Аллостерическая регуляция - Allosteric regulation

Аллостерическая регуляция фермента

В биохимия, аллостерическая регуляция (или же аллостерический контроль) является регулированием фермент связывая эффекторная молекула на сайте, отличном от фермента активный сайт.[1]

Сайт, с которым связывается эффектор, называется аллостерический сайт или же регулирующий сайт. Аллостерические сайты позволяют эффекторам связываться с белком, что часто приводит к конформационное изменение с участием динамика белка. Эффекторы, усиливающие активность белка, называются аллостерические активаторы, тогда как те, которые снижают активность белка, называются аллостерические ингибиторы.

Аллостерические правила - естественный пример контуров управления, таких как Обратная связь из последующих продуктов или прямая связь от исходных субстратов. Аллостерия на большие расстояния особенно важна при клеточная сигнализация.[2] Аллостерическая регуляция также особенно важна в клетки способность регулировать фермент Мероприятия.

Период, термин аллостерия исходит из Древнегреческий аллос (ἄλλος), "другое" и стереосистемы (στερεὀς), «твердое тело (объект)». Это относится к тому факту, что регуляторный сайт аллостерического белка физически отличается от его активного сайта.

Модели

А - Активный сайт
B - Аллостерический сайт
С - Субстрат
D - Ингибитор
E - Фермент
Это диаграмма аллостерической регуляции фермента.

Многие аллостерические эффекты можно объяснить согласованный Модель MWC выдвинутый Монодом, Вайманом и Changeux,[3] или последовательная модель описан Кошландом, Немети и Филмером.[4] Оба постулируют, что белковые субъединицы существуют в одном из двух конформации, напряженные (T) или расслабленные (R), и что расслабленные субъединицы связывают субстрат легче, чем субъединицы в напряженном состоянии. Две модели больше всего различаются своими предположениями о взаимодействии субъединиц и предсуществовании обоих состояний. Для белков, в которых подразделения существуют более чем в двух конформации модель ландшафта аллостерии, описанная Куэндет, Вайнштейном и ЛеВином,[5] может быть использован.

Согласованная модель

Согласованная модель аллостерии, также называемая моделью симметрии или Модель MWC, постулирует, что субъединицы фермента связаны таким образом, что конформационные изменения в одной субъединице обязательно передаются всем другим субъединицам. Таким образом, все субъединицы должны существовать в одной и той же конформации. Модель также утверждает, что в отсутствие какого-либо лиганда (субстрата или иного) равновесие благоприятствует одному из конформационных состояний, T или R. Равновесие может быть смещено в состояние R или T посредством связывания одного из них. лиганд (аллостерический эффектор или лиганд) в сайт, который отличается от активного сайта (аллостерический сайт).

Последовательная модель

Последовательная модель аллостерической регуляции утверждает, что субъединицы не связаны таким образом, чтобы конформационные изменения в одной вызывали аналогичные изменения в других. Таким образом, все субъединицы фермента не требуют одинаковой конформации. Более того, последовательная модель диктует, что молекулы субстрата связываются через индуцированный припадок протокол. Хотя такая индуцированная подгонка переводит субъединицу из напряженного состояния в расслабленное состояние, она не распространяет конформационные изменения на соседние субъединицы. Вместо этого связывание с субстратом одной субъединицы лишь незначительно изменяет структуру других субъединиц, так что их сайты связывания становятся более восприимчивыми к субстрату. Подвести итоги:

  • субъединицы не обязательно должны существовать в одной и той же конформации
  • молекулы субстрата связываются по протоколу индуцированной подгонки
  • конформационные изменения не распространяются на все субъединицы

Модель Морфеина

В морфеин Модель аллостерической регуляции - это диссоциативная согласованная модель.[6]

Морфеин - это гомоолигомерная структура, которая может существовать как ансамбль физиологически значимых и функционально различных альтернативных четвертичных ансамблей. Переходы между альтернативными сборками морфеина включают диссоциацию олигомера, конформационные изменения в диссоциированном состоянии и повторную сборку с образованием другого олигомера. Требуемый этап разборки олигомера отличает модель морфеина для аллостерической регуляции от классических моделей MWC и KNF.

Порфобилиногенсинтаза (PBGS) - прототип морфеина.

Ансамблевые модели

Ансамблевые модели аллостерической регуляции перечисляют аллостерические системы. статистический ансамбль как функция его функция потенциальной энергии, а затем свяжите конкретные статистические измерения аллостерии с определенными энергетическими терминами в энергетической функции (такими как межмолекулярный солевой мостик между двумя доменами).[7] Ансамблевые модели, такие как ансамблевая аллостерическая модель[8] и аллостерическая модель Изинга[9] Предположим, что каждый домен системы может принимать два состояния, аналогичные модели MWC. Модель ландшафта аллостерии, представленная Куэндет, Вайнштейном и ЛеВином[5] позволяет доменам иметь любое количество состояний, и вклад определенного молекулярного взаимодействия в данное аллостерическое соединение можно оценить с помощью строгого набора правил. Молекулярная динамика моделирования можно использовать для оценки статистического ансамбля системы, чтобы его можно было проанализировать с помощью модели ландшафта аллостерии.

Аллостерическая модуляция

Основная статья: Аллостерический модулятор

Аллостерическая модуляция используется для изменения активности молекул и ферментов в биохимии и фармакологии. Для сравнения, типичное лекарство создается для связывания с активным сайтом фермента, что, таким образом, запрещает связывание субстрата с этим ферментом, вызывая снижение активности фермента. Аллостерическая модуляция возникает, когда эффектор связывается с аллостерическим сайтом (также известным как регуляторный сайт) фермента и изменяет активность фермента. Аллостерические модуляторы разработаны так, чтобы соответствовать аллостерическому сайту, чтобы вызвать конформационное изменение фермента, в частности, изменение формы активного сайта, которое затем вызывает изменение его активности. В отличие от обычных лекарств, модуляторы не конкурентные ингибиторы. Они могут быть положительными (активирующими), вызывающими повышение активности фермента, или отрицательными (ингибирующими), вызывающими снижение активности фермента. Использование аллостерической модуляции позволяет контролировать эффекты специфической активности ферментов; в результате аллостерические модуляторы очень эффективны в фармакологии.[10] В биологической системе аллостерическую модуляцию трудно отличить от модуляции презентация субстрата.

Модель измерения энергии

Пример этой модели показан с Микобактерии туберкулеза, а бактерия который идеально подходит для жизни в макрофагах человека. Сайты фермента служат связью между различными субстратами. В частности, между AMP и G6P. Такие сайты также служат механизмом определения эффективности фермента.[11]

Положительная модуляция

Положительная аллостерическая модуляция (также известная как аллостерическая активация) происходит при привязке одного лиганд усиливает притяжение между молекулами субстрата и другими сайтами связывания. Примером может служить привязка кислород молекулы в гемоглобин, где кислород эффективно является субстрат и эффектор. Аллостерический, или "другой" сайт - это активный сайт прилегающего субъединица белка. Связывание кислорода с одной субъединицей вызывает конформационные изменения в этой субъединице, которая взаимодействует с оставшимися активными сайтами для усиления их Сродство к кислороду. Другой пример аллостерической активации наблюдается в цитозольной IMP-GMP специфической 5'-нуклеотидазе II (cN-II), где сродство к субстрату GMP увеличивается при связывании GTP на границе димера.

Отрицательная модуляция

Отрицательная аллостерическая модуляция (также известная как аллостерическое торможение) происходит при привязке одного лиганд снижает сродство к субстрату на других активных сайтах. Например, когда 2,3-БПГ связывается с аллостерическим участком на гемоглобине, сродство к кислороду всех субъединиц снижается. Это когда в сайте связывания отсутствует регулятор.

Прямые ингибиторы тромбина представляет собой отличный пример отрицательной аллостерической модуляции. Аллостерические ингибиторы тромбина, который потенциально может быть использован в качестве антикоагулянтов.

Другой пример стрихнин, а судорожный яд, который действует как аллостерический ингибитор рецептор глицина. Глицин это главный пост-синаптический тормозящий нейротрансмиттер в млекопитающее спинной мозг и мозговой ствол. Стрихнин действует на отдельном сайте связывания на рецепторе глицина аллостерическим образом; т.е. его привязка снижает близость рецептора глицина для глицина. Таким образом, стрихнин подавляет действие тормозящего медиатора, что приводит к судорогам.

Другой пример, в котором можно увидеть отрицательную аллостерическую модуляцию, находится между АТФ и фермент фосфофруктокиназа в пределах негативный отзыв петля, которая регулирует гликолиз. Фосфофруктокиназа (обычно обозначаемая как ПФК ) представляет собой фермент, который катализирует третью стадию гликолиза: фосфорилирование из фруктозо-6-фосфат в фруктозо-1,6-бисфосфат. ПФК могут аллостерически подавляться высокими уровнями АТФ внутри клетки. Когда уровни АТФ высоки, АТФ будет связываться с аллосторным участком на фосфофруктокиназа, вызывая изменение трехмерной формы фермента. Это изменение вызывает его близость за субстрат (фруктозо-6-фосфат и АТФ ) на активном сайте уменьшаться, и фермент считается неактивным. Это вызывает гликолиз прекращаться при высоком уровне АТФ, тем самым сохраняя глюкоза и поддержание сбалансированного уровня клеточного АТФ. Таким образом, АТФ служит отрицательным аллостерическим модулятором для PFK, несмотря на то, что он также является субстратом фермента.

Типы

Гомотропный

Гомотропный аллостерический модулятор - это субстрат для своей цели фермент, а также молекула, регулирующая активность фермента. Обычно это активатор фермента.[1] Например, O2 и CO являются гомотропными аллостерическими модуляторами гемоглобина. Аналогично, в IMP / GMP-специфической 5'-нуклеотидазе связывание одной молекулы GMP с единственной субъединицей тетрамерного фермента приводит к увеличению сродства к GMP последующих субъединиц, как показано на графиках зависимости сигмоидального субстрата от скорости.[1]

Гетеротропный

Гетеротропный аллостерический модулятор - это регуляторная молекула, которая не является субстратом фермента. Это может быть активатор или ингибитор фермента. Например, H+, CO2, и 2,3-бисфосфоглицерат являются гетеротропными аллостерическими модуляторами гемоглобина.[12] И снова в IMP / GMP-специфической 5'-нуклеотидазе связывание молекулы GTP на границе димера в тетрамерном ферменте приводит к увеличению сродства к субстрату GMP в активном центре, что указывает на гетеротропную аллостерическую активацию K-типа.[1]

Как было подробно подчеркнуто выше, некоторые аллостерические белки могут регулироваться как их субстратами, так и другими молекулами. Такие белки способны к гомотропным и гетеротропным взаимодействиям.[1]

Основные активаторы

Некоторые аллостерические активаторы называют «незаменимыми» или «облигатными» активаторами в том смысле, что в их отсутствие активность их целевого фермента очень низкая или незначительная, как в случае с активностью N-ацетилглутамата в отношении карбамоилфосфата. синтетазой I, например.[13][14]

Нерегулирующая аллостерия

Нерегулирующий аллостерический сайт - это любой нерегулирующий компонент фермента (или любого белка), который сам по себе не является аминокислотой. Например, многие ферменты требуют связывания натрия для обеспечения правильного функционирования. Однако натрий не обязательно действует как регуляторная субъединица; натрий присутствует всегда, и нет известных биологических способов добавления / удаления натрия для регулирования активности ферментов. Нерегулирующая аллостерия может включать любые другие ионы, помимо натрия (кальция, магния, цинка), а также другие химические вещества и, возможно, витамины.

Фармакология

Аллостерическая модуляция рецептора является результатом связывания аллостерических модуляторов в другом сайте ("регулирующий сайт ") из эндогенный лиганд ("активный сайт ") и усиливает или подавляет эффекты эндогенного лиганда. В нормальных условиях он действует, вызывая конформационное изменение в молекуле рецептора, что приводит к изменению связывающая аффинность лиганда. Таким образом, аллостерический лиганд модулирует активацию рецептора его первичным ортостерический лиганд, и можно подумать, что он действует как диммер в электрической цепи, регулируя интенсивность отклика.

Например, ГАМКА рецептор имеет два активных сайта, которые нейромедиатор гамма-аминомасляная кислота (ГАМК) связывает, но также имеет бензодиазепин и средство для общей анестезии регуляторные сайты связывания. Каждый из этих регуляторных сайтов может производить положительную аллостерическую модуляцию, потенцирование активность ГАМК. Диазепам является положительный аллостерический модулятор на регуляторном сайте бензодиазепина и его антидот флумазенил является антагонист.

Более свежие примеры лекарств, которые аллостерически модулируют свои мишени, включают имитирующие кальций цинакальцет и лечение ВИЧ маравирок.

Аллостерические участки как мишени для лекарств

Аллостерические сайты могут представлять собой роман мишень для наркотиков. Существует ряд преимуществ использования аллостерических модуляторов в качестве предпочтительных терапевтических агентов по сравнению с классическими ортостерическими лигандами. Например, Рецептор, связанный с G-белком (GPCR) сайты аллостерического связывания не столкнулись с таким же эволюционным давлением, как ортостерические сайты для размещения эндогенного лиганда, поэтому они более разнообразны.[15] Следовательно, более высокая селективность GPCR может быть получена путем нацеливания на аллостерические сайты.[15] Это особенно полезно для GPCR, где селективная ортостерическая терапия была затруднена из-за сохранения последовательности ортостерического сайта у подтипов рецепторов.[16] Кроме того, эти модуляторы обладают пониженным потенциалом токсических эффектов, поскольку модуляторы с ограниченным взаимодействием будут иметь максимальный уровень своего действия, независимо от введенной дозы.[15] Другой тип фармакологической селективности, который является уникальным для аллостерических модуляторов, основан на кооперативности. Аллостерический модулятор может проявлять нейтральную кооперативность с ортостерическим лигандом на всех подтипах данного рецептора, кроме интересующего подтипа, который называется «абсолютной селективностью подтипа».[16] Если аллостерический модулятор не обладает заметной эффективностью, он может обеспечить другое мощное терапевтическое преимущество перед ортостерическими лигандами, а именно способность селективно настраивать повышающие или понижающие тканевые ответы только при наличии эндогенного агониста.[16] Сайты связывания малых молекул, специфичные для олигомеров, являются мишенями для лекарственных средств, имеющих медицинское значение. морфеины.[17]

Синтетические аллостерические системы

Существует множество синтетических соединений, содержащих несколько нековалентный сайты связывания, которые демонстрируют конформационные изменения при занятии одного сайта. Кооперативность между отдельными обязательными вкладами в таких супрамолекулярный системы положительны, если занятие одного сайта связывания увеличивает аффинность Δграмм на втором сайте и отрицательный, если сродство не выше. Большинство синтетических аллостерических комплексов основаны на конформационной реорганизации при связывании одного эффекторного лиганда, что затем приводит либо к усилению, либо к ослаблению ассоциации второго лиганда с другим сайтом связывания.[18][19][20] Конформационное связывание между несколькими сайтами связывания в искусственных системах обычно намного больше, чем в белках с их обычно большей гибкостью. Параметр, определяющий эффективность (измеряемый соотношением констант равновесия Krel = KA (E) / KA в присутствии и отсутствии эффектора E), представляет собой конформационную энергию, необходимую для принятия закрытой или напряженной конформации для связывания лиганда. А.[21]

Во многих поливалентных супрамолекулярный системы[22] может происходить прямое взаимодействие между связанными лигандами, что может привести к большему сотрудничеству. Наиболее распространено такое прямое взаимодействие между ионами в рецепторах ионных пар.[23][24] Это сотрудничество часто также называют аллостерией, хотя конформационные изменения здесь не обязательно запускают события связывания.

Интернет-ресурсы

Аллостерическая база данных

Аллостерия - это прямое и эффективное средство регуляции биологической функции макромолекул, возникающее за счет связывания лиганда в аллостерическом сайте, топографически отличном от ортостерического сайта. Ожидается, что из-за часто высокой селективности рецепторов и более низкой токсичности в отношении мишеней аллостерическая регуляция будет играть все большую роль в открытии лекарств и биоинженерии. База данных AlloSteric (ASD, http://mdl.shsmu.edu.cn/ASD )[25] предоставляет центральный ресурс для отображения, поиска и анализа структуры, функций и соответствующих аннотаций для аллостерических молекул. В настоящее время ASD содержит аллостерические белки более 100 видов и модуляторы трех категорий (активаторы, ингибиторы и регуляторы). Каждый белок снабжен аннотацией с подробным описанием аллостерии, биологического процесса и связанных заболеваний, а каждый модулятор - сродством связывания, физико-химическими свойствами и терапевтической областью. Интеграция информации об аллостерических белках в РАС должна позволить предсказывать аллостерию для неизвестных белков с последующей экспериментальной проверкой. Кроме того, модуляторы, курируемые в ASD, могут использоваться для исследования потенциальных аллостерических мишеней для запрашиваемого соединения и могут помочь химикам осуществить модификации структуры для разработки новых аллостерических лекарств.

Аллостерические остатки и их предсказание

Не все белковые остатки играют одинаково важную роль в аллостерической регуляции. Идентификация остатков, необходимых для аллостерии (так называемых «аллостерических остатков»), была в центре внимания многих исследований, особенно в последнее десятилетие.[26][27][28][29][30][31][32][33] Частично этот растущий интерес является результатом их общей важности в науке о белках, но также и потому, что аллостерические остатки могут использоваться в биомедицинский контекст. Фармакологически важные белки с сайтами, на которые трудно попасть, могут быть использованы для подходов, в которых один альтернативно нацелен на более легкие для доступа остатки, которые способны аллостерически регулировать интересующий первичный сайт.[34] Эти остатки в широком смысле можно классифицировать как поверхностные и внутренние аллостерические аминокислоты. Аллостерические сайты на поверхности обычно играют регулирующую роль, фундаментально отличную от таковых внутри; поверхностные остатки могут служить рецепторами или эффекторными сайтами при передаче аллостерических сигналов, тогда как те, что находятся внутри, могут действовать, чтобы передавать такие сигналы.[35]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c d е Сринивасан Б., Фоухар Ф., Шукла А., Сампанги С., Кулкарни С., Абашидзе М., Ситараман Дж., Лью С., Мао Л., Актон ТБ, Сяо Р., Эверетт Дж. К., Монтелионе ГТ, Тонг Л., Баларам Х. (март 2014 г.). «Аллостерическая регуляция и активация субстрата в цитозольной нуклеотидазе II из Legionella pneumophila». Журнал FEBS. 281 (6): 1613–1628. Дои:10.1111 / фев.12727. ЧВК  3982195. PMID  24456211.
  2. ^ Bu Z, Callaway DJ (2011). «Белки движутся! Белковая динамика и дальняя аллостерия в передаче сигналов клетки». Структура белка и заболевания. Достижения в химии белков и структурной биологии. 83. С. 163–221. Дои:10.1016 / B978-0-12-381262-9.00005-7. ISBN  9780123812629. PMID  21570668.
  3. ^ Monod J, Wyman J, Changeux JP (май 1965 г.). «О природе аллостерических переходов: правдоподобная модель». Журнал молекулярной биологии. 12: 88–118. Дои:10.1016 / с0022-2836 (65) 80285-6. PMID  14343300.
  4. ^ Кошланд Д.Е., Немети Дж., Филмер Д. (январь 1966 г.). «Сравнение экспериментальных данных связывания и теоретических моделей в белках, содержащих субъединицы». Биохимия. 5 (1): 365–85. Дои:10.1021 / bi00865a047. PMID  5938952.
  5. ^ а б Cuendet MA, Weinstein H, LeVine MV (декабрь 2016 г.). «Аллостерический ландшафт: количественная оценка термодинамических связей в биомолекулярных системах». Журнал химической теории и вычислений. 12 (12): 5758–5767. Дои:10.1021 / acs.jctc.6b00841. ЧВК  5156960. PMID  27766843.
  6. ^ Яффе Э.К. (сентябрь 2005 г.). «Морфеины - новая структурная парадигма аллостерической регуляции». Тенденции в биохимических науках. 30 (9): 490–7. Дои:10.1016 / j.tibs.2005.07.003. PMID  16023348.
  7. ^ Motlagh HN, Wrabl JO, Li J, Hilser VJ (апрель 2014 г.). «Ансамблевый характер аллостерии». Природа. 508 (7496): 331–9. Bibcode:2014Натура.508..331M. Дои:10.1038 / природа13001. ЧВК  4224315. PMID  24740064.
  8. ^ Hilser VJ, Wrabl JO, Motlagh HN (2012). «Структурно-энергетическая основа аллостерии». Ежегодный обзор биофизики. 41: 585–609. Дои:10.1146 / annurev-biophys-050511-102319. ЧВК  3935618. PMID  22577828.
  9. ^ Левин М.В., Вайнштейн Х (май 2015 г.). «Цель для аллостерии: использование модели Изинга для понимания обработки и передачи информации в аллостерических биомолекулярных системах». Энтропия. 17 (5): 2895–2918. Bibcode:2015 Энтрп..17.2895Л. Дои:10.3390 / e17052895. ЧВК  4652859. PMID  26594108.
  10. ^ Абдель-Магид А.Ф. (февраль 2015 г.). «Аллостерические модуляторы: новая концепция в открытии лекарств». Письма о медицинской химии ACS. 6 (2): 104–7. Дои:10,1021 / мл 5005365. ЧВК  4329591. PMID  25699154.
  11. ^ «Логические ворота» на основе аллостерической пируваткиназы синергетически определяют уровни энергии и сахара у Mycobacterium tuberculosis Венхэ Чжун, Лян Цуй, Бун Чонг Го, Цису Цай, Пейин Хо, Йок Хиан Чион, Мэн Юань, Аббас Эль Сахили, Линда-Гилмор Фотергилл , Малькольм Д. Уолкиншоу, Жюльен Лескар и Питер К. Дедон http://rdcu.be/A44I
  12. ^ Эдельштейн SJ (1975). «Кооперативные взаимодействия гемоглобина». Ежегодный обзор биохимии. 44: 209–32. Дои:10.1146 / annurev.bi.44.070175.001233. PMID  237460.
  13. ^ Ши Д., Аллевелл Н.М., Тачман М. (июнь 2015 г.). «Семейство N-ацетилглутаматсинтазы: структуры, функции и механизмы». Международный журнал молекулярных наук. 16 (6): 13004–22. Дои:10.3390 / ijms160613004. ЧВК  4490483. PMID  26068232.
  14. ^ де Сима С., Поло Л.М., Диес-Фернандес К., Мартинес А.И., Сервера Дж., Фита I, Рубио V (ноябрь 2015 г.). «Структура карбамоилфосфатсинтетазы человека: расшифровка включения / выключения уреагенеза человека». Научные отчеты. 5 (1): 16950. Bibcode:2015НатСР ... 516950Д. Дои:10.1038 / srep16950. ЧВК  4655335. PMID  26592762.
  15. ^ а б c A. Christopoulos, L.T. Мая, В.А. Авлани и П. Sexton (2004) Аллостеризм рецепторов, связанных с G-белками: перспективы и проблемы. Сделки Биохимического Общества Том 32, часть 5
  16. ^ а б c Май LT, Лич К., Секстон П.М., Христопулос А. (2007). «Аллостерическая модуляция рецепторов, связанных с G-белком». Ежегодный обзор фармакологии и токсикологии. 47: 1–51. Дои:10.1146 / annurev.pharmtox.47.120505.105159. PMID  17009927.
  17. ^ Яффе EK (2010). "Морфеины - новый путь к открытию аллостерических лекарств ~! ~ 12 февраля 2010! 21 мая 2010! 08 июня 2010!". Труды открытой конференции. 1: 1–6. Дои:10.2174/2210289201001010001. ЧВК  3107518. PMID  21643557.
  18. ^ Такеучи М., Икеда М., Сугасаки А., Синкай С. (ноябрь 2001 г.). «Молекулярный дизайн искусственных молекулярных и ионных систем распознавания с аллостерическими гостевыми ответами». Отчеты о химических исследованиях. 34 (11): 865–73. Дои:10.1021 / ar0000410. PMID  11714258.
  19. ^ Кремер С., Лютцен А. (май 2013 г.). «Искусственные аллостерические рецепторы». Химия. 19 (20): 6162–96. Дои:10.1002 / chem.201203814. PMID  23463705.
  20. ^ Ковбасюк Л., Кремер Р. (июнь 2004 г.). «Аллостерические супрамолекулярные рецепторы и катализаторы». Химические обзоры. 104 (6): 3161–87. Дои:10.1021 / cr030673a. PMID  15186190.
  21. ^ Schneider HJ (сентябрь 2016 г.). «Параметры эффективности в искусственных аллостерических системах». Органическая и биомолекулярная химия. 14 (34): 7994–8001. Дои:10.1039 / c6ob01303a. PMID  27431438.
  22. ^ Бадич Дж. Д., Нельсон А., Кантрилл С. Дж., Тернбулл В. Б., Стоддарт Дж. Ф. (сентябрь 2005 г.). «Многовалентность и кооперативность в супрамолекулярной химии». Отчеты о химических исследованиях. 38 (9): 723–32. Дои:10.1021 / ar040223k. PMID  16171315.
  23. ^ Ким С.К., Сесслер Дж.Л. (октябрь 2010 г.). «Рецепторы ионной пары». Обзоры химического общества. 39 (10): 3784–809. Дои:10.1039 / c002694h. ЧВК  3016456. PMID  20737073.
  24. ^ МакКоннелл AJ, Beer PD (май 2012 г.). «Гетеродитопические рецепторы для распознавания ионных пар». Angewandte Chemie. 51 (21): 5052–61. Дои:10.1002 / anie.201107244. PMID  22419667.
  25. ^ Хуанг З., Чжу Л., Цао И, Ву Г, Лю Х, Чен И, Ван Ц, Ши Т, Чжао И, Ван И, Ли В, Ли И, Чен Х, Чен Дж, Чжан Дж. (Январь 2011 г.). «ASD: обширная база данных аллостерических белков и модуляторов». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (Выпуск базы данных): D663–9. Дои:10.1093 / nar / gkq1022. ЧВК  3013650. PMID  21051350.
  26. ^ Панькович А, Даура Х (октябрь 2012). «Использование гибкости белка для прогнозирования расположения аллостерических сайтов». BMC Bioinformatics. 13: 273. Дои:10.1186/1471-2105-13-273. ЧВК  3562710. PMID  23095452.
  27. ^ Süel GM, Lockless SW, Wall MA, Ranganathan R (январь 2003 г.). «Эволюционно консервативные сети остатков опосредуют аллостерическую связь в белках». Структурная биология природы. 10 (1): 59–69. Дои:10.1038 / nsb881. PMID  12483203. S2CID  67749580.
  28. ^ Mitternacht S, Березовский И.Н. (сентябрь 2011 г.). «Связывающий рычаг как молекулярная основа аллостерической регуляции». PLOS вычислительная биология. 7 (9): e1002148. Bibcode:2011PLSCB ... 7E2148M. Дои:10.1371 / journal.pcbi.1002148. ЧВК  3174156. PMID  21935347.
  29. ^ Gasper PM, Fuglestad B, Komives EA, Markwick PR, McCammon JA (декабрь 2012 г.). «Аллостерические сети в тромбине различают прокоагулянтную и антикоагулянтную активности». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 109 (52): 21216–22. Дои:10.1073 / pnas.1218414109. ЧВК  3535651. PMID  23197839.
  30. ^ Гош А., Вишвешвара С. (ноябрь 2008 г.). «Вариации кликов и сообществ в белковых структурах во время аллостерической коммуникации: исследование динамически уравновешенных структур комплексов метионил тРНК синтетазы». Биохимия. 47 (44): 11398–407. Дои:10.1021 / bi8007559. PMID  18842003.
  31. ^ Сетхи А., Эргл Дж., Блэк А.А., Люти-Шультен З. (апрель 2009 г.). «Динамические сети в тРНК: белковые комплексы». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 106 (16): 6620–5. Bibcode:2009ПНАС..106.6620С. Дои:10.1073 / pnas.0810961106. ЧВК  2672494. PMID  19351898.
  32. ^ Ванварт А. Т., Эргл Дж., Люти-Шультен З., Амаро Р. Э. (август 2012 г.). «Изучение вклада остаточных компонентов в динамические сетевые модели аллостерии». Журнал химической теории и вычислений. 8 (8): 2949–2961. Дои:10.1021 / ct300377a. ЧВК  3489502. PMID  23139645.
  33. ^ Ривальта I, Султан М.М., Ли Н.С., Мэнли Г.А., Лориа Дж. П., Батиста В.С. (май 2012 г.). «Аллостерические пути в имидазол-глицеринфосфатсинтазе». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 109 (22): E1428–36. Дои:10.1073 / pnas.1120536109. ЧВК  3365145. PMID  22586084.
  34. ^ Кристиан Ф. А. Негре, Уриэль Н. Морзан, Хайди П. Хендриксон, Ританкар Пал, Джордж П. Лиси, Дж. Патрик Лориа, Иван Ривальта, Джунмин Хо, Виктор С. Батиста. (2018). «Центральность собственного вектора для характеристики аллостерических путей белков». Труды Национальной академии наук. 115 (52): E12201 – E12208. Дои:10.1073 / pnas.1810452115. ЧВК  6310864. PMID  30530700.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  35. ^ Кларк Д., Сетхи А., Ли С., Кумар С., Чанг Р. В., Чен Дж., Герштейн М. (май 2016 г.). «Выявление аллостерических горячих точек с помощью динамики: применение для межвидового и внутривидового сохранения». Структура. 24 (5): 826–837. Дои:10.1016 / j.str.2016.03.008. ЧВК  4883016. PMID  27066750.

внешняя ссылка