KDM1A - Википедия - KDM1A

Не путать с ЛСД или же Диэтиламид лизергиновой кислоты.
KDM1A
Доступные конструкции
PDBПоиск ортолога: PDBe RCSB
Идентификаторы
ПсевдонимыKDM1A, AOF2, BHC110, KDM1, LSD1, CPRF, лизиндеметилаза 1A
Внешние идентификаторыOMIM: 609132 MGI: 1196256 ГомолоГен: 32240 Генные карты: KDM1A
Расположение гена (человек)
Хромосома 1 (человек)
Chr.Хромосома 1 (человек)[1]
Хромосома 1 (человек)
Геномное расположение KDM1A
Геномное расположение KDM1A
Группа1п36.12Начинать23,019,443 бп[1]
Конец23,083,689 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

23028

99982

Ансамбль

ENSG00000004487

ENSMUSG00000036940

UniProt

O60341

Q6ZQ88

RefSeq (мРНК)

NM_001009999
NM_015013
NM_001363654

NM_133872
NM_001347221
NM_001356567

RefSeq (белок)

NP_001009999
NP_055828
NP_001350583

NP_001334150
NP_598633
NP_001343496

Расположение (UCSC)Chr 1: 23.02 - 23.08 МбChr 4: 136,55 - 136,6 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Лизин-специфическая гистоновая деметилаза 1A (LSD1) также известный как лизин (K) -специфическая деметилаза 1A (KDM1A) - это белок у людей, который кодируется KDM1A ген.[5] LSD1 - это флавин -зависимый моноаминоксидаза, которые могут деметилат моно- и диметилированный лизины, конкретно гистон 3, лизины 4 и 9 (H3K4 и H3K9).[6] Этот фермент может играть решающую роль в эмбриогенез и тканеспецифичные дифференциация, а также рост ооцитов.[7] KDM1A была первой обнаруженной гистоновой деметилазой, хотя было описано более 30.[8]

Структура

Этот ген кодирует ядерный белок, содержащий домен SWIRM, a FAD переплетный мотив и аминоксидаза домен. Этот белок входит в состав нескольких гистоновая деацетилаза комплексы, хотя он заставляет гены замолчать, действуя как гистоновая деметилаза.

Функция

LSD1 (лизин-специфическая деметилаза 1), также известная как KDM1, является первым из нескольких белков. лизин открыты деметилазы. Посредством FAD-зависимой окислительной реакции LSD1 специфически удаляет гистон H3K4me2, чтобы H3K4me1 или H3K4me0. При образовании комплекса с рецептор андрогенов (и, возможно, другие рецепторы ядерных гормонов ), LSD1 меняет свои субстраты на H3K9me2. Теперь известно, что комплекс LSD1 опосредует скоординированный гистон переключение модификаций посредством ферментативной активности, а также считывателей модификаций гистонов в комплексе.

Функцию гена KDM1A можно эффективно изучить с помощью нокдауна siRNA на основе независимой проверки.[9]

Взаимодействия

KDM1A имеет множество различных партнеров по связыванию, которые могут быть необходимы для его активности деметилирования.[10] При остром миелоидном лейкозе (AML) было окончательно продемонстрировано, что GFI1B поддерживает взаимодействие с KDM1A, которое необходимо для распространения болезни.[11]

Клиническое значение

KDM1A, по-видимому, играет важную роль в эпигенетический «перепрограммирование», которое происходит, когда сперматозоид и яйцеклетка соединяются, образуя зиготу.[12][13] Делеция гена KDM1A может влиять на рост и дифференцировку эмбриональные стволовые клетки.[14] Делеция в эмбрионах мыши летальна; эмбрионы не развиваются после 7,5 дня.[15][16] Считается, что KDM1A также играет роль в развитии рака, поскольку более неблагоприятные исходы могут быть коррелированы с более высокой экспрессией этого гена.[17][18] Следовательно, ингибирование KDM1A может быть возможным лечением рака.[19][20][21][22]

Мутации

Мутации de novo в KDM1A были зарегистрированы у трех пациентов, каждый из которых имел задержку развития, которая, как полагают, частично объяснялась мутациями.[23][24] Все задокументированные мутации представляют собой миссенс-замены.[25][26][27] Одна из пострадавших семей создала общедоступный веб-сайт для выявления дальнейших случаев.[28]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000004487 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000036940 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ «Ген Entrez: лизин (K) -специфическая деметилаза 1A».
  6. ^ Рудольф Т., Бух С., Рейтер Г. (август 2013 г.). «Лизин-специфическая гистоновая деметилаза LSD1 и динамический контроль хроматина». (рассмотрение). Биологическая химия. 394 (8): 1019–28. Дои:10.1515 / hsz-2013-0119. PMID  23612539.
  7. ^ Педерсен М.Т., Хелин К. (ноябрь 2010 г.). «Гистоновые деметилазы в развитии и болезни». (рассмотрение). Тенденции в клеточной биологии. 20 (11): 662–71. Дои:10.1016 / j.tcb.2010.08.011. PMID  20863703.
  8. ^ Ши Ю., Лан Ф., Мэтсон С., Маллиган П., Ветстайн Дж. Р., Коул П. А., Касеро Р. А., Ши И. (декабрь 2004 г.). «Деметилирование гистонов, опосредованное ядерным гомологом аминоксидазы LSD1». Клетка. 119 (7): 941–53. Дои:10.1016 / j.cell.2004.12.012. PMID  15620353.
  9. ^ Мункачи Г., Штупински З., Герман П., Бан Б., Пензвальто З, Сарвас Н., Дьёрфи Б. (сентябрь 2016 г.). «Подтверждение эффективности подавления РНКи с использованием данных массива генов показывает 18,5% отказов в 429 независимых экспериментах». Молекулярная терапия. Нуклеиновые кислоты. 5 (9): e366. Дои:10.1038 / mtna.2016.66. ЧВК  5056990. PMID  27673562.
  10. ^ Wang Y, Zhang H, Chen Y, Sun Y, Yang F, Yu W, Liang J, Sun L, Yang X, Shi L, Li R, Li Y, Zhang Y, Li Q, Yi X, Shang Y (август 2009 г.) ). "LSD1 является субъединицей комплекса NuRD и нацелен на программы метастазирования при раке груди". Клетка. 138 (4): 660–72. Дои:10.1016 / j.cell.2009.05.050. PMID  19703393.
  11. ^ Виньярд М.Э., Су К., Зигенфельд А.П., Уотербери А.Л., Фриди А.М., Госави П.М., Парк И., Кван Э., Сензер Б.Д., Дюнч Дж. Г., Бауэр Д.Е., Пинелло Л., Ляу BB (май 2019 г.). «CRISPR-супрессорное сканирование показывает неферментативную роль LSD1 в AML». Природа Химическая Биология. 15 (5): 529–539. Дои:10.1038 / s41589-019-0263-0. PMID  30992567.
  12. ^ Анселин К., Сикс Л., Боренштейн М., Ранисавлевич Н., Василев И., Брисеньо-Роа Л., Лю Т., Мецгер Е., Слуга Н., Бариллот Е., Чен С.Дж., Шюле Р., Херд Е. (02.02.2016). «Материнский LSD1 / KDM1A является важным регулятором хроматина и транскрипционных ландшафтов во время активации зиготического генома». eLife. 5. Дои:10.7554 / eLife.08851. ЧВК  4829419. PMID  26836306.
  13. ^ «Нарушения эмбрионального репрограммирования меняют поведение взрослых мышей». Phys.org. Получено 2016-06-01.
  14. ^ Аменте С., Ланиа Л., Маджелло Б. (октябрь 2013 г.). «Деметилаза гистона LSD1 в программах стволовости и транскрипции рака». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - механизмы регуляции генов. 1829 (10): 981–6. Дои:10.1016 / j.bbagrm.2013.05.002. PMID  23684752.
  15. ^ Ван Дж., Хеви С., Кураш Дж. К., Лей Х., Гей Ф., Байко Дж., Су Х, Сун В., Чанг Х, Сюй Г., Гаудет Ф, Ли Э, Чен Т. (январь 2009 г.). «Лизиндеметилаза LSD1 (KDM1) необходима для поддержания глобального метилирования ДНК». Природа Генетика. 41 (1): 125–9. Дои:10,1038 / нг.268. PMID  19098913.
  16. ^ Ван Дж., Скалли К., Чжу Х, Цай Л., Чжан Дж., Префонтейн Г. Г., Кронес А., Охги К. А., Чжу П., Гарсия-Бассет И., Лю Ф., Тейлор Х., Лозач Дж., Джейс Флорида, Корах К. С., Гласс К. К., Fu XD, Розенфельд MG (апрель 2007 г.). «Противоположные комплексы LSD1 действуют в программах активации и репрессии генов развития». Природа. 446 (7138): 882–7. Дои:10.1038 / природа05671. PMID  17392792.
  17. ^ Kahl P, Gullotti L, Heukamp LC, Wolf S, Friedrichs N, Vorreuther R, Solleder G, Bastian PJ, Ellinger J, Metzger E, Schüle R, Buettner R (декабрь 2006 г.). «Коактиваторы рецептора андрогенов, лизин-специфическая гистоновая деметилаза 1 и четыре с половиной домена LIM-белка 2, предсказывают риск рецидива рака простаты». Исследования рака. 66 (23): 11341–7. Дои:10.1158 / 0008-5472.CAN-06-1570. PMID  17145880.
  18. ^ Лим С., Янцер А., Беккер А., Циммер А., Шюле Р., Бюттнер Р., Кирфель Дж. (Март 2010 г.). «Лизин-специфическая деметилаза 1 (LSD1) высоко экспрессируется при ER-негативном раке молочной железы и является биомаркером, предсказывающим агрессивную биологию». Канцерогенез. 31 (3): 512–20. Дои:10.1093 / carcin / bgp324. PMID  20042638.
  19. ^ Ставропулос П., Хельц А. (июнь 2007 г.). «Лизин-специфическая деметилаза 1 как потенциальная терапевтическая мишень». (рассмотрение). Мнение эксперта о терапевтических целях. 11 (6): 809–20. Дои:10.1517/14728222.11.6.809. PMID  17504018.
  20. ^ Чен Й, Цзе В., Ян В., Чжоу К., Сяо Ю. (2012). «Лизин-специфическая гистоновая деметилаза 1 (LSD1): потенциальная молекулярная мишень для терапии опухолей». (рассмотрение). Критические обзоры экспрессии эукариотических генов. 22 (1): 53–9. Дои:10.1615 / critreveukargeneexpr.v22.i1.40. PMID  22339659.
  21. ^ Crea F, Sun L, Mai A, Chiang YT, Farrar WL, Danesi R, Helgason CD (2012). «Возникающая роль гистоновых лизиндеметилаз в развитии рака простаты». (рассмотрение). Молекулярный рак. 11: 52. Дои:10.1186/1476-4598-11-52. ЧВК  3441810. PMID  22867098.
  22. ^ Линч Дж. Т., Харрис В. Дж., Сомервейл ТК (декабрь 2012 г.). «Ингибирование LSD1: терапевтическая стратегия при раке?». (рассмотрение). Мнение эксперта о терапевтических целях. 16 (12): 1239–49. Дои:10.1517/14728222.2012.722206. PMID  22957941.
  23. ^ «Игла в генетическом стоге сена: как новый веб-сайт UW помогает семьям и ученым». Сиэтл Таймс. 2016-05-07. Получено 2016-05-27.
  24. ^ "Пробуждение надежды для семей, изолированных из-за редких генетических заболеваний". KQED Future of You. Получено 2016-06-01.
  25. ^ Тунович С., Баркович Дж, Шерр Э.Х., Славотинек А.М. (июль 2014 г.). «De novo мутации генов ANKRD11 и KDM1A у мужчин с признаками синдрома KBG и синдрома Кабуки». Американский журнал медицинской генетики. Часть А. 164A (7): 1744–9. Дои:10.1002 / ajmg.a.36450. PMID  24838796.
  26. ^ Чонг Дж. Х, Ю Дж. Х., Лоренцен П., Парк К. М., Джамал С. М., Табор Х. К., Раух А., Саенс М. С., Болтсхаузер Е., Паттерсон К. Э., Никерсон Д. А., Бамшад М. Дж. (Август 2016 г.). «Открытие генов для менделевских состояний через социальные сети: новые варианты в KDM1A вызывают задержку развития и отличительные черты лица». Генетика в медицине. 18 (8): 788–95. Дои:10.1038 / гим.2015.161. ЧВК  4902791. PMID  26656649.
  27. ^ Пилотто С., Сперанзини В., Марабелли К., Рускони Ф., Тоффоло Е., Грилло Б., Баттальоли Е., Маттеви А. (апрель 2016 г.). «Мутации LSD1 / KDM1A, связанные с недавно описанной формой умственной отсталости, нарушают активность деметилазы и связывание с факторами транскрипции». Молекулярная генетика человека. 25 (12): 2578–2587. Дои:10.1093 / hmg / ddw120. PMID  27094131.
  28. ^ "Путешествие Майло".

внешняя ссылка

Эта статья включает текст из Национальная медицинская библиотека США, который находится в всеобщее достояние.