Cre-Lox рекомбинация - Cre-Lox recombination

Cre-Lox рекомбинация это технология сайт-специфической рекомбиназы, используется для проведения удаления, вставки, транслокации и инверсии на определенных участках ДНК клеток. Это позволяет нацеливать модификацию ДНК на определенный тип клеток или запускать конкретный внешний стимул. Он реализован как в эукариотических, так и в прокариотических системах. Система рекомбинации Cre-lox оказалась особенно полезной, чтобы помочь нейробиологам изучать мозг, в котором сложные типы клеток и нейронные цепи объединяются для генерации познания и поведения. NIH Blueprint for Neuroscience Research создал несколько сотен линий мыши с драйверами Cre, которые в настоящее время используются мировым сообществом нейробиологов.

Система состоит из одного фермента, Cre рекомбиназа, это рекомбинирует пара коротких целевых последовательностей, называемых Lox последовательности. Эта система может быть реализована без добавления каких-либо дополнительных поддерживающих белков или последовательностей. Фермент Cre и оригинал Lox сайт называется LoxP последовательности получены из бактериофаг P1.

Размещение последовательностей Lox надлежащим образом позволяет генам активироваться, подавляться или заменяться другими генами. На уровне ДНК можно проводить множество манипуляций. Активность фермента Cre можно контролировать так, чтобы он экспрессировался в конкретном типе клеток или запускался внешним стимулом, таким как химический сигнал или тепловой шок. Эти целевые изменения ДНК полезны в клеточная линия отслеживание и когда мутанты являются летальными, если выражаются глобально.

Система Cre-Lox очень похожа по действию и по использованию на Рекомбинация FLP-FRT система.[1]

История

Рекомбинация Cre-Lox - это особый тип сайт-специфическая рекомбинация разработан доктором Брайан Зауэр который действует как в митотических, так и в немитотических клетках, и первоначально использовался для активации экспрессии генов в линиях клеток млекопитающих (DuPont ).[2][3] Впоследствии исследователи в лаборатории Dr. Джейми Март продемонстрировали, что рекомбинация Cre-Lox может быть использована для удаления последовательностей хромосомной ДНК, фланкированных loxP, с высокой эффективностью в конкретных развивающихся Т-клетках трансгенных животных, при этом авторы предполагают, что этот подход можно использовать для определения функции эндогенных генов в определенных типах клеток, неизгладимо маркируют предшественники в исследованиях определения судьбы клеток, вызывают специфические хромосомные перестройки для биологического моделирования и моделирования болезней и определяют роль ранних генетических повреждений в поддержании болезни (и фенотипа).[4]

Вскоре после этого исследователи в лаборатории профессора Клауса Раевски сообщили о производстве плюрипотентных эмбриональных стволовых клеток, несущих нацеленный ген loxP-фланкированный (флоксированный) ген ДНК-полимеразы.[5] Объединив эти достижения в сотрудничестве, лаборатории Drs. В 1994 году Март и Раевски сообщили, что рекомбинация Cre-lox может использоваться для условного нацеливания на гены.[6] Они наблюдали, что ≈50% гена бета-полимеразы ДНК было удалено в Т-клетках на основе блоттинга ДНК. Было неясно, имеет ли только один аллель в каждой Т-клетке или 50% Т-клеток 100% делецию в обоих аллелях. С тех пор исследователи сообщили о более эффективном мутагенезе условных генов Cre-Lox в развивающихся Т-клетках лабораторией Марта в 1995 году.[7] Неполное удаление Cre рекомбиназа не редкость в клетках, когда существуют две копии флоксованных последовательностей, и позволяет формировать и изучать химерные ткани. Было показано, что все типы клеток, испытанные на мышах, подвергаются трансгенной рекомбинации Cre.

Независимо, Джо З. Цзянь является пионером в использовании системы Cre-loxP для манипулирования генами, зависящими от типа и региона клеток, во взрослом мозге, где могут существовать сотни различных типов нейронов, и почти все нейроны во взрослом мозге известны как постмитотические.[8] Цзянь и его коллеги продемонстрировали, что Cre-обусловленная рекомбинация может происходить в постмитотических пирамидных нейронах переднего мозга взрослых мышей.[9]

Эти разработки привели к широкому использованию условного мутагенеза в биомедицинских исследованиях, охватывающих многие дисциплины, в которых он становится мощной платформой для определения функции генов в определенных типах клеток и в определенные периоды развития. В частности, четкая демонстрация его полезности в точном определении сложных отношений между конкретными клетками / цепями и поведением для исследования мозга,[10] способствовал тому, что NIH инициировал проект NIH Blueprint for Neuroscience Research Cre-driver для мышей в начале 2000 года.[11][12] На сегодняшний день в рамках проекта NIH Blueprint for Neuroscience Research Cre создано несколько сотен линий мыши с драйверами Cre, которые в настоящее время используются мировым сообществом нейробиологов.

Обзор

Рекомбинация Cre-Lox включает нацеливание на конкретную последовательность ДНК и сращивая его с помощью фермента, называемого Cre рекомбиназа. Рекомбинация Cre-Lox обычно используется для предотвращения гибели эмбрионов, вызванной системной инактивацией многих генов.[13][14] По состоянию на февраль 2019 года рекомбинация Cre – Lox является мощным инструментом и используется при моделировании трансгенных животных для связывания генотипов с фенотипами.[10][15][16]

Система Cre-lox используется как генетический инструмент для контроля конкретных участков рекомбинация события в геномной ДНК. Эта система позволила исследователям манипулировать различными генетически модифицированными организмами для контроля экспрессии генов, удаления нежелательных последовательностей ДНК и изменения архитектуры хромосом.

В Cre белок представляет собой сайт-специфичную рекомбиназу ДНК, которая может катализировать рекомбинацию ДНК между определенными сайтами в молекуле ДНК. Эти сайты, известные как loxP последовательности содержат сайты специфического связывания для Cre, которые окружают направленную коровую последовательность, где может происходить рекомбинация.

Диаграмма, описывающая, как сайты Lox71 и Lox66 могут быть использованы для объединения двух плазмид в одну непрерывную плазмиду.

Когда клетки, у которых есть loxP сайты в их геноме экспрессируют Cre, событие рекомбинации может происходить между loxP места. Белки Cre-рекомбиназы связываются с первыми и последними 13 п.н. областями lox-сайта, образуя димер. Затем этот димер связывается с димером на другом сайте lox с образованием тетрамер. Сайты Lox являются направленными, и два сайта, соединенных тетрамером, ориентированы параллельно. Двухцепочечная ДНК разрезается на обоих loxP сайтов белком Cre. Затем пряди соединяются с ДНК-лигаза в быстром и эффективном процессе. Результат рекомбинации зависит от ориентации loxP места. Для двух сайтов lox на одном плече хромосомы инвертировано loxP сайты вызовут инверсию промежуточной ДНК, в то время как прямое повторение loxP сайты вызовут событие удаления. Если loxP участки находятся на разных хромосомах это возможно перемещение события, которые будут катализироваться Cre-индуцированной рекомбинацией. Два плазмиды могут быть объединены с использованием вариантов lox сайтов 71 и 66.[17]

Cre рекомбиназа

Белок Cre (кодируется локусом, первоначально названным "вызывает рекомбинацию", причем в некоторых ссылках встречается "рекомбиназа циклизации")[18][19] состоит из 4 субъединиц и двух доменов: более крупный карбоксил (C-терминал ) домена и меньшего размера амино (N-концевой ) домен. Всего белка 343 аминокислоты. Домен C похож по структуре на домен в Интеграза семейство ферментов, выделенных из лямбда-фаг. Это тоже каталитический сайт фермента.

loxP сайт

loxP (локус X-over P1) - это сайт на бактериофаге P1, состоящий из 34 бп. Сайт включает асимметричную последовательность из 8 пар оснований, вариабельную, за исключением двух средних оснований, между двумя наборами симметричных последовательностей из 13 пар оснований. Точная последовательность указана ниже; «N» обозначает основания, которые могут варьироваться, а строчные буквы обозначают основания, которые были мутированы из дикого типа. Последовательности из 13 п.н. являются палиндромными, а спейсер из 8 п.н. - нет, что придает последовательности loxP определенное направление. Обычно сайты loxP попадают в пары для генетических манипуляций. Если два сайта loxP имеют одинаковую ориентацию, флоксовая последовательность (последовательность, фланкированная двумя сайтами loxP) вырезается; однако, если два сайта loxP находятся в противоположной ориентации, флоксовая последовательность инвертируется. Если существует флоксовая донорная последовательность, донорная последовательность может быть заменена исходной последовательностью. Эта техника называется рекомбиназа-опосредованная замена кассет и это очень удобный и экономящий время способ генетических манипуляций. Однако есть предостережение: реакция рекомбинации может происходить в обратном направлении, что делает замену кассеты неэффективной. Кроме того, может произойти иссечение последовательности в транс вместо в снг событие обмена кассеты. Мутанты loxP созданы, чтобы избежать этих проблем.[20]

13бп8bp13бп
ATAACTTCGTATA -NNNTANNN-TATACGAAGTTAT
Примеры альтернативных сайтов loxP[21]
имяОбласть распознавания 13bpОбласть спейсера 8 п.н.Область распознавания 13bp
Дикого типаATAACTTCGTATAATGTATGCTATACGAAGTTAT
lox 511ATAACTTCGTATAATGTATaCTATACGAAGTTAT
lox 5171ATAACTTCGTATAATGTgTaCTATACGAAGTTAT
lox 2272ATAACTTCGTATAAaGTATcCTATACGAAGTTAT
M2ATAACTTCGTATAАгааАккаTATACGAAGTTAT
M3ATAACTTCGTATAtaaTACCATATACGAAGTTAT
M7ATAACTTCGTATAАгаТАГААTATACGAAGTTAT
M11ATAACTTCGTATAcgaTAccaTATACGAAGTTAT
lox 71TACCGTTCGTATANNNTANNNTATACGAAGTTAT
lox 66ATAACTTCGTATANNNTANNNTATACGAACGGTA

Соединения Холлидея и гомологичная рекомбинация

Во время генетической рекомбинации Холлидей Джанкшн образуется между двумя цепями ДНК, и двухцепочечный разрыв в молекуле ДНК оставляет открытым конец 3’OH. Этой реакции способствует эндонуклеазная активность фермента. 5 ’Фосфатные концы обычно являются субстратами для этой реакции, поэтому остаются протяженные 3’ области. Эта 3’-OH-группа очень нестабильна, и цепь, на которой она присутствует, должна найти свой комплемент. Поскольку после репликации ДНК происходит гомологичная рекомбинация, доступны две цепи ДНК, и, таким образом, 3 ’OH-группа должна спариваться со своим комплементом, и это происходит с интактной цепью на другом дуплексе. Теперь произошла одна точка пересечения, которая называется промежуточным звеном Холлидея.

Конец 3’OH удлиняется (то есть добавляются основания) с помощью ДНК-полимеразы. Спаривание противоположных цепей - это то, что составляет событие кроссинговера или рекомбинации, которое является общим для всех живых организмов, поскольку генетический материал на одной цепи одного дуплекса спарен с одной цепью другого дуплекса и был удлинен ДНК-полимеразой. . Дальнейшее расщепление промежуточных продуктов Холлидея приводит к образованию гибридной ДНК.

Это дальнейшее расщепление или «ресолвация» осуществляется специальной группой ферментов, называемых резолвазами. RuvC - лишь одна из этих резолваз, выделенных из бактерий и дрожжей.

В течение многих лет считалось, что при образовании промежуточного звена Холлидея точка разветвления соединения (где нити пересекаются) будет располагаться в первом сайте расщепления. Миграция точки ветвления на второй сайт расщепления каким-то образом запускала бы вторую половину пути. Эта модель обеспечивает удобное объяснение строгого требования гомологии между рекомбинирующими сайтами, поскольку миграция ветвей остановится при несовпадении и не позволит произойти обмену второй цепью. Однако в последние годы эта точка зрения подверглась сомнению, и большинство современных моделей рекомбинации Int, Xer и Flp включают только ограниченную миграцию ветвей (1–3 пары оснований промежуточного звена Холлидея), сопряженную с событием изомеризации, которое отвечает за переключение специфичности расщепления цепи.

Сайт-специфическая рекомбинация

Основная статья: Сайт-специфическая рекомбинация

Сайт-специфическая рекомбинация (SSR) включает определенные сайты для каталитического действия специальных ферментов, называемых рекомбиназами. Cre, или циклическая рекомбиназа, является одним из таких ферментов. Таким образом, сайт-специфическая рекомбинация представляет собой ферментно-опосредованное расщепление и лигирование двух определенных дезоксинуклеотидных последовательностей.

Ряд консервативных систем сайт-специфической рекомбинации был описан как у прокариотических, так и у эукариотических организмов. Как правило, эти системы используют один или несколько белков и действуют на уникальные асимметричные последовательности ДНК. Продукты рекомбинации зависят от относительной ориентации этих асимметричных последовательностей. Многие другие белки, помимо рекомбиназы, участвуют в регуляции реакции. Во время сайт-специфической рекомбинации ДНК, которая вызывает генетическую перестройку в таких процессах, как интеграция и удаление вируса, а также хромосомная сегрегация, эти ферменты рекомбиназы распознают специфические последовательности ДНК и катализируют реципрокный обмен цепями ДНК между этими сайтами.

Механизм действия

Модельный эксперимент в области генетики с использованием системы Cre-lox: последовательность преждевременной остановки, присутствующая у мышей, подвергшихся флоксированию, удаляется только из клеток, экспрессирующих рекомбиназу Cre, когда мышей скрещивают вместе.

Инициирование сайт-специфической рекомбинации начинается со связывания рекомбинационных белков с их соответствующими ДНК-мишенями. Отдельная рекомбиназа распознает и связывается с каждым из двух сайтов рекомбинации на двух разных молекулах ДНК или в одной и той же цепи ДНК. В данном конкретном участке ДНК гидроксильная группа тирозина в рекомбиназе атакует фосфатную группу в основной цепи ДНК с использованием прямого переэтерификация механизм. Эта реакция связывает белок рекомбиназы с ДНК через фосфо-тирозиновую связь. Это сохраняет энергию фосфодиэфирной связи, позволяя обратить реакцию вспять без участия высокоэнергетического кофактора.

Расщепление другой цепи также вызывает фосфотирозиновую связь между ДНК и ферментом. В обоих дуплексах ДНК связывание фосфатной группы с остатками тирозина оставляет 3 ’OH-группу свободной в основной цепи ДНК. Фактически, комплекс фермент-ДНК представляет собой промежуточную стадию, за которой следует лигирование 3 ’OH-группы одной цепи ДНК с 5’ фосфатной группой другой цепи ДНК, которая ковалентно связана с остатком тирозина; то есть ковалентная связь между 5’-концом и остатком тирозина нарушена. Эта реакция синтезирует Холлидей Джанкшн обсуждалось ранее.

Таким образом, противоположные нити ДНК соединяются вместе. Последующее расщепление и воссоединение заставляют цепи ДНК обмениваться своими сегментами. Белковые взаимодействия приводят к прямому обмену цепями. Энергия не нарушается, поскольку связь белок-ДНК компенсирует потерю фосфодиэфирной связи, которая произошла во время расщепления.

Сайт-специфическая рекомбинация также является важным процессом, который используют вирусы, такие как бактериофаги, для интеграции своего генетического материала в инфицированного хозяина. Вирус, названный профаг в таком состоянии это достигается путем интеграции и удаления. Точки, где происходят реакции интеграции и вырезания, называются сайтами прикрепления (att). Сайт attP на фаге обменивается сегментами с сайтом attB на бактериальной ДНК. Таким образом, они зависят от конкретного сайта и встречаются только на соответствующих сайтах att. В интегрировать класс ферментов катализируют эту конкретную реакцию.

Эффективность действия

Было показано, что два фактора влияют на эффективность удаления Cre на локальных парах. Во-первых, идентичность нуклеотидной последовательности в спейсерной области сайта lox. Сконструированные варианты lox, которые различаются по спейсерной области, имеют тенденцию к разной, но обычно более низкой эффективности рекомбинации по сравнению с loxP дикого типа, предположительно за счет влияния на образование и разрешение промежуточного продукта рекомбинации.[22]

Другой фактор - длина ДНК между парой локонов. Увеличение длины ДНК приводит к снижению эффективности рекомбинации Cre / lox, возможно, за счет регулирования динамики реакции.[23][24][25] Генетическое расположение флоксовой последовательности влияет на эффективность рекомбинации, вероятно, за счет влияния на доступность ДНК посредством Cre рекомбиназа.[25] Выбор драйвера Cre также важен, так как низкая выраженность Cre рекомбиназа имеет тенденцию приводить к непараллельной рекомбинации. Непараллельная рекомбинация особенно проблематична в карта судьбы сценарий, при котором одно событие рекомбинации предназначено для манипулирования исследуемым геном, а другое событие рекомбинации необходимо для активации репортерного гена (обычно кодирующего флуоресцентный белок) для клеточная линия отслеживание.[25] Неспособность активировать оба события рекомбинации одновременно затрудняет интерпретацию клеточного карта судьбы Результаты.

Временной контроль

Индуцибельная активация Cre достигается с помощью варианта CreER (рецептора эстрогена), который активируется только после доставки тамоксифен.[26] Это достигается путем слияния мутировавшего лиганд-связывающего домена рецептора эстрогена с рекомбиназой Cre, в результате чего Cre специфически активируется тамоксифеном. В отсутствие тамоксифена CreER приведет к перемещению мутированной рекомбиназы в цитоплазму. Белок будет оставаться в этом месте в инактивированном состоянии до тех пор, пока не будет введен тамоксифен. После введения тамоксифена он метаболизируется в 4-гидрокситамоксифен, который затем связывается с ER и приводит к транслокации CreER в ядро, где он затем может расщеплять сайты lox.[27] Важно отметить, что иногда флуоресцентные репортеры могут быть активированы в отсутствие тамоксифена из-за утечки нескольких молекул рекомбиназы Cre в ядро, что в сочетании с очень чувствительными репортерами приводит к непреднамеренному маркированию клеток.[28] CreER (T2) был разработан для минимизации тамоксифен-независимой рекомбинации и максимизации чувствительности к тамоксифену.

Условное отслеживание происхождения клеток

Клетки изменяют свой фенотип в ответ на многочисленные стимулы окружающей среды и могут потерять экспрессию генов, обычно используемых для обозначения их идентичности, что затрудняет исследование вклада определенных типов клеток в заболевание. Поэтому исследователи часто используют трансгенных мышей, экспрессирующих CreER.t2 рекомбиназа, индуцированная введением тамоксифена под контролем промотора гена, который маркирует конкретный интересующий тип клеток, с Cre-зависимым репортером флуоресцентного белка. Рекомбиназа Cre, используемая в этих исследованиях отслеживания клеточных клонов, сливается с мутантной формой рецептора эстрогена, который связывает синтетический эстроген 4-гидрокситамоксифен вместо его природного лиганда 17β-эстрадиола. CreER (T2) находится в цитоплазме и может перемещаться в ядро ​​только после введения тамоксифена, что позволяет строго контролировать рекомбинацию во времени. Кассета флуоресцентного репортера будет содержать промотор, обеспечивающий высокую экспрессию репортера флуоресцентного трансгена (например, промотор CAG), и стоп-кассету, фланкированную loxP, гарантируя, что экспрессия трансгена зависит от Cre-рекомбиназы и репортерной последовательности. После рекомбинации, управляемой Cre, стоп-кассета вырезается, позволяя репортерным генам специфически экспрессироваться в клетках, в которых экспрессия Cre управляется промотором-маркером, специфичным для клеток. Поскольку удаление стоп-кассеты является постоянным, репортерные гены экспрессируются во всем потомстве, продуцируемом исходными клетками, в которых когда-то был активирован Cre. Такое условное отслеживание клонов оказалось чрезвычайно полезным для эффективной и специфической идентификации клеток гладких мышц сосудов (VSMC) и клеток, производных от VSMC, и было использовано для тестирования эффектов на клетки, производные от VSMC и VSMC. in vivo.[29][30][31][32][33][34]

Естественная функция системы Cre-lox

В Фаг P1 это умеренный фаг, вызывающий либо лизогенный или литический цикл когда он заражает бактерии. В литическом состоянии, как только вирусный геном вводится в клетку-хозяин, производятся вирусные белки, собираются вирионы, и клетка-хозяин лизируется для высвобождения фагов, продолжая цикл. В лизогенном цикле геном фага реплицируется с остальной частью бактериального генома и передается дочерним клеткам при каждом последующем делении клеток. Он может перейти в литический цикл более поздним событием, таким как УФ-излучение или голодание.

Фаги, подобные лямбда-фаг используют свои сайт-специфические рекомбиназы для интеграции своей ДНК в геном хозяина во время лизогении. ДНК фага P1, с другой стороны, существует как плазмида в хосте. Система Cre-lox выполняет несколько функций в фаге: она превращает ДНК фага в плазмиду, разделяет взаимосвязанные плазмидные кольца, чтобы они передавались обеим дочерним бактериям в равной степени, и может помочь поддерживать количество копий с помощью альтернативных способов репликации.[35]

ДНК фага P1 при высвобождении в хозяина из вириона имеет форму линейной двухцепочечной молекулы ДНК. Фермент Cre нацелен на сайты loxP на концах этой молекулы и циклизует геном. Это также может иметь место при отсутствии системы Cre lox.[36] с помощью других бактериальных и вирусных белков. Плазмида P1 относительно велика (≈90Kbp) и, следовательно, существует в небольшом количестве копий - обычно по одной на клетку. Если две дочерние плазмиды связаны между собой, одна из дочерних клеток хозяина потеряет плазмиду. Система рекомбинации Cre-lox предотвращает эти ситуации, разъединяя кольца ДНК, выполняя два события рекомбинации (связанные кольца -> одно слитое кольцо -> два несвязанных кольца). Также предполагается, что репликация по кругу с последующей рекомбинацией позволит плазмиде увеличить число копий, когда определенные регуляторы (repA) ограничивают.[35]

Реализация нескольких пар сайтов loxP

Несколько вариантов loxP,[37] в частности lox2272 и loxN, были использованы исследователями с комбинацией различных Cre действий (переходных или конститутивных) для создания "Brainbow «система, позволяющая многократно окрашивать мозг мышей четырьмя флуоресцентными белками.

Другой отчет, использующий две пары вариантов lox, но за счет регулирования длины ДНК в одной паре, приводит к стохастической активации генов с регулируемым уровнем разреженности.[23]

Примечания и ссылки

  1. ^ Turan S, Galla M, Ernst E, Qiao J, Voelkel C, Schiedlmeier B и др. (Март 2011 г.). «Рекомбиназа-опосредованная замена кассет (RMCE): традиционные концепции и текущие проблемы». Журнал молекулярной биологии. 407 (2): 193–221. Дои:10.1016 / j.jmb.2011.01.004. PMID  21241707.
  2. ^ Зауэр Б. (июнь 1987 г.). «Функциональная экспрессия системы сайт-специфической рекомбинации cre-lox в дрожжах Saccharomyces cerevisiae». Молекулярная и клеточная биология. 7 (6): 2087–96. Дои:10.1128 / mcb.7.6.2087. ЧВК  365329. PMID  3037344.
  3. ^ Зауэр Б., Хендерсон Н. (июль 1988 г.). «Сайт-специфическая рекомбинация ДНК в клетках млекопитающих с помощью Cre-рекомбиназы бактериофага P1». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 85 (14): 5166–70. Bibcode:1988ПНАС ... 85.5166С. Дои:10.1073 / pnas.85.14.5166. ЧВК  281709. PMID  2839833.
  4. ^ Орбан П.С., Чуй Д., Март Дж. Д. (август 1992 г.). «Тканевая и сайт-специфическая рекомбинация ДНК у трансгенных мышей». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 89 (15): 6861–5. Bibcode:1992 ПНАС ... 89.6861O. Дои:10.1073 / пнас.89.15.6861. ЧВК  49604. PMID  1495975.
  5. ^ Гу Х, Цзоу Ю.Р., Раевский К. (июнь 1993 г.). «Независимый контроль рекомбинации переключателей иммуноглобулинов в отдельных регионах переключения, подтвержденный посредством Cre-loxP-опосредованного нацеливания на гены». Ячейка. 73 (6): 1155–64. Дои:10.1016/0092-8674(93)90644-6. PMID  8513499.
  6. ^ Гу Х, Март Дж.Д., Орбан П.К., Моссманн Х., Раевски К. (июль 1994 г.). «Делеция генного сегмента ДНК-полимеразы бета в Т-клетках с использованием нацеливания на гены, специфичные для типа клеток». Наука. 265 (5168): 103–6. Bibcode:1994Наука ... 265..103Г. Дои:10.1126 / science.8016642. PMID  8016642.
  7. ^ Хеннет Т., Хаген Ф.К., Табак Л.А., Март Д.Д. (декабрь 1995 г.). «Т-клеточная делеция гена полипептидной N-ацетилгалактозаминилтрансферазы путем сайт-направленной рекомбинации». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 92 (26): 12070–4. Bibcode:1995PNAS ... 9212070H. Дои:10.1073 / пнас.92.26.12070. ЧВК  40298. PMID  8618846.
  8. ^ Цзянь Дж. З. (2016). «Cre-Lox Neurogenetics: 20 лет разностороннего применения в исследованиях мозга и подсчете…». Границы генетики. 7: 19. Дои:10.3389 / fgene.2016.00019. ЧВК  4759636. PMID  26925095.
  9. ^ Цзянь Дж. З., Чен Д. Ф., Гербер Д., Том С., Мерсер Э. Х., Андерсон Д. Д. и др. (Декабрь 1996 г.). «Нокаут гена, ограниченного субрегиональным и клеточным типом, в мозге мышей». Ячейка. 87 (7): 1317–26. Дои:10.1016 / s0092-8674 (00) 81826-7. PMID  8980237.
  10. ^ а б Цзянь Дж. З., Хуэрта П. Т., Тонегава С. (декабрь 1996 г.). «Существенная роль гиппокампа, зависимая от рецептора NMDA CA1 синаптической пластичности в пространственной памяти». Ячейка. 87 (7): 1327–38. Дои:10.1016 / s0092-8674 (00) 81827-9. PMID  8980238.
  11. ^ План NIH для нейробиологии: сеть драйверов Cre. http://www.neuroscienceblueprint.nih.gov/factSheet/CreDriver.htm
  12. ^ Мозговой проект GENSAT, http://www.gensat.org/index.html
  13. ^ Шен Дж., Бронсон Р. Т., Чен Д. Ф., Ся В., Селкое Д. Д., Тонегава С. (май 1997 г.). «Дефекты скелета и ЦНС у мышей с дефицитом пресенилина-1». Ячейка. 89 (4): 629–39. Дои:10.1016 / s0092-8674 (00) 80244-5. PMID  9160754.
  14. ^ Ли Й, Эрзурумлу Р.С., Чен С., Джавери С., Тонегава С. (февраль 1994 г.). «Связанные с усами нейронные паттерны не могут развиваться в ядрах тройничного ствола мозга мышей с нокаутом NMDAR1». Ячейка. 76 (3): 427–37. Дои:10.1016/0092-8674(94)90108-2. PMID  8313466.
  15. ^ Фэн Р., Рэмпон С., Тан И. П., Шром Д., Джин Дж., Кьин М. и др. (Декабрь 2001 г.). «Недостаточный нейрогенез у мышей с нокаутом по пресенилину-1, специфичным для переднего мозга, связан со сниженным клиренсом следов гиппокампа». Нейрон. 32 (5): 911–26. Дои:10.1016 / s0896-6273 (01) 00523-2. PMID  11738035.
  16. ^ «Рекомбинация Cre-Lox».
  17. ^ Хасти А.Р., Прюитт СК (2007). «Скрининг дрожжевого двугибридного партнера по взаимодействию посредством создания меток двоичного взаимодействия in vivo, опосредованного Cre». Исследования нуклеиновых кислот. 35 (21): e141. Дои:10.1093 / нар / гкм894. ЧВК  2189736. PMID  17986461.
  18. ^ «Циклизационная рекомбиназа [Escherichia coli] - белок - NCBI».
  19. ^ Штернберг Н., Гамильтон Д. (август 1981 г.). "Сайт-специфическая рекомбинация бактериофага P1. I. Рекомбинация между сайтами loxP". Журнал молекулярной биологии. 150 (4): 467–86. Дои:10.1016/0022-2836(81)90375-2. PMID  6276557.
  20. ^ Араки К., Араки М., Ямамура К. (февраль 1997 г.). «Направленная интеграция ДНК с использованием мутантных lox сайтов в эмбриональных стволовых клетках». Исследования нуклеиновых кислот. 25 (4): 868–72. Дои:10.1093 / nar / 25.4.868. ЧВК  146486. PMID  9016639.
  21. ^ Missirlis PI, Smailus DE, Holt RA (апрель 2006 г.). «Высокопроизводительный скрининг, идентифицирующий последовательность и характеристики неразборчивости спейсерной области loxP в Cre-опосредованной рекомбинации». BMC Genomics. 7: 73. Дои:10.1186/1471-2164-7-73. ЧВК  1479339. PMID  16595017.
  22. ^ Ли Джи, Сайто И. (август 1998 г.). «Роль нуклеотидных последовательностей спейсерной области loxP в Cre-опосредованной рекомбинации». Ген. 216 (1): 55–65. Дои:10.1016 / s0378-1119 (98) 00325-4. PMID  9714735.
  23. ^ а б Ван С.З., Лю Б.Х., Тао Х.В., Ся К., Чжан Ли (2009). «Генетическая стратегия для стохастической активации генов с регулируемой разреженностью (STARS)». PLOS One. 4 (1): e4200. Bibcode:2009PLoSO ... 4,4 200 Вт. Дои:10.1371 / journal.pone.0004200. ЧВК  2615212. PMID  19145242.
  24. ^ Чжэн Б., Шалфей М., Шеппард Е.А., Юречич В., Брэдли А. (январь 2000 г.). «Разработка хромосом мыши с помощью Cre-loxP: диапазон, эффективность и соматические приложения». Молекулярная и клеточная биология. 20 (2): 648–55. Дои:10.1128 / mcb.20.2.648-655.2000. ЧВК  85158. PMID  10611243.
  25. ^ а б c Лю Дж., Виллет С.Г., Банкайтис Э.Д., Сюй Ю., Райт CV, Гу Джи (июнь 2013 г.). «Непараллельная рекомбинация ограничивает репортеров на основе Cre-LoxP как точных индикаторов условной генетической манипуляции». Бытие. 51 (6): 436–42. Дои:10.1002 / dvg.22384. ЧВК  3696028. PMID  23441020.
  26. ^ Уолрат Дж. К., Хос Дж. Дж., Ван Дайк Т., Рейли К. М. (2010). «Генно-инженерные модели мышей в исследованиях рака». Достижения в исследованиях рака. 106: 113–64. Дои:10.1016 / S0065-230X (10) 06004-5. ISBN  9780123747716. ЧВК  3533445. PMID  20399958.
  27. ^ Кристианто Дж., Джонсон М.Г., Застров Р.К., Рэдклифф А.Б., Бланк РД (июнь 2017 г.). «Спонтанная рекомбиназная активность Cre-ERT2 in vivo». Трансгенные исследования. 26 (3): 411–417. Дои:10.1007 / s11248-017-0018-1. PMID  28409408.
  28. ^ Альварес-Аснар А., Мартинес-Корраль I, Даубель Н., Бетсхольц С., Мякинен Т., Гаенгель К. (февраль 2020 г.). «Линии Т2». Трансгенные исследования. 29 (1): 53–68. Дои:10.1007 / s11248-019-00177-8. ЧВК  7000517. PMID  31641921.
  29. ^ Харман Дж. Л., Добникар Л., Чаппелл Дж., Стокелл Б. Г., Далби А., Фут К. и др. (Ноябрь 2019 г.). «Эпигенетическая регуляция гладкомышечных клеток сосудов с помощью диметилирования гистона H3, лизина 9, ослабляет индукцию целевого гена с помощью воспалительных сигналов». Артериосклероз, тромбоз и биология сосудов. 39 (11): 2289–2302. Дои:10.1161 / ATVBAHA.119.312765. ЧВК  6818986. PMID  31434493.
  30. ^ Чаппелл Дж., Харман Дж. Л., Нарасимхан В. М., Ю Х., Фут К., Саймонс Б. Д. и др. (Декабрь 2016 г.). «Обширная пролиферация подмножества дифференцированных, но пластичных, гладкомышечных клеток медиальных сосудов способствует формированию неоинтимы в моделях травм и атеросклероза у мышей». Циркуляционные исследования. 119 (12): 1313–1323. Дои:10.1161 / CIRCRESAHA.116.309799. ЧВК  5149073. PMID  27682618.
  31. ^ Сельдь Б. П., Хоггатт А. М., Бурлак С., Офферманн С. (2014). «Ранее дифференцированные клетки гладких мышц медиальных сосудов способствуют формированию неоинтимы после повреждения сосудов». Сосудистая клетка. 6 (1): 21. Дои:10.1186 / 2045-824X-6-21. ЧВК  4193961. PMID  25309723.
  32. ^ Шанкман Л.С., Гомес Д., Черепанова О.А., Лосось М., Аленкар Г.Ф., Хаскинс Р.М. и др. (Июнь 2015 г.). «KLF4-зависимая фенотипическая модуляция гладкомышечных клеток играет ключевую роль в патогенезе атеросклеротических бляшек». Природа Медицина. 21 (6): 628–37. Дои:10,1038 / нм.3866. ЧВК  4552085. PMID  25985364.
  33. ^ Альбарран-Хуарес Дж., Каур Х., Гримм М., Офферманнс С., Ветчурек Н. (август 2016 г.). «Отслеживание происхождения клеток, вовлеченных в атеросклероз». Атеросклероз. 251: 445–453. Дои:10.1016 / j.atherosclerosis.2016.06.012. PMID  27320174.
  34. ^ Добникар Л., Тейлор А.Л., Чаппелл Дж., Олдах П., Харман Дж. Л., Оертон Э. и др. (Ноябрь 2018 г.). «Релевантные для заболевания сигнатуры транскрипции, идентифицированные в отдельных гладкомышечных клетках здоровых сосудов мыши». Nature Communications. 9 (1): 4567. Bibcode:2018НатКо ... 9.4567D. Дои:10.1038 / с41467-018-06891-х. ЧВК  6212435. PMID  30385745.
  35. ^ а б Obocka MB, Rose DJ, Plunkett G, Rusin M, Samojedny A, Lehnherr H, et al. (Ноябрь 2004 г.). «Геном бактериофага Р1». Журнал бактериологии. 186 (21): 7032–68. Дои:10.1128 / JB.186.21.7032-7068.2004. ЧВК  523184. PMID  15489417.
  36. ^ Штернберг Н., Хёсс Р. (1983). «Молекулярная генетика бактериофага Р1». Ежегодный обзор генетики. 17 (1): 123–54. Дои:10.1146 / annurev.ge.17.120183.001011. PMID  6364958.
  37. ^ Ливет Дж., Вайсман Т.А., Канг Х., Драфт РВ, Лу Дж., Беннис Р.А. и др. (Ноябрь 2007 г.). «Трансгенные стратегии комбинаторной экспрессии флуоресцентных белков в нервной системе». От редакции («Над головным мозгом»). Природа. 450 (7166): 56–62. Bibcode:2007Натура 450 ... 56л. Дои:10.1038 / природа06293. PMID  17972876.

внешние ссылки