Супер-энхансер - Super-enhancer

В генетике супер-энхансер представляет собой область генома млекопитающего, содержащую несколько усилители который коллективно связан массивом фактор транскрипции белки для вождения транскрипция генов, участвующих в идентификации клеток.[1][2][3] Поскольку суперэнхансеры часто идентифицируются рядом с генами, важными для контроля и определения идентичности клеток, их можно использовать для быстрой идентификации ключевых узлов, регулирующих идентичность клеток.[3][4]

Усилители имеют несколько поддающихся количественной оценке признаков, которые имеют диапазон значений, и эти признаки обычно повышаются у супер-энхансеров. Суперэнхансеры связаны с более высокими уровнями белков, регулирующих транскрипцию, и связаны с генами, которые экспрессируются более высоко.[1][5][6][7] Экспрессия генов, связанных с суперэнхансерами, особенно чувствительна к пертурбациям, которые могут облегчить переходы состояний клеток или объяснить чувствительность генов, связанных с суперэнхансерами, к небольшим молекулам, нацеленным на транскрипцию.[1][5][6][8][9]

История

В регулирование транскрипции энхансерами изучается с 1980-х годов.[10][11][12][13][14] Крупные или многокомпонентные регуляторы транскрипции с рядом механистических свойств, включая регионы контроля локуса вскоре после этого наблюдались сгруппированные открытые регуляторные элементы и платформы инициации транскрипции.[15][16][17][18] Более поздние исследования показали, что эти различные категории регуляторных элементов могут представлять подтипы суперэнхансера.[3][19]

В 2013 году две лаборатории идентифицировали крупные энхансеры рядом с несколькими генами, особенно важными для установления идентичности клеток. Пока Ричард А. Янг и коллеги определили суперэнхансеры, Фрэнсис Коллинз и коллеги определили усилители растяжения.[1][2] И супер-энхансеры, и энхансеры растяжения представляют собой кластеры энхансеров, которые контролируют клеточно-специфические гены и могут быть в значительной степени синонимами.[2][20]

Согласно нынешнему определению, термин «суперэнхансер» был введен лабораторией Янга для описания областей, идентифицированных у мышей. эмбриональные стволовые клетки (ESC).[1] Было обнаружено, что эти особенно большие, мощные энхансерные области контролируют гены, которые устанавливают идентичность эмбриональных стволовых клеток, включая Октябрь-4, Sox2, Наног, Klf4, и Esrrb. Возмущение суперинхансеров, связанных с этими генами, показало ряд эффектов на экспрессию их генов-мишеней.[20] С тех пор суперэнхансеры были идентифицированы рядом с регуляторами клеточной идентичности в ряде тканей мыши и человека.[2][3][21][22][23][24][25][26][27][28][29][30][31][32][33][34][35][36][37]

Функция

Энхансеры, содержащие суперэнхансеры, разделяют функции энхансеров, включая связывание белков факторов транскрипции, создание петель для генов-мишеней и активацию транскрипции.[1][3][19][20] Тремя примечательными чертами энхансеров, содержащих суперэнхансеры, являются их кластеризация в геномной близости, их исключительный сигнал белков, регулирующих транскрипцию, и их высокая частота физического взаимодействия друг с другом. Нарушение ДНК энхансеров, содержащих супер-энхансеры, показало ряд эффектов на экспрессию генов клеточной идентичности, предполагая сложную взаимосвязь между составляющими энхансерами.[20] Суперэнхансеры, разделенные десятками мегабаз, группируются в трехмерном пространстве внутри ядра эмбриональных стволовых клеток мыши.[38][39]

Высокие уровни многих факторов транскрипции и кофакторов наблюдаются в суперэнхансерах (например, CDK7, BRD4, и Посредник ).[1][3][5][6][8][9][19]Такая высокая концентрация белков, регулирующих транскрипцию, позволяет предположить, почему их гены-мишени, как правило, более высоко экспрессируются, чем другие классы генов. Однако гены домашнего хозяйства, как правило, экспрессируются более высоко, чем гены, связанные с суперэнхансерами.[1]

Суперэнхансеры могли развиться в ключевых генах идентификации клеток, чтобы сделать транскрипцию этих генов чувствительной к множеству внешних сигналов.[20] Каждый из энхансеров, содержащих суперэнхансер, может реагировать на разные сигналы, что позволяет регулировать транскрипцию одного гена с помощью множества сигнальных путей.[20] Было замечено, что пути регуляции своих генов-мишеней с использованием супер-энхансеров включают: Wnt, TGFb, LIF, BDNF, и NOTCH.[20][40][41][42][43] Составляющие энхансеры супер-энхансеров физически взаимодействуют друг с другом и их генами-мишенями на большом расстоянии друг от друга.[7][22][44]Также были определены суперэнхансеры, которые контролируют экспрессию основных рецепторов клеточной поверхности, играющих решающую роль в функции данной клеточной линии. Это особенно характерно для В-лимфоцитов, выживание, активация и дифференцировка которых зависят от экспрессии мембранных форм. иммуноглобулины (Ig). Суперэнхансер локуса тяжелой цепи Ig представляет собой очень большую (25 т.п.н.) цис-регуляторную область, включающую несколько энхансеров и контролирующую несколько основных модификаций локуса (особенно соматическая гипермутация, рекомбинация с переключением классов и рекомбинация локуса суицида).

Связь с заболеванием

Мутации в суперэнхансерах были отмечены при различных заболеваниях, включая рак, диабет 1 типа, болезнь Альцгеймера, волчанку, ревматоидный артрит, рассеянный склероз, системную склеродермию, первичный билиарный цирроз печени, болезнь Крона, болезнь Грейвса, витилиго и фибрилляцию предсердий.[2][3][6][25][32][35][45][46][47][48][49] Подобное обогащение вариабельности последовательности, связанной с заболеванием, также наблюдалось для энхансеров растяжения.[2]

Суперэнхансеры могут играть важную роль в неправильной регуляции экспрессии генов при раке. Во время развития опухоли опухолевые клетки приобретают суперэнхансеры ключевых онкогенов, которые обеспечивают более высокий уровень транскрипции этих генов, чем в здоровых клетках.[3][5][44][45][50][51][52][53][54][55][56][57][58][59] Измененная функция суперэнхансера также индуцируется мутациями регуляторов хроматина.[60] Таким образом, приобретенные суперэнхансеры могут быть биомаркеры это может быть полезно для диагностики и терапевтического вмешательства.[20]

Белки, обогащенные супер-энхансерами, включают мишени малых молекул, которые нацелены на белки, регулирующие транскрипцию, и были использованы против рака.[5][6][25][61] Например, суперэнхансеры полагаются на исключительное количество CDK7, а при раке во многих статьях сообщается о потере экспрессии их генов-мишеней, когда клетки обрабатывают ингибитором CDK7 THZ1.[5][8][9][62] Точно так же суперэнхансеры обогащены мишенью небольшой молекулы JQ1, BRD4, поэтому обработка JQ1 вызывает исключительную потерю экспрессии генов, связанных с суперэнхансерами.[6]

Идентификация

Чаще всего суперэнхансеры идентифицируются путем обнаружения участков генома, которые высоко обогащены ChIP-Seq сигнал. Эксперименты ChIP-Seq, нацеленные на основные факторы транскрипции и кофакторы, такие как Mediator или BRD4, были использованы, но наиболее часто используются H3K27ac -отмечен нуклеосомы.[1][3][6][63][64][65] Программа «ROSE» (ранжирование супер-энхансеров) обычно используется для идентификации супер-энхансеров по данным ChIP-Seq. Эта программа сшивает вместе ранее идентифицированные области энхансеров и ранжирует эти сшитые энхансеры по их сигналу ChIP-Seq.[1] Расстояние сшивания, выбранное для объединения нескольких отдельных энхансеров в более крупные домены, может варьироваться. Поскольку некоторые маркеры активности энхансеров также обогащены промоутеры, регионы внутри промоторов генов можно не учитывать. ROSE отделяет супер-энхансеры от типичных энхансеров благодаря их исключительному обогащению знаком активности энхансеров. Гомер - еще один инструмент, который может идентифицировать супер-энхансеры.[66]

Рекомендации

  1. ^ а б c d е ж грамм час я j Уайт В.А., Орландо Д.А., Хниш Д., Абрахам Б.Дж., Лин С.Й., Кейджи М.Х., Рал ПБ, Ли Т.И., Янг Р.А. (апрель 2013 г.). «Основные факторы транскрипции и медиатор создают суперэнхансеры в ключевых генах клеточной идентичности». Клетка. 153 (2): 307–19. Дои:10.1016 / j.cell.2013.03.035. ЧВК  3653129. PMID  23582322.
  2. ^ а б c d е ж Parker SC, Stitzel ML, Taylor DL, Orozco JM, Erdos MR, Akiyama JA, van Bueren KL, Chines PS, Narisu N, Black BL, Visel A, Pennacchio LA, Collins FS (октябрь 2013 г.). «Состояния усилителя растяжения хроматина управляют регуляцией клеточно-специфических генов и содержат варианты риска заболеваний человека». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 110 (44): 17921–6. Дои:10.1073 / pnas.1317023110. ЧВК  3816444. PMID  24127591.
  3. ^ а б c d е ж грамм час я Hnisz D, Abraham BJ, Lee TI, Lau A, Saint-André V, Sigova AA, Hoke HA, Young RA (ноябрь 2013 г.). «Супер-энхансеры в контроле идентичности клеток и болезней». Клетка. 155 (4): 934–47. Дои:10.1016 / j.cell.2013.09.053. ЧВК  3841062. PMID  24119843.
  4. ^ Saint-André V, Federation AJ, Lin CY, Abraham BJ, Reddy J, Lee TI, Bradner JE, Young RA (март 2016 г.). «Модели основных схем регуляции транскрипции человека». Геномные исследования. 26 (3): 385–96. Дои:10.1101 / гр.197590.115. ЧВК  4772020. PMID  26843070.
  5. ^ а б c d е ж Kwiatkowski N, Zhang T, Rahl PB, Abraham BJ, Reddy J, Ficarro SB и др. (Июль 2014 г.). «Нацеливание на регуляцию транскрипции при раке с помощью ковалентного ингибитора CDK7» (PDF). Природа. 511 (7511): 616–20. Дои:10.1038 / природа13393. ЧВК  4244910. PMID  25043025.
  6. ^ а б c d е ж грамм Ловен Дж., Хок Х.А., Лин Си Ю., Лау А., Орландо Д. А., Вакок К. Р., Брэднер Дж. Э., Ли Т. И., Янг Р. А. (апрель 2013 г.). «Селективное ингибирование опухолевых онкогенов путем разрушения суперэнхансеров». Клетка. 153 (2): 320–34. Дои:10.1016 / j.cell.2013.03.036. ЧВК  3760967. PMID  23582323.
  7. ^ а б Dowen JM, Fan ZP, Hnisz D, Ren G, Abraham BJ, Zhang LN, Weintraub AS, Schuijers J, Lee TI, Zhao K, Young RA (октябрь 2014 г.). «Контроль генов клеточной идентичности происходит в изолированных окрестностях хромосом млекопитающих». Клетка. 159 (2): 374–87. Дои:10.1016 / j.cell.2014.09.030. ЧВК  4197132. PMID  25303531.
  8. ^ а б c Кристенсен К.Л., Квятковски Н., Абрахам Б.Дж., Карретеро Дж., Аль-Шахрур Ф., Чжан Т. и др. (Декабрь 2014 г.). «Противодействие транскрипционной зависимости при мелкоклеточном раке легкого с помощью ковалентного ингибитора CDK7». Раковая клетка. 26 (6): 909–22. Дои:10.1016 / j.ccell.2014.10.019. ЧВК  4261156. PMID  25490451.
  9. ^ а б c Чипумуро Э, Марко Э., Кристенсен К.Л., Квятковски Н., Чжан Т., Хатвей К.М., Абрахам Б.Дж., Шарма Б., Йунг С., Алтабеф А., Перес-Атайде А., Вонг К.К., Юань Г.С., Грей Н.С., Янг Р.А., Джордж Р.Э. ( Ноябрь 2014 г.). «Ингибирование CDK7 подавляет связанную с суперэнхансером онкогенную транскрипцию при раке, управляемом MYCN». Клетка. 159 (5): 1126–39. Дои:10.1016 / j.cell.2014.10.024. ЧВК  4243043. PMID  25416950.
  10. ^ Банерджи Дж., Рускони С., Шаффнер В. (декабрь 1981 г.). «Экспрессия гена бета-глобина усиливается удаленными последовательностями ДНК SV40». Клетка. 27 (2 Пет 1): 299–308. Дои:10.1016 / 0092-8674 (81) 90413-х. PMID  6277502. S2CID  54234674.
  11. ^ Бенуа С., Шамбон П. (март 1981 г.). «Требования к последовательности in vivo ранней промоторной области SV40». Природа. 290 (5804): 304–10. Дои:10.1038 / 290304a0. PMID  6259538. S2CID  4263279.
  12. ^ Грусс П., Дхар Р., Хури Г. (февраль 1981 г.). «Тандемные повторяющиеся последовательности вируса обезьяны 40 как элемент раннего промотора». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 78 (2): 943–7. Дои:10.1073 / пнас.78.2.943. ЧВК  319921. PMID  6262784.
  13. ^ Эванс Т., Фельзенфельд Г., Рейтман М. (1990). «Контроль транскрипции гена глобина». Ежегодный обзор клеточной биологии. 6: 95–124. Дои:10.1146 / annurev.cb.06.110190.000523. PMID  2275826.
  14. ^ Селье М., Белучи А., Большой П. (июнь 1996 г.). «Устойчивость к внутриклеточным инфекциям: сравнительный геномный анализ Nramp». Тенденции в генетике. 12 (6): 201–4. Дои:10.1016/0168-9525(96)30042-5. PMID  8928221.
  15. ^ Ли Кью, Петерсон К.Р., Фанг Х, Стаматояннопулос Г (Ноябрь 2002 г.). «Регионы контроля локуса». Кровь. 100 (9): 3077–86. Дои:10.1182 / кровь-2002-04-1104. ЧВК  2811695. PMID  12384402.
  16. ^ Гросвельд Ф., ван Ассендельфт Г.Б., Гривз Д.Р., Коллиас Г. (декабрь 1987 г.). «Позиционно-независимая, высокоуровневая экспрессия гена бета-глобина человека у трансгенных мышей». Клетка. 51 (6): 975–85. Дои:10.1016/0092-8674(87)90584-8. HDL:1765/2425. PMID  3690667. S2CID  1150699.
  17. ^ Голтон К.Дж., Наммо Т., Паскуали Л., Саймон Дж. М., Гиреси П. Г., Фогарти М. П. и др. (Март 2010 г.). «Карта открытого хроматина в островках поджелудочной железы человека». Природа Генетика. 42 (3): 255–9. Дои:10,1038 / нг. 530. ЧВК  2828505. PMID  20118932.
  18. ^ Koch F, Fenouil R, Gut M, Cauchy P, Albert TK, Zacarias-Cabeza J, Spicuglia S, de la Chapelle AL, Heidemann M, Hintermair C, Eick D, Gut I, Ferrier P, Andrau JC (август 2011 г.). «Платформы инициации транскрипции и рекрутирование GTF на тканеспецифичных энхансерах и промоторах». Структурная и молекулярная биология природы. 18 (8): 956–63. Дои:10.1038 / nsmb.2085. PMID  21765417. S2CID  12778976.
  19. ^ а б c Потт С., Либ Дж. Д. (январь 2015 г.). «Что такое супер-энхансеры?». Природа Генетика. 47 (1): 8–12. Дои:10,1038 / нг.3167. PMID  25547603. S2CID  205349376.
  20. ^ а б c d е ж грамм час Hnisz D, Schuijers J, Lin CY, Weintraub AS, Abraham BJ, Lee TI, Bradner JE, Young RA (апрель 2015 г.). «Конвергенция онкогенных и онкогенных сигнальных путей в суперэнхансерах транскрипции». Молекулярная клетка. 58 (2): 362–70. Дои:10.1016 / j.molcel.2015.02.014. ЧВК  4402134. PMID  25801169.
  21. ^ Ди Микко Р., Фонтаналс-Сирера Б., Низкий В., Нтзиахристос П., Юэн С.К., Ловелл С.Д. и др. (Октябрь 2014 г.). «Контроль идентичности эмбриональных стволовых клеток посредством BRD4-зависимого транскрипционного удлинения генов плюрипотентности, связанных с суперэнхансером». Отчеты по ячейкам. 9 (1): 234–47. Дои:10.1016 / j.celrep.2014.08.055. ЧВК  4317728. PMID  25263550.
  22. ^ а б Джи Х, Дадон Д. Б., Пауэлл Б. Э., Фан З. П., Борхес-Ривера Д., Шахар С., Вайнтрауб А. С., Хниш Д., Пегораро Г., Ли Т. И., Мистели Т., Яениш Р., Янг Р. А. (февраль 2016 г.). "Трехмерный регуляторный ландшафт хромосом плюрипотентных клеток человека". Стволовая клетка. 18 (2): 262–75. Дои:10.1016 / j.stem.2015.11.007. ЧВК  4848748. PMID  26686465.
  23. ^ Цанков А.М., Гу Х., Акопян В., Зиллер М.Дж., Донаги Дж., Амит И., Гнирке А., Мейснер А. (февраль 2015 г.). «Динамика связывания фактора транскрипции во время дифференцировки ES-клеток человека». Природа. 518 (7539): 344–9. Дои:10.1038 / природа14233. ЧВК  4499331. PMID  25693565.
  24. ^ Fang Z, Hecklau K, Gross F., Bachmann I, Venzke M, Karl M, Schuchhardt J, Radbruch A, Herzel H, Baumgrass R (ноябрь 2015 г.). «Совместно занимаемые факторами транскрипции области в геноме мышей составляют энхансеры, специфичные для подтипа Т-хелперных клеток». Европейский журнал иммунологии. 45 (11): 3150–7. Дои:10.1002 / eji.201545713. PMID  26300430.
  25. ^ а б c Вахеди Дж., Канно И., Фурумото Ю., Цзян К., Паркер С. К., Эрдос М. Р., Дэвис С. Р., Ройчоудхури Р., Рестифо Н. П., Гадина М., Тан З., Руан И., Коллинз Ф. С., Сарторелли В., О'Ши Дж. Дж. (Апрель 2015 г.) . «Супер-энхансеры очерчивают связанные с заболеванием регуляторные узлы в Т-клетках». Природа. 520 (7548): 558–62. Дои:10.1038 / природа14154. ЧВК  4409450. PMID  25686607.
  26. ^ Куэс О.И., Ковалевски Р.А., Чанг Л.В., Пайфром С.К., Шмидт Дж. А., Луо Х., Сандовал Л. Э., Хьюз Т. Б., Беднарски Дж. Дж., Кашен А. Ф., Пэйтон Дж. Э., Олц Е. М. (январь 2015 г.). «Варианты энхансерной последовательности и дерегуляция транскрипционного фактора взаимодействуют друг с другом для создания патогенных регуляторных цепей в B-клеточной лимфоме». Иммунитет. 42 (1): 186–98. Дои:10.1016 / j.immuni.2014.12.021. ЧВК  4302272. PMID  25607463.
  27. ^ Адам Р.С., Ян Х., Роковиц С., Ларсен С.Б., Николова М., Ористиан Д.С., Полак Л., Кададжа М., Асаре А., Чжэн Д., Фукс Э. (май 2015 г.). «Факторы-первопроходцы определяют динамику суперэнхансеров в отношении пластичности стволовых клеток и выбора клонов». Природа. 521 (7552): 366–70. Дои:10.1038 / природа14289. ЧВК  4482136. PMID  25799994.
  28. ^ Сирсбек Р., Бэк С., Раби А., Нильсен Р., Трейнор С., Кларк Н., Санделин А., Йенсен О. Н., Сунг М. Х., Хагер Г. Л., Мандруп С. (июнь 2014 г.). «Молекулярная архитектура горячих точек транскрипционных факторов в раннем адипогенезе». Отчеты по ячейкам. 7 (5): 1434–42. Дои:10.1016 / j.celrep.2014.04.043. ЧВК  6360525. PMID  24857666.
  29. ^ Siersbk R, Rabiee A, Nielsen R, Sidoli S, Traynor S, Loft A, La Cour Poulsen L, Rogowska-Wrzesinska A, Jensen ON, Mandrup S (июнь 2014 г.). «Кооперативность факторов транскрипции в горячих точках ранней адипогенности и суперэнхансерах». Отчеты по ячейкам. 7 (5): 1443–55. Дои:10.1016 / j.celrep.2014.04.042. PMID  24857652.
  30. ^ Хармс MJ, Ishibashi J, Wang W, Lim HW, Goyama S, Sato T. и др. (Апрель 2014 г.). «Prdm16 необходим для поддержания идентичности и функции коричневых адипоцитов у взрослых мышей». Клеточный метаболизм. 19 (4): 593–604. Дои:10.1016 / j.cmet.2014.03.007. ЧВК  4012340. PMID  24703692.
  31. ^ Лофт А, Форсс I, Сирсбек М.С., Шмидт С.Ф., Ларсен А.С., Мадсен Дж. Г., Пизани Д. Ф., Нильсен Р., Агард М. М., Матисон А., Невилл М. Дж., Уррутия Р., Карпе Ф., Амри Е. З., Мандруп С. (январь 2015 г.). «Побурение адипоцитов человека требует KLF11 и перепрограммирования суперенхансеров PPARγ». Гены и развитие. 29 (1): 7–22. Дои:10.1101 / gad.250829.114. ЧВК  4281566. PMID  25504365.
  32. ^ а б Паскуали Л., Голтон К.Дж., Родригес-Сеги С.А., Муларони Л., Мигель-Эскалада И., Акерман И. и др. (Февраль 2014). «Кластеры энхансеров островков поджелудочной железы, обогащенные вариантами, связанными с риском диабета 2 типа». Природа Генетика. 46 (2): 136–43. Дои:10,1038 / нг.2870. ЧВК  3935450. PMID  24413736.
  33. ^ Лю К.Ф., Лефевр V (сентябрь 2015 г.). «Факторы транскрипции SOX9 и SOX5 / SOX6 взаимодействуют по всему геному через супер-энхансеры, чтобы управлять хондрогенезом». Исследования нуклеиновых кислот. 43 (17): 8183–203. Дои:10.1093 / нар / gkv688. ЧВК  4787819. PMID  26150426.
  34. ^ Ohba S, He X, Hojo H, McMahon AP (июль 2015 г.). «Различные транскрипционные программы лежат в основе регуляции Sox9 хондроцитов млекопитающих». Отчеты по ячейкам. 12 (2): 229–43. Дои:10.1016 / j.celrep.2015.06.013. ЧВК  4504750. PMID  26146088.
  35. ^ а б Kaikkonen MU, Niskanen H, Romanoski CE, Kansanen E, Kivelä AM, Laitalainen J, Heinz S, Benner C, Glass CK, Ylä-Herttuala S (ноябрь 2014 г.). «Контроль программ транскрипции VEGF-A с помощью пауз и геномной компартментализации». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (20): 12570–84. Дои:10.1093 / нар / gku1036. ЧВК  4227755. PMID  25352550.
  36. ^ Госселин Д., Линк В.М., Романоски К.Э., Фонсека Г.Дж., Эйхенфилд Д.З., Шпанн Нью-Джерси, Стендер Д.Д., Чун Х.Б., Гарнер Х., Гейссманн Ф., Гласс СК (декабрь 2014 г.). «Окружающая среда управляет выбором и функционированием энхансеров, контролирующих тканеспецифичные макрофаги». Клетка. 159 (6): 1327–40. Дои:10.1016 / j.cell.2014.11.023. ЧВК  4364385. PMID  25480297.
  37. ^ Сан Дж., Роковиц С., Се Кью, Ашери-Падан Р., Чжэн Д., Цвекл А. (август 2015 г.). «Идентификация in vivo ДНК-связывающих механизмов Pax6 и реконструкция Pax6-зависимых генных регуляторных сетей во время развития переднего мозга и хрусталика». Исследования нуклеиновых кислот. 43 (14): 6827–46. Дои:10.1093 / nar / gkv589. ЧВК  4538810. PMID  26138486.
  38. ^ Бигри Р.А., Скиалдон А., Шулер М., Кремер Д.К., Чоталия М., Се СК, Барбьери М., де Сантьяго I, Лавитас Л.М., Бранко М.Р., Фрейзер Дж., Дости Дж., Игра L, Диллон Н., Эдвардс П.А., Никодеми М., Помбо А (март 2017 г.). «Сложные мультиэнхансерные контакты, зафиксированные с помощью картирования архитектуры генома (GAM)». Природа. 543 (7646): 519–524. Дои:10.1038 / природа21411. ЧВК  5366070. PMID  28273065.
  39. ^ Quinodoz SA, Ollikainen N, Tabak B, Palla A, Schmidt JM, Detmar E, Lai MM, Shishkin AA, Bhat P, Takei Y, Trinh V, Aznauryan E, Russell P, Cheng C, Jovanovic M, Chow A, Cai L , МакДонел П., Гарбер М., Гутман М. (июнь 2018 г.). «Межхромосомные центры высшего порядка формируют трехмерную организацию генома в ядре». Клетка. 174 (3): 744–757. Дои:10.1016 / j.cell.2018.05.024. ЧВК  6548320. PMID  29887377.
  40. ^ Джу Дж.Й., Шаукович К., Фарбиак Л., Килару Г., Ким Т.К. (январь 2016 г.). «Стимул-специфическая комбинаторная функциональность нейрональных энхансеров c-fos». Природа Неврология. 19 (1): 75–83. Дои:10.1038 / № 4170. ЧВК  4696896. PMID  26595656.
  41. ^ Herranz D, Ambesi-Impiombato A, Palomero T, Schnell SA, Belver L, Wendorff AA, Xu L, Castillo-Martin M, Llobet-Navás D, Cordon-Cardo C, Clappier E, Soulier J, Ferrando AA (октябрь 2014 г.) . «Энхансер MYC, управляемый NOTCH1, способствует развитию, трансформации Т-клеток и развитию острого лимфобластного лейкоза». Природа Медицина. 20 (10): 1130–7. Дои:10,1038 / нм. 3665. ЧВК  4192073. PMID  25194570.
  42. ^ Ван Х, Занг С., Тайнг Л., Арнетт К.Л., Вонг Ю.Дж., Груша В.С., Блэклоу С.К., Лю XS, Астер Дж.С. (январь 2014 г.). «Комплексы NOTCH1-RBPJ управляют экспрессией целевого гена за счет динамического взаимодействия с суперэнхансерами». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 111 (2): 705–10. Дои:10.1073 / pnas.1315023111. ЧВК  3896193. PMID  24374627.
  43. ^ Яширо-Охтани Y, Ван Х, Занг С., Арнетт К.Л., Бейлис В., Хо И и др. (Ноябрь 2014 г.). «Активность усилителя дальнего действия определяет чувствительность Myc к ингибиторам Notch при Т-клеточном лейкозе». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 111 (46): E4946-53. Дои:10.1073 / pnas.1407079111. ЧВК  4246292. PMID  25369933.
  44. ^ а б Hnisz D, Weintraub AS, Day DS, Valton AL, Bak RO, Li CH, Goldmann J, Lajoie BR, Fan ZP, Sigova AA, Reddy J, Borges-Rivera D, Lee TI, Jaenisch R, Porteus MH, Dekker J, Молодой РА (март 2016 г.). «Активация протоонкогенов за счет нарушения окрестностей хромосом». Наука. 351 (6280): 1454–8. Дои:10.1126 / science.aad9024. ЧВК  4884612. PMID  26940867.
  45. ^ а б Mansour MR, Abraham BJ, Anders L, Berezovskaya A, Gutierrez A, Durbin AD, Etchin J, Lawton L, Sallan SE, Silverman LB, Loh ML, Hunger SP, Sanda T, Young RA, Look AT (декабрь 2014 г.). «Регуляция онкогена. Онкогенный суперэнхансер, образованный в результате соматической мутации некодирующего межгенного элемента». Наука. 346 (6215): 1373–7. Дои:10.1126 / science.1259037. ЧВК  4720521. PMID  25394790.
  46. ^ Кавалли Дж., Хаяси М., Джин Й., Йоргов Д., Санторико С.А., Холкомб С., Растроу М., Эрлих Х., Тенгесдал И.В., Дагна Л., Нефф С.П., Палмер Б.Е., Спритц Р.А., Динарелло, Калифорния (февраль 2016 г.). «Супер-энхансер MHC класса II увеличивает поверхностную экспрессию HLA-DR и HLA-DQ и влияет на выработку цитокинов при аутоиммунном витилиго». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 113 (5): 1363–8. Дои:10.1073 / pnas.1523482113. ЧВК  4747741. PMID  26787888.
  47. ^ Фарх К.К., Марсон А., Чжу Дж., Кляйневитфельд М., Хаусли В.Дж., Бейк С., Шореш Н., Уиттон Х., Райан Р.Дж., Шишкин А.А., Хатан М., Карраско-Альфонсо М.Дж., Майер Д., Лаки СиДжей, Пацопулос Н.А., Де Ягер П.Л. , Kuchroo VK, Epstein CB, Daly MJ, Hafler DA, Bernstein BE (февраль 2015 г.). «Генетическое и эпигенетическое тонкое картирование вариантов причинных аутоиммунных заболеваний». Природа. 518 (7539): 337–43. Дои:10.1038 / природа13835. ЧВК  4336207. PMID  25363779.
  48. ^ Weinstein JS, Lezon-Geyda K, Maksimova Y, Craft S, Zhang Y, Su M, Schulz VP, Craft J, Gallagher PG (декабрь 2014 г.). «Глобальный анализ транскриптома и энхансерный ландшафт первичных Т-фолликулярных хелперов и Т-эффекторных лимфоцитов человека». Кровь. 124 (25): 3719–29. Дои:10.1182 / кровь-2014-06-582700. ЧВК  4263981. PMID  25331115.
  49. ^ Oldridge DA, Wood AC, Weichert-Leahey N, Crimmins I, Sussman R, Winter C и др. (Декабрь 2015 г.). «Генетическая предрасположенность к нейробластоме, опосредованная полиморфизмом суперэнхансера LMO1». Природа. 528 (7582): 418–21. Дои:10.1038 / природа15540. ЧВК  4775078. PMID  26560027.
  50. ^ Аффер М., Чеси М., Чен В. Д., Китс Дж., Демченко Ю. Н., Тамижмани К., Гарбитт В. М., Риггс Д. Л., Бренц Л. А., Рошке А. В., Ван Виер С., Фонсека Р., Бергсагель П. Л., Кюль В. М. (август 2014 г.). «Беспорядочные перестройки локуса MYC захватывают энхансеры, но в основном супер-энхансеры, чтобы нарушить регуляцию экспрессии MYC при множественной миеломе». Лейкемия. 28 (8): 1725–35. Дои:10.1038 / leu.2014.70. ЧВК  4126852. PMID  24518206.
  51. ^ Дриер Й., Коттон М.Дж., Уильямсон К.Э., Гиллеспи С.М., Райан Р.Дж., Клюк М.Дж. и др. (Март 2016 г.). «Онкогенная петля обратной связи MYB управляет судьбами альтернативных клеток при аденоидно-кистозной карциноме». Природа Генетика. 48 (3): 265–72. Дои:10,1038 / нг.3502. ЧВК  4767593. PMID  26829750.
  52. ^ Northcott PA, Lee C., Zichner T., Stütz AM, Erkek S, Kawauchi D, et al. (Июль 2014 г.). «Похищение энхансера активирует онкогены семейства GFI1 в медуллобластоме». Природа. 511 (7510): 428–34. Дои:10.1038 / природа13379. ЧВК  4201514. PMID  25043047.
  53. ^ Уокер Б.А., Уорделл С.П., Бриоли А., Бойл Е., Кайзер М.Ф., Бегум Д.Б., Дахир Н.Б., Джонсон, округ Колумбия, Росс FM, Дэвис Ф.И., Морган Дж. Дж. (14 марта 2014 г.). «Транслокации в 8q24 сопоставляют MYC с генами, несущими суперэнхансеры, что приводит к сверхэкспрессии и плохому прогнозу у пациентов с миеломой». Журнал рака крови. 4 (3): e191. Дои:10.1038 / bcj.2014.13. ЧВК  3972699. PMID  24632883.
  54. ^ Gröschel S, Sanders MA, Hoogenboezem R, de Wit E, Bouwman BA, Erpelinck C и др. (Апрель 2014 г.). «Единственная перестройка онкогенного усилителя вызывает сопутствующее нарушение регуляции EVI1 и GATA2 при лейкемии». Клетка. 157 (2): 369–81. Дои:10.1016 / j.cell.2014.02.019. PMID  24703711.
  55. ^ Ши Дж., Уайт В.А., Зепеда-Мендоза С.Дж., Милаццо Дж. П., Шен С., Роу Дж. С. и др. (Декабрь 2013). «Роль SWI / SNF в поддержании острого лейкоза и регуляции Myc, опосредованной энхансером». Гены и развитие. 27 (24): 2648–62. Дои:10.1101 / gad.232710.113. ЧВК  3877755. PMID  24285714.
  56. ^ Кеннеди А.Л., Валлурупали М., Чен Л., Кромптон Б., Коули Г., Васкес Ф., Вейр Б.А., Черняк А., Парасураман С., Ким С., Алексей Г., Стегмайер К. (октябрь 2015 г.). «Функциональный, химический геномный скрининг и скрининг супер-энхансеров определяют чувствительность к ингибированию пути циклина D1 / CDK4 при саркоме Юинга». Oncotarget. 6 (30): 30178–93. Дои:10.18632 / oncotarget.4903. ЧВК  4745789. PMID  26337082.
  57. ^ Томазу Э.М., Шеффилд, Северная Каролина, Шмидл С., Шустер М., Шёнеггер А., Датлингер П., Кубичек С., Бок С., Ковар Х. (февраль 2015 г.). «Картирование эпигенома выявляет различные способы регуляции генов и широко распространенное репрограммирование энхансеров с помощью онкогенного слитого белка EWS-FLI1». Отчеты по ячейкам. 10 (7): 1082–95. Дои:10.1016 / j.celrep.2015.01.042. ЧВК  4542316. PMID  25704812.
  58. ^ Набет Б., Ó Броин П., Рейес Дж. М., Ши К., Лин Си, Уилл СМ, Попович Р., Эзпонда Т., Брэднер Дж. Э., Голден А. А., Лихт Дж. Д. (август 2015 г.). «Дерегуляция сигнальной оси Рас-Эрк модулирует ландшафт усилителя». Отчеты по ячейкам. 12 (8): 1300–13. Дои:10.1016 / j.celrep.2015.06.078. ЧВК  4551578. PMID  26279576.
  59. ^ Чжан X, Чой П.С., Фрэнсис Дж.М., Имиелински М., Ватанабе Х., Черняк А.Д., Мейерсон М. (февраль 2016 г.). «Идентификация фокально амплифицированных суперэнхансеров, специфичных для клонов, при раке эпителия человека». Природа Генетика. 48 (2): 176–82. Дои:10,1038 / нг.3470. ЧВК  4857881. PMID  26656844.
  60. ^ Ходжес ХК, Стэнтон Б.З., Чермакова К., Чанг С.Й., Миллер Э.Л., Киркланд Дж. Г., Ку В.Л., Веверка В., Чжао К., Крэбтри Г.Р. (январь 2018 г.). «Доминантно-отрицательные мутанты SMARCA4 изменяют ландшафт доступности энхансеров, не ограниченных тканями». Структурная и молекулярная биология природы. 25 (1): 61–72. Дои:10.1038 / с41594-017-0007-3. ЧВК  5909405. PMID  29323272.
  61. ^ Porcher C (апрель 2015 г.). «На пути к лучшему пониманию считывателей ацетил-лизина». Кровь. 125 (18): 2739–41. Дои:10.1182 / кровь-2015-03-630830. PMID  25931578.
  62. ^ Ван Й, Чжан Т., Квятковски Н., Абрахам Б.Дж., Ли Т.И., Се С., Юзугуллу Х., Фон Т., Ли Х., Линь З., Стовер Д.Г., Лим Э., Ван З.С., Иглхарт Д.Д., Янг Р.А., Грей Н.С., Чжао Дж.Дж. (Сентябрь 2015 г.). «CDK7-зависимая транскрипционная зависимость при тройном отрицательном раке груди». Клетка. 163 (1): 174–86. Дои:10.1016 / j.cell.2015.08.063. ЧВК  4583659. PMID  26406377.
  63. ^ Вэй Й, Чжан С., Шан С., Чжан Б., Ли С., Ван Х, Ван Ф, Су Дж, Ву Ц., Лю Х., Чжан Ю. (январь 2016 г.). "SEA: архив суперусилителя". Исследования нуклеиновых кислот. 44 (D1): D172-9. Дои:10.1093 / нар / gkv1243. ЧВК  4702879. PMID  26578594.
  64. ^ Хан А., Чжан Х (январь 2016 г.). «dbSUPER: база данных супер-энхансеров в геноме мыши и человека». Исследования нуклеиновых кислот. 44 (D1): D164-71. Дои:10.1093 / nar / gkv1002. ЧВК  4702767. PMID  26438538.
  65. ^ Creyghton MP, Cheng AW, Welstead GG, Kooistra T, Carey BW, Steine ​​EJ, Hanna J, Lodato MA, Frampton GM, Sharp PA, Boyer LA, Young RA, Jaenisch R (декабрь 2010 г.). «Гистон H3K27ac отделяет активные усилители от ожидаемых и предсказывает состояние развития». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 107 (50): 21931–6. Дои:10.1073 / pnas.1016071107. ЧВК  3003124. PMID  21106759.
  66. ^ Хайнц С., Беннер С., Спанн Н., Бертолино Е., Лин Ю.С., Ласло П., Ченг Дж. Х, Мюрре С., Сингх Х., Гласс С. К. (май 2010 г.). «Простые комбинации факторов транскрипции, определяющих клонирование, активируют цис-регуляторные элементы, необходимые для идентичности макрофагов и В-клеток». Молекулярная клетка. 38 (4): 576–89. Дои:10.1016 / j.molcel.2010.05.004. ЧВК  2898526. PMID  20513432.