DnaA - Википедия - DnaA

Белок инициатора хромосомной репликации dnaA
Идентификаторы
Организмкишечная палочка
(ул. К-12, подм. MG1655)
СимволDnaA
Entrez948217
RefSeq (Prot)NP_418157.1
UniProtP03004
Прочие данные
Хромосомагеном: 3.88 - 3.88 Мб
Bac_DnaA_C
PDB 1j1v EBI.jpg
кристаллическая структура dnaa domainiv в комплексе с dnaabox dna
Идентификаторы
СимволBac_DnaA_C
PfamPF08299
Pfam кланCL0123
ИнтерПроIPR013159
SCOP21j1v / Объем / СУПФАМ
Bac_DnaA
PDB 2hcb EBI.jpg
структура amppcp-связанной ДНК из aquifex aeolicus
Идентификаторы
СимволBac_DnaA
PfamPF00308
Pfam кланCL0023
ИнтерПроIPR013317
PROSITEPDOC00771
SCOP21j1v / Объем / СУПФАМ

DnaA это белок что активирует инициирование Репликация ДНК в бактерии.[1] Это фактор инициации репликации, который способствует раскручиванию ДНК в ORIC.[1] Начало фазы инициации репликации ДНК определяется концентрацией DnaA.[1] DnaA накапливается во время роста, а затем запускает репликацию.[1] Репликация начинается с активного связывания DnaA с 9-мерным (9-бп ) повторяется перед ORIC.[1] Связывание DnaA приводит к разделению цепей в 13-мерных повторах.[1] Это связывание заставляет ДНК образовывать петлю, готовясь к расплавлению. геликаза DnaB.[1]

Функция

Активная форма DnaA связана с АТФ.[1] Сразу после деления клетки уровень активной ДНК в клетке низкий.[1] Хотя для активной формы DnaA требуется АТФ, образование ORIC/ Комплекс DnaA и последующее раскручивание ДНК не требует Гидролиз АТФ.[2]

В ORIC сайт в Кишечная палочка имеет три АТ богатый 13 базовая пара регионы (DUEs ), за которыми следуют четыре участка по 9 п.н. с последовательностью TTAT (C или A) CA (C или A) A.[3] Около 10 ДНК молекулы связываются с участками длиной 9 пар оснований, которые охватывают белки, вызывающие ДНК в регионе, богатом AT, чтобы расслабиться. В пределах 8 участков связывания ДНК. ORIC, с которой DnaA связывается с дифференциальным сродством. Когда репликация ДНК вот-вот начнется, DnaA занимает все сайты связывания с высокой и низкой аффинностью. Денатурированная область, богатая AT, позволяет привлекать DnaB (геликаза ), который комплексуется с DnaC (погрузчик геликаза). DnaC помогает геликазе связываться и правильно размещать оцДНК в области 13 п.н .; это достигается АТФ гидролиз, после чего выпускается DnaC. Одноцепочечные связывающие белки (SSB) стабилизируют одиночные нити ДНК, чтобы поддерживать пузырь репликации. DnaB представляет собой геликазу 5 '→ 3', поэтому она перемещается по отстающая прядь. Он ассоциируется с DnaG (а прима ) для формирования единственного грунтовка для ведущая нить и добавить РНК праймеры на отстающую прядь. Взаимодействие между DnaG и DnaB необходимо для контроля долготы фрагментов Окадзаки на отстающей цепи. ДНК-полимераза III тогда может начать Репликация ДНК.

DnaA состоит из четырех доменов: первый - это N-концевой, который связан с регуляторными белками, второй - это спиральный линкерный участок, третий домен - это AAA +-регион, который связывается с АТФ, и четвертый домен - это C-концевой Область связывания ДНК.[4] DnaA содержит два консервированный области: первая расположена в центральной части белка и соответствует АТФ-связывающему домену, вторая расположена в С-концевой половине и участвует в связывании ДНК.[5]

Синтез

DnaA может связывать свои собственные промоутер. Когда DnaA связывается со своим промоутером, она блокирует РНК-полимераза от связывания промоутер и препятствует инициации транскрипция. Таким образом, ДНК может регулировать свое собственное выражение.[6][7] Этот процесс называется саморегуляция.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c d е ж грамм час я Фостер JB, Slonczewski J (2009). Микробиология: развивающаяся наука. Нью-Йорк: W.W. Norton & Co. ISBN  0-393-97857-5.
  2. ^ Леонард А.С., Гримуэйд Джей Э. (декабрь 2010 г.). «Регулируем сборку комплекса DnaA: пора заполнять пробелы». Curr. Мнение. Микробиол. 13 (6): 766–72. Дои:10.1016 / j.mib.2010.10.001. ЧВК  3005629. PMID  21035377.
  3. ^ Фуллер Р.С., Фаннелл Б.Е., Корнберг А. (октябрь 1984 г.). «Белковый комплекс ДНКА с Кишечная палочка ориджин хромосомной репликации (ORIC) и другие сайты ДНК ». Клетка. 38 (3): 889–900. Дои:10.1016/0092-8674(84)90284-8. PMID  6091903.
  4. ^ Коста А., Худ IV, Бергер Дж. М. (01.01.2013). «Механизмы инициации репликации клеточной ДНК». Ежегодный обзор биохимии. 82: 25–54. Дои:10.1146 / annurev-biochem-052610-094414. ЧВК  4696014. PMID  23746253.
  5. ^ Рот А., Мессер В. (май 1995 г.). «ДНК-связывающий домен белка-инициатора DnaA». EMBO J. 14 (9): 2106–11. ЧВК  398312. PMID  7744016.
  6. ^ Хансен Ф.Г., Атлунг Т (28.02.2018). "Сказка о ДНК". Границы микробиологии. 9: 319. Дои:10.3389 / fmicb.2018.00319. ЧВК  5835720. PMID  29541066.
  7. ^ Спек С., Вейгель С., Мессер В. (ноябрь 1999 г.). «Белок АТФ и АДФ-днаА, молекулярный переключатель в регуляции генов». Журнал EMBO. 18 (21): 6169–76. Дои:10.1093 / emboj / 18.21.6169. ЧВК  1171680. PMID  10545126.

дальнейшее чтение

  • Pratt CA, Voet D, Voet JG (2012). Основы биохимии: жизнь на молекулярном уровне. Нью-Йорк: Вили. ISBN  0-470-54784-7.
  • Кокс М, Нельсон Д.Р. (2008). Принципы биохимии Ленингера. W H Freeman & Co. (Sd). ISBN  1-4292-2416-9.
  • Сколфилд Дж, Эррингтон Дж, Мюррей Х (2012). Soj / ParA останавливает репликацию ДНК, ингибируя образование спирали белка-инициатора DnaA. Журнал EMBO. С. 1542–1555. Дои:10.1038 / emboj.2012.6.

внешняя ссылка

Эта статья включает текст из общественного достояния Pfam и ИнтерПро: IPR013159
Эта статья включает текст из общественного достояния Pfam и ИнтерПро: IPR013317