GISAID - GISAID

Инициатива GISAID
Официальный логотип GISAID
СокращениеGISAID
ФормированиеМай 2008 г.; 12 лет назад (Май 2008 г.)
ТипНекоммерческая организация
Государственно-частное партнерство
ЦельГлобальное здоровье, исследование, образование
Штаб-квартираМюнхен, Германия
Обслуживаемая площадь
Мировой
МетодПожертвования и гранты
Ключевые люди
Питер Богнер, (президент)[1] Рон А. Фушье и Джон В. Макколи (сопредседатели Научно-консультативного совета)[2]
Интернет сайтgisaid.org

GISAID это глобальная научная инициатива и первоисточник, обеспечивающий открытый доступ к геномным данным грипп вирусы[3] и новый коронавирус, ответственный за COVID-19.[4] С момента своего создания в 2008 г. в качестве альтернативы обмену данными о птичьем гриппе[5] через обычные общедоступные архивы,[3][6] GISAID признан за стимулирование быстрого обмена данными о вспышках[6] вовремя H1N1 пандемия[7][8] в 2009 г. H7N9 эпидемия[9][10] в 2013 году, а COVID-19 пандемия[11][12] в 2020 году.

GISAID был признан за его важность для глобальное здоровье к G20 министров здравоохранения в 2017 г.[13]

В 2020 году GISAID включился в глобальное исследование, чтобы понять SARS-CoV-2, вирус, ответственный за COVID-19 пандемия, делая доступными геномные последовательности, моделируемые в реальном времени, тем самым помогая обнаруживать вирусные мутации и отслеживать перемещение вируса по планете.[14] Огромные объемы последовательностей генома SARS-CoV-2 были добавлены в базу данных GISAID, которой быстро стали пользоваться лаборатории по всему миру.[15][16]

Источник

Аббревиатура GISAID впервые упоминается в переписке, опубликованной в журнале. Природа в 2006 г.[17] выдвигая первоначальное стремление создать "консорциум "для нового граммлобал яинициатива по sраздражение авиан яnfluenza dата, в соответствии с чем ее члены[6] публикует данные в общедоступных базах данных в срок до шести месяцев после анализа и проверки.[18]

Группа ученых на встрече позирует на открытом воздухе
GISAID Next Generation Sequencing Workshop (Институт Пастера, Париж 2015)

Хотя не было установлено никаких основных правил обмена,[19] заочное письмо подписали более 70 ведущих ученых, в том числе семь Нобелевские лауреаты, потому что доступ к самым последним генетическим данным для высокопатогенных H5N1 зоонозный вирус часто ограничивался, отчасти из-за нерешительности Всемирная организация здоровья государств-членов поделиться своими вирусными геномами и поставить под угрозу права собственности.[20]

Пройдет еще 18 месяцев, прежде чем правительства и исследователи смогут достичь международного консенсуса по фактическим правилам механизма совместного использования GISAID. Таким образом, GISAID официально запустил[21] в мае 2008 г. в Женева по случаю 61-й сессии Всемирной ассамблеи здравоохранения в качестве общедоступной базы данных, а не консорциума, требующего членства.[6][7]

Подход

Модель GISAID по стимулированию и признанию тех, кто хранит данные, была рекомендована в качестве модели для будущих инициатив.[22] Большая прозрачность и более своевременный обмен данными о последовательностях были целью многих исследователей и заинтересованных сторон. Платформа GISAID охватывает национальные границы и научные дисциплины, с лидерами в областях Ветеринария, человеческая медицина, биоинформатика, эпидемиология, и интеллектуальная собственность. Эти междисциплинарные усилия предоставляют новые средства для общения и обмена информацией, поскольку каждая дисциплина имеет разные интересы, но также преследует схожие цели. Инициатива объединилась таким образом, чтобы отдать должное тем, кто предоставил данные, и приложить значительные усилия для работы и включения их в совместный анализ данных вирусных последовательностей, «еще больше склоняя чашу весов в пользу сотрудничества».[22] Идея обмена не только данными, но и преимуществами результирующих исследований представляет собой «сдвиг парадигмы», который ставит участников из сред с более высокими и низкими ресурсами в более равные условия.[22]

История

Питер Богнер пожимает руку Роберту Клоосу
Официальная церемония подписания с президентом GISAID Петером Богнером (слева) и государственным секретарем Германии Робертом Клоосом Источник: BMELV (Берлин, Апрель 2010 г.)

Первоначально инициатива GISAID финансировалась Питером Богнером - стратегическим советником и руководителем международного вещания, который выступает в качестве ее основателя и главного координатора. Богнер руководил созданием этой платформы, объединив ведущих мировых ученых и заинтересованных лиц, которые активно стремятся ускорить понимание этой потенциальной пандемии человека путем быстрого обмена научными данными и результатами. В январе 2006 года Богнер встретился с Министр внутренней безопасности США Майкл Чертофф на Всемирный Экономический Форум в Давос, Швейцария и рассказали о концепции готовности правительства США к борьбе с потенциальной пандемией гриппа.[23] Усилились опасения по поводу сценария пандемии.[24]

В ноябре 2006 года Инициатива получила поддержку обоих Королевское общество и Академия медицинских наук.[25] В феврале 2007 г. было объявлено, что GISAID и Швейцарский институт биоинформатики, которая возглавляет швейцарский консорциум по управлению базой данных GISAID по штаммам вирусов гриппа, подписала соглашение о сотрудничестве.[6] Согласно этому соглашению, базирующийся в Женеве институт должен был предоставлять услуги по безопасному хранению и анализу генетических, эпидемиологических и клинических данных.

В январе 2007 г. Индонезия прекратила передавать ВОЗ все клинические образцы вируса H5N1. В марте 2007 г. Сити Фадила Супари, Министр здравоохранения Индонезии, объявил[26] Правительство Индонезии поддерживает создание Глобальной инициативы по обмену базой данных о птичьем гриппе (GISAID) после встречи высокого уровня ВОЗ в г. Джакарта на Ответственные методы распространения вирусов птичьего гриппа. В апреле 2007 г. Индонезийская академия наук подтвердил свою поддержку GISAID, заявив, что он разделяет те же идеалы в отношении свободного обмена и ответственного обмена информацией о птичьем гриппе и возникающих инфекционных заболеваниях.

В 2008 году GISAID был принят «Сотрудничающими центрами ВОЗ по гриппу» для ввода данных о последовательности из проб, полученных из национальных центров по гриппу (НЦГ) в ВОЗ. Глобальная система эпиднадзора за гриппом и ответных мер.

В апреле 2010 г. Федеральная Республика Германии объявлено во время 7-я Международная министерская конференция по птичьему и пандемическому гриппу в Ханой, Вьетнам, что Инициатива GISAID заключила соглашение о сотрудничестве[27] с правительством Германии, что сделало Германию долгосрочным хозяином платформы GISAID.[28] В рамках соглашения Германия в лице Федерального министерства продовольствия, сельского хозяйства и защиты потребителей. BMELV, обеспечит устойчивость инициативы, предоставив через Федеральное управление сельского хозяйства и продовольствия (BLE) технические средства размещения[29] платформы GISAID и базы данных EpiFlu ™, расположенной в Бонн. Федеральный институт Германии Здоровье животных то Институт Фридриха Лёффлера (FLI) расположен на Остров Римс, обеспечит правдоподобие и курирование научных данных в GISAID в соответствии с научными стандартами.

Управление

ГИСЭЙД управление структура[30] предусматривает несколько организационных органов, действующих независимо друг от друга, с целью защиты от предвзятости при принятии решений. Административные дела GISAID контролируются Совет попечителей Ожидается, что это сведет к минимуму потенциальные конфликты интересов относительно источников финансирования GISAID. Научный надзор за инициативой осуществляется ее Научно-консультативным советом, состоящим из директоров ведущих лаборатории общественного здравоохранения включая все шесть Центры сотрудничества ВОЗ по гриппу, и директора справочных лабораторий по ветеринарии для исследований птичий грипп для Всемирная организация здоровья животных и Продовольственная и сельскохозяйственная организация Объединенных Наций. Эта структура управления предназначена для улучшения функциональных возможностей базы данных EpiFlu ™, управляемой Технической группой GISAID по базам данных, состоящей из экспертов в секвенирование вирусов и биоинформатика, которые представляют сообщество пользователей для взаимодействия с программным обеспечением и разработчиками инструментов для анализа.[31]

Доступ и интеллектуальная собственность

В отличие от общедоступных баз данных, таких как GenBank и EMBL, пользователи GISAID должны подтвердить свою личность и согласиться с Соглашением о доступе к базе данных[32] это определяет способ использования данных GISAID. Эти Условия использования запрещают пользователям делиться какими-либо данными с другими пользователями, которые не согласились с Условиями использования. Условия использования требуют, чтобы пользователи данных признавали генераторов данных в опубликованной работе, а также предпринимали разумные попытки сотрудничать с генераторами данных и вовлекать их в исследования и анализ, в которых используются их данные.

Трудность, которую пытается решить Соглашение о доступе к данным GISAID, заключается в том, что многие исследователи опасаются, что обмен данными о последовательностях вируса гриппа может способствовать их незаконному присвоению посредством претензий на интеллектуальную собственность со стороны производителей вакцин и других лиц, затрудняя доступ к вакцинам и другим товарам в развивающихся странах либо из-за высоких затрат. или предотвращая передача технологии. Хотя большинство экспертов по общественным интересам согласны с GISAID в том, что данные о последовательностях гриппа должны публиковаться, и это является предметом согласия многих исследователей, некоторые предоставляют информацию только после подачи патентных заявок, в то время как другие заявляют, что доступ к ним должен быть только условие, что никакие патенты или другие претензии интеллектуальной собственности не подаются. Соглашение GISAID о доступе к данным напрямую касается этого, чтобы способствовать обмену данными. Процедуры GISAID дополнительно предполагают, что те, кто имеет доступ к базе данных EpiFlu, консультируются со странами происхождения генетических последовательностей и исследователями, открывшими эти последовательности.

Рекомендации

  1. ^ huaxia (1 ноября 2019 г.). «Китайские эксперты призывают к глобальному сотрудничеству в области профилактики гриппа». Информационное агентство Синьхуа. Получено 7 июля, 2020.
  2. ^ «Управление и экспертиза: Научно-консультативный совет». GISAID. 2020. Получено 7 июля, 2020. В Научный консультативный совет (НКС) входят ведущие ученые, занимающиеся гриппом, с опытом в области эпидемиологии, вирусологии человека и ветеринарии и биоинформатики.
  3. ^ а б Шу, Юэлонг; Макколи, Джон (2017). «GISAID: Глобальная инициатива по обмену всеми данными о гриппе - от видения к реальности». Евронаблюдение. 22 (13). Дои:10.2807 / 1560-7917.ES.2017.22.13.30494. ЧВК  5388101. PMID  28382917.
  4. ^ Корбер, Бетт (30 апреля 2020 г.). «Конвейер спайковых мутаций свидетельствует о появлении более трансмиссивной формы SARS-CoV-2». bioRXiv. Дои:10.1101/2020.04.29.069054. Получено 4 июня, 2020. GISAID - это основной ресурс базы данных последовательностей COVID-19
  5. ^ Макдауэлл, Робин (15 мая 2008 г.). «Индонезия передала данные о птичьем гриппе в новую базу данных». Fox News. Ассошиэйтед Пресс. Получено 7 июня, 2020.
  6. ^ а б c d е Эльба, Стефан; Бакленд-Мерретт, Джемма (10 января 2017 г.). «Данные, болезни и дипломатия: инновационный вклад GISAID в глобальное здоровье». Глобальные вызовы. 1(1): 33–46.
  7. ^ а б Шнирринг, Лиза (25 июня 2009 г.). «Пандемия раскрывает сильные стороны новой базы данных по гриппу». Центр исследований и политики в области инфекционных заболеваний. Получено 7 июня, 2020.
  8. ^ «Последовательности вирусных генов для помощи в обновлении диагностики свиного гриппа A (H1N1)» (PDF). Всемирная организация здоровья. 25 апреля 2009 г.. Получено 7 июня, 2020.
  9. ^ «Борьба с птичьим гриппом». Природа. 496 (7446): 397. 24 апреля 2013 г.
  10. ^ Ларсон, Кристина (10 апреля 2013 г.). «Центр контроля заболеваний (CDC) стремится создать вакцину от новейшего штамма птичьего гриппа в Китае». Bloomberg BusinessWeek. Получено 7 июня, 2020.
  11. ^ Прасад, Р. (19 января 2020 г.). «Что является источником нового заболевания, похожего на атипичную пневмонию, о котором сообщают в Китае?». Индуистский. Получено 7 июня, 2020.
  12. ^ Нг, Кан-чжун (12 января 2020 г.). «Уханьская пневмония: Гонконг намерен разработать новый тест на загадочный вирус после получения генетической последовательности из материкового Китая». Южно-Китайская утренняя почта. Получено 7 июня, 2020.
  13. ^ G20 (20 мая 2017 г.). «Берлинская декларация министров здравоохранения G20» (PDF). Министерство здравоохранения Германии. Получено 18 июля 2017.
  14. ^ Джамиль, Шахид (2 апреля 2020 г.). «Пандемия коронавируса подчеркивает ключевую потребность в науке и партнерстве». Телеграф (Калькутта). Получено 4 апреля 2020.
  15. ^ Райан, Валери (10 августа 2020 г.). «Идентифицированы штаммы вируса SARS-CoV-2, циркулирующие в Ирландии». Irish Medical Times. Получено 11 августа, 2020.
  16. ^ Томас, Лиджи (28 июня 2020 г.). «Геномика используется для отслеживания происхождения SARS-CoV-2 в Канаде». Новости Медицина. Получено 29 июня, 2020.
  17. ^ Замиска, Николай (30 августа 2006 г.). "Неученый продвигает обмен данными о птичьем гриппе'". Журнал "Уолл Стрит. Получено 10 ноября 2016.
  18. ^ Богнер, Питер; Капуя, Илария; Липман, Дэвид; Кокс, Нэнси (30 августа 2006 г.). «Глобальная инициатива по обмену данными о птичьем гриппе». Природа. Получено 6 сентября, 2020.
  19. ^ «Редакция, Расширение доступа к данным о болезнях». Природа. 442 (7106): 957. 31 августа 2006 г. Дои:10.1038 / 442957a. PMID  16943803.
  20. ^ Макдауэлл, Робин (18 мая 2008 г.). «Индонезия добавит свои данные на глобальный веб-сайт о птичьем гриппе». Орландо Сентинел. Получено 19 ноября, 2020. Китай, Россия и другие страны, которые долгое время скрывали образцы вируса гриппа и данные секвенирования ДНК от международного сообщества, также принимают участие в инициативе, заявляя, что она обеспечивает полную прозрачность и, впервые, базовую защиту прав интеллектуальной собственности. .
  21. ^ Джамиль, Шахид (2 апреля 2020 г.). «Пандемия коронавируса подчеркивает ключевую потребность в науке и партнерстве». Телеграф (Калькутта). Получено 4 апреля 2020.
  22. ^ а б c LoTempio, Джонатан; Спенсер, Д'Андре; Ярвиц, Ребекка; Вилен, Артур Делот; Вилен, Эрик; Дело, Эммануэль (19 августа 2020 г.). «Мы можем делать лучше: уроки, извлеченные из обмена данными во время пандемии COVID-19, могут повлиять на готовность к будущим вспышкам и ответные меры». Наука и дипломатия - через AAAS. GISAID также требует, чтобы пользователи данных не только доверяли представителям данных, но и прилагали максимальные усилия для работы и включения их в совместный анализ данных о вирусных последовательностях, что еще больше склонило чашу весов в пользу сотрудничества. Этот обязательный обмен не только данными, но и результатами исследований привел к сдвигу парадигмы, который помогает поставить участников из более или менее ресурсных настроек на одну и ту же основу. ... Внедрение системы совместного использования кредита, аналогичной системе GISAID, обеспечит, что независимо от настроек ресурсов, вкладчики данных будут мотивированы и признаны.
  23. ^ Замиска, Николай (31 августа 2006 г.). «Неученый продвигает обмен данными о птичьем гриппе». Журнал "Уолл Стрит. Получено 6 сентября, 2020.
  24. ^ От редакции (февраль 2006 г.). «Год птичьего гриппа». Иммунология природы. 7 - через Природу. Эта повышенная озабоченность существует ...
  25. ^ «Пандемия гриппа: наука к политике» (PDF). Королевское общество и Академия медицинских наук. 36/06: 12 ноября 2006 г. - через Королевское общество и Академию медицинских наук. Мы рекомендуем правительству Великобритании поддержать Глобальную инициативу по обмену данными о птичьем гриппе и обеспечить разработку правительством и государственными лабораториями планов публикации всех данных эпиднадзора (R12).
  26. ^ «Индонезия поддерживает создание центра обмена данными о птичьем гриппе». Информационное агентство Синьхуа, People Daily, Китайская Народная Республика. 1 апреля 2007 г.
  27. ^ «База данных патогенов гриппа мирового значения создана в Бонне». BMEL Домашняя страница. 15 апреля 2010. Архивировано с оригинал 3 января 2017 г.. Получено 2 января 2017.
  28. ^ "Заявление Германии о существенных вопросах и проблемах, касающихся структуры ГПГ и ее реализации, специальная сессия Консультативной группы по ГПГ, 13 октября 2015 г. ", Всемирная организация здоровья, Женева. Проверено 8 ноября 2016.
  29. ^ "GISAID Datenbank liefert grundlegende Informationen für Bekämpfungsstrategien" (PDF). BLE Домашняя страница. 16 апреля 2014 г. Архивировано с оригинал (PDF) 3 января 2017 г.. Получено 2 января 2017.
  30. ^ Структура управления GISAID, по состоянию на 23 ноября 2016 г.
  31. ^ «Учебный семинар GISAID-ВОЗ, Генетический анализ вирусов гриппа», Санкт-Петербург ». Минздрав РФ. 28–29 августа 2014 г.
  32. ^ Соглашение о доступе к базе данных GISAID [1], по состоянию на 8 мая 2020 г.

внешняя ссылка