SuhB - SuhB

suhB
RF00519.jpg
Идентификаторы
СимволsuhB
РфамRF00519
Прочие данные
РНК типГен; мРНК
Домен (ы)Бактерии
ИДТИТермин GO должен начинаться с GO: Термин GO должен начинаться с GO:
ТАКТАК: 0000655
PDB структурыPDBe

suhB позже переименован mmgR (мвызывает мруда граммранулы рegulator) был предполагаемым некодирующая РНК найден несколько раз в Agrobacterium tumefaciens геном и родственные альфа-протеобактерии.[1] Другие некодирующие РНК, обнаруженные в том же анализе, включают: SPEF, ybhL, мета, и serC.[1]

Несколько исследований в Sinorhizobium meliloti показали, что элемент suhB действительно является некодирующей РНК: сначала он был обнаружен на Нозерн-блоте и назван Sm8RNA.[2], во-вторых, в исследовании RNAseq называется SmelC689.[3]

Мутантный фенотип (штамм без малая РНК ) цитоплазма содержит повышенное содержание полигидроксибутират (PBH) гранулы для хранения, чем штамм дикого типа.[4] МРНК необходима для ограничения внутриклеточного накопления ПГД, когда азотфиксирующая Sinorhizobium meliloti находится в состоянии избытка углерода по отношению к азоту. Он был переименован в mmgR. Дальнейшее исследование подтвердило, что mmgR точно регулирует накопление PBH.[5]

Нозерн-блот подтвердил экспрессию мРНК у других видов ризобий. Гомологи MmgR были обнаружены у большинства альфа-протеобактерий. Rho-независимый терминатор и 10-мерная одноцепочечная область (UUUCCUCCCU) полностью консервативны. Следовательно, было предложено определить новое семейство альфа-протеобактериальных мРНК: альфа-r8 членом которого является mmgR.[6]

РНК-связывающий белок Hfq связывает и стабилизирует mmgR.[7][8] Выражение mmgR было показано, что ген контролируется азотом (N).[9] Дальнейшее изучение[10] показал, что регуляторные белки NtrC могут быть необходимы для экспрессии mmgR ген при ограничении N. При ограничении углерода (C), mmgR транскрипция репрессируется AntiA.[10]

suhB также присутствует в Sphingopyxis granuli штамм TFA [11], альфа-протеобактерии который использует растворенный тетралин как источник углерода и энергии ([12] и ссылки там). SuhB был обнаружен как мРНК длиной 61 нт с помощью нозерн-блоттинга в клетках TFA, растущих с высокой скоростью. β-галактозидаза деятельность ПсухБ :: lacZ слияние подтвердило более низкую экспрессию suhB в клетках TFA растет с невысокой скоростью. Мутант, лишенный suhB выразить thn гены (деградация тетралина) даже в присутствии предпочтительного источника углерода (условия катаболической репрессии). Этот фенотип обусловлен высвобождением отрицательного эффекта SuhB на трансляцию ThnR (положительный регулятор thn гены). Hfq также участвует во взаимодействии между SuhB и 5 'UTR thnR мРНК, что приводит к thn репрессия генов в катаболическая репрессия условия.[11]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б Корбино К.А., Баррик Дж. Э., Лим Дж., Велц Р., Такер Б. Дж., Пускарц И., Мандал М., Рудник Н. Д., Брейкер Р. Р. (2005). «Доказательства второго класса рибопереключателей S-аденозилметионина и других регуляторных мотивов РНК у альфа-протеобактерий». Геномная биология. 6 (8): R70. Дои:10.1186 / gb-2005-6-8-r70. ЧВК  1273637. PMID  16086852.
  2. ^ Valverde C, Livny J, Schlüter JP, Reinkensmeier J, Becker A, Parisi G (сентябрь 2008 г.). «Прогнозирование генов мРНК Sinorhizobium meliloti и экспериментальное обнаружение в штамме 2011». BMC Genomics. 9: 416. Дои:10.1186/1471-2164-9-416. ЧВК  2573895. PMID  18793445.
  3. ^ Schlüter JP, Reinkensmeier J, Daschkey S, Evguenieva-Hackenberg E, Janssen S, Jänicke S, Becker JD, Giegerich R, Becker A (апрель 2010 г.). «Полногеномный обзор мРНК в симбиотической азотфиксирующей альфа-протеобактерии Sinorhizobium meliloti». BMC Genomics. 11: 245. Дои:10.1186/1471-2164-11-245. ЧВК  2873474. PMID  20398411.
  4. ^ Лагарес, А (2015). Биологическая роль малой регуляторной РНК Sm8 у свободноживущих и симбиотических Sinorhizobium meliloti. Кандидатская диссертация; Национальный университет Ла Планта, Аргентина.
  5. ^ Лагарес А., Линне Ю., Беккер А., Вальверде С. (апрель 2017 г.). «Транскодированная малая РНК MmgR». Журнал бактериологии. 199 (8). Дои:10.1128 / JB.00776-16. ЧВК  5370414. PMID  28167519.
  6. ^ Лагарес А., Ру I, Вальверде С. (июнь 2016 г.). «Филогенетическое распределение и эволюционный образец гена малой РНК α-протеобактерий, который контролирует накопление полигидроксибутирата в Sinorhizobium meliloti». Молекулярная филогенетика и эволюция. 99: 182–193. Дои:10.1016 / j.ympev.2016.03.026. PMID  27033949.
  7. ^ Торрес-Кесада О, Райнкенсмайер Дж., Шлютер Дж. П., Робледо М., Перегрина А., Гигерих Р., Торо Н., Беккер А., Хименес-Зурдо Дж. И. (2014). «Полногеномное профилирование Hfq-связывающих РНК раскрывает обширную посттранскрипционную перестройку основного стрессового ответа и симбиотических регулонов в Sinorhizobium meliloti». РНК Биология. 11 (5): 563–579. Дои:10.4161 / rna.28239. ЧВК  4152363. PMID  24786641.
  8. ^ Собреро П., Вальверде С. (сентябрь 2011 г.). «Доказательства ауторегуляции экспрессии hfq в штамме Sinorhizobium meliloti 2011». Архив микробиологии. 193 (9): 629–639. Дои:10.1007 / s00203-011-0701-1. PMID  21484295.
  9. ^ Ceizel Borella G, Lagares A, Valverde C (май 2016 г.). «Экспрессия гена mmgR малой РНК Sinorhizobium meliloti контролируется источником азота». Письма о микробиологии FEMS. 363 (9): fnw069. Дои:10.1093 / femsle / fnw069. PMID  27010014.
  10. ^ а б Ceizel Borella G, Lagares A, Valverde C (январь 2018 г.). «Экспрессия гена малой регуляторной РНК mmgR регулируется отрицательно с помощью AniA и положительно с помощью NtrC в Sinorhizobium meliloti 2011». Микробиология. 164 (1): 88–98. Дои:10.1099 / мик. 0.000586. PMID  29214973.
  11. ^ а б Гарсиа-Ромеро, Инмакулада; Förstner, Konrad U .; Сантеро, Эдуардо; Флориано, Белен (14 сентября 2018 г.). «SuhB, малая некодирующая РНК, участвующая в катаболитной репрессии генов деградации тетралина в штамме TFA Sphingopyxis granuli». Экологическая микробиология. 20 (10): 3671–3683. Дои:10.1111/1462-2920.14360. ISSN  1462-2912. PMID  30033661.
  12. ^ Lopez-Sanchez, A .; Флориано, B .; Андуджар, Э .; Hernaez, M. J .; Сантеро, Э. (06.11.2009). «Индуцированные тетралином и регулируемые ThnR гены альдегиддегидрогеназы и -оксидации в TFA штамма Sphingomonas macrogolitabida». Прикладная и экологическая микробиология. 76 (1): 110–118. Дои:10.1128 / aem.01846-09. ISSN  0099-2240. ЧВК  2798658. PMID  19897762.

внешняя ссылка