FAM43A - FAM43A

FAM43A
Идентификаторы
ПсевдонимыFAM43A, семейство со сходством последовательностей 43 члена A
Внешние идентификаторыMGI: 2676309 ГомолоГен: 17800 Генные карты: FAM43A
Расположение гена (человек)
Хромосома 3 (человек)
Chr.Хромосома 3 (человек)[1]
Хромосома 3 (человек)
Геномное расположение FAM43A
Геномное расположение FAM43A
Группа3q29Начинать194,685,883 бп[1]
Конец194,689,037 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez
Ансамбль
UniProt
RefSeq (мРНК)

NM_153690

NM_177632

RefSeq (белок)

NP_710157

NP_808300

Расположение (UCSC)Chr 3: 194.69 - 194.69 МбChr 16: 30,6 - 30,6 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Семейство с сходством последовательностей 43 члена A (FAM43A) гена, также известного как; GCO3P195887, GC03P194406, GC03P191784,[5] и NM_153690.3,[6] кодирует белок 423 п.н., консервативный у приматов, и ортологи были обнаружены у позвоночных и беспозвоночных.[7] Идентифицировано три транскрипта, два белка кодируют изоформы (aAug10, bAug10) и некодирующий транскрипт (cAug10).[8] Молекулярная масса 45,8 кДал в нефосфорилированном состоянии и изоэлектрическая точка 6,1.[9]

Ген

Расположен на длинной руке Хромосома 3 на 3q29 FAM43A состоит из 2 493 оснований; и транслированный белок содержит домен взаимодействия фосфотирозина, предполагаемый сайт связывания фосфоинозитида и предполагаемые сайты связывания пептида.[10]

Вступление

Ген FAM43A был идентифицирован при скрининге кДНК как ген-кандидат возможного развития и прогрессирования рака.[11] Неопубликованные данные Zhang et al. указывает на то, что FAM43A может обладать функцией подавления опухолей[12] однако прямое взаимодействие неизвестно. FAM43A не только играет роль в развитии рака, но и считается возможным расстройство аутистического спектра (ASD) ген-кандидат с мутациями в вышестоящем однонуклеотидном полиморфизме (SNP) rs789859, коррелирующим с представлением ASD и нарушения обучаемости; предполагая, что этот SNP является промоторной областью для нижележащего гена FAM43A.[13] Исследование 2014 г., проведенное Baron-Cohen et al. включал скрининг 906 K SNP в геноме для идентификации возможных генов-кандидатов, при этом FAM43A был геном, наиболее близким к полиморфизму.

Протеин

FAM43A и паралог FAM43B составляют определенное семейство генов и обладают структурной гомологией с адаптерным белком рецептора липопротеинов низкой плотности (LDLrP).[14][15] Ортологи были выявлены в Млекопитающие, Авес, Актиноптеригии, Рептилии, Hemichordata, Cephalochardata, Моллюска, Брахиоподы, Нематода, и Членистоногие. За исключением беспозвоночных, ортологов не выявлено.[16]

Неукорененное филогенетическое древо с указанием ортологов у Mammalia, Aves, Actinoptergii, Reptilia и нескольких видов беспозвоночных.

Паралоги

FAM43A и паралог FAM43B составляют специфическое семейство генов, которые разделяют структурную гомологию с адаптерным белком рецептора липопротеинов низкой плотности (LDLrP).[17]

Ортологи

Научное названиеИмяПрисоединение% Сходства последовательностей
Горилла гориллагориллаXP_004038285.199
Orcinus orcaкосаткаXP_004278817.194
Gallus gallusкурицаXP_426700.274
Данио РериоданиоNP_999870.171
Питон бивиттатуспитонXP_007440325.151
Branchiostoma belcheriланцетникXP_0196466582.149
Limulus polyphpemusподковообразный крабXP_013779827.138
Caenorhabditis elegansнематодаNP_509937.135

Отдаленный гомолог был идентифицирован с использованием NCBI-белка BLAST, адапторного белка рецептора липопротеинов низкой плотности 1-подобного в [Cryptotermes secundus]. Однако, когда последовательность LOC111863195 сравнивалась с Homo sapiens, было обнаружено, что гомолог картирован в хромосоме 1, что делает его ортологом паралога FAM43B. Тот факт, что белок FAM43A не может быть прослежен дальше в истории эволюции, чем беспозвоночные, указывает на то, что это могло быть причиной расхождения FAM43A и паралога FAM43B примерно 797 миллионов лет назад (MYA).

Выражение

Специфическое тканевое выражение

Белок FAM43A высоко экспрессируется в рот, сосудистая система, селезенка и ухо. Значительное выражение отмечено в жировая ткань, пуповина, и кость, с наибольшим выражением на стадии развития младенца.[18]

Выражение состояния болезни

Экспрессия усиливается при опухолях головы и шеи и карцинома мочевого пузыря, предполагая онкогенную функцию.[19] Экспрессия FAM43A повышается в клеточных линиях Hs578T (GDS4092), связанных с ранним предшественником Т-клеток (ETP), острым лимфобластным лейкозом (ALL) (GDS4299) и тройным отрицательным раком груди (TNBC).[20] Карта экспрессии FAM43A Mus musculus мозг указал на дифференциальную экспрессию в кора, мозолистое тело, и гипоталамус.[21] Основная функция мозолистого тела - иннервировать и соединять два полушария мозга. Мозолистое тело объединяет моторные, сенсорные и когнитивные функции между кортикальной областью в одном полушарии и ее целью в другом полушарии.[22] Гипоталамус связывает нервную систему с эндокринной системой через гипофиз.

Вариация

Синдром микроделеции 3q29 (моносомия 3q29) вызвана интерстициальными делециями 3q29, опосредованными неаллельной гомологичной рекомбинацией между низкокопийными повторами, что приводит к общей делеции.[23] Синдром микроделеции 3q29 характеризуется потерей 1,6 миллиона пар оснований, включая 5 известных генов и 17 неизвестных транскриптов. Гены фосфат и цитидилтрансфераза 1, холин альфа (PYT1A), P21 (RAC1) активировали киназу 2 (PAK2 ), меланотрансферрин (MFI2), диски большого каркасного белка 1 MAGUK (DLG1 ) и 3-гидроксибутиратдегидрогеназа 1 (BDH1) были подтверждены, а еще 7 генов были связаны с неполными кДНК, а остальные гипотетические гены еще предстоит подтвердить экспериментально.[24] Наличие синдрома микроделеции 3q29 показало повышенный риск шизофрении. Соседи гена PAK2 и DLG1 участвуют из-за взаимодействия с нейролигином и субъединицей рецептора AMPA GluR1.[25] В 2015 году Гуида и др. Идентифицировали новую мутацию проксимальнее области микроделеции 3q29, которая коррелировала с представлением окулопозвоночного спектра (OAVS).[26] Исследования Робертсона и др. выявили присутствие мРНК FAM43A в улитке плода и связь с развитием нормальной слуховой функции.[27] Эти находки указывают на то, что вариации FAM43A могут быть ответственны за развитие OAVS.

Промоутер

Связывание фактора транскрипции можно увидеть ниже в области промотора FAM43A,[28] поиски были завершены на 500 п.н., предшествующих стартовому кодону.

Кандидаты в факторы транскрипции и сайты связывания FAM43A идентифицировано Genomatix
Семья МатрицыПодробная информация о семьеПоложение якоряStrandМатрица сим.Последовательность
ZICFZIC-family, цинковый палец мозжечка1912-0.931cggcgCAGCtgggcg
NEURNeuroD, Beta2, домен HLH1912+0.985cgcccaGCTGcgccg
PLAGГен плеоморфной аденомы1919-0.931ggaggGCGCcccggcgcagctgg
EGRFEGR / фактор роста нервов, индуцированный протеином C, и родственные факторы1896-0.919ggcggcggCGGCggagcgc
KLFSКруппел подобные факторы транскрипции1796-0.941tagggagttGGGGggaggg
GCMFХорион-специфические факторы транскрипции с ДНК-связывающим доменом GCM1742-0.919attaCCCGcacctc
СОРИSOX / SORY, определяющие пол / яички и связанные факторы HMG box1741+0.953agagAATTtacccgcacctcctg
EBOXФакторы привязки электронного ящика1674+0.921gtgcgcgCGTGtctccc
E2FFАктиватор E2F-myc / регулятор клеточного цикла1549+0.905tgtgtGCGCgcgtgtct
MTF1Фактор транскрипции, индуцированный металлами1635+0.900ctttGCTCtcgccct
ETSFФакторы ETS1 человека и мыши1565-0.934aaatgtcaGGAAaaaagctag
FKHDФакторы вилочного домена1541-0.986cgcgtgcAAATaaagag
ИНСНФакторы, связанные с инсулиномой1462+0.926tgttaGGGGaccc

3 'непереведенный регион

Сайты связывания микроРНК были идентифицированы[29] а затем сравнивают с сохранением видов FAM43A, чтобы определить вероятные структуры петли стебля 3'-нетранслируемой области (UTR), как показано справа.

Вторичная структура 3 'нетранслируемой области

Посттрансляционная модификация

FAM43 прогнозируется как ядерный белок, чтобы идентифицировать функцию, структуру и функцию адапторного белка рецептора ЛПНП (LDLrP).[30] Консервативные остатки Y52 и S93 выделены в структуре LDLrP справа. Было идентифицировано три сайта фосфорилирования с сохранением между человек и мышь генотипы[31] на T112-p, S114-p и T-379-p. Транслированный белок содержит сигнал первичной и вторичной ядерной локализации и имеет предполагаемый сайт связывания GPI на D407,[32] и сайт расщепления каспаз 3 и 7 от аминокислот 404-408[33] указывая на возможную транслокацию из клеточная мембрана к ядро.

Выделен домен взаимодействия фосфотирозина LDLrP с Y52 и S93.

Взаимодействующие белки

Прямое взаимодействие с SRPK2 (протеинкиназа 2 SRSF), серин / аргинин-богатой протеин-специфической киназой, которая фосфорилирует субстраты по сериновым остаткам, богатым дипептидами аргинина / серина (домены RS), участвующие в фосфорилировании факторов сплайсинга SR и регуляции сращивание. Протеинкиназа 2 SRSF способствует развитию нервной апоптоз за счет повышения экспрессии циклина-D1 посредством подавления фосфорилирования p53 / TP53.[34] Протеиновая фосфатаза 2А является одной из четырех основных Ser / Thr-фосфатаз, которые регулируют отрицательный контроль роста и деления клеток.[35] FAM43A демонстрирует предсказанное взаимодействие с киназой Абельсона (ABL), и члены ABL связывают различные внеклеточные стимулы с сигнальными путями, контролирующими рост, выживание, инвазию, адгезию и миграцию клеток.[36]

Псевдоним взаимодействующего белкаПолное имяФункцияТип взаимодействия
СРПК2Богатая серином / аргинином протеин-специфическая киназаФосфорилирует субстраты по доменам RSпрямое взаимодействие
PPP2R5CРегуляторная субъединица B'Gamma протеинфосфатазы 2AСемейство регуляторной субъединицы B фосфатазы 2Aфизическая ассоциация
PPP2R1BПротеинфосфатаза 2A, каркас, субъединица А, бетапостоянная регуляторная субъединица протеинфосфатазы 2физическая ассоциация
PPP2R5DРегуляторная субъединица B'Delta протеинфосфатазы 2AСемейство регуляторной субъединицы B фосфатазы 2Aфизическая ассоциация
PPP2R5AРегуляторная субъединица B'Alpha протеинфосфатазы 2AСемейство регуляторной субъединицы B фосфатазы 2Aфизическая ассоциация
PPP2R5BРегуляторная субъединица B'Beta протеинфосфатазы 2AСемейство регуляторной субъединицы B фосфатазы 2Aфизическая ассоциация
PPP2R5EРегуляторная субъединица B'Epsilon протеинфосфатазы 2AСемейство регуляторной субъединицы B фосфастазы 2Aфизическая ассоциация
SNX6Сортировка нексина 6Члены содержат фосфоинозитид-связывающий домен phox (PX) (внутриклеточный трафик)физическая ассоциация

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000185112 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск ансамбля 89: ENSMUSG00000046546 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ "FAM43A". Генные Карты. Получено 27 апреля 2018.
  6. ^ "FAM43A". NCBI нуклеотид. Получено 27 апреля 2018.
  7. ^ «Стандартный протеиновый взрыв». NCBI. Национальная медицинская библиотека. Получено 18 февраля, 2018.
  8. ^ «Ген FAM43A». NCBI AceView. Получено 4 февраля, 2018.
  9. ^ "FAM43A". SAPS. Получено 8 апреля 2018.
  10. ^ «Протеин NCBI». NCBI. Национальная медицинская библиотека США. Получено 18 февраля, 2018.
  11. ^ Ван Д, Гун И, Цинь В, Чжан П, Ли Дж, Вэй Л, Чжоу Х, Ли Х, Цю Х, Чжун Ф, Хэ Л, Ю Дж, Яо Г, Цзян Х, Цянь Л, Ю Й, Шу Х , Чен X, Сюй Х, Го М., Пан З, Чен И, Ге Ц, Ян С., Гу Дж (ноябрь 2004 г.). «Крупномасштабный скрининг трансфекции кДНК генов, связанных с развитием и прогрессированием рака». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 101 (44): 15724–9. Дои:10.1073 / pnas.0404089101. ЧВК  524842. PMID  15498874.
  12. ^ "Страница мРНК FAM43A". NCBI. Получено 4 февраля, 2018.
  13. ^ Барон-Коэн С., Мерфи Л., Чакрабарти Б., Крейг И., Малля Ю., Лакатошова С., Ренстром К., Пелтонен Л., Уилрайт С., Эллисон С., Фишер С. Е., Уорриер V (2014). «Полногеномное ассоциативное исследование математических способностей показывает ассоциацию в хромосоме 3q29, локусе, связанном с аутизмом и трудностями в обучении: предварительное исследование». PLOS ONE. 9 (5): e96374. Дои:10.1371 / journal.pone.0096374. ЧВК  4011843. PMID  24801482.
  14. ^ "FAM43A". NCBI белок BLAST. Получено 28 апреля 2018.
  15. ^ "FAM43A". Браузер генома UCSC. Получено 28 апреля 2018.
  16. ^ «Белок FAM43A». Timetree: шкала времени жизни. Получено 28 апреля 2018.
  17. ^ "FAM43A". NCBI белок BLAST. Получено 28 апреля 2018.
  18. ^ "FAM43A". NCBI UniGene. Получено 21 мая 2018.
  19. ^ "Homo sapiens FAM43A". NCBI UniGene. Получено 28 марта 2018.
  20. ^ «Профили GEO». Профили NCBI GEO. Получено 5 мая 2018.
  21. ^ "Выражение FAM43". Атлас мозга Аллена. Получено 31 марта 2018.
  22. ^ «Мозолистое тело». CNSvp. Получено 29 марта 2018.
  23. ^ Баллиф BC и др. (2008). «Расширение клинического фенотипа синдрома микроделеции 3q29 и характеристика реципрокной микродупликации». Молекулярная цитогенетика. 1: 8. Дои:10.1186/1755-8166-1-8. ЧВК  2408925. PMID  18471269.
  24. ^ Willat L, et al. (2005). «Синдром микроделеции 3q29: клиническая и молекулярная характеристика нового синдрома». Американский журнал генетики человека. 77 (1): 154–160. Дои:10.1086/431653. ЧВК  1226188. PMID  15918153.
  25. ^ Mulle JG, et al. (2010). «Микроделеции 3q29 связаны с высоким риском шизофрении». Американский журнал генетики человека. 87 (2): 229–236. Дои:10.1016 / j.ajhg.2010.07.013. ЧВК  2917706. PMID  20691406.
  26. ^ Гуида В., Синибальди Л., Паньони М., Бернардини Л., Лоддо С., Марджотти К., Дигилио М.С., Фадда М.Т., Даллапиккола Б., Яннетти Дж., Алессандро де Л. (апрель 2015 г.). «A de novo проксимальная микродупликация хромосомы 3q29 у пациента со спектром окуло-аурикуло-позвонков». Американский журнал медицинской генетики. Часть А. 167A (4): 797–801. Дои:10.1002 / ajmg.a.36951. PMID  25735547. S2CID  37704780.
  27. ^ Робертсон Н.Г., Хетарпал У., Гутьеррес-Эспелета Г.А., Бибер Ф.Р., Мортон С.К. (сентябрь 1994 г.). «Выделение новых и известных генов из библиотеки кДНК улитки человеческого плода с использованием субтрактивной гибридизации и дифференциального скрининга». Геномика. 23 (1): 42–50. Дои:10.1006 / geno.1994.1457. PMID  7829101.
  28. ^ "FAM43A". Геноматикс. Получено 1 апреля 2018.
  29. ^ «Сайты связывания микроРНК FAM43A». Targetscan. Получено 21 мая 2018.
  30. ^ "FAM43A". Прогноз PSORT II. Получено 8 апреля 2018.
  31. ^ «Сайты фосфорилирования FAM43A». Фосфосит. Получено 8 апреля 2018.
  32. ^ "FAM43A". IMP Биоинформатика. Получено 8 апреля 2018.
  33. ^ «Поиск мотива FAM43A для ядерного белка». ELM. Получено 22 апреля 2018.
  34. ^ "Ген SRPK2". Генные карты. Получено 1 мая 2018.
  35. ^ «PPP2R5C». Генные карты. Получено 1 мая 2018.
  36. ^ Грюбер, Эмили К. (2013). «Роль киназ семейства ABL в раке: от лейкемии до солидных опухолей». Обзоры природы Рак. 13 (8): 559–571. Дои:10.1038 / nrc3563. ЧВК  3935732. PMID  23842646.