FAM40A - FAM40A

STRIP1
Идентификаторы
ПсевдонимыSTRIP1, FAM40A, FAR11A, белок 1, взаимодействующий со стриатином
Внешние идентификаторыOMIM: 617918 MGI: 2443884 ГомолоГен: 35064 Генные карты: STRIP1
Расположение гена (человек)
Хромосома 1 (человек)
Chr.Хромосома 1 (человек)[1]
Хромосома 1 (человек)
Геномное расположение STRIP1
Геномное расположение STRIP1
Группа1п13.3Начинать110,031,577 бп[1]
Конец110,074,641 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez
Ансамбль
UniProt
RefSeq (мРНК)

NM_001270768
NM_033088

NM_153563

RefSeq (белок)

NP_001257697
NP_149079

NP_705791

Расположение (UCSC)Chr 1: 110.03 - 110.07 МбChr 3: 107.61 - 107.63 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Белок FAM40A это белок который расположен на хромосома 1 у человека и кодируется FAM40A ген.[5][6][7]

Характеристики и вторичная структура

FAM40A имеет изоэлектрическая точка 5,92 и молекулярный вес из 95 575 дальтон.[8] Прогнозируется, что будет три трансмембранные домены, что делает его трансмембранный белок.[9] FAM40A не содержит сигнальный пептид и предполагается, что он будет связываться с ДНК, возможно, сделав это мембранный белок в ядерная мембрана.[10][11]

Прогнозирование ориентации трансмембранных доменов FAM40A

В вторичная структура FAM40A, по прогнозам, будет содержать двадцать шесть альфа спирали и два бета-листы.[12] 5 ' непереведенный регион FAM40A, как ожидается, будет содержать один стебель-петля и 3'-нетранслируемая область, по прогнозам, будет содержать восемь структур «стебель-петля».[13] Два миРНК предсказано, что они связываются с двумя структурами стержень-петля, присутствующими в 3'-UTR-области.[14]

Гомология

FAM40A не имеет паралоги. Однако у него есть ортологи растягиваясь до дрожжи. Было высказано предположение, что FAM40A - это гомолог к дрожжевому гену FAR11, который участвует в восстановлении после остановки клеточного цикла.[15][16]

В следующей таблице представлена ​​небольшая подборка ортологов, найденных при поиске в ВЗРЫВ[17] и BLAT.[18] Это ни в коем случае не исчерпывающий список, однако он показывает огромное разнообразие видов, у которых встречаются ортологи FAM40A.

Научное названиеРаспространенное имяРегистрационный номер (из NCBI [16])Длина последовательностиПроцент идентичностиПроцент сходства
Homo sapiensЧеловекNP_149079837--
Pongo abeliiСуматранский орангутангXP_00281052083799.6%100%
Sus scrofaСвиньяXP_00312590483798.8%100%
Equus caballusЛошадьXP_00149376283798.8%100%
Mus musculusМышьNP_70579183798%100%
Раттус норвегикусКрысаXP_00106828883797.8%100%
Monodelphis domesticaСерый короткохвостый опоссумXP_00137258884395.4%100%
Данио РериоРыба-зебраXP_00191892981383.4%98%
Обыкновенная волчанкаСобакаОт BLAT [18]81296.1%100%
Ailuropoda melanoleucaПандаОт BLAT [18]823$96.2100%
Oryzias latipesМедакаОт BLAT [18]75178.4%96%
Xenopus (Silurana) tropicalisЗападная когтистая лягушкаNP_00102748381986.4%96%
Aedes aegyptiКомар желтой лихорадкиXP_00165869282951.2%97%
Tribolium castaneumКрасный мучной жукXP_00181516481757.4%97%
Hydra magnipapillataГидра гидрозойнаяXP_00216486683044%97%
Циона кишечникаМорской брызгXP_00213055886746.4%97%
Pediculus humanus corporisЧеловеческие вшиXP_00242596480852.7%97%
Nasonia vitripennisДрагоценная осаXP_00160385980252.7%97%
Drosophila erectaПлодовая мухаXP_00197174388245.2%97%
Saccharomyces cerevisiaeПекарские дрожжиNP_01427295318.9%97%

Выражение

FAM40A экспрессируется на высоком уровне во время бластоциста, восьмиклеточная стадия, и плод этапы развития.[19] Также было показано, что высокий уровень экспрессии FAM40A в молочные железы, мозг, вилочковая железа, рот и яички.[20] Также было показано, что он выражается в высоком уровне в опухоли молочной железы, лейкозные клетки и опухоли половых клеток.[20]

Прогнозируемая экспрессия FAM40A в различных тканях тела

Регламент транскрипции

Ожидается, что FAM40A будет иметь промоутер регион 789 пар оснований перед началом транскрипция.[21] В SOX факторы транскрипции предположительно связываются с промоторной областью гена FAM40A, что, возможно, указывает на роль в определении пола.[21]

Взаимодействия

FAM40A был показан взаимодействовать с РП6-213Н19.1,[22] STRN,[22] PDCD10,[22] TRAF3IP3,[22] STRN3,[22] PPP2R1A,[22] MOBKL3,[22] CTTNBP2NL,[22] STK24[22][23] и PPP2CA.[22]

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000143093 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000014601 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ Нагасе Т., Кикуно Р., Хаттори А., Кондо Ю., Окумура К., Охара О. (февраль 2001 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. XIX. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК из мозга, которые кодируют большие белки in vitro». ДНК Res. 7 (6): 347–55. Дои:10.1093 / днарес / 7.6.347. PMID  11214970.
  6. ^ Кемп Х.А., Спраг Г.Ф. младший (февраль 2003 г.). «Far3 и пять взаимодействующих белков предотвращают преждевременное восстановление после ареста феромонов у почкующихся дрожжей Saccharomyces cerevisiae». Mol Cell Biol. 23 (5): 1750–63. Дои:10.1128 / MCB.23.5.1750-1763.2003. ЧВК  151714. PMID  12588993.
  7. ^ «Ген Entrez: семейство FAM40A со сходством последовательностей 40, член A».
  8. ^ Инструмент pI / MW
  9. ^ Предсказание трансмембранного домена
  10. ^ Сервер SignalP 3.0
  11. ^ Система SOSUI
  12. ^ Phyre v. 2.0[постоянная мертвая ссылка ]
  13. ^ «Складывающаяся форма РНК». Архивировано из оригинал на 2015-08-18. Получено 2019-04-29.
  14. ^ miRBase
  15. ^ Ген дрожжей FAR11 из базы данных генома Saccharomyces
  16. ^ а б Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) Protein
  17. ^ NCBI BLAST: базовый инструмент поиска местного выравнивания
  18. ^ а б c d BLAT Search Genome[постоянная мертвая ссылка ]
  19. ^ Европейский институт биоинформатики
  20. ^ а б EST Профиль для FAM40A
  21. ^ а б Геноматикс
  22. ^ а б c d е ж грамм час я j Гудро, Мэрилин; Д'Амброзио Лиза М; Кин Мишель Дж; Маллин Майкл Дж; Ларсен Бретт G; Санчес Эми; Чаудхри Сидхарт; Чен Джинни I; Сичери Франк; Несвижский Алексей I; Эберсольд Руеди; Рот Брайан; Gingras Anne-Claude (январь 2009 г.). «Сеть взаимодействия с высокой плотностью фосфатазы PP2A идентифицирует новый комплекс фосфатазы и киназы, взаимодействующий со стриатином, связанный с белком кавернозной мальформации 3 головного мозга (CCM3)». Мол. Клетка. Протеомика. 8 (1): 157–71. Дои:10.1074 / mcp.M800266-MCP200. ЧВК  2621004. PMID  18782753.
  23. ^ Юинг, Роб М.; Чу Питер; Элизма Фред; Ли Хунъянь; Тейлор Пол; Клими Шейн; МакБрум-Цераевски Линда; Робинзон Марк Д; О'Коннор Лиам; Ли Майкл; Тейлор Род; Дхарси Мойез; Хо Юэн; Хайльбут Адриан; Мур Линда; Чжан Шудун; Орнатская Ольга; Бухман Юрий В; Этье Мартен; Шэн Инлунь; Василеску Юлиан; Абу-Фарха Мохамед; Ламбер Жан-Филипп; Duewel Henry S; Стюарт Ян I; Кюль Бонни; Хог Келли; Колвилл Карен; Gladwish Katharine; Маскат Бренда; Кинах Роберт; Адамс Салли-Лин; Моран Майкл Ф; Морин Грегг Б; Топалоглоу Тодорос; Фигейз Даниэль (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Мол. Syst. Биол. 3 (1): 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК  1847948. PMID  17353931.

дальнейшее чтение