GGDEF домен - GGDEF domain
| GGDEF домен | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 регулятор отклика PleD в комплексе с c-diGMP | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | GGDEF | ||||||||
| Pfam | PF00990 | ||||||||
| Pfam клан | CL0276 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR000160 | ||||||||
| SCOP2 | 1w25 / Объем / СУПФАМ | ||||||||
| CDD | cd01949 | ||||||||
| |||||||||
В молекулярной биологии GGDEF домен это белковый домен который, кажется, повсеместен в бактерии и часто связан с регуляторной областью, такой как фосфорилирование приемник или кислород область чувствительности. Его функция - действовать как дигуанилатциклаза и синтезировать циклический ди-GMP, который используется как внутриклеточный сигнализация молекула в самых разных бактерии.[1][2] Ферментативный активность может сильно зависеть от соседних домены. Процессы, регулируемые этим доменом, включают экзополисахарид синтез, биопленка формирование подвижность и дифференциация клеток.
Структурные исследования PleD от Caulobacter crescentus показывают, что этот домен образует пятицепочечный бета-лист окружен спирали, аналогично каталитический ядро аденилатциклаза.[3]
Рекомендации
- ^ Пол Р., Вайзер С., Амиот Н. С., Чан С., Ширмер Т., Гиз Б., Дженал Ю. (март 2004 г.). «Зависимая от клеточного цикла динамическая локализация регулятора бактериального ответа с новым выходным доменом дигуанилатциклазы». Genes Dev. 18 (6): 715–27. Дои:10.1101 / gad.289504. ЧВК 387245. PMID 15075296.
- ^ Рыженков Д.А., Тарутина М, Москвин О.В., Гомельский М. (март 2005). «Циклический дигуанилат - распространенная сигнальная молекула в бактериях: понимание биохимии белкового домена GGDEF». J. Bacteriol. 187 (5): 1792–8. Дои:10.1128 / JB.187.5.1792-1798.2005. ЧВК 1064016. PMID 15716451.
- ^ Чан С., Пол Р., Саморай Д., Амиот Н. С., Гиз Б., Дженал Ю., Ширмер Т. (декабрь 2004 г.). «Структурные основы активности и аллостерический контроль дигуанилатциклазы». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 101 (49): 17084–9. Дои:10.1073 / pnas.0406134101. ЧВК 535365. PMID 15569936.