Hfq-связывающая мРНК - Hfq binding sRNA

isrA Hfq-связывающая РНК
RF01385.png
Прогнозируемая вторичная структура isrA Hfq-связывающей РНК
Идентификаторы
СимволisrA
РфамRF01385
Прочие данные
РНК типген, мРНК
Домен (ы)Энтеробактерии
PDB структурыPDBe
Белок Hfq из S. aureus со связанной мРНК.

An Hfq-связывающая мРНК является мРНК что связывает бактериальный Связывание РНК белок называется Hfq. Был охарактеризован ряд бактериальных малых РНК, которые, как было показано, связываются с Hfq (см. Список). РНК поделитесь похожими структура состоит из трех стебель-петли.[1] Несколько исследований расширили этот список и экспериментально подтвердили в общей сложности 64 мРНК, связывающих Hfq в Сальмонелла тифимуриум.[2][3][4] Широкое транскриптомное исследование Hfq сайты связывания в Сальмонелла картировали 126 сайтов связывания Hfq в мРНК.[5] Геномный SELEX был использован для демонстрации того, что РНК, связывающие Hfq, обогащены мотив последовательности 5′-AAYAAYAA-3 ′.[6] Полногеномное исследование выявило 40 кандидатов Hfq-зависимых мРНК в патогенах растений Эрвиния амиловора. 12 из них были подтверждены Нозерн-блоттингом.[7]

Бактериальные связывающие Hfq мРНК

Рекомендации

  1. ^ Zhang A, Wassarman KM, Rosenow C, Tjaden BC, Storz G, Gottesman S (2003). «Глобальный анализ малых РНК и мРНК-мишеней Hfq». Мол. Микробиол. 50 (4): 1111–1124. Дои:10.1046 / j.1365-2958.2003.03734.x. PMID  14622403.
  2. ^ Пфайффер В., Ситтка А., Томер Р., Тедин К., Бринкманн В., Фогель Дж. (Декабрь 2007 г.). «Небольшая некодирующая РНК острова гена инвазии (SPI-1) подавляет синтез белка внешней мембраны из основного генома сальмонеллы». Молекулярная микробиология. 66 (5): 1174–1191. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2007.05991.x. PMID  17971080.
  3. ^ Ситтка А., Луккини С., Папенфорт К. и др. (2008). Буркхолдер WF (ред.). «Глубокий анализ секвенирования малых некодирующих РНК и мРНК-мишеней глобального посттранскрипционного регулятора Hfq». PLOS Genetics. 4 (8): e1000163. Дои:10.1371 / journal.pgen.1000163. ЧВК  2515195. PMID  18725932.
  4. ^ а б Падалон-Браух Г., Хершберг Р., Эльграбли-Вайс М. и др. (Апрель 2008 г.). «Малые РНК, закодированные в генетических островках Salmonella typhimurium, демонстрируют экспрессию, индуцированную хозяином, и роль в вирулентности». Исследования нуклеиновых кислот. 36 (6): 1913–1927. Дои:10.1093 / nar / gkn050. ЧВК  2330248. PMID  18267966.
  5. ^ Холмквист Э., Райт П.Р., Ли Л., Бишлер Т., Барквист Л., Рейнхардт Р., Бекофен Р., Фогель Дж. (2016). «Глобальные паттерны распознавания РНК посттранскрипционных регуляторов Hfq и CsrA, выявленные с помощью УФ-сшивания in vivo». EMBO J. 35: 991–1011. Дои:10.15252 / embj.201593360. ЧВК  5207318. PMID  27044921.
  6. ^ Лоренц С., Гезелл Т., Циммерманн Б., Шоберл Ю., Билусич И., Райкович Л., Вальдсих К., фон Хезелер А., Шредер Р. (2010). «Геномный SELEX для Hfq-связывающих РНК идентифицирует геномные аптамеры преимущественно в антисмысловых транскриптах». Нуклеиновые кислоты Res. 38 (11): 3794–3808. Дои:10.1093 / nar / gkq032. ЧВК  2887942. PMID  20348540.
  7. ^ Цзэн, Цюань; Сундин, Джордж У. (01.01.2014). «Полногеномная идентификация Hfq-регулируемых малых РНК в возбудителе бактериального ожога Erwinia amylovora обнаружила малые РНК с регуляторной функцией вирулентности». BMC Genomics. 15: 414. Дои:10.1186/1471-2164-15-414. ISSN  1471-2164. ЧВК  4070566. PMID  24885615.

дальнейшее чтение

внешняя ссылка