1280 | 87 | 88 |
3 | Каллитрикс Яхус | Мартышка | 42.6 | XP_008985368 | 0 | 1243 | 78 | 79 |
4 | Saimiri boliviensis boliviensis | Обезьяна-белочка | 42.6 | XP_010347967.1 | 0 | 1161 | 75 | 77 |
5 | Отолемур Граннетти | Северный большой галаго | 74.0 | XP_003793753 | 5x10-158 | 1084 | 59 | 64 |
6 | Mesocricetus auratus | Золотой хомяк | 92.3 | XP_005085339 | 2x10-106 | 1034 | 82 | 86 |
7 | Mus musculus | Домовая мышь | 92.3 | XP_006508977 | 6x10-104 | 1046 | 67 | 71 |
8 | Nannospalax galili | Слепой землекоп Верхней Галилеи | 92.3 | XP_008822351.1 | 1x10-117 | 1167 | 62 | 65 |
9 | Jaculus jaculus | Малый египетский тушканчик | 92.3 | XP_004672230 | 1x10-123 | 1007 | 55 | 59 |
10 | Ictidomys tridecemlineatus | Суслик с тринадцатью линиями | 92.3 | XP_005332306.1 | 1x10-111 | 826 | 58 | 65 |
11 | Bubalus bubalis | Буйвол | 94.2 | XP_006046812 | 5x10-119 | 1068 | 75 | 77 |
12 | Felis catus | Домашняя кошка | 94.2 | XP_011287775 | 2x10-89 | 668 | 73 | 77 |
13 | Камелус дромедарий | Дромадер | 94.2 | XP_010976676.1 | 4x10-119 | 868 | 65 | 70 |
14 | Myotis lucifugus | Маленькая коричневая летучая мышь | 94.2 | XP_006101945.1 | 4x10-111 | 935 | 58 | 63 |
15 | Balaenoptera acutorostrata scammoni | Обыкновенный полосатик | 94.2 | XP_007169287.1 | 7x10-132 | 684 | 62 | 67 |
16 | Бизон бизон бизон | Американский бизон | 94.2 | XP_010826582 | 8x10-101 | 1054 | 51 | 58 |
17 | Vicugna pacos | Альпака | 94.2 | XP_006206574 | 8x10-64 | 680 | 51 | 56 |
18 | Эхинопс телфаири | Малый ёжик тенрек | 98.7 | XP_004717416 | 2x10-96 | 850 | 61 | 65 |
19 | Trichechus manatus latirostris | Флоридский ламантин | 98.7 | XP_004378653.1 | 4x10-114 | 879 | 59 | 63 |
20 | Monodelphis domestica | Серый короткохвостый опоссум | 162.6 | XP_007489701.1 | 4x10-85 | 653 | 48 | 54 |
Эволюция
Множественное выравнивание последовательностей предполагает, что PRP36 развился в раннем поколении млекопитающих.[10] У млекопитающих, очень отдаленно связанных с людьми, таких как опоссум, есть версия PRP36, что позволяет предположить, что белок появился до этого. эволюционное расхождение. Однако, за исключением домена DUF4596, очень немногие области в последовательности PRP36 сохраняются.[10]
Клиническое значение
В настоящее время функция белка PRP36 неизвестна. Тем не менее, можно сделать некоторые предположения о функции. В 2009 году было обнаружено, что источник фенотипы было генетическим заболеванием с участием микроба 19p13.2.удаление - очень маленький кусочек хромосома у пациента отсутствовал (не отсутствовала вся область 19p13.2).[30][31] С тех пор были поставлены дополнительные диагнозы, и у нескольких пациентов были обнаружены микроделиции, затрагивающие область, в которой обнаружен ген PRR36, что означает, что белок PRP36 не будет обнаружен у этих людей. Однако этот регион также включает другие гены, функции которых хорошо известны; например, ожирение, наблюдаемое у пациентов, может быть связано с удалением рецептор инсулина ген. Другие симптомы, такие как неспособность к обучению и дефекты речи могут быть связаны с аналогичными делециями генов.[30] Однако возможно, что отсутствие PRP36 вызывает легкую инвалидность, маскируемую этими другими симптомами. Кроме того, возможно, что PRP36 играет вторичную роль с одним или несколькими из этих других удаленных генов. Этот второй вариант можно немного поддержать, отметив, что другие протеины, богатые пролином которые имеют известную функцию как на хромосоме 19 человека, так и на других хромосомах, как правило, чаще производят белки, которые участвуют в белок-белковые взаимодействия чем многие другие общие типы генов.[32]
Рекомендации
- ^ «богатый пролином белок 36 [Homo sapiens]». NCBI белок. Национальный центр биотехнологической информации. Получено 1 мая 2015.
- ^ «FLJ22184 - Нормальные ткани различных типов». Профили GEO. Национальный центр биотехнологической информации. Получено 1 мая 2015.
- ^ «FLJ22184 - крупномасштабный анализ человеческого транскриптома (HG-U133A)». Профили GEO. Национальный центр биотехнологической информации. Получено 1 мая 2015.
- ^ "Представленное имя: Protein FLJ22184". UniProt. Консорциум UniProt. Получено 1 мая 2015.
- ^ а б c «PRR36, богатый пролином 36 [Homo sapiens (человек)]». Ген. Национальный центр биотехнологической информации. Получено 1 мая 2015.
- ^ Ито Т., Сато М., Канно Е., Фукуда М. (сентябрь 2006 г.). «Скрининг на наличие Rab-мишеней белков, содержащих домен TBC (Tre-2 / Bub2 / Cdc16), на основе их активности связывания Rab». Гены в клетки. 11 (9): 1023–37. Дои:10.1111 / j.1365-2443.2006.00997.x. PMID 16923123.
- ^ «LYPLA2P2 (псевдоген 2 лизофосфолипазы II)». Атлас генетики и цитогенетики в онкологии и гематологии. Атлас генетики и цитогенетики в онкологии и гематологии. Получено 1 мая 2015.
- ^ «Homo sapiens, богатый пролином 36 (PRR36), вариант транскрипта 1, мРНК». Нуклеотид. Национальный центр биотехнологической информации. Получено 1 мая 2015.
- ^ «Находка генов у эукариот». Softberry. Softberry. Получено 1 мая 2015.
- ^ а б c d е ж грамм "SDSC Biology Workbench". Кафедра биоинженерии. Калифорнийский университет в Санд-Диего. Получено 1 мая 2015.
- ^ «Трансмембранная топология». Фобий. Стокгольмский центр биоинформатики. Получено 1 мая 2015.
- ^ Петерсен Т.Н., Брунак С., фон Хейне Г., Нильсен Х. (29 сентября 2011 г.). «SignalP 4.0: отличия сигнальных пептидов от трансмембранных областей». Природные методы. 8 (10): 785–6. Дои:10.1038 / nmeth.1701. PMID 21959131. S2CID 16509924.
- ^ Кей Б.К., член парламента Уильямсона, Судол М. (февраль 2000 г.). «Важность пролина: взаимодействие богатых пролином мотивов в сигнальных белках с их родственными доменами». Журнал FASEB. 14 (2): 231–41. Дои:10.1096 / fasebj.14.2.231. PMID 10657980.
- ^ «СОСУИ». Классификация и прогнозирование вторичной структуры мембранных белков. Mitaku Group.
- ^ Сюэ И, Рен Дж, Гао Х, Джин Си, Вэнь Л., Яо Х (сентябрь 2008 г.). «GPS 2.0, инструмент для предсказания сайтов фосфорилирования, специфичных для киназ, в иерархии». Молекулярная и клеточная протеомика. 7 (9): 1598–608. Дои:10.1074 / mcp.M700574-MCP200. ЧВК 2528073. PMID 18463090.
- ^ Блом Н., Зихериц-Понтен Т., Гупта Р., Гаммельтофт С., Брунак С. (июнь 2004 г.). «Прогнозирование посттрансляционного гликозилирования и фосфорилирования белков по аминокислотной последовательности». Протеомика. 4 (6): 1633–49. Дои:10.1002 / pmic.200300771. PMID 15174133.
- ^ Блом Н., Гаммельтофт С., Брунак С. (декабрь 1999 г.). «Последовательность и предсказание на основе структуры сайтов фосфорилирования эукариотических белков». Журнал молекулярной биологии. 294 (5): 1351–62. Дои:10.1006 / jmbi.1999.3310. PMID 10600390.
- ^ «Программа анализа SUMOplot ™». ABGENT. WuXi AppTec. Получено 1 мая 2015.
- ^ Гупта Р., Брунак С. (2002). «Прогнозирование гликозилирования протеома человека и корреляция с функцией белка». Тихоокеанский симпозиум по биокомпьютингу: 310–22. Дои:10.1142/9789812799623_0029. ISBN 978-981-02-4777-5. PMID 11928486.
- ^ а б "STRING10 FLJ22184". НИТЬ. Получено 9 мая 2015.
- ^ а б «Фобиус ПРП36». Фобий. Стокгольмский центр биоинформатики. Получено 9 мая 2015.
- ^ "Gene2Promoter". Программный пакет Genomatix. Геноматикс. Получено 3 мая 2015.
- ^ а б "Эльдорадо". Программный пакет Genomatix. Геноматикс. Получено 3 мая 2015.
- ^ "Профиль EST FLJ22184". UniGene. Национальный центр биотехнологической информации. Получено 9 мая 2015.
- ^ «FLJ22184 - крупномасштабный анализ человеческого транскриптома (HG-U133A)». Профили GEO. Национальный центр биотехнологической информации. Получено 3 мая 2015.
- ^ «FLJ22184-Нормальная ткань различных типов». Профили GEO. Национальный центр биотехнологической информации. Получено 3 мая 2015.
- ^ «Протоковая карцинома in situ: молочная железа». Профили GEO. Национальный центр биотехнологической информации. Получено 9 мая 2015.
- ^ а б "ВЗРЫВ". Базовый инструмент поиска местного выравнивания. Национальный центр биотехнологической информации. Получено 3 мая 2015.
- ^ Кумар С., Хеджес С. «TimeTree: общедоступная база знаний о временах расхождения между организмами». TimeTree :: Шкала времени жизни.
- ^ а б Wangensteen T, Retterstøl L, Rødningen OK, Hjelmesaeth J, Aukrust P, Halvorsen B (июнь 2013 г.). «Микроделеция de novo 19p13.2, включающая гены рецептора инсулина и резистина, у пациента с ожирением и неспособностью к обучению». Американский журнал медицинской генетики, часть A. 161A (6): 1480–6. Дои:10.1002 / ajmg.a.35927. PMID 23637016. S2CID 43594020.
- ^ Lysy PA, Ravoet M, Wustefeld S, Bernard P, Nassogne MC, Wyns E, Sibille C (ноябрь 2009 г.). «Новый случай синдромального краниосиностоза с криптической делецией 19p13.2-p13.13». Американский журнал медицинской генетики, часть A. 149A (11): 2564–8. Дои:10.1002 / ajmg.a.33056. PMID 19842200. S2CID 34800233.
- ^ Джонс А., Вустер MJ (апрель 1975 г.). «Ингибирующее действие простагландина E1 на мочеточник морской свинки». Канадский журнал физиологии и фармакологии. 53 (2): 239–47. Дои:10.1139 / y75-035. PMID 1137821.