Alcanivorax pacificus - Alcanivorax pacificus
| Alcanivorax pacificus | |
|---|---|
| Научная классификация | |
| Королевство: | |
| Тип: | |
| Учебный класс: | Гамма-протеобактерии |
| Заказ: | |
| Семья: | |
| Род: | |
| Разновидность: | A. pacificus |
| Биномиальное имя | |
| Alcanivorax pacificus Lai et al. 2011 г. | |
Alcanivorax pacificus это пирен -разрушающийся морской гаммапротобактерии.[1] Это из рода Альканиворакс, группа морские бактерии известен унизительным углеводороды.[2] При первоначальном предложении род Альканиворакс включает шесть различимых видов.[1] Тем не мение, A. pacificusседьмой штамм, выделенный из глубоководных отложений на Западе. Тихий океан компанией Shanghai Majorbio Bio-Pharm Technology Co., Ltd. в 2011 году.[1] A. pacificus’s способность разлагать углеводороды может быть использована для очистки загрязненных нефтью океанов посредством биоремедиация. Геномные различия, присутствующие в этом штамме Альканиворакс которые отличают его от первоначального консорциума, важно понимать, чтобы лучше использовать эти бактерии для биоремедиации.[1]
Характеристики
A. pacificus это неподвижный, Грамотрицательный бацилла.[1] это оксидаза - и каталаза -положительный. При выращивании на морской 216L он образует светло-серые колонии диаметром от 1 до 2 миллиметров. агар среда, содержащая морскую воду, ацетат натрия, триптон, Экстракт дрожжей, нитрат аммония, и цитрат натрия.[1] A. pacificus является мезофильный и умеренно галофильный, лучше всего растет при температуре от 10 до 42 градусов Цельсия, содержащей 0,5-12% NaCl.[1]
Геном
Компания Shanghai Majorbio Bio-Pharm Technology Co., Ltd. секвенировала в общей сложности 5 855 964 парных конца A. pacificus с помощью Солекса Технология парного секвенирования. Полученный типовой штамм A. pacificus это W11-5Т (= MCCC 1A00474Т = CCTCC AB 208236Т = LMG 25514Т).[3] В GC-контент штамма W11-5 Т составляет 62,62%.[4] Штамм W11-5Т состоит из 42 контиги (N90 = 19) из 4137 438 п.н.[5]
Результаты автоматической аннотации генов, которая была завершена NCBI Prokaryotic Genomes Automatic Annotation Pipeline (PGAAP), показали, что геном штамма W11-5Т содержит 3762 гена-кандидата, кодирующего белок.[5] Из этих генов 2870 белков были отнесены к ортологичный группы. Дополнительно идентифицирован 41 ген тРНК для 19 аминокислот и одна 16S-23S-5S рРНК. оперон.[5]
Особо пристальное внимание было уделено генам, потенциально кодирующим деградацию алканов.[5] Обнаружены гены, кодирующие четыре алканмонооксигеназы интегральной мембраны, три фермента цитохрома P450 и четыре гена, кодирующие монооксигеназы семейства флавин-связывающих.[5] Эти монооксигеназы особенно важны, поскольку они составляют длинноцепочечные п-гидроксилирование алкана.[5]
Разнообразие
A. Pacificus тесно связан с другими штаммами этого рода Альканиворакс. Он разделяет 16S рРНК сходство последовательностей генов на 93,9, 93,1, 93,1, 93,0, 93,0 и 92,9% с соседними штаммами А. Dieselolei В-5 Т, A. balearicus MACL04 Т, А. hongdengensis А-11-3 Т, A. venustensis ISO4 Т, A. borkumensis SK2 Т и А. jadensis T9 Т соответственно.[1] Однако, поскольку последовательность гена A. Pacificus отличается более чем на 3% от всех других штаммов, он достаточно отличается, чтобы представлять новый штамм бактерий.[6] Частично это различие связано с 549 нуклеотидным фрагментом гена алкангидроксилазы. alkB, который был амплифицирован из цепи W11-5Т.[1] Ген alkB - это белок, который вырабатывается A. pacificus и другие штаммы рода Альканиворакс который отменяет ущерб алкилирование, процесс, с помощью которого алкан отсутствует один водород передается от одной молекулы к другой. В аминокислота последовательности, выведенные из этого фрагмента, показывают, что нет четкой группировки между видами Альканиворакс, поскольку некоторые штаммы этого рода содержат несколько последовательностей alkB, что помещает их в разные ветви филогенетическое дерево.[1]
Рекомендации
- ^ а б c d е ж грамм час я j Лай Цюй, Ван Л., Лю И, Фу И, Чжун Х, Ван Б., Чен Л., Ван Дж., Сунь Ф, Шао З. (июнь 2011 г.). «Alcanivorax pacificus sp. Nov., Выделенный из глубоководного консорциума, разлагающего пирен». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 61 (Pt 6): 1370–4. Дои:10.1099 / ijs.0.022368-0. PMID 20584816.
- ^ Якимов М.М., Голышин П.Н., Ланг С., Мур Э.Р., Абрахам В.Р., Люнсдорф Х., Тиммис К.Н. (апрель 1998 г.). «Alcanivorax borkumensis gen. Nov., Sp. Nov., Новая морская бактерия, разлагающая углеводороды и продуцирующая поверхностно-активные вещества». Международный журнал систематической бактериологии. 48, Пет 2: 339–48. Дои:10.1099/00207713-48-2-339. PMID 9731272.
- ^ Лай Цюй, Ван Л., Лю И, Фу И, Чжун Х, Ван Б., Чен Л., Ван Дж., Сунь Ф, Шао З. (июнь 2011 г.). «Alcanivorax pacificus sp. Nov., Выделенный из глубоководного консорциума, разлагающего пирен». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 61 (Pt 6): 1370–4. Дои:10.1099 / ijs.0.022368-0. PMID 20584816.
- ^ Лай Кью, Шао Зи (декабрь 2012 г.). «Последовательность генома бактерии, разлагающей алканы, штамм типа Alcanivorax pacificus W11-5, выделенный из глубоководных отложений». Журнал бактериологии. 194 (24): 6936. Дои:10.1128 / JB.01845-12. ЧВК 3510602. PMID 23209202.
- ^ а б c d е ж Лай, Цилян; Шао, Цзунцзе (2012-12-15). «Последовательность генома бактерии, разлагающей алканы, штамм типа Alcanivorax pacificus W11-5, выделенный из глубоководных отложений». Журнал бактериологии. 194 (24): 6936–6936. Дои:10.1128 / JB.01845-12. ISSN 0021-9193. ЧВК 3510602. PMID 23209202.
- ^ Стакенбрандт Э, Гебель БМ (1994). «Таксономическое примечание: место для реассоциации ДНК-ДНК и анализа последовательности 16S рРНК в существующем определении видов в бактериологии». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 44 (4): 846–849. Дои:10.1099/00207713-44-4-846.
дальнейшее чтение
- Стакебрандт Э., Дворкин М., Фалькоу С., Розенберг Э., Шлейфер К. (2006). Прокариоты: справочник по биологии бактерий (3-е изд.). Берлин: Springer. ISBN 978-0-387-25496-8.