Радикальный SAM - Википедия - Radical SAM

Radical_SAM
Идентификаторы
СимволRadical_SAM
PfamPF04055
ИнтерПроIPR007197
SCOP2102114 / Объем / СУПФАМ

Радикальный SAM это обозначение суперсемейства ферментов, использующих [4Fe-4S]+ кластер редуктивно расщеплять S-аденозил-L-метионин (SAM) для создания радикальный, обычно 5'-дезоксиаденозильный радикал, как критическое промежуточное звено.[1][2] Эти ферменты используют этот мощный радикальный промежуточный продукт для выполнения ряда необычных (с точки зрения органической химии) превращений, часто для функционализации неактивированных связей C-H. Радикальные ферменты SAM участвуют в кофактор биосинтез, активация ферментов, пептид модификация посттранскрипционный и посттрансляционные модификации, металлопротеин кластерное образование, тРНК модификации, метаболизма липидов, биосинтеза антибиотиков и натуральных продуктов и т. д. Подавляющее большинство известных радикальных ферментов SAM относятся к радикальное суперсемейство SAM,[3][4] и иметь цистеин -богатый мотив, соответствующий или похожий на CxxxCxxC.

История и механизм

По состоянию на 2001 год было идентифицировано 645 уникальных радикальных ферментов SAM у 126 видов во всех трех сферах жизни.[5] Согласно базам данных EFI и SFLD, более 220 000 радикальных ферментов SAM предположительно участвуют в 85 типах биохимических превращений.[6]

Механизм этих реакций включает перенос метильной или аденозильной группы с серы на железо. Результирующий железоорганический комплекс впоследствии высвобождает органический радикал. Последний шаг напоминает поведение аденозила и метилкобаламины.[7]

Номенклатура

Все ферменты, включая радикальное суперсемейство SAM, следуют простому руководству по систематическому наименованию. Систематическое присвоение имен ферментам позволяет использовать единый процесс наименования, признанный всеми учеными, для понимания соответствующей функции. Первое слово в названии фермента часто показывает субстрат фермента. Положение реакции на субстрате также будет в начале названия. Наконец, класс фермента будет описан в другой половине названия, которое будет заканчиваться суффиксом -ase. Класс фермента будет описывать, что фермент делает или меняет на субстрате. Например, лигаза объединяет две молекулы, чтобы образовать новую связь.[8]

Наложение трех радикальных основных доменов SAM. Вид сбоку радикальных ферментов SAM BioB (PDB: 1R30 ), МоаА (PDB: 1TV8 ) и phTYW1 (PDB: 2YX0 ) показаны спереди и сзади. Эта сердцевинная складка состоит из шести мотивов β / α, расположенных аналогично ТИМ ствол и отвечает за радикальное поколение.[9] β-листы окрашены в желтый цвет, а α-спирали - в голубой.

Классификация реакций

Репрезентативные / прототипные ферменты будут указаны только для каждой схемы реакции. Аудитория очень поощряется к дальнейшему изучению текущих исследований радикальных ферментов SAM. Многие из них вызывают увлекательные, но важные реакции.

Радикальные ферменты SAM и их механизмы, известные до 2008 г., хорошо описаны Фреем. и другие, 2008 ([1] ). С 2015 года для общественности открыты новые обзорные статьи о радикальных ферментах SAM. Ниже приведены лишь некоторые из множества информационных ресурсов по радикальным ферментам SAM.

  1. Последние достижения в радикальной энзимологии SAM: новые структуры и механизмы: [2]
  2. Радикальные ферменты S-аденозилметионина: [3]
  3. Радикальные ферменты S-аденозилметионина (SAM) в биосинтезе кофакторов: сокровищница сложных реакций органической радикальной перегруппировки: [4]
  4. Молекулярная архитектура и функции радикальных ферментов и их (ре) активирующих белков: [5]

Метилирование углерода

Радикальный SAM метилазы / метилтрансферазы являются одной из крупнейших, но разнообразных подгрупп и способны метилировать широкий спектр инертных углеродных и фосфорных центров. Эти ферменты делятся на четыре класса (класс A, B, C и D) с характерными механизмами метилирования. Общей характеристикой трех основных классов A, B и C является использование SAM, разделенного на две различные роли: одна как источник донора метильной группы, а вторая как источник радикала 5'-dAdo.[10][11] Недавно задокументированный класс D использует другой механизм метилирования.

Подсемейство класса А

  • Специфические для метилирования ферментов класса А аденозин остатки на рРНК и / или тРНК.[12][13] Другими словами, это радикальные ферменты SAM, модифицирующие основание РНК.
  • Наиболее механически хорошо охарактеризованы ферменты RlmN и Cfr. Оба фермента метилируют субстрат путем добавления метиленового фрагмента, происходящего из молекулы SAM.[10][14] Следовательно, RlmN и Cfr считаются метилсинтазами, а не метилтрансферазами.

Подсемейство класса B

  • Ферменты класса B - самые большие и самые универсальные, которые могут метилировать широкий спектр углеродных и фосфорных центров.[13]
  • Эти ферменты требуют кобаламина (витамин B12 ) кофактор в качестве промежуточного носителя метильной группы для переноса метильной группы от SAM к субстрату.[12]
  • Одним из хорошо изученных репрезентативных ферментов является TsrM, который участвует в триптофан метилирование в тиострептон биосинтез.[10]

Подсемейство класса C

  • Сообщается, что ферменты класса C играют роль в биосинтезе сложных природных продуктов и вторичных метаболитов. Эти ферменты метилируют гетероароматические субстраты. [12][13] и не зависят от кобаламина.[15]
  • Эти ферменты содержат как радикальный мотив SAM, так и демонстрируют поразительное сходство последовательностей с копропоририноген III оксидаза (HemN), радикальный фермент SAM, участвующий в биосинтезе гема. [10][13]
  • Недавно были опубликованы подробные исследования механизмов двух важных радикальных метилаз SAM класса C:
    1. TbtI участвует в биосинтезе мощных тиопептидный антибиотик тиомурацин.[16]
    2. Предполагается, что Jaw5 будет отвечать за циклопропан модификации.[17]

Подсемейство класса D

  • Класс D был обнаружен совсем недавно, и было показано, что он не использует SAM для метилирования, что отличается от трех классов, описанных выше.[11] Вместо этого эти ферменты используют метилентетрагидрофолат в качестве донора метила.
  • Предполагается, что прототип MJ0619 играет роль в биосинтезе кофактора метаноптерина, который необходим в метаногезе, важном пути продуцирования метана, который доминирует в архейском домене.[13][11]

Метилтиолирование тРНК

Метитиотрансферазы принадлежат к подгруппе радикальных ферментов SAM, которые содержат два [4Fe-4S]+ кластеры и один коренной домен SAM. Метилтиотрансферазы играют важную роль в катализе метилтиолирования нуклеотидов тРНК или антикодоны через окислительно-восстановительный механизм. Тиоляция Считается, что модификация поддерживает эффективность и точность перевода.[18][19][20][21]

MiaB и RimO являются хорошо изученными и бактериальными прототипами метилтиотрансфераз, модифицирующих тРНК.

  • MiaB вводит метилтиогруппу в изопентенилированные производные A37 в тРНК С. Тифимуриум и Кишечная палочка за счет использования одной молекулы SAM для генерации радикала 5'-dAdo для активации субстрата и второй SAM для передачи субстрату атома серы.[22][23]
  • RimO отвечает за посттрансляционную модификацию Asp88 рибосомного белка S12 в Кишечная палочка.[24][25] Недавно определенная кристаллическая структура проливает свет на механистическое действие RimO. Фермент катализирует образование пентасульфидного мостика, связывающего два кластера Fe-S, чтобы обеспечить возможность внедрения серы в субстрат.[26]

eMtaB - это метилтиотрансфераза в эукариотических и архейных клетках. eMtaB катализирует метилтиолирование тРНК в положении 37 на N6-треонилкарбамоладенозине.[27] Сообщалось, что бактериальный гомолог eMtaB, YqeV, действует аналогично MiaB и RimO.[27]

Включение серы в нереактивные связи C-H

Сульфуртрансферазы представляют собой небольшую группу радикальных ферментов SAM. Двумя хорошо известными примерами являются BioB и LipA, которые независимо несут ответственность за синтез биотина и метаболизм липоевой кислоты соответственно.[28]

  • BioB или биотинсинтаза представляет собой радикальный фермент SAM, который использует один [4Fe-4S] центр для тиолирования детиобитина, тем самым превращая его в биотин или также известный как витамин B7. Витамин B7 является кофактором, используемым в карбоксилирование, декарбоксилирование, и реакции транскарбоксилирования у многих организмов.[28]
  • LipA ​​или липоилсинтаза представляет собой радикальную SAM-серотрансферазу, использующую два кластера [4Fe-4S] для катализирования последней стадии биосинтеза липоевой кислоты.[28]

Карбоновая вставка

Нитрогеназа металлозим, выполняющий важную функцию в биологических азотфиксация реакция. М-кластер ([MoFe7S9C-гомоцитрат]) и P-кластер ([Fe8S7]) представляют собой уникальные металлокластеры, присутствующие в нитрогеназе. На сегодняшний день наиболее изученной нитрогеназой является Mo-нитрогеназа с M-кластером и P-кластером, играющими важную роль в восстановлении субстрата.[29] Активным центром Mo-нитрогеназы является M-кластер, кластер металл-сера, содержащий карбид в своем ядре. В биосинтезе M-кластера было обнаружено, что радикальный SAM-фермент NifB катализирует реакцию вставки углерода, приводящую к образованию без Mo / гомоцитрата предшественника M-кластера.[30]

Анаэробное окислительное декарбоксилирование

  • Один хорошо изученный пример - HemN. Подол или анаэробный копропорфириноген III оксидаза представляет собой радикальный фермент SAM, который катализирует окислительное декарбоксилирование копропорфириногена III до протопоририногена IX, важного промежуточного соединения в биосинтезе гема. Недавно опубликованное исследование показывает доказательства, подтверждающие, что HemN использует две молекулы SAM, чтобы опосредовать радикально-опосредованный перенос водорода для последовательного декарбоксилирования двух пропионатных групп копропорфириногена III.[31]
  • Гипертермофильный сульфатредуцирующий архаен Археоглобус фулгидус недавно сообщалось, что он обеспечивает анаэробное окисление длинноцепочечных п-алканы.[32] Сообщается, что PflD отвечает за пропускную способность A. fulgidus для роста на широком диапазоне ненасыщенных углеродов и жирных кислот. Подробная биохимическая и механистическая характеристика PflD все еще проводится, но предварительные данные предполагают, что PflD может быть радикальным ферментом SAM.

Образование белковых радикалов

Ферменты, активирующие глицильные радикалы (GRE-AE), представляют собой радикальную подгруппу SAM, которая может содержать стабильный и каталитически важный глицильный радикал в их активном состоянии. Химия, лежащая в основе, считается самой простой в радикальном суперсемействе SAM с отрывом H-атома радикалом 5'-dAdo, являющимся продуктом реакции.[1] Вот несколько примеров:

  • Фермент, активирующий пируватформиат-лиазу (PFL-AE), катализирует активацию PFL, центрального фермента в анаэробном метаболизме глюкозы у микробов.[1]
  • Бензилсукцинатсинтаза (BSS) - центральный фермент анаэробной толуол катаболизм.[1]

Модификации пептидов

Радикальные ферменты SAM, которые могут катализировать сшитые пептиды сера-альфа-углерод или сера-бета-тиоэфир (сактипептиды и лантипептиды, соответственно), важны для генерации основного класса пептидов со значительными антибактериальными, спермицидными и гемолитическими свойствами.[33] Другое распространенное название этого класса пептидов - синтезированные рибосомами и посттрансляционно модифицированные пептиды (РиПП).[6][34]

Другой важной подгруппой пептид-модифицирующих радикальных ферментов SAM являются ферменты, несущие домен SPASM / Twitch. Ферменты SPASM / Twitch несут функционализированное С-концевое удлинение для связывания двух кластеров [4Fe-4S], что особенно важно для посттрансляционных модификаций пептидов.[35][36][37]

Следующие ниже примеры представляют собой репрезентативные ферменты, которые могут катализировать модификации пептидов для образования определенных природных продуктов или кофакторов.

  1. ЦрМ в тиострептон биосинтез[15]
  2. PoyD и PoyC в биосинтезе политеонамида[15]
  3. TbtI в биосинтезе тиомурацина[15]
  4. № в носигептид биосинтез[38]
  5. МоаА в молибдоптерин биосинтез[38][39]
  6. PqqE в пирролохинолинхинон биосинтез[38]
  7. TunB в туникамицин биосинтез[38]
  8. OxsB в биосинтезе оксетаноцина[38]
  9. БЧЭ в анаэробном бактериохлорофилл биосинтез[38]
  10. F0-синтазы в биосинтезе кофактора F420[38]
  11. MqnE и MqnC в менахинон биосинтез[38][39]
  12. QhpD в посттрансляционном процессинге хиногемопротеинаминдегидрогеназы[40]

Эпимеризация

Радикальный SAM эпимеразы несут ответственность за региоселективный представление о D-аминокислоты в РиПП. Два хорошо известных фермента были подробно описаны в путях биосинтеза RiPP.

  • PoyD устанавливает многочисленные D-стереоцентры в фермент PoyA, чтобы в конечном итоге облегчить биосинтез политеонамида.[15] Политеоамид - природный мощный цитотоксический агент, образующий поры в мембранах.[41] Этот пептидный цитотоксин в природе вырабатывается некультивируемыми бактериями, которые существуют в виде симбионтов в морской губке.[42]
  • Эпимераза YydG модифицирует два положения аминокислот на YydF в грамположительных Bacillus subtilis.[15] В недавнем исследовании сообщалось, что добавленный извне YydF опосредует последующее рассеяние мембранного потенциала через мембранную проницаемость, что приводит к гибели организма.[43]

Сложные перестройки углеродного скелета

Другое подмножество радикального суперсемейства SAM, как было показано, катализирует перестройки углеродного скелета, особенно в областях репарации ДНК и биосинтеза кофакторов.

  • ДНК лизаза фотопродукта спор (SPL) - радикальный SAM, способный восстанавливать ДНК. димеры тимина (продукт спор, SP), вызванный УФ-излучением. Несмотря на то, что остается неизвестным и противоречивым, связанным с реакцией, катализируемой SPL, несомненно, что SPL использует SAM в качестве кофактора для генерации радикала 5'-dAdo для превращения SP в два остатка тимина.[18][44]
  • HydG - радикальный SAM, ответственный за генерацию CO и CN− лиганды в [Fe-Fe] -гидрогеназе (HydA) у различных анаэробных бактерий.[18]
  • Радикальные SAM MoaA и MoaC участвуют в превращении GTP в циклический пираноптеринмонофосфат (cPMP). В целом, оба играют важную роль в молибдоптерин биосинтез.[18]

Другие реакции

  • В недавнем исследовании сообщалось о новом радикальном ферменте SAM с внутренней лиазной активностью, который способен катализировать реакцию переноса лизина, генерируя специфичные для архей архаозинсодержащие тРНК.[45]
  • Виперин является интерферон-стимулированный радикальный фермент SAM, который превращает CTP в ddhCTP (3ʹ-дезокси-3 ', 4ʹдидегидро-CTP), который является терминатором цепи для вирусного RdRps и, следовательно, природное противовирусное соединение.[46]

Клинические соображения

  • Было показано, что дефицит тРНК метилтиотрансферазы человека eMtaB ответственен за аномальный синтез инсулина и предрасположенность к диабет 2 типа.[47]
  • Сообщалось, что мутации в человеческой GTP-циклазе MoaA приводят к дефициту кофактора молибдена, обычно смертельному заболеванию, сопровождающемуся тяжелыми неврологическими симптомами.[48]
  • Мутации у человека вибутозин -тРНК, модифицирующий фермент Tyw1, способствует ретровирус инфекционное заболевание.[49]
  • Изменения в человеческом ферменте, модифицирующем тРНК, Elp3 приводят к прогрессированию в боковой амиотрофический склероз (БАС).[49]
  • Было показано, что мутации в человеческом антивирусном RSAD1 связаны с врожденным пороком сердца.[49]
  • Мутации в человеческой серотрансферазе LipA участвуют в глициновая энцефалопатия, пируватдегидрогеназа и дефицит синтетазы липоевой кислоты.[49]
  • Мутации в метилтиотрансферазе MiaB человека связаны с нарушением сердечной и дыхательной функций.[49]

Терапевтические приложения

Микробы широко использовались для открытия новых антибиотиков. Однако в последние несколько десятилетий растет беспокойство общественности по поводу патогенов с множественной лекарственной устойчивостью. Таким образом, крайне востребованы недавно разработанные или новые антибиотики. Синтезированные рибосомами и посттрансляционно модифицированные пептиды (RiPP) привлекают все больше внимания как новая и основная группа антибиотиков благодаря очень узкому спектру активности, который может принести пользу пациентам, поскольку их побочные эффекты будут меньше, чем у широкого спектра антибиотики.[50][51] Ниже приведены несколько примеров радикальных ферментов SAM, которые оказались многообещающими мишенями для разработки антибиотиков и противовирусных препаратов.

  • Сообщается, что ингибирование радикального SAM-фермента MnqE в биосинтезе менаохинона является эффективной антибактериальной стратегией против ЧАС. пилори.[52]
  • Радикальный SAM-фермент BlsE недавно был обнаружен как центральный фермент в бластицидин S биосинтетический путь. Бластицидин S производства Streptomyces griseochromogenes проявляет сильную ингибирующую активность против рисового взрыва, вызванного Pyricularia oryzae Кавара. Это соединение специфически ингибирует синтез протеина как у прокариот, так и у эукариот за счет ингибирования образования пептидных связей в рибосомном аппарате.[53]
  • Также недавно сообщалось о новом грибковом радикальном ферменте SAM, который облегчает биокаталитические пути синтеза 3'-дезоксинуклеотидов / нуклеозидов. 3'-дезоксинуклеотиды представляют собой важный класс лекарственных средств, поскольку они мешают метаболизму нуклеотидов, и их включение в ДНК или РНК прекращает деление и репликацию клеток. Эта активность объясняет, почему это соединение является важной группой противовирусных, антибактериальных или противораковых препаратов.[54]

Примеры

Радикальный

Примеры радикальных ферментов SAM, обнаруженных в радикальное суперсемейство SAM включают:

  • AblA - лизин-2,3-аминомутаза (осмолит биосинтез - N-эпсилон-ацетил-бета-лизин)
  • AlbA - субтилозин матураза (пептидная модификация)
  • AtsB - анаэробная сульфатазная активаза (активация фермента)
  • БХЭ - анаэробная оксидативная циклаза протопорфирин-IX магния (кофактор биосинтеза - хлорофилл )
  • BioB - биотинсинтаза (биосинтез кофактора - биотин )
  • BlsE - декарбоксилаза цитозилглюкуроновой кислоты - бластицидин S биосинтез
  • BtrN - оксидоредуктаза пути биосинтеза бутирозина (аминогликозид биосинтез антибиотика)
  • Cfr - 23S рРНК (аденин (2503) -C (8)) - метилтрансфераза - модификация рРНК для устойчивость к антибиотикам
  • CofG - FO-синтаза, субъединица CofG (биосинтез кофактора - F420 )
  • CofH - FO-синтаза, субъединица CofH (биосинтез кофактора - F420)
  • CutD - фермент, активирующий триметиламинлиазу
  • DarE - даробактин созревание
  • DesII - дезаминаза биосинтеза D-дезозамина (модификация сахара для макролид биосинтез антибиотика)
  • EpmB - фактор элонгации Р белка бета-лизилирования (модификация белка)
  • HemN - кислороднезависимая оксидаза копропорфириноген III (биосинтез кофактора - гем )
  • HmdB - белок биосинтеза кофактора гидрогеназы 5,10-метенилтетрагидрометаноптерина HmdB (обратите внимание на необычный мотив CX5CX2C)
  • HpnR - гопаноидная C-3 метилаза (биосинтез липидов - производство 3-метилгопаноидов)
  • HydE - [FeFe] гидрогеназа Н-кластерный радикал SAM maturase (сборка металлокластеров)
  • HydG - [FeFe] гидрогеназа H-кластерный радикал SAM maturase (сборка металлокластеров)
  • LipA ​​- липоилсинтаза (кофактор биосинтеза - липоил)
  • MftC - микофактоцин системная матураза (пептидная модификация / биосинтез кофактора - прогнозируется)
  • MiaB - тРНК метилтиотрансфераза (тРНК модификация)
  • MoaA - GTP 3 ', 8-циклаза (биосинтез кофактора - молибдоптерин )
  • MqnC - дегипоксантин футалозинциклаза (биосинтез кофактора - менахинон через футалозин)
  • MqnE - аминофуталозинсинтаза (биосинтез кофактора - менахинон через футалозин)
  • NifB - кофактор биосинтеза белка NifB (кофактор биосинтеза - кофактор FeMo)
  • NirJ - биосинтез гема d1 радикального белка SAM NirJ (кофактор биосинтеза - гем d1)
  • NosL - комплексная перегруппировка триптофана до 3-метил-2-индоловой кислоты - носигептид биосинтез [55]
  • NrdG - анаэробная рибонуклеозид-трифосфатредуктаза-активаза (активация фермента)
  • PflA - фермент, активирующий пируватформиат-лиазу (активация фермента)
  • PhpK - радикальная SAM P-метилтрансфераза - биосинтез антибиотика
  • PqqE - фермент биосинтеза PQQ (пептидная модификация / биосинтез кофактора - PQQ )
  • PylB - метилорнитинсинтаза, белок биосинтеза пирролизина PylB (биосинтез аминокислот - пирролизин )
  • QhpD (PeaB) - белок созревания хиногемопротеин аминдегидрогеназы (активация фермента)
  • QueE - 7-карбокси-7-дезазагуанин (CDG) синтаза
  • RimO - рибосомный протеин S12 метилтиотрансфераза
  • RlmN - 23S рРНК (аденин (2503) -C (2)) - метилтрансфераза (рРНК модификация)
  • ScfB - матураза SCIFF (модификация пептида за счет образования тиоэфирной поперечной связи) [56]
  • SkfB - фактор, убивающий споруляцию maturase
  • SplB - споровый фотопродукт лиаза (Ремонт ДНК )
  • ThiH - белок биосинтеза тиазола ThiH (кофактор биосинтеза - тиамин )
  • TrnC - биосинтез турицина
  • TrnD - биосинтез турицина
  • ЦрТ - триптофан 2-С-метилтрансфераза (аминокислотная модификация - биосинтез антибиотика)
  • TYW1 - 4-деметилвиозинсинтаза (тРНК модификация)
  • YqeV - тРНК метилтиотрансфераза (тРНК модификация)

Неканонический

Кроме того, было описано несколько неканонических радикальных ферментов SAM. Они не могут быть распознаны Pfam скрытая марковская модель PF04055, но по-прежнему используют три остатка Cys в качестве лигандов для кластера 4Fe4S и производят радикал из S-аденозилметионина. К ним относятся

  • ThiC (PF01964) - белок биосинтеза тиамина ThiC (кофактор биосинтеза - тиамин) (остатки Cys около крайнего С-конца) [57]
  • Dph2 (PF01866) - фермент биосинтеза дифтамида Dph2 (модификация белка - дифтамид в факторе удлинения трансляции 2) (обратите внимание на образование другого радикала, 3-амино-3-карбоксипропильный радикал) [58]
  • PhnJ (PF06007) - белок фосфонатного обмена PhnJ (C-P фосфонат разрыв связи) [59]

Рекомендации

  1. ^ а б c d Бродерик Дж. Б., Даффус Б. Р., Душен К. С., Шепард Е. М. (апрель 2014 г.). «Радикальные S-аденозилметиониновые ферменты». Химические обзоры. 114 (8): 4229–317. Дои:10.1021 / cr4004709. ЧВК  4002137. PMID  24476342.
  2. ^ Холлидей Г.Л., Акива Э., Мэн Э.С., Браун С.Д., Калхун С., Пипер У. и др. (2018). "Атлас радикального суперсемейства SAM: дивергентная эволюция функций с использованием домена Plug and Play". Методы в энзимологии. 606: 1–71. Дои:10.1016 / bs.mie.2018.06.004. ISBN  978-0-12-812794-0. ЧВК  6445391. PMID  30097089.
  3. ^ София Х. Дж., Чен Дж., Хетцлер Б. Г., Рейес-Спиндола Дж. Ф., Миллер Н. Э. (март 2001 г.). «Радикальный SAM, новое суперсемейство белков, связывающее неразрешенные этапы знакомых биосинтетических путей с радикальными механизмами: функциональная характеристика с использованием новых методов анализа и визуализации информации». Исследования нуклеиновых кислот. 29 (5): 1097–106. Дои:10.1093 / nar / 29.5.1097. ЧВК  29726. PMID  11222759.
  4. ^ Фрей PA, Hegeman AD, Ruzicka FJ (2008). "Радикальное суперсемейство SAM". Критические обзоры в биохимии и молекулярной биологии. 43 (1): 63–88. Дои:10.1080/10409230701829169. PMID  18307109. S2CID  86816844.
  5. ^ София Х. Дж., Чен Дж., Хетцлер Б. Г., Рейес-Спиндола Дж. Ф., Миллер Н. Э. (март 2001 г.). «Радикальный SAM, новое суперсемейство белков, связывающее неразрешенные этапы знакомых биосинтетических путей с радикальными механизмами: функциональная характеристика с использованием новых методов анализа и визуализации информации». Исследования нуклеиновых кислот. 29 (5): 1097–106. Дои:10.1093 / nar / 29.5.1097. ЧВК  29726. PMID  11222759.
  6. ^ а б Бенджиа А., Балти С., Берто О. (2017). «Радикальные ферменты SAM в биосинтезе синтезированных рибосомами и посттрансляционно модифицированных пептидов (RiPP)». Границы химии. 5: 87. Дои:10.3389 / fchem.2017.00087. ЧВК  5682303. PMID  29167789.
  7. ^ Бродерик, Уильям Э .; Хоффман, Брайан М .; Бродерик, Джоан Б. (2018). "Механизм инициирования радикалов в суперсемействе радикалов S-аденозил-1-метионина". Отчеты о химических исследованиях. 51 (11): 2611–2619. Дои:10.1021 / acs.accounts.8b00356. ЧВК  6324848. PMID  30346729.
  8. ^ «Классификация ферментов». www.qmul.ac.uk. Получено 2020-03-27.
  9. ^ Вей Дж. Л., Дреннан С. Л. (апрель 2011 г.). «Структурное понимание радикального поколения радикальным суперсемейством SAM». Химические обзоры. 111 (4): 2487–506. Дои:10.1021 / cr9002616. ЧВК  5930932. PMID  21370834.
  10. ^ а б c d Fujimori DG (август 2013 г.). «Радикальные реакции метилирования, опосредованные SAM». Современное мнение в области химической биологии. 17 (4): 597–604. Дои:10.1016 / j.cbpa.2013.05.032. ЧВК  3799849. PMID  23835516.
  11. ^ а б c Аллен К.Д., Сюй Х., Уайт Р.Х. (сентябрь 2014 г.). «Идентификация уникальной радикальной S-аденозилметионинметилазы, которая, вероятно, участвует в биосинтезе метаноптерина у Methanocaldococcus jannaschii». Журнал бактериологии. 196 (18): 3315–23. Дои:10.1128 / jb.01903-14. ЧВК  4135684. PMID  25002541.
  12. ^ а б c Бенитес-Паес А., Вильярроя М., Арменгод МЭ (октябрь 2012 г.). «Метилтрансфераза RlmN Escherichia coli представляет собой фермент с двойной специфичностью, который модифицирует как рРНК, так и тРНК и контролирует точность трансляции». РНК. 18 (10): 1783–95. Дои:10.1261 / rna.033266.112. ЧВК  3446703. PMID  22891362.
  13. ^ а б c d е Bauerle MR, Schwalm EL, Booker SJ (февраль 2015 г.). «Механическое разнообразие радикального S-аденозилметионина (SAM) -зависимого метилирования». Журнал биологической химии. 290 (7): 3995–4002. Дои:10.1074 / jbc.r114.607044. ЧВК  4326810. PMID  25477520.
  14. ^ Ян Ф., Фухимори Д. Г. (март 2011 г.). «Метилирование РНК радикальными ферментами SAM RlmN и Cfr происходит через перенос метилена и гидридный сдвиг». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 108 (10): 3930–4. Bibcode:2011PNAS..108.3930Y. Дои:10.1073 / pnas.1017781108. ЧВК  3054002. PMID  21368151.
  15. ^ а б c d е ж Маханта Н., Хадсон Г.А., Митчелл Д.А. (октябрь 2017 г.). «Радикальные ферменты S-аденозилметионина, участвующие в биосинтезе RiPP». Биохимия. 56 (40): 5229–5244. Дои:10.1021 / acs.biochem.7b00771. ЧВК  5634935. PMID  28895719.
  16. ^ Zhang Z, Mahanta N, Hudson GA, Mitchell DA, van der Donk WA (декабрь 2017 г.). «Механизм радикальной S-аденозил-1-метионин-тиазол-метилтрансферазы класса C». Журнал Американского химического общества. 139 (51): 18623–18631. Дои:10.1021 / jacs.7b10203. ЧВК  5748327. PMID  29190095.
  17. ^ Jin WB, Wu S, Jian XH, Yuan H, Tang GL (июль 2018 г.). «Радикальный фермент S-аденозил-L-метионин и метилтрансфераза катализируют образование циклопропана в биосинтезе природного продукта». Nature Communications. 9 (1): 2771. Bibcode:2018НатКо ... 9.2771J. Дои:10.1038 / s41467-018-05217-1. ЧВК  6050322. PMID  30018376.
  18. ^ а б c d Ван Дж., Уолдринг Р.П., Роман-Мелендес Г.Д., Макклейн А.М., Альзуа Б.Р., Марш EN (сентябрь 2014 г.). «Последние достижения радикальной энзимологии SAM: новые структуры и механизмы». ACS Химическая биология. 9 (9): 1929–38. Дои:10.1021 / cb5004674. ЧВК  4168785. PMID  25009947.
  19. ^ Агрис П.Ф. (1996). «Важность модификации: роль модифицированных нуклеозидов и Mg2 + в структуре и функции РНК». Прогресс в исследованиях нуклеиновых кислот и молекулярной биологии. Эльзевир. 53: 79–129. Дои:10.1016 / s0079-6603 (08) 60143-9. ISBN  978-0-12-540053-4. PMID  8650309.
  20. ^ Урбонавичюс Дж., Цянь К., Дюран Дж. М., Хагерваль Т. Г., Бьорк Г. Р. (сентябрь 2001 г.). «Улучшение поддержания рамки считывания - обычная функция для нескольких модификаций тРНК». Журнал EMBO. 20 (17): 4863–73. Дои:10.1093 / emboj / 20.17.4863. ЧВК  125605. PMID  11532950.
  21. ^ Лейпувиене Р., Цянь К., Бьорк Г.Р. (февраль 2004 г.). «Образование тиолированных нуклеозидов, присутствующих в тРНК из серовара Typhimurium Salmonella enterica, происходит двумя принципиально разными путями». Журнал бактериологии. 186 (3): 758–66. Дои:10.1128 / jb.186.3.758-766.2004. ЧВК  321476. PMID  14729702.
  22. ^ Пьерель Ф., Дуки Т., Фонтекаве М, Атта М (ноябрь 2004 г.). «Белок MiaB представляет собой бифункциональный фермент радикального S-аденозилметионина, участвующий в тиолировании и метилировании тРНК». Журнал биологической химии. 279 (46): 47555–63. Дои:10.1074 / jbc.m408562200. PMID  15339930.
  23. ^ Эсберг Б., Леунг Х.С., Цуй Х.С., Бьорк Г.Р., Винклер М.Э. (декабрь 1999 г.). «Идентификация гена miaB, участвующего в метилтиолировании изопентенилированных производных A37 в тРНК Salmonella typhimurium и Escherichia coli». Журнал бактериологии. 181 (23): 7256–65. Дои:10.1128 / jb.181.23.7256-7265.1999. ЧВК  103688. PMID  10572129.
  24. ^ Ковалак Дж. А., Уолш К. А. (август 1996 г.). «Бета-метилтио-аспарагиновая кислота: идентификация новой посттрансляционной модификации рибосомного белка S12 из Escherichia coli». Белковая наука. 5 (8): 1625–32. Дои:10.1002 / pro.5560050816. ЧВК  2143476. PMID  8844851.
  25. ^ Антон Б. П., Салех Л., Беннер Дж. С., Роли Е. А., Касиф С., Робертс Р. Дж. (Февраль 2008 г.). «RimO, фермент, подобный MiaB, метилтиолатирует универсально консервативный остаток Asp88 рибосомного белка S12 в Escherichia coli». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 105 (6): 1826–31. Bibcode:2008ПНАС..105.1826А. Дои:10.1073 / pnas.0708608105. ЧВК  2538847. PMID  18252828.
  26. ^ Forouhar F, Arragain S, Atta M, Gambarelli S, Mouesca JM, Hussain M и др. (Май 2013). «Два кластера Fe-S катализируют внедрение серы радикальными метилтиотрансферазами SAM». Природа Химическая Биология. 9 (5): 333–8. Дои:10.1038 / nchembio.1229. ЧВК  4118475. PMID  23542644.
  27. ^ а б Arragain S, Handelman SK, Forouhar F, Wei FY, Tomizawa K, Hunt JF и др. (Сентябрь 2010 г.). «Идентификация эукариотической и прокариотической метилтиотрансферазы для биосинтеза 2-метилтио-N6-треонилкарбамоиладенозина в тРНК». Журнал биологической химии. 285 (37): 28425–33. Дои:10.1074 / jbc.m110.106831. ЧВК  2937867. PMID  20584901.
  28. ^ а б c Бродерик Дж. Б., Даффус Б. Р., Душен К. С., Шепард Е. М. (апрель 2014 г.). «Радикальные S-аденозилметиониновые ферменты». Химические обзоры. 114 (8): 4229–317. Дои:10.1021 / cr4004709. PMID  24476342.
  29. ^ Риббе М.В., Ху Й., Ходжсон К.О., Хедман Б. (апрель 2014 г.). «Биосинтез металлокластеров нитрогеназ». Химические обзоры. 114 (8): 4063–80. Дои:10.1021 / cr400463x. ЧВК  3999185. PMID  24328215.
  30. ^ Wiig JA, Hu Y, Chung Lee C, Ribbe MW (сентябрь 2012 г.). «Радикальное SAM-зависимое включение углерода в М-кластер нитрогеназы». Наука. 337 (6102): 1672–5. Bibcode:2012Sci ... 337.1672W. Дои:10.1126 / наука.1224603. ЧВК  3836454. PMID  23019652.
  31. ^ Цзи X, Мо Т., Лю В.К., Дин В., Дэн З., Чжан Ц. (май 2019 г.). "Пересмотр механизма анаэробной оксидазы Coproporphyrinogen III HemN". Angewandte Chemie. 58 (19): 6235–6238. Дои:10.1002 / anie.201814708. PMID  30884058.
  32. ^ Хелифи Н., Амин Али О., Рош П., Гросси В., Брошье-Армане С., Валетт О. и др. (Ноябрь 2014 г.). «Анаэробное окисление длинноцепочечных н-алканов гипертермофильным сульфатредуцирующим археоном, Archaeoglobus fulgidus». Журнал ISME. 8 (11): 2153–66. Дои:10.1038 / ismej.2014.58. ЧВК  4992073. PMID  24763368.
  33. ^ Flühe L, Marahiel MA (август 2013 г.). «Радикальный S-аденозилметиониновый фермент, катализирующий образование тиоэфирной связи в биосинтезе сактипептида». Современное мнение в области химической биологии. 17 (4): 605–12. Дои:10.1016 / j.cbpa.2013.06.031. PMID  23891473.
  34. ^ Дэвис К. М., Шрамма К. Р., Хансен В. А., Бачик Дж. П., Кхаре С. Д., Сейедсаямдост М. Р., Андо Н. (сентябрь 2017 г.). «Структуры пептид-модифицирующего радикального фермента SAM SuiB проливают свет на основы распознавания субстрата». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 114 (39): 10420–10425. Дои:10.1073 / pnas.1703663114. ЧВК  5625900. PMID  28893989.
  35. ^ Haft DH (январь 2011 г.). «Биоинформатические доказательства широко распространенного предшественника электронного носителя, продуцируемого рибосомами, его белков созревания и его никотинопротеиновых редокс-партнеров». BMC Genomics. 12 (1): 21. Дои:10.1186/1471-2164-12-21. ЧВК  3023750. PMID  21223593.
  36. ^ Хафт Д.Х., Басу М.К. (июнь 2011 г.). «Открытие биологических систем in silico: радикальные семейства белков S-аденозилметионина и их целевые пептиды для посттрансляционной модификации». Журнал бактериологии. 193 (11): 2745–55. Дои:10.1128 / jb.00040-11. ЧВК  3133131. PMID  21478363.
  37. ^ Грелль Т.А., Голдман П.Дж., Дреннан С.Л. (февраль 2015 г.). «Спазм и подергивание доменов в радикальных ферментах S-аденозилметионина (SAM)». Журнал биологической химии. 290 (7): 3964–71. Дои:10.1074 / jbc.R114.581249. ЧВК  4326806. PMID  25477505.
  38. ^ а б c d е ж грамм час Ёкояма К., Лилла Е.А. (июль 2018 г.). «C-C связь, образующая радикальные ферменты SAM, участвующие в построении углеродных скелетов кофакторов и природных продуктов». Отчеты о натуральных продуктах. 35 (7): 660–694. Дои:10.1039 / c8np00006a. ЧВК  6051890. PMID  29633774.
  39. ^ а б Мехта А.П., Абдельвахед С.Х., Маханта Н., Федосеенко Д., Филмус Б., Купер Л.Е. и др. (Февраль 2015 г.). «Радикальные S-аденозилметиониновые (SAM) ферменты в биосинтезе кофакторов: кладезь сложных реакций перегруппировки органических радикалов». Журнал биологической химии. 290 (7): 3980–6. Дои:10.1074 / jbc.R114.623793. ЧВК  4326808. PMID  25477515.
  40. ^ Накай Т., Ито Х., Кобаяши К., Такахаши Й., Хори Х., Цубаки М. и др. (Апрель 2015 г.). «Радикальный S-аденозил-L-метиониновый фермент QhpD катализирует последовательное образование внутрибелковых связей серы и метиленового эфира углерода тиоэфира». Журнал биологической химии. 290 (17): 11144–66. Дои:10.1074 / jbc.M115.638320. ЧВК  4409272. PMID  25778402.
  41. ^ Ито Х, Иноуэ М. (январь 2013 г.). «Структурная перестановка мощного цитотоксина, политеонамида B: открытие цитотоксического пептида с измененной активностью». Письма о медицинской химии ACS. 4 (1): 52–6. Дои:10,1021 / мл 300264c. ЧВК  4027433. PMID  24900563.
  42. ^ Фриман М.Ф., Хелф М.Дж., Бхушан А., Моринака Б.И., Пил Дж. (Апрель 2017 г.). «Семь ферментов создают необычайную молекулярную сложность в некультивируемой бактерии». Химия природы. 9 (4): 387–395. Bibcode:2017НатЧ ... 9..387F. Дои:10.1038 / nchem.2666. PMID  28338684.
  43. ^ Попп П.Ф., Бенджиа А., Страл Х, Берто О., Машер Т. (2020). «Bacillus subtilis и вызывает серьезные нарушения мембран». Границы микробиологии. 11: 151. Дои:10.3389 / fmicb.2020.00151. ЧВК  7026026. PMID  32117169.
  44. ^ Ян Л., Ли Л. (февраль 2015 г.). «Spore фотопродукт лиаза: известная, спорная, и неизвестный». Журнал биологической химии. 290 (7): 4003–9. Дои:10.1074 / jbc.R114.573675. ЧВК  4326811. PMID  25477522.
  45. ^ Йокогава Т., Номура Ю., Ясуда А., Огино Х., Хиура К., Накада С. и др. (Декабрь 2019 г.). «Идентификация радикального фермента SAM, участвующего в синтезе археозина». Природа Химическая Биология. 15 (12): 1148–1155. Дои:10.1038 / s41589-019-0390-7. PMID  31740832.
  46. ^ Хонарманд Эбрахими К. (апрель 2018 г.). «Единый взгляд на противовирусную активность широкого спектра RSAD2 (виперина), основанный на его радикальной химии SAM». Металломика: комплексная наука о биометаллах. 10 (4): 539–552. Дои:10.1039 / C7MT00341B. PMID  29568838.
  47. ^ Вэй Ф.Й., Сузуки Т., Ватанабэ С., Кимура С., Кайцука Т., Фудзимура А., Мацуи Х, Атта М, Мичиуэ Х, Фонтекаве М, Ямагата К., Сузуки Т, Томидзава К. (сентябрь 2011 г.). «Дефицит модификации тРНК (Lys) с помощью Cdkal1 вызывает развитие диабета 2 типа у мышей». Журнал клинических исследований. 121 (9): 3598–608. Дои:10.1172 / JCI58056. ЧВК  3163968. PMID  21841312.
  48. ^ Hänzelmann P, Schindelin H (август 2004 г.). «Кристаллическая структура S-аденозилметионин-зависимого фермента MoaA и ее значение для дефицита кофактора молибдена у людей». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 101 (35): 12870–5. Bibcode:2004PNAS..10112870H. Дои:10.1073 / pnas.0404624101. ЧВК  516487. PMID  15317939.
  49. ^ а б c d е Ландграф Б.Дж., Маккарти Е.Л., Букер С.Дж. (июнь 2016 г.). «Радикальные ферменты S-аденозилметионина в здоровье и болезнях человека». Ежегодный обзор биохимии. 85 (1): 485–514. Дои:10.1146 / annurev-biochem-060713-035504. PMID  27145839.
  50. ^ Letzel AC, Pidot SJ, Hertweck C (ноябрь 2014 г.). «Анализ генома для синтезированных рибосомами и посттрансляционно модифицированных пептидов (RiPP) в анаэробных бактериях». BMC Genomics. 15 (1): 983. Дои:10.1186/1471-2164-15-983. ЧВК  4289311. PMID  25407095.
  51. ^ Папагианни М (сентябрь 2003 г.). «Синтезированные рибосомами пептиды с антимикробными свойствами: биосинтез, структура, функции и применения». Достижения биотехнологии. 21 (6): 465–99. Дои:10.1016 / s0734-9750 (03) 00077-6. PMID  14499150.
  52. ^ Джоши С., Федосеенко Д., Маханта Н., Дукати Р.Г., Фенг М., Шрамм В.Л., Бегли Т.П. (март 2019 г.). "H. pylori: ингибирование радикального фермента SAM MqnE в биосинтезе менахинона". Письма о медицинской химии ACS. 10 (3): 363–366. Дои:10.1021 / acsmedchemlett.8b00649. ЧВК  6421580. PMID  30891141.
  53. ^ Фэн Дж, Ву Дж, Дай Н, Лин С., Сюй ХХ, Дэн З., Хэ Х (2013-07-18). «Открытие и характеристика BlsE, радикальной S-аденозил-L-метиониндекарбоксилазы, участвующей в пути биосинтеза бластицидина S». PLOS ONE. 8 (7): e68545. Bibcode:2013PLoSO ... 868545F. Дои:10.1371 / journal.pone.0068545. ЧВК  3715490. PMID  23874663.
  54. ^ Хонарманд Эбрахими К., Роуботэм Дж. С., МакКуллах Дж., Джеймс У. С. (январь 2020 г.). «Механизм дегидратации диола с помощью гомолога смешанного радикала-SAM фермента противовирусного фермента виперина (RSAD2)». ChemBioChem. н / д (н / д): 1605–1612. Дои:10.1002 / cbic.201900776. PMID  31951306.
  55. ^ Чжан Ц., Ли И, Чен Д., Ю И, Дуань Л., Шен Б., Лю В. (март 2011 г.). «Радикально-опосредованная ферментативная фрагментация-рекомбинация углеродной цепи». Природа Химическая Биология. 7 (3): 154–60. Дои:10.1038 / nchembio.512. ЧВК  3079562. PMID  21240261.
  56. ^ Bruender NA, Wilcoxen J, Britt RD, Bandarian V (апрель 2016 г.). «Биохимические и спектроскопические характеристики радикального S-аденозил-L-метионинового фермента, участвующего в образовании пептидной тиоэфирной поперечной связи». Биохимия. 55 (14): 2122–34. Дои:10.1021 / acs.biochem.6b00145. ЧВК  4829460. PMID  27007615.
  57. ^ Чаттерджи А., Ли И, Чжан И, Гроув Т.Л., Ли М., Кребс С. и др. (Декабрь 2008 г.). «Восстановление ThiC в биосинтезе тиаминпиримидина расширяет радикальное суперсемейство SAM». Природа Химическая Биология. 4 (12): 758–65. Дои:10.1038 / nchembio.121. ЧВК  2587053. PMID  18953358.
  58. ^ Zhang Y, Zhu X, Torelli AT, Lee M, Dzikovski B, Koralewski RM и др. (Июнь 2010 г.). «Для биосинтеза дифтамида требуется органический радикал, образованный ферментом железо-сера». Природа. 465 (7300): 891–6. Bibcode:2010Натура.465..891Z. Дои:10.1038 / природа09138. ЧВК  3006227. PMID  20559380.
  59. ^ Камат СС, Уильямс HJ, Раушель FM (ноябрь 2011 г.). «Промежуточные продукты в превращении фосфонатов в фосфат бактериями». Природа. 480 (7378): 570–3. Bibcode:2011Натура 480..570K. Дои:10.1038 / природа10622. ЧВК  3245791. PMID  22089136.

внешняя ссылка