Siphoviridae - Siphoviridae

Siphoviridae
	Типичная структура сифовируса
Классификация вирусов
(без рейтинга):	Вирус
Область:	Дуплоднавирия
Королевство:	Heunggongvirae
Тип:	Уровирикота
Учебный класс:	Caudoviricetes
Заказ:	Caudovirales
Семья:	Siphoviridae
Роды
	см текст
Синонимы
	Styloviridae;

Siphoviridae это семья двухцепочечных ДНК вирусы в порядке Caudovirales. Бактерии и археи служат естественными хозяевами. В настоящее время это семейство насчитывает 783 вида, разделенных на 265 родов и 13 подсемейств.^[2]^[3] Характерные особенности строения этого семейства - голова без оболочки и хвост без сокращения.

Структура

Вирусы в Siphoviridae неокутанный, с геометриями икосаэдра и головы-хвоста^[2] (морфотип B1) или a вытянутый капсид (морфотип B2) и симметрия T = 7. Диаметр около 60 нм.^[2] Члены этого семейства также характеризуются своими нитевидными, поперечно-полосатыми, несокращающимися хвостами, обычно с короткими терминальными и субтерминальными волокнами. Геномы двухцепочечные и линейные, длиной около 50 килобайт,^[2] содержащий около 70 гены. В гуанин /цитозин содержание обычно составляет около 52%.

Жизненный цикл

Репликация вируса происходит в цитоплазме. Попадание в хозяйскую клетку достигается путем адсорбции в хозяйской клетке. Репликация следует модели репликативной транспозиции. Транскрипция с использованием ДНК-шаблона - это метод транскрипции. Трансляция происходит за счет -1 сдвига рамки рибосомы и +1 сдвига рамки рибосомы. Вирус покидает клетку-хозяина путем лизиса и белков холина / эндолизина / спанина.^[2] Бактерии и археи служат естественным хозяином. Пути передачи - пассивное распространение.^[2]

Таксономия

Выделяются следующие подсемейства:^[3]

Следующие роды не относятся к подсемейству:^[3]

Кроме того, есть один вид, не отнесенный к подсемейству и роду:^[3] Вирус родококка RGL3.

Предлагаемые роды

Электронные микрофотографии сифовируса из г. П. угри. Фаги отрицательно окрашивали и подвергали просвечивающей электронной микроскопии. Фаги имеют голову диаметром примерно 55 нм, наполненную генетическим материалом. Их хвосты имеют размер 150 × 10 нм, гибкие и несокращающиеся. На нижней микрофотографии PAD25 прилипает к остаткам бактериальных клеток, и два фага потеряли свои головы. Все фаги были классифицированы как сифовирусы на основании их морфологии.^[4]

Следующие роды были предложены, но в настоящее время не ратифицированы Международным комитетом по таксономии вирусов:^[5]^[6]^[7]^[8]^[9]^[10]

Род Cba39unalikevirus; типовой вид: Фаг целлулофага phi39: 1
- Разновидность:
  - Фаг целлулофага phi39: 1
Род Cba46unalikevirus; типовой вид: Фаг целлулофага phi46: 1
- Разновидность:
  - Фаг целлулофага phi46: 1
Род Cba18unalikevirus; типовой вид: Фаг целлулофага phi18: 1
- Разновидность:
  - Фаг целлулофага phi18: 1
  - Фаг целлулофага phi12: 1
  - Фаг Cellulophaga phi12: 3
  - Фаг целлулофага phi17: 1
  - Фаг целлулофага phi18: 2
Род Cba10unalikevirus; типовой вид: Фаг Cellulophaga phi10: 1
- Разновидность:
  - Фаг Cellulophaga phi10: 1
  - Фаг целлулофага phi19: 1
Род Cba13unalikevirus; типовой вид: Фаг Cellulophaga phi13: 1
- Разновидность:
  - Фаг целлулофага phi13: 1
  - Фаг целлулофага phi19: 2
  - Фаг целлулофага phiST
Род Jk06likevirus; типовой вид: Фаг Escherichia Jk06
- Разновидность
  - Фаг Escherichia Eb49
  - Фаг Escherichia Jk06
  - Фаг Escherichia Rogue1
  - Фаг Escherichia AHP24
  - Фаг Escherichia AHS24
  - Фаг Escherichia AHP42
  - Фаг Escherichia AKS96
  - Энтеробактерии фага phiJLA23
  - Энтеробактерии фаг phiKP26
Род Kp36likevirus; типовой вид: Фаг Klebsiella KP36
- Разновидность
  - Энтеробактерный фаг F20
  - Klebsiella фаг KP36
Род R1tlikevirus; типовой вид: Лактококковый фаг r1t
- Разновидность
  - Лактококковый фаг r1t
Род Rtplikevirus; типовой вид: Фаг Escherichia Rtp
- Разновидность
  - Фаг Escherichia Rtp
  - Фаг энтеробактерий vB_EcoS_ACG-M12
Род Tlslikevirus; типовой вид: Фаг Escherichia Tls
- Разновидность
  - Фаг Escherichia Tls
  - Фаг сальмонеллы FSL SP-126

Неклассифицированный

Помимо вышеперечисленных вирусов, многие представители Siphoviridae были сгруппированы в неклассифицированную группу без присвоения родов.^[11] В эту группу входят многочисленные фаги, которые, как известно, заражают Лактобациллы, Микобактерии, Стрептококк, и другие бактерии.

внешняя ссылка

[1] Safferman, R.S .; Cannon, R.E .; Desjardins, P.R .; Громов, Б.В .; Haselkorn, R .; Sherman, L.A .; Шило, М. (1983). «Классификация и номенклатура вирусов цианобактерий». Интервирология. 19 (2): 61–66. Дои:10.1159/000149339. PMID 6408019.

[ViralZone-2] а ^б ^c ^d ^е ^ж «Вирусная зона». ExPASy. Получено 1 июля 2015.

[ICTV-3] а ^б ^c ^d «Таксономия вирусов: выпуск 2019 г.». talk.ictvonline.org. Международный комитет по таксономии вирусов. Получено 5 мая 2020.

[pmid18702830-4] Луд Р., Моргелин М., Холмберг А., Расмуссен М., Коллин М. (2008). «Индуцибельные сифовирусы в поверхностных и глубоких тканевых изолятах Propionibacterium acnes». BMC Microbiol. 8: 139. Дои:10.1186/1471-2180-8-139. ЧВК 2533672. PMID 18702830.

[5] Про С, ван Синдерен Д., Суарес Дж, Гарсия П., Ладеро В., Фицджеральд Г. Ф., Дезьер Ф, Брюссов Х (2002). «Дилемма таксономии фагов, проиллюстрированная сравнительной геномикой Sfi21-подобных Siphoviridae в молочнокислых бактериях». J. Bacteriol. 184 (21): 6026–36. Дои:10.1128 / JB.184.21.6026-6036.2002. ЧВК 135392. PMID 12374837.

[6] Gutiérrez, D; Adriaenssens, EM; Мартинес, B; Родригес, А; Lavigne, R; Кропинский, AM; Гарсия, П. (11 сентября 2013 г.). «Три предложенных новых рода бактериофагов стафилококковых фагов:« 3alikevirus »,« 77likevirus »и« Phietalikevirus »."". Архив вирусологии. 159 (2): 389–98. Дои:10.1007 / s00705-013-1833-1. PMID 24022640.

[7] Предложения по таксономии ожидают ратификации на ICTV

[8] Предложения по таксономии, ожидающие рассмотрения на ICTV

[9] Holmfeldt, K .; Солоненко, Н .; Shah, M .; Corrier, K .; Riemann, L .; Verberkmoes, N.C .; Салливан, М. Б. (2013). «Двенадцать ранее неизвестных родов фагов повсеместно распространены в мировом океане». Труды Национальной академии наук. 110 (31): 12798–803. Дои:10.1073 / pnas.1305956110. ЧВК 3732932. PMID 23858439.

[10] Niu, Y. D .; McAllister, T. A .; Nash, J.H.E .; Кропинский, А. М .; Стэнфорд, К. (2014). «Четыре фага Escherichia coli O157: H7: новый род бактериофагов и таксономическая классификация T1-подобных фагов». PLoS ONE. 9 (6): e100426. Дои:10.1371 / journal.pone.0100426. ЧВК 4070988. PMID 24963920.

[11] "неклассифицированные Siphoviridae". NCBI Таксономия.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]