Caenorhabditis - Caenorhabditis

Caenorhabditis
Взрослый Caenorhabditis elegans.jpg
Caenorhabditis elegans
Научная классификация е
Королевство:Animalia
Тип:Нематода
Учебный класс:Хромадорея
Заказ:Рабдитида
Семья:Рабдитиды
Род:Caenorhabditis
(Още, 1952[1]) Догерти, 1955 г.[2]
Синонимы

Рабдит (Caenorhabditis) Още, 1952 г.

Caenorhabditis это род нематоды которые живут в богатой бактериями среде, такой как компостные кучи, разлагающиеся трупы животных и гниющие фрукты. Название происходит от греческого: caeno- (καινός (caenos) = новый, недавний); рабдит = стержневидный (ῥάβδος (рабдос) = жезл, жезл). В 1900 г. Маупас первоначально назвал вид Рабдит elegans, Още поместил его в подрод Caenorhabditis в 1952 г. и в 1955 г. Догерти поднял Caenorhabditis к статусу род.[3]

Род Caenorhabditis содержит отмеченный модельный организм Caenorhabditis elegans и несколько других видов, для которых последовательность генома либо доступен, либо в настоящее время определяется. Два наиболее изученных вида этого рода (C. elegans и C. briggsae) оба андродивный (у них есть самец и гермафродит полов), тогда как большинство других видов гонохористический (у них есть мужской и женский пол).[4]

C. elegans типовой вид рода.[5]

Экология

Caenorhabditis занимают богатую питательными веществами и бактериями среду. Они не образуют самоподдерживающихся популяций в почве, так как в ней недостаточно органического вещества. Молодые черви, а также личинки дауэра могут транспортироваться беспозвоночными, в том числе многоножки, насекомые, изоподы, и брюхоногие моллюски. Некоторые виды также связаны с позвоночными, включая зебу, хотя природа этой ассоциации не ясна. Виды можно классифицировать как 'форетический 'или' некроменические 'в зависимости от их отношения к своим беспозвоночным хозяевам. Форезный червь ездит на хозяине, пока не найдет благоприятную среду, а затем уходит. Некроменический червь ждет, пока хозяин умрет, и питается бактериями, которые размножаются в мертвом животном. Многие виды способны вести как форетический, так и некроменический образ жизни.[6]

Разновидность

Кладограмма Caenorhabditis разновидность
Caenorhabditis
 
Elegans
 

C. inopinata

 
 

C. sp. 35 год

 
Elegans
 
 
 
 
 

C. briggsae

 
 

C. nigoni

 
 
 

C. sinica

 
 
 
 

С. латенс

 
 

C. remanei

 
 
 
 
 

C. wallacei

 
 

С. тропический

 
 
 
 

C. brenneri

 
 

C. doughertyi

 
 
 
 

C. elegans

 
 
Japonica
 
 
 
 
 

C. nouraguensis

 
 

С. yunquensis

 
 
 

С. макросерма

 
 
 
 

C. afra

 
 

C. imperialis

 
 
 
 

C. japonica

 
 
 

К. камаина

 
 
 
Дрозофилы
 
 
 
 

С. дрозофилы

 
 

C. sp. 2

 
 
 
 
 

C. ангария

 
 

C. castelli

 
 
 

C. sp. 8

 
 
 
 
 

C. portoensis

 
 

C. virilis

 
 
 
 

C. guadeloupensis

 
 
 
 
 

С. monodelphis

 
 

C. plicata

 
 
 
Виды Caenorhabditis: C. nigoni это родственные виды из C. briggsae пока C. elegans остается один, базальный в группе 'Elegans'.

В этом роде около 50 известных видов, некоторые из них еще официально не описаны и не названы.[7], несмотря на то, что в одной статье 2014 г. названо 15 видов.[8] На основе ИТС2 сравнение последовательностей, их можно сгруппировать следующим образом:[8]

  • Супергруппа 'Elegans'
    • Группа "Элеганс"
      • Caenorhabditis elegans - геном секвенирован в 1998 г. Вашингтонский университет в Сент-Луисе и Wellcome Trust Sanger Institute до 6x покрытия[10] В настоящее время это наиболее изученный вид в роде и, вероятно, в филуме. C. elegans в основном XX протандрический гермафродиты, которые оплодотворяются собственной спермой или спермой случайных самцов XO.[11]
      • Caenorhabditis briggsae - последовательность генома закончена в 2003 г. Вашингтонский университет в Сент-Луисе.[12] C. briggsae является вторым наиболее изученным видом в роде. Пока C. briggsae также в основном протандрические гермафродиты XX, они не ближайшие родственники C. elegans, и гермафродитная репродуктивная стратегия этих видов, а также С. тропический, является примером конвергентная эволюция. Эволюционное расстояние между C. briggsae и C. elegans похож на людей и мышей. C. nigoni ближайший родственник C. briggsae, и эти два вида могут иногда давать несколько плодовитых гибридов.[13]
      • Caenorhabditis remanei - геном секвенирован WashU GSC.[14] Более тесно связан с C. briggsae чем C. elegans, C. remanei это гонохористический (облигатные самцы) виды в Elegans группа. В прошлом существовала некоторая путаница в отношении размещения деформаций между C. remanei, C. vulgaris (теперь рассматривается как подвид C. remanei) и C. brenneri "".[15]
      • Caenorhabditis brenneri - (до 2007 г. С. sp 4, C. sp CB5161, и C. sp PB2801) - геном секвенирован WashU GSC.[16] Этот гонохорический вид встречается в Elegans группа, ближе к C. briggsae чем C. elegans.[17]
      • Caenorhabditis nigoni - До 2014 года назывался C. sp. 9[8]
      • Caenorhabditis doughertyi - До 2014 года именовалось C. sp. 10[8]
      • Caenorhabditis tropicalis - До 2014 года именовалось C. sp. 11[8] Похожий на C. elegans и C. briggsae, С. тропический Популяции состоят из XX протандрических гермафродитов и X0 самцов. Эти три вида нет ближайшие родственники друг друга
      • Caenorhabditis wallacei - До 2014 года именовалось C. sp. 16[8]
      • Латентный Caenorhabditis - До 2014 года именовалось C. sp. 23[8]
      • Caenorhabditis sinica - До 2014 года именовалось C. sp. 5
    • Группа "Японика"
      • Caenorhabditis japonica - геном секвенируется WashU GSC.[18] Этот гонохорический вид встречается в Japonica группа, сестра принадлежит к Elegans группа. В дикой природе этот вид не связан с паразитами на клопах-норах. Parastrachia japonensis и могут перейти в стадию дауэра независимо от условий питания и скученности.[19][20]
      • Caenorhabditis afra - (также называемый C. sp. 7, C. sp. JU1199 и C. sp. JU1286). Этот гонохорический (мужской и женский) вид был изолирован Матиасом Херрманном в Бегоро, Гана, Африка, в 2007 году.[21][8] Его геном секвенируется в Мыть U.[22]
      • Caenorhabditis imperialis - До 2014 года именовалось C. sp. 14[8]
      • Caenorhabditis kamaaina - До 2014 года назывался C. sp. 15[8]
      • Caenorhabditis nouraguensis - До 2014 года именовалось C. sp. 17[8]
      • Ценорабдит макросерма - До 2014 года назывался C. sp. 18[8]
      • Caenorhabditis yunquensis - До 2014 года именовалось C. sp. 19[8]
  • Супергруппа 'Drosophilae': группа видов, обычно встречающихся на гнилых плодах и переносимых Дрозофила мухи
      • Caenorhabditis angaria - (до 2011 г. C. sp. 2, C. sp. 3, и C. sp. PS1010)[23] - секвенирование генома в Калифорнийском технологическом институте в 2010 году.[24] Этот гонохорический вид, обнаруженный в Ангария группа Дрозофилы супергруппа, имеет отличную морфологию и поведение по сравнению с C. elegans. В частности, C. ангария самцы демонстрируют спиралевидное брачное поведение. Его отклонение от C. elegans похоже на расстояние между людьми и рыбами. C. castelli является его ближайшим родственником, и эти два вида могут давать гибриды F1.[25]
      • Caenorhabditis castelli - До 2014 года именовалось C. sp. 12[8]
      • Caenorhabditis дрозофилы
      • Caenorhabditis guadeloupensis - До 2014 года именовалось C. sp. 20[8]
      • Caenorhabditis portoensis - До 2014 года именовалось C. sp. 6[8]
      • Caenorhabditis virilis - До 2014 года назывался C. sp. 13[8]
      • Caenorhabditis sp. 8
  • базальный

Другие филогенетические исследования

В Caenorhabditis группа видов с группой 'Protorhabditis', содержащая виды в родах Проторабдит, Диплоскаптер и Продонторабдит, с одной стороны, и с Ошейус видов, с другой стороны, чтобы сформировать группу 'Eurhabditis' Рабдитиды роды.[26]

Рекомендации

  1. ^ Оше, Г., 1952. - «Systematik und Phylogenie der Gattung Rhabditis (Nematoda)». Zool. Jb. (Прим. 1), 81, 190–280.
  2. ^ Роды и виды подсемейства Rhabditinae Micoletzky, 1922 (Nematoda): номенклатурный анализ, включая приложение по составу семейства Rhabditidae Örley, 1880. Эллсворт К. Догерти, Журнал гельминтологии, том 29, выпуск 3, сентябрь 1955 г. , страницы 105-152, Дои:10.1017 / S0022149X00024317
  3. ^ Феррис, H (30 ноября 2013 г.). "Caenorhabditis elegans". Калифорнийский университет в Дэвисе. Архивировано из оригинал 9 декабря 2013 г.. Получено 2013-11-19.
  4. ^ Хааг, Эрик С. «Эволюция определения пола нематод: C. elegans как ориентир для сравнительной биологии ». WormBook.
  5. ^ Caenorhabditis на nematode.unl.edu
  6. ^ Кионтке, К; Sudhaus, W (январь 2006 г.). «Экология вида Caenorhabditis». WormBook: 1–14. Дои:10.1895 / wormbook.1.37.1. ЧВК  4780885. PMID  18050464.
  7. ^ Кионтки, Карин; и другие. (21 ноября 2011 г.). «Филогения и молекулярные штрих-коды для Caenorhabditis с многочисленными новыми видами гниющих плодов». BMC Эволюционная биология. 11: 339. Дои:10.1186/1471-2148-11-339. ЧВК  3277298. PMID  22103856.
  8. ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п о п q Феликс, Мари-Анн; Брандл, Кристиан; Каттер, Ашер Д. (11 апреля 2014 г.). «Оптимизированная система для диагностики видов Caenorhabditis (Nematoda: Rhabditidae) с обозначениями названий для 15 различных биологических видов». PLOS ONE. 9 (4): e94723. Дои:10.1371 / journal.pone.0094723. ЧВК  3984244. PMID  24727800.
  9. ^ «NCBI». Получено 23 июн 2017.
  10. ^ В C. elegans Консорциум секвенирования (1998). "Последовательность генома нематоды C. elegans: платформа для изучения биологии ». Наука. 282 (5396): 2012–2018. Дои:10.1126 / science.282.5396.2012. PMID  9851916.
  11. ^ "Червячная база". Получено 4 сентября 2015.
  12. ^ Stein, L.D .; и другие. (2003). "Последовательность генома Caenorhabditis briggsae: Платформа для сравнительной геномики ». PLoS Биология. 1 (2): 166–192. Дои:10.1371 / journal.pbio.0000045. ЧВК  261899. PMID  14624247.
  13. ^ "Червячная база". Получено 4 сентября 2015.
  14. ^ "GSC: Caenorhabditis remanei". Архивировано из оригинал 13 марта 2007 г.. Получено 28 апреля 2007.
  15. ^ "Червячная база". Получено 4 сентября 2015.
  16. ^ "GSC: Caenorhabditis n. Sp. PB2801". Архивировано из оригинал 18 августа 2007 г.. Получено 28 апреля 2007.
  17. ^ "Червячная база". Получено 4 сентября 2015.
  18. ^ "GSC: Caenorhabditis japonica". Архивировано из оригинал 28 февраля 2008 г.. Получено 28 апреля 2007.
  19. ^ "Червячная база". Получено 4 сентября 2015.
  20. ^ «Институт генома». Архивировано из оригинал 9 октября 2015 г.. Получено 4 сентября 2015.
  21. ^ "Червячная база". Получено 7 сентября 2015.
  22. ^ "Червячная база". Получено 7 сентября 2015.
  23. ^ Sudhaus, Уолтер; Кионтке, Карин; Гиблин-Дэвис, Робин М. (2011). "Описание Caenorhabditis angaria n. Sp. (Nematoda: Rhabditidae), ассоциированного растения сахарного тростника и пальмового долгоносика (Coleoptera: Curculionidae)". Нематология. 13 (1): 61–78. Дои:10.1163 / 138855410X500334.
  24. ^ Мортазави, А .; Schwarz, E.M .; Уильямс, B .; Schaeffer, L .; Антошечкин, И .; Wold, B.J .; Штернберг, П. В. (2010). «Создание каркаса для генома нематоды Caenorhabditis с помощью RNA-seq». Геномные исследования. 20 (12): 1740–1747. Дои:10.1101 / гр.111021.110. ЧВК  2990000. PMID  20980554.
  25. ^ "Червячная база". Получено 4 сентября 2015.
  26. ^ Филогенетические взаимоотношения Caenorhabditis и других рабдитид. Карин Кионтке и Дэвид Х. А. Фитч, Книга червей, 2005 г., Дои:10.1895 / червячная книга.1.11.1