Белки для часов цианобактерий - Википедия - Cyanobacterial clock proteins
| KaiA домен | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Кристаллическая структура циркадного часового белка kaia из synechococcus elongatus | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | KaiA | ||||||||
| Pfam | PF07688 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR011648 | ||||||||
| |||||||||
| KaiB домен | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 структура раствора n-концевого домена synechococcus elongatus sasa (средняя минимизированная структура) | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | KaiB | ||||||||
| Pfam | PF07689 | ||||||||
| Pfam клан | CL0172 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR011649 | ||||||||
| CDD | cd02978 | ||||||||
| |||||||||
| KaiC | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 кристаллическая структура полноразмерного белка каика циркадных часов с сайтами фосфорилирования | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | KaiC | ||||||||
| Pfam | PF06745 | ||||||||
| Pfam клан | CL0023 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR014774 | ||||||||
| CDD | cd01124 | ||||||||
| |||||||||
В молекулярной биологии белки часов цианобактерий основные циркадный регулятор в цианобактерии. Белки часов цианобактерий состоят из трех белков: KaiA, KaiB и KaiC. KaiABC сложный может действовать как промоутер -неспецифический регулятор транскрипции что подавляет транскрипция, возможно, воздействуя на состояние хромосома уплотнение.
В комплексе KaiA усиливает фосфорилирование статус kaiC. Напротив, присутствие kaiB в комплексе снижает статус фосфорилирования kaiC, предполагая, что kaiB действует путем противодействия взаимодействию между kaiA и kaiC. Активность KaiA активирует экспрессию kaiBC, в то время как KaiC подавляет ее. Общая складывать КАИА мономер это то из четырех-спираль пучок, который образует димер в известных структура.[1] KaiA функционирует как гомодимер. Каждый мономер состоит из трех функциональных домены: the N-концевой область усилителя амплитуды, область центрального регулятора периода и C-терминал тактовая частота. N-концевой домен KaiA из цианобактерий действует как псевдоприемный домен, но не имеет консервированный аспартил остаток, необходимый для фосфопереноса в регуляторах ответа.[2] С-концевой домен отвечает за образование димера, связывание с KaiC, усиление KaiC фосфорилирование и создание циркадные колебания.[3] Белок KaiA из Анабаена sp. (штамм PCC 7120) лишен N-концевого CheY-подобного домена.
KaiB использует меандр альфа-бета мотив и оказывается димер или тетрамер.[1][4]
KaiC принадлежит к более крупному семейство белков; он выполняет аутофосфорилирование и действует как собственный транскрипционный репрессор. Это связывает АТФ.[5]
Также к семейству KaiC относится RadA / Sms, высококонсервативный эубактериальный белок, который разделяет последовательность сходство с обеими цепями RecA трансфераза и лон протеаза. Семейство RadA / Sms, вероятно, зависит от АТФ. протеазы участвует в обоих Ремонт ДНК и деградация белков, пептиды, гликопептиды. Они классифицируются как гомологи, не относящиеся к пептидазе, и не назначенные пептидазы в МЕРОПЫ семейство пептидаз S16 (семейство lon протеаз, клан SJ). RadA / Sms участвует в рекомбинация и рекомбинационная репарация, наиболее вероятно включающая стабилизацию или процессинг разветвленных молекул ДНК или блокированных вилки репликации из-за его генетическая избыточность с RecG и RuvABC.[6]
История открытия
Из-за отсутствия ядро у этих организмов было сомнение относительно того, способны ли цианобактерии выражать циркадные ритмы. Кондо и др. были первыми, кто окончательно продемонстрировал, что у цианобактерий действительно есть циркадные ритмы. в эксперименте 1993 года они использовали люцифераза репортер вставлен в генетически управляемый Синехококк sp., который выращивали в цикле свет-темнота 12:12 для обеспечения «уноса». Было два набора бактерий, так что один находился на свету, а другой - в темноте во время этого периода захвата. Когда бактерии переходили в стационарную фазу, их переносили в пробирки с постоянным освещением, за исключением 5-минутных периодов регистрации каждые 30 минут, когда пробирки выдерживали в темноте для измерения уровня биолюминесценция Они обнаружили, что уровень биолюминесценции колеблется в течение почти 24-часового периода, и что две группы колеблются с противоположными фазами. Это привело их к выводу, что Synechococcus sp. геном регулировался циркадными часами. (1)
Функция in vitro
Циркадные осцилляторы в эукариоты которые были изучены, функционируют с использованием петли отрицательной обратной связи, в которой белки ингибируют собственную транскрипцию в цикле, который занимает приблизительно 24 часа. Это известно как осциллятор, производный от транскрипции-трансляции (TTO). (2) Без ядра прокариотические клетки должны иметь другой механизм поддержания циркадного времени. В 1998 году Ishiura et al. определили, что белковый комплекс KaiABC ответственен за циркадную отрицательную петлю обратной связи у Synechococcus, сопоставив 19 часовых мутантов с генами этих трех белков. (3) Эксперимент Накаджимы и др. в 2005 году смог продемонстрировать циркадные колебания. комплекса Synechococcus KaiABC in vitro. Они сделали это, добавив KaiA, KaiB, KaiC, и АТФ в пробирку в примерном соотношении, записанном in vivo. Затем они измерили уровни фосфорилирования KaiC и обнаружили, что он демонстрирует циркадную ритмичность в течение трех циклов без затухания. Этот цикл также был компенсирующим по температуре. Они также тестировали инкубацию мутантного белка KaiC с KaiA, KaiB и АТФ. Они обнаружили, что период фосфорилирования KaiC соответствовало внутреннему периоду цианобактерии с соответствующим мутантным геномом. Эти результаты привели их к выводу, что фосфорилирование KaiC является основой генерации циркадных ритмов у Synechococcus. (2)
Цианобактериальные часы как модельные системы
Цианобактерии - простейшие организмы, которые наблюдались и демонстрируют циркадные ритмы. (2) (3) Примитивность и простота делают фосфорилирование KaiC модель бесценен для исследования циркадных ритмов. Хотя это намного проще, чем модели генераторов циркадных ритмов эукариот, принципы во многом те же. В обеих системах циркадный период зависит от взаимодействий между белками внутри клетки, и когда гены этих белков мутируют, выраженный период изменяется. (1) (2) Эта модель генерации циркадных ритмов также имеет значение для изучения циркадной «эволюционной биологии». Учитывая простоту цианобактерий и этой циркадной системы, можно с уверенностью предположить, что эукариотические циркадные осцилляторы происходят из системы, аналогичной той, что присутствует в цианобактериях. (1)
Рекомендации
- ^ а б Гарсес Р., Ву Н., Гиллон В., Пай Э. Ф. (апрель 2004 г.). «Белки циркадных часов Anabaena KaiA и KaiB обнаруживают потенциальный общий сайт связывания с их партнером KaiC». EMBO J. 23 (8): 1688–98. Дои:10.1038 / sj.emboj.7600190. ЧВК 394244. PMID 15071498.
- ^ Уильямс С.Б., Ваконакис I, Golden SS, LiWang AC (ноябрь 2002 г.). «Структура и функция циркадного часового белка KaiA Synechococcus elongatus: потенциальный механизм ввода часов». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (24): 15357–62. Дои:10.1073 / pnas.232517099. ЧВК 137721. PMID 12438647.
- ^ Узумаки Т., Фудзита М., Накацу Т., Хаяси Ф., Шибата Х., Ито Н., Като Х., Ишиура М. (июль 2004 г.). «Кристаллическая структура C-концевого домена часового генератора цианобактериального белка KaiA». Nat. Struct. Мол. Биол. 11 (7): 623–31. Дои:10.1038 / nsmb781. PMID 15170179. S2CID 36997475.
- ^ Хитоми К., Ояма Т., Хан С., Арваи А.С., Getzoff E (2005). «Тетрамерная архитектура белка циркадных часов KaiB. Новый интерфейс для межмолекулярных взаимодействий и его влияние на циркадный ритм». J Biol Chem. 280 (19): 19127–35. Дои:10.1074 / jbc.M411284200. PMID 15716274.
- ^ Паттанайек Р., Ван Дж., Мори Т., Сюй Й., Джонсон С.Х., Эгли М. (2004). «Визуализация белка циркадных часов: кристаллическая структура KaiC и функциональные идеи». Mol Cell. 15 (3): 375–88. Дои:10.1016 / j.molcel.2004.07.013. PMID 15304218.
- ^ Луч CE, Saveson CJ, Lovett ST (декабрь 2002 г.). «Роль radA / sms в промежуточном процессинге рекомбинации у Escherichia coli». J. Bacteriol. 184 (24): 6836–44. Дои:10.1128 / jb.184.24.6836-6844.2002. ЧВК 135464. PMID 12446634.