GROMACS - GROMACS

GROMACS
GROMACS logo.png
Разработчики)Гронингенский университет
Королевский технологический институт
Уппсальский университет[1]
изначальный выпуск1991; 29 лет назад (1991)
Стабильный выпуск
2020.4 / 6 октября 2020; 2 месяца назад (2020-10-06)[2]
Репозиторий
Отредактируйте это в Викиданных
Написано вC ++, C, CUDA, OpenCL
Операционная системаLinux, macOS, Windows, любой другой Unix разнообразие
ПлатформаМного
Доступно ванглийский
ТипМолекулярная динамика симуляция
ЛицензияLGPL версии> = 4.6,
GPL версии <4.6[3]
Интернет сайтwww.gromacs.org

GROMACS это молекулярная динамика пакет в основном предназначен для моделирования белки, липиды, и нуклеиновые кислоты. Первоначально он был разработан в отделении биофизической химии Гронингенский университет, и теперь поддерживается участниками в университетах и ​​исследовательских центрах по всему миру.[4][5][6] GROMACS - один из самых быстрых и популярных пакетов программного обеспечения,[7][8] и может бежать центральные процессоры (ЦП) и графические процессоры (GPU).[9] Это бесплатно, программное обеспечение с открытым исходным кодом выпущен под Стандартная общественная лицензия GNU (GPL),[3] а начиная с версии 4.6 Стандартная общественная лицензия ограниченного применения GNU (LGPL).

История

Проект GROMACS первоначально начался в 1991 году на кафедре биофизической химии, Гронингенский университет, Нидерланды (1991–2000). Его название первоначально произошло с этого времени (Groningen MAchine для химического моделирования) хотя в настоящее время GROMACS не является аббревиатурой для чего-либо, так как в последние десятилетия в Гронингене было мало активных разработок. Первоначальной целью было создание специализированной параллельной компьютерной системы для молекулярного моделирования, основанной на кольцевой архитектуре (с тех пор, как ее заменили современные конструкции оборудования). Специальные процедуры молекулярной динамики были переписаны на языке программирования. C от Фортран 77 основанная на программе ГРОМОС, которые были разработаны в той же группе.[нужна цитата ]

С 2001 года GROMACS разрабатывается командой разработчиков GROMACS в Королевский технологический институт и Уппсальский университет, Швеция.

Функции

GROMACS управляется через Интерфейс командной строки, и может использовать файлы для ввода и вывода. Обеспечивает ход расчета и Примерное время прибытия (ETA), средство просмотра траектории и обширная библиотека для анализа траектории.[3] Кроме того, поддержка разных силовые поля делает GROMACS очень гибким. Его можно выполнять параллельно, используя Интерфейс передачи сообщений (MPI) или потоки. Он содержит скрипт для преобразования молекулярных координат из Банк данных белков (PDB) во внутренние форматы. Один раз файл конфигурации для моделирования нескольких молекул (возможно, включая растворитель ), запуск моделирования (который может занять много времени) создает файл траектории, описывающий движения атомов во времени. Затем этот файл можно проанализировать или визуализировать с помощью нескольких прилагаемых инструментов.[10]OpenCL и CUDA возможны для реальных графических процессоров AMD, Intel и Nvidia с большим ускорением по сравнению с запусками на базе ЦП, начиная с версии 5 или выше.

пасхальные яйца

По состоянию на январь 2010 г., Исходный код GROMACS содержит около 400 сокращений, альтернативных GROMACS как шутки разработчиков и биохимия исследователи. К ним относятся "Gromacs работает на большинстве компьютерных систем", "Gromacs работает на одной микросекунде со скоростью пушечного ядра", "Хороший металлический алтарь для хронического грешника", "Работа над GRowing Old MAkes el Chrono Sweat", и "Великий Красный владеет множеством акров песка". Они выбираются случайным образом, чтобы они могли появиться в выходном потоке GROMACS. В одном случае такой акроним вызвал оскорбление.[11]

Приложения

GROMACS без лицензии GPL широко используется в Складной @ дома распределенных вычислений проект для моделирования сворачивание белка, где это базовый код для самой большой и наиболее часто используемой серии расчетные ядра.[12][13] EvoGrid, развивающийся проект распределенных вычислений искусственная жизнь, также использует GROMACS.[14]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Команда разработчиков GROMACS
  2. ^ "Загрузки Gromacs". gromacs.org. Получено 2020-08-14.
  3. ^ а б c "О Громачах". gromacs.org. 16 августа 2010 г.. Получено 2012-06-26.
  4. ^ «Люди - Громаки». gromacs.org. 14 марта 2012 г.. Получено 26 июн 2012.
  5. ^ Ван дер Споэль Д., Линдаль Е., Хесс Б., Гроенхоф Г., Марк А. Е., Берендсен Х. Дж. (2005). «GROMACS: быстро, гибко и бесплатно». J Comput Chem. 26 (16): 1701–18. Дои:10.1002 / jcc.20291. PMID  16211538. S2CID  1231998.
  6. ^ Хесс Б., Кутцнер С., Ван дер Споэль Д., Линдаль Е. (2008). «GROMACS 4: Алгоритмы для высокоэффективного, сбалансированного по нагрузке и масштабируемого молекулярного моделирования». J Chem Theory Comput. 4 (2): 435–447. Дои:10.1021 / ct700301q. HDL:11858 / 00-001M-0000-0012-DDBF-0. PMID  26620784.
  7. ^ Карстен Кутцнер; Дэвид Ван Дер Споул; Мартин Фехнер; Эрик Линдал; Удо В. Шмитт; Берт Л. Де Гроот; Гельмут Грубмюллер (2007). «Ускорение параллельной работы GROMACS в сетях с высокой задержкой». Журнал вычислительной химии. 28 (12): 2075–2084. Дои:10.1002 / jcc.20703. HDL:11858 / 00-001M-0000-0012-E29A-0. PMID  17405124. S2CID  519769.
  8. ^ Берк Хесс; Карстен Кутцнер; Дэвид ван дер Споэль; Эрик Линдал (2008). «GROMACS 4: Алгоритмы для высокоэффективного, сбалансированного по нагрузке и масштабируемого молекулярного моделирования». Журнал химической теории и вычислений. 4 (3): 435–447. Дои:10.1021 / ct700301q. HDL:11858 / 00-001M-0000-0012-DDBF-0. PMID  26620784.
  9. ^ «Графические процессоры - Громаки». gromacs.org. 20 января 2012 г.. Получено 26 июн 2012.
  10. ^ «Блок-схема GROMACS». gromacs.org. 18 января 2009 г. Архивировано с оригинал 24 июня 2010 г.. Получено 26 июн 2012.
  11. ^ "Re: Работа по предоставлению россиянам опиума может изменить текущую ситуацию". Складной @ дома. 17 января 2010 г.. Получено 2012-06-26.
  12. ^ Лаборатория Панде (11 июня 2012 г.). «Часто задаваемые вопросы по Folding @ home с открытым исходным кодом». Складной @ дома. Стэндфордский Университет. Архивировано из оригинал (ЧАСТО ЗАДАВАЕМЫЕ ВОПРОСЫ) 17 июля 2012 г.. Получено 26 июн 2012.
  13. ^ Адам Беберг; Даниэль Энсин; Гуха Джаячандран; Сирадж Халик; Виджай Панде (2009). Folding @ home: уроки восьми лет добровольческих распределенных вычислений (PDF). Параллельная и распределенная обработка, международный симпозиум IEEE. С. 1–8. Дои:10.1109 / IPDPS.2009.5160922. ISBN  978-1-4244-3751-1. ISSN  1530-2075. S2CID  15677970.
  14. ^ Марков, Джон (29 сентября 2009 г.). «Требуются домашние компьютеры для участия в исследованиях искусственной жизни». Нью-Йорк Таймс. Получено 26 июн 2012.

внешняя ссылка