Гопаноиды - Hopanoids

Некоторые типичные гопаноиды: A. Диплоптен, также называемый 22 (29) -гопеном B. Диплоптерол, также называемый гопан-22-ол, гидратированный цикломер диплоптена C. Бактериохопанететрол (BHT), распространенный протяженный гопаноид D. Гопан, диагенетический продукт A и B, который является результатом восстановительных условий во время осаждения и сохраняется в пласте породы. Диагенетическим продуктом C будет удлиненный гопан C35.
Холестерин, а стерол соединение, обнаруженное у всех эукариот.

Гопаноиды являются разнообразным подклассом тритерпеноиды с таким же углеводородным скелетом, что и соединение гопане. Эта группа пентациклический Таким образом, молекулы относятся к простым гопенам, гопанолам и гопанам, но также и к широко функционализированным производным, таким как бактериогопанеполиолы (BHP) и гопаноидов, ковалентно связанных с липид А.[1][2]

Первый известный гопаноид, гидроксигопанон, был выделен двумя химиками в Национальной галерее в Лондоне, работавшими над химией даммарная камедь, натуральная смола, используемая в качестве лака для картин.[3] Хотя часто предполагается, что гопаноиды образуются только в бактериях, на самом деле их название происходит от обилия гопаноидных соединений в смоле растений этого рода. Надежда. В свою очередь, этот род назван в честь Джон Хоуп, первый Regius Хранитель из Королевский ботанический сад, Эдинбург.

С момента их первоначального открытия в покрытосеменные, гопаноиды были обнаружены в плазматических мембранах бактерии, лишайники, мохообразные, папоротники, тропические деревья и грибы.[4] Гопаноиды имеют стабильную полициклический структуры, которые хорошо сохранились в нефтяных резервуарах, горных породах и отложениях, что позволяет диагенетический продукты этих молекул следует интерпретировать как биомаркеры на наличие определенных микробов и потенциально на химические или физические условия во время отложение.[5] Гопаноиды не обнаружены в археи.[6][7]

Биологическая функция

Около 10% секвенированного бактериального геномы иметь предполагаемый shc ген, кодирующий сквален-гопенциклаза и предположительно могут образовывать гопаноиды, которые, как было показано, играют различные роли в плазматическая мембрана и может позволить некоторым организмам адаптироваться в экстремальных условиях.[8][9]

Поскольку гопаноиды изменяют свойства плазматической мембраны бактерий, их часто сравнивают с стеролы (например., холестерин ), которые модулируют текучесть мембран и выполняют другие функции в эукариоты.[10] Хотя гопаноиды не спасают дефицит стерола, считается, что они увеличивают жесткость мембран и уменьшают проницаемость.[9][11][12] Также, гаммапротеобактерии и эукариотические организмы, такие как лишайники и мохообразные, вырабатывают как стерины, так и гопаноиды, что позволяет предположить, что эти липиды могут иметь другие различные функции.[4][13] Примечательно, что способ упаковки гопаноидов в плазматическую мембрану может меняться в зависимости от того, какие функциональные группы присоединены. Гопаноидный бактериогопанететрол имеет поперечную ориентацию в липидные бислои, но диплоптен локализуется между внутренней и внешней створкой, предположительно утолщая мембрану для уменьшения проницаемости.[14]

Гопаноид диплоптерол упорядочивает мембраны, взаимодействуя с липид А, обычный мембранный липид у бактерий, аналогично холестерину и сфинголипиды взаимодействуют в плазматических мембранах эукариот.[10] Было продемонстрировано, что диплоптерол и холестерин способствуют конденсации и ингибируют образование гелевой фазы в обоих сфингомиелин монослои и монослои модифицированного гликаном липида A. Кроме того, как диплоптерол, так и холестерин могут восстанавливать pH-зависимые фазовые переходы в монослоях модифицированного гликаном липида A.[10] Роль гопаноидов в опосредованной мембраной толерантности к кислоте дополнительно подтверждается наблюдениями за ингибированным кислотой ростом и морфологическими аномалиями плазматической мембраны у гопаноид-дефицитных бактерий с мутантными сквален-гопенциклазами.[15][16]

Гопаноиды производятся в нескольких азотфиксирующие бактерии.[9] в актиномицет Frankia, гопаноиды в мембранах пузырьки специализированный для азотфиксация вероятно ограничить въезд кислород делая липидный бислой более плотным и компактным.[17] В Брадиризобиум, гопаноиды, химически связанные с липидом А, повышают стабильность и жесткость мембран, повышая устойчивость к стрессу и внутриклеточную выживаемость в Эсхиномена бобовые.[18] в цианобактерии Nostoc punctiforme, большие количества 2-метилхопаноидов локализуются на внешних мембранах структур выживания, называемых акинеты.[19] В другом примере стрессоустойчивости гопаноиды в воздухе гифы (споровые структуры) прокариотических почвенных бактерий Streptomyces Считается, что минимизируют потерю воды через мембрану в воздух.[20]

Биосинтез

Синтез сквалена

Поскольку гопаноиды являются C-терпеноидами, биосинтез начинается с изопентенилпирофосфат (IPP) и диметилаллил пирофосфат (DMAP), которые объединяются в более длинную цепочку изопреноиды.[2] Синтез этих более мелких прекурсоров происходит либо через мевалонатный путь или метилэритритол-4-фосфатный путь в зависимости от вида бактерий, хотя последний, как правило, встречается чаще.[21] DMAP конденсируется с одной молекулой IPP до геранилпирофосфат, который, в свою очередь, конденсируется с другим IPP для создания фарнезилпирофосфат (FPP).[2] Скваленсинтаза, кодируется геном кв., затем катализирует конденсацию двух молекул FPP в прескваленпирофосфат (PSPP) перед окислением НАДФН выпустить сквален.[22] Однако некоторые гопаноидные бактерии не имеют скваленсинтазы и вместо этого используют три фермента HpnC, HpnD и HpnE, которые кодируются в hpn оперон со многими другими генами биосинтеза гопаноидов.[23] В этом альтернативном, но, казалось бы, более распространенном пути синтеза сквалена HpnD высвобождает пирофосфат поскольку он конденсирует две молекулы FPP в PSPP, который HpnC превращает в гидроксисквален, потребляя молекулу воды и высвобождая другой пирофосфат. Затем гидроксисквален восстанавливается до сквалена в реакции дегидратации, опосредованной FAD -зависимый фермент HpnE.[22]

Активный центр сквален-гопенциклазы из Метилококк капсульный взаимодействуя с субстратом, скваленом, показан золотом. Циклаза изображена как мономер.

Циклизация

Альфа-ствольная структура сквален-гопенциклазы из Метилококк капсульный. Альфа-спирали показаны синим цветом, области петель - зеленым, а бета-листы - красным.

Затем сквален-гопенциклаза катализирует сложную реакцию циклизации, вовлекая сквален в энергетически выгодную конформацию «все кресло» перед созданием 5 циклов, 6 ковалентных связей и 9 хиральных центров в молекуле за одну стадию.[24][25] Этот фермент, кодируемый геном shc (также называется hpnF у некоторых бактерий), имеет двойную-образную складку, характерную для биосинтеза терпеноидов.[26] и присутствует в клетке как монотопный гомодимер, что означает, что пары циклазы встроены в плазматическую мембрану, но не покрывают ее.[24][27] В пробирке, этот фермент проявляет беспорядочную субстратную специфичность, а также циклически 2,3-оксидосквален.[28]

Ароматические остатки в активном центре образуют несколько неблагоприятных карбокатионы на субстрате, которые закалены быстрой полициклизацией.[25] На последнем этапе реакции циклизации, после того как электроны, содержащие концевую алкеновую связь на сквалене, атаковали гопенильный карбокатион, чтобы замкнуть кольцо E, карбокатион C-22 может быть погашен механизмами, которые приводят к различным гопаноидным продуктам. Нуклеофильная атака воды даст диплоптерол, в то время как депротонирование на соседнем атоме углерода приведет к образованию одного из нескольких изомеров гопена, часто диплоптена.[4]

Функционализация

После циклизации гопаноиды часто модифицируются ферментами биосинтеза гопаноидов, кодируемыми генами того же оперона, что и shc, hpn.[29] Например, радикальный SAM белок HpnH добавляет аденозин группа к диплоптену, образуя удлиненный гопаноид C35 аденозилгопан, который затем может быть дополнительно функционализирован другими hpn генные продукты.[30] HpnG катализирует удаление аденина из аденозилгопана с образованием рибозилгопана, который реагирует с образованием бактериогопанететрола (BHT) в реакции, опосредованной неизвестным ферментом.[31] Дополнительные модификации могут происходить, когда HpnO аминирует концевой гидроксил на BHT, продуцируя аминобактериогопанетриол, или как гликозилтрансфераза HpnI превращает BHT в N-ацетилглюкозаминил-BHT.[32] Последовательно белок HpnK, связанный с биосинтезом гопаноидов, опосредует деацетилирование глюкозаминил-BHT, из которого радикальный белок SAM HpnJ генерирует простой циклитоловый эфир.[32]

Важно отметить, что гопаноиды C30 и C35 могут быть метилированы в положениях C-2 и C-3 радикалом SAM. метилтрансферазы HpnP и HpnR соответственно.[33][34] Эти два метилирования особенно геостабильны по сравнению с модификациями боковых цепей и занимают геобиологов на протяжении десятилетий.[9]

В биосинтетическом пути, характерном только для некоторых бактерий, фермент тетрагиманолсинтаза катализирует превращение гопаноидного диплоптена в пентациклический тритерпеноид. тетрагиманол. У эукариот вроде Тетрахимена тетрагиманол вместо этого синтезируется непосредственно из сквалена циклазой, не имеющей гомологии с бактериальной тетрагиманолсинтазой.[35]

В палеобиологии

Гопаноиды считаются наиболее распространенным естественным продуктом на Земле, оставаясь в органической фракции всех отложений, независимо от возраста, происхождения или природы.[36] Биомолекулы, такие как ДНК и белки, разлагаются во время диагенез, но полициклические липиды сохраняются в окружающей среде в течение геологического времени из-за их слитых стабильных структур.[37] Хотя гопаноиды и стеролы редуцируются до гопанов и стераны во время осаждения эти диагенетические продукты все еще могут быть полезными биомаркерами или молекулярными окаменелостями для изучения совместной эволюции ранней жизни и Земли.[37][38]

2-метилгопаны предположительно из фотосинтетический цианобактерии и стераны сообщили Роджер вызывает и его коллег как молекулярные окаменелости, сохранившиеся в 2.7 Гья сланцы от Пилбара регион в Западной Австралия.[39] Наличие большого количества 2-альфа-метилгопанов, сохранившихся в этих сланцах, было интерпретировано как свидетельство кислородный фотосинтез по крайней мере 2,7 Гя, что неожиданно указывает на разрыв в 400 миллионов лет между развитием оксигенного метаболизма и тем временем, когда атмосфера Земли стала окислительной. Эта интерпретация записи биомаркера была оспорена, когда Геобактер серы Было продемонстрировано, что он синтезирует различные гопанолы, но не 2-метил-гопанолы, при выращивании в строго анаэробных условиях.[8] Целостность 2-метилгопанов как биомаркеров кислородного фотосинтеза затем была ослаблена свидетельствами того, что фототроф Rhodopseudomonas palustris производит 2-метил-BHP только в бескислородных условиях.[40] Конкретные доказательства были получены из исследований, показывающих, что не все цианобактерии вырабатывают гопаноиды и что гены, кодирующие метилтрансферазу HpnP, присутствуют в нефотосинтетических тканях. альфапротеобактерии и ацидобактерии.[33][41]

Результаты биомаркеров в Пилбара-Кратон Позднее сланцы были полностью отвергнуты во время более поздних оценок летописи ископаемых тритерпеноидов.[42] В настоящее время самые старые обнаруженные окаменелости тритерпеноидов - это Мезопротерозойский окенаны, стераны и метилгопаны из бассейна 1,64 Гя в Австралии.[43] Однако, молекулярные часы По оценкам анализов, самые ранние стеролы, вероятно, производились около 2,3 Гя, примерно в то же время, что и Великое окислительное событие, причем синтез гопаноидов возник еще раньше.[44]

По нескольким причинам гопаноиды и сквален-гопенциклазы считаются более древними, чем стеролы и оксидоскваленциклазы. Во-первых, диплоптерол синтезируется, когда вода гасит карбокатион C-22, образующийся во время полициклизации. Это указывает на то, что гопаноиды могут быть получены без молекулярного кислорода и могли служить заменителем стерола до того, как в атмосфере накопился кислород, который вступает в реакцию со скваленом в реакции, катализируемой скваленмонооксигеназа во время биосинтеза стеролов.[1] Кроме того, сквален связывается со сквален-гопенциклазами в низкоэнергетической конформации «все кресло», в то время как оксидосквален циклизуется в более напряженной конформации «кресло-лодка-кресло-лодка».[4][45] Сквален-гопенциклазы также демонстрируют большую неразборчивость субстратов, поскольку они циклизуют оксидосквален. in vitro, что побудило некоторых ученых выдвинуть гипотезу, что они являются эволюционными предшественниками оксидоскваленциклаз.[45] Другие ученые предположили, что сквален-гопен и оксидоскваленциклазы произошли от общего предка - предполагаемой бактериальной циклазы, которая могла бы образовать трициклическую малабариканоид или тетрациклический даммариноид товар.[1][46]

Промышленное значение

Элегантный механизм протоназной активности сквален-гопенциклазы был оценен и адаптирован инженерами-химиками из Штутгартского университета, Германия. Активная инженерия сайта привела к потере способности фермента образовывать гопаноиды, но позволила Кислота Бренстеда катализ для стереоселективный циклизация монотерпеноиды гераниол, эпоксигераниол и цитронеллаль.[47]

Актуальность для сельского хозяйства

Применение гопаноидов и азотфиксаторов, продуцирующих гопаноиды, в почву было предложено и запатентовано как метод биоудобрения, повышающий экологическую устойчивость ассоциированных с растениями микробных симбионтов, включая азотфиксирующие бактерии, которые необходимы для преобразования атмосферного азота в растворимые формы, доступные для сельскохозяйственных культур. .[48]

Медицинское значение

Во время более поздних исследований взаимодействия диплоптерола и липида А в Methylobacterium extorquens, мультилекарственный транспорт оказался гопаноидозависимым процессом. Мутанты сквален-гопенциклазы, происходящие от дикого типа, способные к оттоку нескольких лекарственных препаратов, механизму устойчивости к лекарственным средствам, опосредованному интегральными транспортными белками, утратили способность выполнять как перенос нескольких лекарственных средств, так и синтез гопаноидов.[12] Исследователи указывают, что это может быть связано с прямой регуляцией транспортных белков гопаноидами или косвенно путем изменения порядка мембран, которое нарушает транспортную систему.[12]

использованная литература

  1. ^ а б c Веландер П.В. (август 2019 г.). «Расшифровка истории эволюции микробных циклических тритерпеноидов». Свободная радикальная биология и медицина. Ранняя жизнь на Земле и окислительный стресс. 140: 270–278. Дои:10.1016 / j.freeradbiomed.2019.05.002. PMID  31071437.
  2. ^ а б c Sohlenkamp C, Гейгер O (январь 2016 г.). «Липиды бактериальных мембран: разнообразие структур и путей». Обзор микробиологии FEMS. 40 (1): 133–59. Дои:10.1093 / femsre / fuv008. PMID  25862689.
  3. ^ Миллс Дж. С., Вернер А. Э. (1 января 1955). «Химия даммаровой смолы». Журнал химического общества (возобновлено): 3132–3140. Дои:10.1039 / JR9550003132. ISSN  0368-1769.
  4. ^ а б c d Фолькман JK (2005-02-01). «Стерины и другие тритерпеноиды: специфичность источника и эволюция биосинтетических путей». Органическая геохимия. 36 (2): 139–159. Дои:10.1016 / j.orggeochem.2004.06.013.
  5. ^ Хант Дж. М., Филп Р. П., Квенволден К. А. (01.09.2002). «Ранние разработки в геохимии нефти». Органическая геохимия. 33 (9): 1025–1052. Дои:10.1016 / S0146-6380 (02) 00056-6.
  6. ^ Уильям В. Кристи. "Библиотека липидов AOCS. Гопаноиды". Американское общество химиков-нефтяников. Архивировано 5 марта 2016 года. Проверено 17 ноября 2015.
  7. ^ «Гопаноиды - липидная библиотека AOCS». 2016-03-05. Архивировано из оригинал на 2016-03-05. Получено 2020-03-06.
  8. ^ а б Фишер WW, Summons RE, Pearson A (2005). «Целевое геномное обнаружение путей биосинтеза: анаэробное производство гопаноидных биомаркеров обычным осадочным микробом». Геобиология. 3 (1): 33–40. Дои:10.1111 / j.1472-4669.2005.00041.x.
  9. ^ а б c d Белин Б.Дж., Бассе Н., Жиро Э., Молинаро А., Силипо А., Ньюман Д.К. (май 2018 г.). «Гопаноидные липиды: от мембран до взаимодействия растений и бактерий». Обзоры природы. Микробиология. 16 (5): 304–315. Дои:10.1038 / nrmicro.2017.173. ЧВК  6087623. PMID  29456243.
  10. ^ а б c Саенс Дж. П., Сезгин Э., Швилле П., Симонс К. (август 2012 г.). «Функциональная конвергенция гопаноидов и стеролов в мембранном упорядочивании». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 109 (35): 14236–40. Bibcode:2012PNAS..10914236S. Дои:10.1073 / pnas.1212141109. ЧВК  3435179. PMID  22893685.
  11. ^ Wu CH, Bialecka-Fornal M, Newman DK (январь 2015 г.). Кларди Дж (ред.). «Метилирование в положении C-2 гопаноидов увеличивает жесткость нативных бактериальных мембран». eLife. 4: e05663. Дои:10.7554 / eLife.05663. ЧВК  4337730. PMID  25599566.
  12. ^ а б c Саенс Дж. П., Гроссер Д., Брэдли А.С., Лагни Т.Дж., Лавриненко О., Брода М., Саймонс К. (сентябрь 2015 г.). «Гопаноиды как функциональные аналоги холестерина в бактериальных мембранах». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 112 (38): 11971–6. Bibcode:2015ПНАС..11211971С. Дои:10.1073 / pnas.1515607112. ЧВК  4586864. PMID  26351677.
  13. ^ Типпельт А., Янке Л., Поралла К. (март 1998 г.). «Сквален-гопенциклаза из Methylococcus capsulatus (Bath): бактерия, продуцирующая гопаноиды и стероиды». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - липиды и липидный метаболизм. 1391 (2): 223–32. Дои:10.1016 / S0005-2760 (97) 00212-9. PMID  9555026.
  14. ^ Погер Д., Марк А.Е. (декабрь 2013 г.). «Относительный эффект стеролов и гопаноидов на липидные бислои: когда сопоставимы, не идентичны». Журнал физической химии B. 117 (50): 16129–40. Дои:10.1021 / jp409748d. PMID  24299489.
  15. ^ Шмерк К.Л., Бернардс М.А., Вальвано М.А. (декабрь 2011 г.). «Продукция гопаноидов необходима для устойчивости к низким pH, устойчивости к противомикробным препаратам и подвижности Burkholderia cenocepacia». Журнал бактериологии. 193 (23): 6712–23. Дои:10.1128 / JB.05979-11. ЧВК  3232912. PMID  21965564.
  16. ^ Веландер П.В., Хантер Р.С., Чжан Л., Сессионс А.Л., Summons RE, Ньюман, Д.К. (октябрь 2009 г.). «Гопаноиды играют роль в целостности мембран и гомеостазе pH в TIE-1 Rhodopseudomonas palustris». Журнал бактериологии. 191 (19): 6145–56. Дои:10.1128 / JB.00460-09. ЧВК  2747905. PMID  19592593.
  17. ^ Берри А.М., Харриотт О.Т., Моро Р.А., Осман С.Ф., Бенсон Д.Р., Джонс А.Д. (июль 1993 г.). «Гопаноидные липиды составляют оболочку пузырьков Frankia, предполагаемый барьер диффузии кислорода для нитрогеназы». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 90 (13): 6091–4. Bibcode:1993ПНАС ... 90.6091Б. Дои:10.1073 / пнас.90.13.6091. ЧВК  46873. PMID  11607408.
  18. ^ Silipo A, Vitiello G, Gully D, Sturiale L, Chaintreuil C, Fardoux J и др. (Октябрь 2014 г.). «Ковалентно связанный гопаноид-липид А улучшает сопротивление внешней мембраны симбионта бобовых Bradyrhizobium». Nature Communications. 5 (1): 5106. Bibcode:2014НатКо ... 5.5106S. Дои:10.1038 / ncomms6106. PMID  25355435.
  19. ^ Даути DM, Hunter RC, Summons RE, Newman DK (декабрь 2009 г.). «2-Метилгопаноиды максимально продуцируются в акинетах Nostoc punctiforme: геобиологические последствия». Геобиология. 7 (5): 524–32. Дои:10.1111 / j.1472-4669.2009.00217.x. ЧВК  2860729. PMID  19811542.
  20. ^ Поралла К., Мут Г., Хертнер Т. (август 2000 г.). «Гопаноиды образуются при переходе от субстрата к воздушным гифам у Streptomyces coelicolor A3 (2)». Письма о микробиологии FEMS. 189 (1): 93–5. Дои:10.1111 / j.1574-6968.2000.tb09212.x. PMID  10913872.
  21. ^ Перес-Хиль Дж., Родригес-Консепсьон М. (май 2013 г.). «Метаболическая пластичность для биосинтеза изопреноидов у бактерий». Биохимический журнал. 452 (1): 19–25. Дои:10.1042 / BJ20121899. PMID  23614721.
  22. ^ а б Пан Дж. Дж., Сольбиати Дж. О., Рамамурти Дж., Хиллерих Б. С., Зайдель Р. Д., Кронан Дж. Э. и др. (2015-05-27). «Биосинтез сквалена из фарнезилдифосфата в бактериях: три стадии, катализируемые тремя ферментами». ACS Central Science. 1 (2): 77–82. Дои:10.1021 / acscentsci.5b00115. ЧВК  4527182. PMID  26258173.
  23. ^ ван дер Донк WA (май 2015 г.). «Бактерии делают это по-другому: альтернативный путь к сквалену». ACS Central Science. 1 (2): 64–5. Дои:10.1021 / acscentsci.5b00142. ЧВК  4827487. PMID  27162951.
  24. ^ а б Зиденбург Г., Ендроссек Д. (июнь 2011 г.). «Сквален-гопенциклазы». Прикладная и экологическая микробиология. 77 (12): 3905–15. Дои:10.1128 / AEM.00300-11. ЧВК  3131620. PMID  21531832.
  25. ^ а б Хосино Т., Сато Т. (февраль 2002 г.). «Сквален-гопенциклаза: каталитический механизм и распознавание субстрата». Химические коммуникации (4): 291–301. Дои:10.1039 / B108995C. PMID  12120044.
  26. ^ Syrén PO, Henche S, Eichler A, Nestl BM, Hauer B (декабрь 2016 г.). «Сквален-гопенциклазы - эволюция, динамика и каталитические возможности». Текущее мнение в структурной биологии. Мультибелковые сборки в передаче сигналов • Катализ и регуляция. 41: 73–82. Дои:10.1016 / j.sbi.2016.05.019. PMID  27336183.
  27. ^ Данг Т., Прествич Г.Д. (август 2000 г.). «Сайт-направленный мутагенез сквален-гопенциклазы: измененная специфичность субстрата и распределение продукта». Химия и биология. 7 (8): 643–9. Дои:10.1016 / S1074-5521 (00) 00003-X. PMID  11048954.
  28. ^ Rohmer M, Anding C, Ourisson G (декабрь 1980 г.). «Неспецифический биосинтез тритерпенов гопана бесклеточной системой из Acetobacter pasteurianum». Европейский журнал биохимии. 112 (3): 541–7. Дои:10.1111 / j.1432-1033.1980.tb06117.x. PMID  7460938.
  29. ^ Перцль М., Райпен И.Г., Шмитц С., Поралла К., Сам Х., Шпренгер Г.А., Канненберг Е.Л. (июль 1998 г.). «Клонирование консервативных генов Zymomonas mobilis и Bradyrhizobium japonicum, которые участвуют в биосинтезе гопаноидных липидов». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - липиды и липидный метаболизм. 1393 (1): 108–18. Дои:10.1016 / S0005-2760 (98) 00064-2. PMID  9714766.
  30. ^ Брэдли А.С., Пирсон А., Саенс Дж. П., Маркс С.Дж. (01.10.2010). «Аденозилгопан: первый промежуточный продукт в биосинтезе боковой цепи гопаноидов». Органическая геохимия. 41 (10): 1075–1081. Дои:10.1016 / j.orggeochem.2010.07.003.
  31. ^ Лю В., Сакр Э., Шеффер П., Талбот Х.М., Дониси Дж., Хертнер Т. и др. (Сентябрь 2014 г.). «Рибозилгопан, новый бактериальный гопаноид, как предшественник бактериогопанеполиолов C35 в Streptomyces coelicolor A3 (2)». ChemBioChem. 15 (14): 2156–61. Дои:10.1002 / cbic.201402261. ЧВК  4245026. PMID  25155017.
  32. ^ а б Schmerk CL, Welander PV, Hamad MA, Bain KL, Bernards MA, Summons RE, Valvano MA (март 2015 г.). «Выяснение пути биосинтеза гопаноидов Burkholderia cenocepacia раскрывает функции консервативных белков в бактериях, продуцирующих гопаноиды» (PDF). Экологическая микробиология. 17 (3): 735–50. Дои:10.1111/1462-2920.12509. PMID  24888970.
  33. ^ а б Веландер П.В., Коулман М.Л., Сессии А.Л., Summons RE, Ньюман Д.К. (май 2010 г.). «Идентификация метилазы, необходимой для производства 2-метилгопаноидов, и значение для интерпретации осадочных гопанов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 107 (19): 8537–42. Bibcode:2010PNAS..107.8537W. Дои:10.1073 / pnas.0912949107. ЧВК  2889317. PMID  20421508.
  34. ^ Веландер П.В., Summons RE (август 2012 г.). «Открытие, таксономическое распределение и фенотипическая характеристика гена, необходимого для производства 3-метилгопаноидов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 109 (32): 12905–10. Bibcode:2012PNAS..10912905W. Дои:10.1073 / pnas.1208255109. ЧВК  3420191. PMID  22826256.
  35. ^ Банта А.Б., Вэй Дж. Х., Веландер П. В. (ноябрь 2015 г.). «Отличный путь синтеза тетрагиманола в бактериях». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 112 (44): 13478–83. Bibcode:2015ПНАС..11213478Б. Дои:10.1073 / pnas.1511482112. ЧВК  4640766. PMID  26483502.
  36. ^ Уриссон Г., Альбрехт П. (сентябрь 1992 г.). «Гопаноиды. 1. Геохопаноиды: самые распространенные природные продукты на Земле?». Отчеты о химических исследованиях. 25 (9): 398–402. Дои:10.1021 / ar00021a003.
  37. ^ а б Вызывает RE, Lincoln SA (30 марта 2012 г.). «Биомаркеры: информационные молекулы для исследований в геобиологии». Основы геобиологии. John Wiley & Sons, Ltd., стр. 269–296. Дои:10.1002 / 9781118280874.ch15. ISBN  978-1-118-28087-4.
  38. ^ Knoll AH (2003). Жизнь на молодой планете: первые три миллиарда лет эволюции на Земле. Принстон, Нью-Джерси: Издательство Принстонского университета. ISBN  0-691-00978-3. OCLC  50604948.
  39. ^ Brocks JJ, Logan GA, Buick R, Summons RE (август 1999 г.). «Архейские молекулярные окаменелости и ранний рост эукариот». Наука. 285 (5430): 1033–6. Дои:10.1126 / science.285.5430.1033. PMID  10446042.
  40. ^ Rashby SE, Sessions AL, Summons RE, Newman DK (сентябрь 2007 г.). «Биосинтез 2-метилбактериогопанеполиолов аноксигенным фототрофом». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 104 (38): 15099–104. Bibcode:2007PNAS..10415099R. Дои:10.1073 / pnas.0704912104. ЧВК  1986619. PMID  17848515.
  41. ^ Talbot HM, Summons RE, Jahnke LL, Cockell CS, Rohmer M, Farrimond P (1 февраля 2008 г.). «Сигнатуры цианобактерий бактериогопанеполиолов из культур и природных условий окружающей среды». Органическая геохимия. 39 (2): 232–263. Дои:10.1016 / j.orggeochem.2007.08.006.
  42. ^ French KL, Hallmann C, Hope JM, Schoon PL, Zumberge JA, Hoshino Y и др. (Май 2015 г.). «Переоценка углеводородных биомаркеров в архейских породах». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 112 (19): 5915–20. Bibcode:2015ПНАС..112.5915F. Дои:10.1073 / pnas.1419563112. ЧВК  4434754. PMID  25918387.
  43. ^ Brocks JJ, Love GD, Summons RE, Knoll AH, Logan GA, Bowden SA (октябрь 2005 г.). «Биомаркеры зеленых и пурпурных серных бактерий в стратифицированном палеопротерозойском море». Природа. 437 (7060): 866–70. Bibcode:2005Натура.437..866Б. Дои:10.1038 / природа04068. PMID  16208367. S2CID  4427285.
  44. ^ Gold DA, Caron A, Fournier GP, Summons RE (март 2017 г.). «Палеопротерозойский биосинтез стеролов и повышение уровня кислорода». Природа. 543 (7645): 420–423. Bibcode:2017Натура.543..420Г. Дои:10.1038 / природа21412. PMID  28264195. S2CID  205254122.
  45. ^ а б Уриссон Г., Альбрехт П., Ромер М. (1 июля 1982 г.). «Прогнозирующая микробная биохимия - от молекулярных окаменелостей до прокариотических мембран». Тенденции в биохимических науках. 7 (7): 236–239. Дои:10.1016/0968-0004(82)90028-7. ISSN  0968-0004.
  46. ^ Фишер В.В., Пирсон А. (2007). «Гипотезы происхождения и ранней эволюции тритерпеноидциклаз». Геобиология. 5 (1): 19–34. Дои:10.1111 / j.1472-4669.2007.00096.x.
  47. ^ Hammer SC, Марьянович A, Доминикус JM, Nestl BM, Hauer B (февраль 2015 г.). «Скваленгопенциклазы представляют собой протоназы для стереоселективного кислотного катализа Бренстеда». Природа Химическая Биология. 11 (2): 121–6. Дои:10.1038 / nchembio.1719. PMID  25503928.
  48. ^ США 2017107160, Ньюман Д.К., Кулкарни Г., Белин Б.Дж., «Бактерии, продуцирующие гопаноиды, и связанные с ними биоудобрения, композиции, методы и системы», выпущенный 19 октября 2016 г., передан Калифорнийскому технологическому институту.