DnaB геликаза - DnaB helicase

DnaB-подобный N-концевой домен геликазы
ЯМР-структура n-концевого домена ДНК-геликазы E. coli
Идентификаторы
Символ	DnaB
Pfam	PF00772
ИнтерПро	IPR007693
SCOP2	1jwe / Объем / СУПФАМ
Доступные белковые структуры: Pfam   структуры / ECOD   PDB RCSB PDB; PDBe; PDBj PDBsum резюме структуры

DnaB геликаза это фермент в бактерии который открывает вилка репликации в течение Репликация ДНК. Хотя механизм, с помощью которого обе пары DnaB Гидролиз АТФ к перемещению по ДНК и денатурирует дуплекс неизвестно, изменение четвертичная структура из белок с участием димеризация из N-концевой домен наблюдалось и может произойти во время ферментативный цикл.^[1] Первоначально, когда DnaB связывается с ДНК, это связано с ДНК, отрицательный регулятор. После диссоциации DnaC, DnaB связывается ДНК.

N-конец имеет многоспиральную структуру, которая образует ортогональный пучок.^[1] С-концевой домен содержит АТФ -связывающий сайт и, следовательно, вероятно, сайт гидролиза АТФ.

У эукариот функцию геликазы обеспечивает MCM (Поддержание минихромосом ) сложный.

Геликаза DnaB является продуктом dnaB ген. Производимый фермент геликаза представляет собой гексамер в Кишечная палочка, а также у многих других бактерий. Энергия для активности DnaB обеспечивается гидролизом NTP. Механическая энергия перемещает DnaB в вилку репликации, физически разделяя ее пополам.

Кишечная палочка dnaB

В Кишечная палочка, dnaB представляет собой гексамерный белок, состоящий из шести субъединиц из 471 остатка, которые образуют кольцевую структуру с тройной симметрией. Во время репликации ДНК отстающая цепь ДНК связывается в центральном канале dnaB, а вторая цепь ДНК исключается. Связывание dNTP вызывает конформационное изменение, которое позволяет dnaB перемещаться по ДНК, таким образом, механически вызывая разделение цепей ДНК.^{[нужна цитата ]}

Механизм инициации репликации

Эта статья может быть слишком техническим для большинства читателей, чтобы понять. Пожалуйста помогите улучшить это к сделать понятным для неспециалистов, не снимая технических деталей. (Январь 2018) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения)

По крайней мере 10 различных ферментов или белков участвуют в фазе инициации репликации. Они открывают спираль ДНК в начале и создают предпрайминговый комплекс для последующих реакций. Решающим компонентом в процессе инициации является белок DnaA, член семейства белков ААА + АТФазы (АТФазы, связанные с разнообразной клеточной активностью). Многие ААА + АТФазы, включая DnaA, образуют олигомеры и относительно медленно гидролизуют АТФ. Этот гидролиз АТФ действует как переключатель, опосредующий взаимное превращение белка между двумя состояниями. В случае DnaA форма, связанная с АТФ, активна, а форма, связанная с АДФ, неактивна.

Восемь молекул белка DnaA, все в АТФ-связанном состоянии, собираются в спиральный комплекс, охватывающий сайты R и I в oriC. DnaA имеет более высокое сродство к сайтам R, чем сайты I, и одинаково хорошо связывает сайты R в своей АТФ- или АДФ-связанной форме. I-сайты, которые связывают только АТФ-связанную DnaA, позволяют различать активную и неактивную формы DnaA. Плотная правосторонняя обертка ДНК вокруг этого комплекса дает эффективный положительный эффект. суперспираль. Связанный штамм в соседней ДНК приводит к денатурация в A: T-богатой области 'DUE' (элемент раскручивания ДНК). Комплекс, образованный в ориджине репликации, также включает несколько ДНК-связывающих белков - Hu, IHF и FIS, которые способствуют изгибу ДНК.

Белок DnaC, другая ААА + АТФаза, затем загружает белок DnaB на отдельные нити ДНК в денатурированной области. Гексамер DnaC, каждая субъединица которого связана с АТФ, образует плотный комплекс с гексамерной кольцевой геликазой DnaB. Это взаимодействие DnaC-DnaB открывает кольцо DnaB, и этому процессу способствует дальнейшее взаимодействие между DnaB и DnaA. Два кольцевых гексамера DnaB загружаются в DUE, по одному на каждую цепь ДНК. АТФ, связанный с DnaC, гидролизуется, высвобождая DnaC и оставляя DnaB связанным с ДНК.

Загрузка геликазы DnaB является ключевым шагом в инициации репликации. Как репликативная геликаза, DnaB мигрирует вдоль одноцепочечной ДНК в направлении 5 '→ 3', раскручивая ДНК по мере ее движения. Таким образом, геликазы DnaB, загруженные на две нити ДНК, движутся в противоположных направлениях, создавая две потенциальные вилки репликации. Все другие белки репликационной вилки прямо или косвенно связаны с DnaB.^[2]

Рекомендации

внешняя ссылка

• DnaB + Helicases в Национальной медицинской библиотеке США Рубрики медицинской тематики (MeSH)