KaiC - Википедия - KaiC

Циркадный аутофосфорилирование белка kaiC от kaiA и kaiB

KaiC это ген принадлежащий KaiABC кластер генов (с KaiA, и KaiB ), которые вместе регулируют бактериальные циркадные ритмы особенно в цианобактерии. KaiC кодирует белок KaiC, который взаимодействует с белками KaiA и KaiB в посттрансляционном осцилляторе (PTO). PTO - это главные часы цианобактерий, которые контролируются последовательностями фосфорилирования белка KaiC.[1][2] Регуляция экспрессии KaiABC и фосфорилирования KaiABC важна для цианобактерий. циркадная ритмичность, и особенно важен для регулирования процессов цианобактерий, таких как азотфиксация, фотосинтез, и деление клеток.[3] Исследования показали сходство с Дрозофила, Нейроспора, и модели часов млекопитающих, в которых регуляция kaiABC циркадных часов подчиненных цианобактерий также основана на цикл обратной связи с переводом транскрипции (TTFL).[4] Белок KaiC имеет оба ауто-киназа и аутофосфатаза активности и действует как циркадный регулятор как в PTO, так и в TTFL. Было обнаружено, что KaiC не только подавляет kaiBC при сверхэкспрессии, но и подавляет циркадный экспрессия всех генов цианобактерий геном.[5]

kaiC
Идентификаторы
ОрганизмS. elongatus
СимволkaiC
Entrez3773504
RefSeq (Prot)YP_400233.1

Эволюционная история

Хотя KaiABC кластер генов существует только у цианобактерий, эволюционно KaiC содержит гомологи что происходит в Археи и Протеобактерии. Это самый старый циркадный ген, обнаруженный у прокариот. KaiC имеет двухдоменную структуру и последовательность, которая классифицирует его как часть RecA генное семейство АТФ-зависимых рекомбиназы.[3] Основываясь на ряде гомологичных однодоменных генов у других видов, KaiC предполагается, что он горизонтально переместился от бактерий к архее, образуя в конечном итоге двудоменный KaiC через дублирование и слияние. KaiC 'ключевую роль в контроле циркадных ритмов и гомология к RecA предположить его индивидуальную эволюцию до его присутствия в KaiABC кластер генов.[4]

Открытие

Такао Кондо, Сьюзан С. Голден, и Карл Х. Джонсон открыл кластер генов в 1998 году и назвал этот кластер kaiABC, поскольку «kai» в переводе с японского означает «цикл». Они создали 19 разных часовых мутантов, которые были сопоставлены с генами kaiA, kaiB и kaiC, и успешно клонировали кластер генов в цианобактериях. Synechococcus elongatus. Использование бактериального люцифераза репортера для мониторинга экспрессии контролируемого часами гена psbAI в Synechococcus, они исследовали и сообщили о восстановлении нормальной ритмичности долгопериодического мутанта C44a (с периодом 44 часа) с помощью kaiABC. Они вставили ДНК дикого типа через pNIBB7942 плазмидный вектор в мутант C44a и генерировали клоны, которые восстанавливали нормальный период (период 25 часов). В конечном итоге они смогли локализовать область гена, вызывающую это спасение, и наблюдали циркадную ритмичность в промотор активность kaiA и kaiB, а также экспрессия kaiA и kaiBC информационная РНК. Они определили, что отмена любого из трех генов kai вызовет аритмию в циркадных часах и снизит активность промотора kaiBC.[3] Позже выяснилось, что в KaiC есть и автокиназа и аутофосфатаза Мероприятия.[1] Эти данные свидетельствуют о том, что циркадный ритм контролируется механизмом TTFL, который согласуется с другими известными биологическими часами.[6]

В 2000 г. S. elongatus наблюдали в постоянной темноте (DD) и постоянном освещении (LL). При DD транскрипция и трансляция останавливались из-за отсутствия света, но циркадный механизм не показал значимых сдвиг фазы после перехода на постоянный свет.[7] В 2005 году после более тщательного изучения белковых взаимодействий KaiABC, фосфорилирование KaiC колеблется в соответствии с суточными ритмами в отсутствие света.[8] В дополнение к модели TTFL, модель PTO была выдвинута для цикла фосфорилирования KaiABC.[6]

Также в 2005 году Накадзима и др. лизированный S. elongatus и изолированные белки KaiABC. В пробирках, содержащих только белки KaiABC и АТФ, in vitro фосфорилирование KaiC колебалось с периодом около 24 часов с немного меньшим амплитуда чем in vivo осцилляции, доказывая, что белков KaiABC достаточно для циркадного ритма только в присутствии АТФ.[9] В сочетании с моделью TTFL было показано, что KaiABC как циркадный PTO является основным регулятором часов у S. elongatus.[6]

Генетика и структура белка

На Synechococcus elongatus ' особая кольцевая хромосома, ген, кодирующий белок kaiC расположен в позиции 380696-382255 (его тег локуса syc0334_d). Ген kaiC имеет паралоги kaiB (расположены 380338..380646) и kaiA (расположен 379394..380248). kaiC кодирует белок KaiC (519 аминокислоты ). KaiC действует как неспецифический регулятор транскрипции который подавляет транскрипцию kaiBC промоутер. Его кристаллическая структура решена при 2,8 Å разрешающая способность; это гомогексамерный комплекс (примерно 360 кДа ) со структурой двойного бублика и центральной порой, открытой на N-концевой концы и частично запломбированы на C-терминал заканчивается из-за наличия шести аргинин остатки.[5] Гексамер имеет двенадцать молекул АТФ между N- (CI) и С-концевым (CII) доменами, которые демонстрируют АТФазную активность.[10] Домены CI и CII связаны N-концевой областью домена CII. Последние 20 остатков C-конца домена CII выступают из бублика, образуя так называемую A-петлю.[1] Интерфейсы в домене CII KaiC являются сайтами как для аутокиназной, так и для аутофосфатазной активности, как in vitro и in vivo.[11][12] KaiC имеет две петли P или Мотив Уокера Как (АТФ -/GTP -связывающие мотивы) в доменах CI и CII; домен CI также содержит два мотива DXXG (X представляет собой любую аминокислоту), которые являются высококонсервативными среди GTPase супер-семья.[13]

Эволюционные отношения

KaiC имеет структурное сходство с несколькими другими белками с гексамерными кольцами, включая RecA, DnaB и АТФазы. Гексамерные кольца KaiC очень похожи на RecA, с 8 α-спирали окружающий скрученный β-лист состоит из 7 прядей. Эта структура способствует связыванию нуклеотид на карбокси-конце β-листа. Структурное сходство KaiC с этими белками предполагает роль KaiC в регуляции транскрипции. Кроме того, диаметр колец в KaiC подходит для размещения одноцепочечная ДНК. Кроме того, поверхностный потенциал на кольце CII и отверстии C-концевого канала в основном положительный. Совместимость диаметра, а также заряда поверхностного потенциала предполагает, что ДНК может связываться с отверстием C-концевого канала.[14]

Механизм

Регулирование KaiC

Активность автокиназы и аутофосфатазы KaiC в 24-часовом цикле

Белки Kai регулируют экспрессию генов в масштабе всего генома.[8] Белок KaiA усиливает фосфорилирование белка KaiC за счет связывания с петлей A домена CII, чтобы способствовать активности аутокиназы в течение субъективного дня.[15] Фосфорилирование субъединиц происходит упорядоченным образом, начиная с фосфорилирования треонина 432 (T432), за которым следует серин 431 (S431) в домене CII. Это приводит к плотному объединению домена CII с доменом CI.[16] Затем KaiB связывается с экспонированной петлей B на домене CII KaiC и изолирует KaiA от C-концов в течение субъективной ночи, что ингибирует фосфорилирование и стимулирует активность аутофосфатазы.[2] Происходит дефосфорилирование T432, за которым следует S431, возвращая KaiC в исходное состояние.[16][12]

Нарушение домена CI KaiC приводит как к аритмии kaiBC экспрессия и снижение АТФ-связывающей активности; это вместе с in vitro аутофосфорилирование KaiC указывает на то, что связывание АТФ с KaiC имеет решающее значение для Синехококк циркадные колебания.[13] Статус фосфорилирования KaiC коррелировал с Синехококк Тактовая частота in vivo.[12] Кроме того, сверхэкспрессия KaiC сильно подавляет kaiBC промоутер, а kaiA сверхэкспрессия экспериментально увеличила kaiBC промоутер.[5] Эти положительные и отрицательные связывающие элементы отражают механизм обратной связи генерации ритма, сохраняющийся у многих различных видов.[17]

Фосфорилирование KaiC колеблется с периодом примерно 24 часа при помещении in vitro с тремя рекомбинантными белками Kai, инкубированными с АТФ. Циркадный ритм фосфорилирования KaiC сохраняется в постоянной темноте независимо от Синехококк скорость транскрипции. Считается, что эта частота колебаний контролируется соотношением фосфорилированного и нефосфорилированного белка KaiC. Коэффициент фосфорилирования KaiC является основным фактором активации kaiBC промоутер тоже. В kaiBC оперон транскрибируется циркадным образом и примерно на 6 часов предшествует накоплению KaiC,[18] считается, что задержка играет роль в петлях обратной связи.

Взаимозависимость Кай А, В и С

kaiA, kaiB, и kaiC было показано, что они являются важными генетическими компонентами в Synechococcus elongatus для циркадных ритмов.[18] Эксперименты также показали, что KaiC усиливает взаимодействие KaiA-KaiB в дрожжевых клетках и in vitro. Это означает, что может происходить образование гетеромультимерного комплекса, состоящего из трех белков Kai, причем KaiC служит мостом между KaiA и KaiB. Альтернативно, KaiC может образовывать гетеродимер с KaiA или KaiB, чтобы вызвать конформационное изменение.[19] Вариации в C-концевой области каждого из их белков предполагают функциональное расхождение между белками часов Kai,[8] однако между тремя паралогами есть критические взаимозависимости.

Функция

Цианобактерии - это простейшие организмы с известным механизмом образования циркадные ритмы.[18] Активность KaiC-АТФазы компенсируется температурой от 25 до 50 градусов Цельсия. [20] и имеет Q10 около 1,1 (значения Q10 около 1 указывают на температурную компенсацию). Поскольку период фосфорилирования KaiC компенсируется температурой и согласуется с in vivo циркадные ритмы, KaiC считается механизмом основного циркадного ритма в Синехококк.[21] ∆kaiABC особи, один из наиболее распространенных мутантов, растут так же хорошо, как особи дикого типа, но им не хватает ритмичности. Это свидетельство того, что kaiABC кластер генов не нужен для роста.[5]

Роль KaiC в TTFL

В дополнение к PTO, регулирующему активность KaiC автокиназой и аутофосфатазой, есть также свидетельства существования TTFL, подобного другим эукариотам, который управляет циркадным ритмом на выходе часов.[22] Изучая структуру и деятельность KaiC, было предложено несколько ролей KaiC в TTFL. Сходство структур KaiC с суперсемейством RecA / DnaB указывает на возможную роль KaiC в прямом связывании ДНК и обеспечении транскрипции.[14] Эксперименты с нокаутом KaiC (KO) определили, что KaiC является негативным регулятором kaiBC последовательность промотора, но было обнаружено, что она работает через отдельный путь SasA / RpaA, поскольку KaiC не является фактором транскрипции.[23] Однако устранение ВОМ не устранило полностью ритмичность в kaiBC промоторная активность, предполагая, что PTO не является необходимым для генерации ритмов в TTFL.[24] По правде говоря, деятельность KaiC за пределами PTO все еще относительно неизвестна.

Циркадная регуляция деления клеток

Недавние эксперименты показали, что колебания клеточного цикла и циркадные ритмы Синехококк связаны между собой односторонним механизмом. Циркадные часы контролируют деление клеток, позволяя ему происходить только в определенные фазы. Однако клеточный цикл не оказывает никакого влияния на циркадные часы. Когда двойное деление При этом дочерние клетки наследуют циркадные часы материнской клетки и находятся в фазе с материнской клеткой. Циркадная синхронизация клеточного деления может быть защитной функцией для предотвращения деления в уязвимой фазе. Фазы, в которых KaiC имеет высокую активность АТФазы, не позволяют клеточному делению происходить. У мутантов с постоянно повышенной активностью KaiC-АТФазы белок CikA отсутствует. CikA является основным фактором входящего пути и вызывает KaiC-зависимое удлинение клеток.[25]

Известные исследования

Воссоздание циркадного осциллятора in vitro в присутствии только KaiA, KaiB, KaiC и ATP вызвало интерес к взаимосвязи между клеточными биохимический генераторы и связанные с ними транскрипции-трансляции петли обратной связи (TTFL). Долгое время считалось, что TTFL являются ядром циркадной ритмичности, но сейчас это утверждение снова проверяется из-за возможности того, что биохимические осцилляторы могут составлять центральный механизм системы часов, регулирующий и действующий в пределах TTFL, которые контролируют выработку и восстанавливают белки. необходимы для осцилляторов в организмах, таких как система KaiABC в Синехококк.[26] Для описания взаимосвязи между биохимической и TTFL-регуляцией циркадных ритмов были предложены две модели: система ведущего / ведомого осцилляторов с генератором TTFL, синхронизируемого с биохимическим осциллятором, и система с одинаково взвешенными связанными осцилляторами, в которой оба осциллятора синхронизируются и влияют на друг друга. осциллятор. Оба являются моделями связанных генераторов, которые обеспечивают высокую стабильность механизма синхронизации в пределах Синехококк. Биохимический осциллятор основан на избыточных молекулярных взаимодействиях, основанных на закон массового действия, тогда как TTFL зависит от клеточного аппарата, который обеспечивает трансляцию, транскрипцию и деградацию мРНК и белков. Различные типы взаимодействий, управляющие двумя осцилляторами, позволяют циркадным часам быть устойчивыми к изменениям внутри клетки, таким как колебания метаболизма, изменения температуры и деление клеток.[27]

Хотя период циркадных часов компенсируется температурой, фосфорилирование KaiC может быть стабильным. увлеченный к температурному циклу. Фосфорилирование KaiC было успешно унесено in vitro для температурных циклов с периодами от 20 до 28 часов с использованием температурных шагов от 30 ° C до 45 ° C и наоборот. Результаты отражают фазозависимый сдвиг фазы ритмов фосфорилирования KaiC. Период суточных часов не изменился, что усилило температурную компенсацию часового механизма.[28]

Исследование 2012 г. Университет Вандербильта демонстрирует доказательства того, что KaiC действует как фосфотрансфераза, которая возвращает фосфаты в ADP на T432 (остаток треонина в положении 432) и S431 (остаток серина 431), что указывает на то, что KaiC эффективно служит АТФ-синтаза.[10]

Были идентифицированы различные мутанты KaiC и изучены их фенотипы. У многих мутантов наблюдается изменение периода циркадных ритмов.

МутацияПериод
Дикий24,8 часов
E 318ААритмичный
E 318DАритмичный
р 385А36-48 часов
D 417А25,6 часов
ЧАС 429А28.0 часов
я 430ААритмичный
F 470Y17 часов
S 157п21 Часов
Т 42S28 часов

[9][29]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б Эгли М (март 2017). «Архитектура и механизм центрального механизма древнего молекулярного таймера». Журнал Королевского общества, Интерфейс. 14 (128): 20161065. Дои:10.1098 / rsif.2016.1065. ЧВК  5378140. PMID  28330987.
  2. ^ Эгли М (август 2014 г.). «Сложные белок-белковые взаимодействия в циркадных часах цианобактерий». Журнал биологической химии. 289 (31): 21267–75. Дои:10.1074 / jbc.R114.579607. ЧВК  4118088. PMID  24936066.
  3. ^ а б c Ишиура, М; Куцуна, С; Аоки, S; Ивасаки, H; Андерссон, К. «Р., Танабе А., Голден С. С., Джонсон С. Х., Кондо Т. (1998)». Наука. 281: 1519–1523.
  4. ^ а б Дворник В, Виноградова О, Нево Э (март 2003). «Происхождение и эволюция генов циркадных часов у прокариот». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 100 (5): 2495–500. Дои:10.1073 / pnas.0130099100. ЧВК  151369. PMID  12604787.
  5. ^ а б c d Ишиура, М. 1998. Экспрессия кластера генов kaiABC как циркадный процесс обратной связи у цианобактерий. Наука.
  6. ^ а б c Наеф Ф (13 сентября 2005 г.). «Циркадные часы работают in vitro: чисто посттрансляционные осцилляторы у цианобактерий». Молекулярная системная биология. 1: 2005.0019. Дои:10.1038 / msb4100027. ЧВК  1681462. PMID  16729054.
  7. ^ Сюй Ю., Мори Т., Джонсон СН (июль 2000 г.). «Циркадные часы-экспрессия белка у цианобактерий: ритмы и фаза». Журнал EMBO. 19 (13): 3349–57. Дои:10.1093 / emboj / 19.13.3349. ЧВК  313937. PMID  10880447.
  8. ^ а б c Томита Дж., Накадзима М., Кондо Т., Ивасаки Х. (январь 2005 г.). «Нет обратной связи транскрипции-трансляции в циркадном ритме фосфорилирования KaiC». Наука. 307 (5707): 251–4. Дои:10.1126 / science.1102540. PMID  15550625.
  9. ^ а б Накадзима М., Имаи К., Ито Х, Нишиваки Т., Мураяма Й., Ивасаки Х., Ояма Т., Кондо Т. (апрель 2005 г.). «Восстановление циркадных колебаний фосфорилирования KaiC цианобактерий in vitro». Наука. 308 (5720): 414–5. Дои:10.1126 / science.1108451. PMID  15831759.
  10. ^ а б Эгли М., Мори Т., Паттанайек Р., Сюй И, Цинь Икс, Джонсон СН (февраль 2012 г.). «Дефосфорилирование основного часового белка KaiC в циркадном осцилляторе цианобактерий KaiABC происходит через механизм АТФ-синтазы». Биохимия. 51 (8): 1547–58. Дои:10.1021 / bi201525n. ЧВК  3293397. PMID  22304631.
  11. ^ Ивасаки Х., Нишиваки Т., Китайма Ю., Накадзима М., Кондо Т. (ноябрь 2002 г.). «KaiA-стимулированное фосфорилирование KaiC в циркадных временных петлях у цианобактерий». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 99 (24): 15788–93. Дои:10.1073 / pnas.222467299. ЧВК  137794. PMID  12391300.
  12. ^ а б c Сюй Y, Мори Т., Джонсон СН (май 2003 г.). «Циркадный часовой механизм цианобактерий: роль KaiA, KaiB и промотора kaiBC в регуляции KaiC». Журнал EMBO. 22 (9): 2117–26. Дои:10.1093 / emboj / cdg168. ЧВК  156062. PMID  12727878.
  13. ^ а б Нишиваки, Т; Ивасаки, H; Ишиура, М; Кондо (2000). «Связывание нуклеотидов и автофосфорилирование часового белка KaiC как циркадный временной процесс цианобактерий». Proc Natl Acad Sci U S A. 97: 495–499. Дои:10.1073 / пнас.97.1.495. ЧВК  26691. PMID  10618446.
  14. ^ а б Паттанаек Р., Ван Дж., Мори Т., Сюй Й., Джонсон С.Х., Эгли М. (август 2004 г.). «Визуализация белка циркадных часов: кристаллическая структура KaiC и функциональные идеи». Молекулярная клетка. 15 (3): 375–88. Дои:10.1016 / j.molcel.2004.07.013. PMID  15304218.
  15. ^ Эгли М (август 2014 г.). «Сложные белок-белковые взаимодействия в циркадных часах цианобактерий». Журнал биологической химии. 289 (31): 21267–75. Дои:10.1074 / jbc.R114.579607. ЧВК  4118088. PMID  24936066.
  16. ^ а б Фонг С., Марксон Дж. С., Вилхойт С. М., Руст М. Дж. (Январь 2013 г.). «Надежные и настраиваемые циркадные ритмы из дифференциально чувствительных каталитических доменов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 110 (3): 1124–9. Дои:10.1073 / pnas.1212113110. ЧВК  3549141. PMID  23277568.
  17. ^ Данлэп JC (январь 1999 г.). «Молекулярные основы циркадных часов». Клетка. 96 (2): 271–90. Дои:10.1016 / s0092-8674 (00) 80566-8. PMID  9988221.
  18. ^ а б c Мураяма Ю., Ояма Т., Кондо Т. (март 2008 г.). «Регулирование экспрессии генов циркадных часов с помощью состояний фосфорилирования KaiC в цианобактериях». Журнал бактериологии. 190 (5): 1691–8. Дои:10.1128 / jb.01693-07. ЧВК  2258689. PMID  18165308.
  19. ^ Ивасаки Х., Танигучи Й., Ишиура М., Кондо Т. (март 1999 г.). «Физические взаимодействия между белками циркадных часов KaiA, KaiB и KaiC у цианобактерий». Журнал EMBO. 18 (5): 1137–45. Дои:10.1093 / emboj / 18.5.1137. ЧВК  1171205. PMID  10064581.
  20. ^ Мураками Р., Мияке А., Ивасе Р., Хаяси Ф., Узумаки Т., Ишиура М. (апрель 2008 г.). «Активность АТФазы и ее температурная компенсация часового белка цианобактерий KaiC». Гены в клетки. 13 (4): 387–95. Дои:10.1111 / j.1365-2443.2008.01174.x. PMID  18363969.
  21. ^ Тераучи К., Китайма Ю., Нишиваки Т., Мива К., Мураяма Ю., Ояма Т., Кондо Т. (октябрь 2007 г.). «АТФазная активность KaiC определяет основное время циркадных часов цианобактерий». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 104 (41): 16377–81. Дои:10.1073 / pnas.0706292104. ЧВК  2042214. PMID  17901204.
  22. ^ Тенг С.В., Мухерджи С., Моффитт-младший, де Буйл С., О'Ши Е.К. (май 2013 г.). «Устойчивые циркадные колебания в растущих цианобактериях требуют транскрипционной обратной связи». Наука. 340 (6133): 737–40. Дои:10.1126 / science.1230996. ЧВК  3696982. PMID  23661759.
  23. ^ Марксон Дж. С., Печура Дж. Р., Пушинска А. М., О'Ши Е. К. (декабрь 2013 г.). «Циркадный контроль глобальной экспрессии генов с помощью главного регулятора цианобактерий RpaA». Клетка. 155 (6): 1396–408. Дои:10.1016 / j.cell.2013.11.005. ЧВК  3935230. PMID  24315105.
  24. ^ Китайма Ю., Нишиваки Т., Тераучи К., Кондо Т. (июнь 2008 г.). «Двойные колебания на основе KaiC составляют циркадную систему цианобактерий». Гены и развитие. 22 (11): 1513–21. Дои:10.1101 / gad.1661808. ЧВК  2418587. PMID  18477603.
  25. ^ Донг Джи, Ким Йи, Golden SS (декабрь 2010 г.). «Простота и сложность механизма циркадных часов цианобактерий». Текущее мнение в области генетики и развития. 20 (6): 619–25. Дои:10.1016 / j.gde.2010.09.002. ЧВК  2982900. PMID  20934870.
  26. ^ Эгли М., Джонсон СН (октябрь 2013 г.). «Наномашина с циркадными часами, работающая без транскрипции и перевода». Текущее мнение в нейробиологии. 23 (5): 732–40. Дои:10.1016 / j.conb.2013.02.012. ЧВК  3735861. PMID  23571120.
  27. ^ Джонсон CH, Эгли М (2014). «Метаболическая компенсация и циркадная устойчивость прокариотических цианобактерий». Ежегодный обзор биохимии. 83: 221–47. Дои:10.1146 / annurev-biochem-060713-035632. ЧВК  4259047. PMID  24905782.
  28. ^ Йошида Т., Мураяма Ю., Ито Х, Кагеяма Х, Кондо Т (февраль 2009 г.). «Непараметрическое увлечение циркадного ритма фосфорилирования in vitro цианобактериального KaiC температурным циклом». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 106 (5): 1648–53. Дои:10.1073 / pnas.0806741106. ЧВК  2635835. PMID  19164549.
  29. ^ Паттанаек Р., Мори Т., Сюй Й., Паттанайек С., Джонсон С.Х., Эгли М. (ноябрь 2009 г.). «Структуры мутантных белков циркадных часов KaiC: новый сайт phZosphorylation на T426 и механизмы киназы, АТФазы и фосфатазы». PLOS One. 4 (11): e7529. Дои:10.1371 / journal.pone.0007529. ЧВК  2777353. PMID  19956664.

внешняя ссылка