Фактор рибозилирования АДФ - ADP ribosylation factor
 Связанный с мембраной АДФ-фактор рибозилирования протеин 2 (ARL2 мышь, красный), комплекс с фосфодиэстераза дельта (желтый) (1 кг) Синие точки показывают углеводородную границу липидный бислой | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Символ | Арф | ||||||||
| Pfam | PF00025 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR006689 | ||||||||
| УМНАЯ | АРФ | ||||||||
| PROSITE | PDOC01020 | ||||||||
| SCOP2 | 1 час / Объем / СУПФАМ | ||||||||
| OPM суперсемейство | 124 | ||||||||
| Белок OPM | 1 кг | ||||||||
| CDD | cd00878 | ||||||||
| Мембранома | 1103 | ||||||||
| |||||||||
Факторы рибозилирования АДФ (АРФ) являются членами семейства ARF GTP-связывающие белки из Рас надсемейство. Белки семейства ARF повсеместно встречаются в эукариотический клетки, и шесть высококонсервативных членов этого семейства были идентифицированы в клетках млекопитающих. Хотя ARF растворимы, они обычно связываются с мембранами из-за N-конец миристоилирование. Они действуют как регуляторы везикулярный трафик и актин ремоделирование.
GTP-связывающие белки малого фактора рибозилирования АДФ (Arf) являются основными регуляторами биогенеза везикул во внутриклеточном движении.[1] Они являются членами-основателями растущего семейства, которое включает Arl (Arf-подобные), Arp (Arf-связанные белки) и отдаленно связанные белки Sar (связанные с секрецией и связанные с Ras). Белки Arf циклируются между неактивными GDP-связанными и активными GTP-связанными формами, которые избирательно связываются с эффекторами. Классический структурный переключатель GDP / GTP характеризуется конформационными изменениями в так называемых областях переключателя 1 и переключателя 2, которые прочно связываются с гамма-фосфатом GTP, но плохо или совсем не связываются с нуклеотидом GDP. Структурные исследования Arf1 и Arf6 показали, что, хотя эти белки обладают конформационными изменениями переключателей 1 и 2, они отличаются от других небольших GTP-связывающих белков тем, что используют дополнительный уникальный переключатель для передачи структурной информации с одной стороны белка на другие. другой.
Структурные циклы GDP / GTP Arf1 и Arf6 человека характеризуются уникальным конформационным изменением, которое влияет на цепи бета2beta3, соединяющие переключатель 1 и переключатель 2 (межпереключатель), а также на амфипатический спиральный N-конец. В GDP-связанных Arf1 и Arf6 межпереключатель втягивается и образует карман, с которым связывается N-концевая спираль, последняя служит молекулярной засыпкой для поддержания неактивной конформации. В GTP-связанной форме этих белков межпереключатель претерпевает сдвиг регистра с двумя остатками, который подтягивает переключатель 1 и переключатель 2 вверх, восстанавливая активную конформацию, которая может связывать GTP. В этой конформации межпереключатель выступает из белка и вытесняет N-концевую защелку, закрывая его связывающий карман.
Регуляторные белки
ARF регулярно связываются с двумя типами белков: теми, которые участвуют в катализе обмена GTP / GDP, и теми, которые выполняют другие функции. ARF действуют как регуляторная субъединица, которая контролирует сборку оболочки в белке оболочки I (COPI) и везикулах, покрытых клатрином.
Обменные белки GTP / GDP
ARF связывается с двумя формами гуанозинового нуклеотида, гуанозинтрифосфат (GTP) и гуанозиндифосфат (ВВП). Форма молекулы ARF зависит от формы, с которой она связана, что позволяет ей выполнять регуляторные функции. ARF требует помощи других белков для переключения между связыванием с GTP и GDP. Белки, активирующие ГТФазу (GAPs) заставляют ARF гидролизовать привязал GTP к ВВП, и Факторы обмена гуаниновых нуклеотидов вынуждают ARF принять новую молекулу GTP вместо связанного GDP.
Другие белки
Другие белки взаимодействуют с ARF в зависимости от того, связан ли он с GTP или GDP. Активная форма, ARF * GTP, связывается с белками оболочки везикул и адаптерами, включая белок оболочки I (COPI ) и различные фосфолипиды. Известно, что неактивная форма связывается только с классом трансмембранных белков. Различные типы ARF специфически связывают разные виды эффекторных белков.
Филогения
В настоящее время известно 6 белков ARF млекопитающих, которые подразделяются на три класса ARF:
Структура
ARF - это небольшие белки примерно 20 кД по размеру. Они содержат две области переключения, которые меняют относительное положение между циклами связывания GDP / GTP. АРФ часто миристоилированный в их N-концевой области, что способствует их мембранной ассоциации.
Примеры
Гены человека, кодирующие белки, содержащие этот домен, включают:
- ARF1 ARF3 ARF4 ARF5 ARF6 ARFRP1
- ARL1 ARL2 ARL2L1 ARL3 ARL4A ARL4C ARL4D ARL5 ARL5A ARL5B
- ARL10 ARL11 ARL13A ARL13B ARL14 ARL15 ARL16 ARL17
- ARL6 ARL7 ARL8A ARL8B ARL9
- MGC57346
- SAR1A SAR1B SAR1P3 SARA1 TRIM23
Смотрите также
Рекомендации
- ^ Паскуалато С., Рено Л., Черфилс Дж. (2002). «Белки Arf, Arl, Arp и Sar: семейство GTP-связывающих белков со структурным устройством для связи« вперед-назад »». EMBO отчеты. 3 (11): 1035–1041. Дои:10.1093 / embo-reports / kvf221. ЧВК 1307594. PMID 12429613.
дальнейшее чтение
- Дональдсон Дж. Дж., Хонда А (2005). «Локализация и функция GTPases семейства Arf». Сделки Биохимического Общества. 33 (4): 639–642. Дои:10.1042 / BST0330639. PMID 16042562.
- Nie Z, Hirsch DS, Randazzo PA (2003). «Арф и его множество взаимодействующих». Текущее мнение в области клеточной биологии. 15 (4): 396–404. Дои:10.1016 / S0955-0674 (03) 00071-1. PMID 12892779.
- Амор Дж. К., Харрисон Д. Х., Кан Р. А., Риндж Д. (1994). «Структура человеческого фактора ADP-рибозилирования 1 в комплексе с GDP». Природа. 372 (6507): 704–708. Дои:10.1038 / 372704a0. PMID 7990966. S2CID 4362056.
- Мосс Дж., Воган М; Воан (1995). «Структура и функция белков ARF: активаторы токсина холеры и важнейшие компоненты процессов внутриклеточного везикулярного транспорта». Журнал биологической химии. 270 (21): 12327–12330. Дои:10.1074 / jbc.270.21.12327. PMID 7759471.
- Боман А.Л., Кан Р.А.; Кан (1995). «Арф белки: мембрана ГАИ?». Тенденции в биохимических науках. 20 (4): 147–150. Дои:10.1016 / s0968-0004 (00) 88991-4. PMID 7770914.
- Кан Р.А., Керн Ф.Г., Кларк Дж., Гельманн Е.П., Рулка С. (1991). "Факторы ADP-рибозилирования человека. Функционально консервативное семейство GTP-связывающих белков". Журнал биологической химии. 266 (4): 2606–2614. PMID 1899243.
внешняя ссылка
- Ресурс Eukaryotic Linear Motif класс мотива TRG_Cilium_Arf4_1