PRPF6 - PRPF6

PRPF6
Доступные конструкции
PDB	Поиск ортолога: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	3JCR
Идентификаторы
Псевдонимы	PRPF6, ANT-1, ANT1, C20orf14, Prp6, RP60, SNRNP102, TOM, U5-102K, hPrp6, фактор обработки пре-мРНК 6
Внешние идентификаторы	OMIM: 613979 MGI: 1922946 ГомолоГен: 5368 Генные карты: PRPF6
Расположение гена (человек)
Chr.	Хромосома 20 (человек)
Конец	64,033,100 бп
Расположение гена (Мышь)
Chr.	Хромосома 2 (мышь)
Конец	181,655,660 бп
Генная онтология
Молекулярная функция	• GO: 0001105 активность коактиватора транскрипции; • GO: 0001948 связывание с белками; • связывание рецепторов андрогенов; • Связывание РНК; • связывание рибонуклеопротеинового комплекса;
Сотовый компонент	• Три-snRNP комплекс U4 / U6 x U5; • каталитическая стадия 2 сплайсосомы; • мембрана; • U5 snRNP; • сплайсосомальный комплекс; • ядро клетки; • нуклеоплазма; • ядерное пятнышко; • Предкаталитическая сплайсосома типа U2;
Биологический процесс	• Сплайсинг мРНК через сплайсосомы; • Обработка РНК; • сплайсосомная сборка комплекса три-мяРНП; • Сплайсинг РНК посредством реакций переэтерификации; • обработка мРНК; • сборка сплайсосомального комплекса; • Локализация РНК; • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II; • Сплайсинг РНК;
	Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
	24148
	68879
	ENSG00000101161
	ENSMUSG00000002455
	O94906
	Q91YR7
	NM_012469
	NM_133701
	NP_036601
	NP_598462
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека	Просмотр / редактирование мыши

Фактор пре-мРНК-процессинга 6 это белок что у людей кодируется PRPF6 ген.^[5]^[6]^[7]

Белок, кодируемый этим геном, по-видимому, участвует в сплайсинге пре-мРНК, возможно, действуя как фактор связывания между мяРНП U5 и U4 / U6 при формировании сплайсосомы. Кодируемый белок также может связывать рецептор андрогена, обеспечивая связь между активацией транскрипции и сплайсингом.^[7]

Взаимодействия

PRPF6 был показан взаимодействовать с участием TXNL4B,^[8] ARAF^[9]^[10] и Рецептор андрогенов.^[11]

использованная литература

^ ^а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000101161 - Ансамбль, Май 2017
^ ^а ^б ^c GRCm38: выпуск ансамбля 89: ENSMUSG00000002455 - Ансамбль, Май 2017
^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ Нишикими А., Мукаи Дж., Киока Н., Ямада М. (январь 2000 г.). «Новый ядерный белок млекопитающих, подобный факторам сплайсинга пре-мРНК Schizosaccharomyces pombe Prp1p / Zer1p и Saccharomyces cerevisiae Prp6p». Biochim Biophys Acta. 1435 (1–2): 147–52. Дои:10.1016 / s0167-4838 (99) 00203-4. PMID 10561546.
^ Макаров Е.М., Макарова О.В., Ахсель Т., Лурманн Р. (июнь 2000 г.). «Человеческий гомолог дрожжевого фактора сплайсинга prp6p содержит несколько элементов TPR и стабильно связан с snRNP U5 посредством белок-белковых взаимодействий». Дж Мол Биол. 298 (4): 567–75. Дои:10.1006 / jmbi.2000.3685. PMID 10788320.
^ ^а ^б «Ген Entrez: PRPF6 PRP6, гомолог фактора 6 процессинга пре-мРНК (S. cerevisiae)».
^ Сунь, Сяоцзин; Чжан Хуа; Ван Дань; Ма Далонг; Шен Ян; Шан Юнфэн (июль 2004 г.). «DLP, новый белок семейства Dim1, участвующий в сплайсинге пре-мРНК и прогрессировании клеточного цикла». J. Biol. Chem. Соединенные Штаты. 279 (31): 32839–47. Дои:10.1074 / jbc.M402522200. ISSN 0021-9258. PMID 15161931.
^ Юрьев, Антон; Венногл Лоуренс П. (февраль 2003 г.). «Новые белок-белковые взаимодействия киназы raf, обнаруженные исчерпывающим двухгибридным анализом дрожжей». Геномика. Соединенные Штаты. 81 (2): 112–25. Дои:10.1016 / S0888-7543 (02) 00008-3. ISSN 0888-7543. PMID 12620389.
^ Юрьев А; Ono M; Гофф С.А. Macaluso F; Венногле Л. П. (июль 2000 г.). «Изоформ-специфическая локализация A-RAF в митохондриях». Мол. Cell. Биол. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ. 20 (13): 4870–8. Дои:10.1128 / MCB.20.13.4870-4878.2000. ISSN 0270-7306. ЧВК 85938. PMID 10848612.
^ Чжао, Юэ; Гото Киминобу; Сайто Масаюки; Янасэ Тошихико; Номура Масатоши; Окабе Тайджиро; Такаянаги Рёичи; Навата Хадзиме (август 2002 г.). «Домен функции активации-1 рецептора андрогена способствует взаимодействию между компартментом субядерного фактора сплайсинга и компартментом ядерного рецептора. Идентификация белка, связывающего частицу небольшого ядерного рибонуклеопротеина p102 U5, в качестве коактиватора для рецептора». J. Biol. Chem. Соединенные Штаты. 277 (33): 30031–9. Дои:10.1074 / jbc.M203811200. ISSN 0021-9258. PMID 12039962.

дальнейшее чтение

Маруяма К., Сугано С. (1994). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К. и др. (1997). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
Юрьев А, Оно М, Гофф С.А. и др. (2000). «Изоформ-специфическая локализация A-RAF в митохондриях». Мол. Cell. Биол. 20 (13): 4870–8. Дои:10.1128 / MCB.20.13.4870-4878.2000. ЧВК 85938. PMID 10848612.
Делукас П., Мэтьюз Л.Х., Ашерст Дж. И др. (2002). «Последовательность ДНК и сравнительный анализ хромосомы 20 человека». Природа. 414 (6866): 865–71. Bibcode:2001Натура.414..865D. Дои:10.1038 / 414865a. PMID 11780052.
Юрица М.С., Ликлидер Л.Дж., Гиги С.Р. и др. (2002). «Очистка и характеристика нативных сплайсосом, пригодных для трехмерного структурного анализа». РНК. 8 (4): 426–39. Дои:10.1017 / S1355838202021088. ЧВК 1370266. PMID 11991638.
Чжао Ю., Гото К., Сайто М. и др. (2002). «Домен функции активации-1 рецептора андрогена способствует взаимодействию между компартментом субядерного фактора сплайсинга и компартментом ядерного рецептора. Идентификация белка, связывающего частицу небольшого ядерного рибонуклеопротеина p102 U5, в качестве коактиватора для рецептора». J. Biol. Chem. 277 (33): 30031–9. Дои:10.1074 / jbc.M203811200. PMID 12039962.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002ПНАС ... 9916899М. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК 139241. PMID 12477932.
Юрьев А, Венногле Л.П. (2003). «Новые белок-белковые взаимодействия киназы raf, обнаруженные исчерпывающим двухгибридным анализом дрожжей». Геномика. 81 (2): 112–25. Дои:10.1016 / S0888-7543 (02) 00008-3. PMID 12620389.
Гото К., Чжао Ю., Сайто М. и др. (2003). «Домен активации функции-1 рецептора андрогена способствует взаимодействию между двумя отдельными субядерными компартментами». J. Steroid Biochem. Мол. Биол. 85 (2–5): 201–8. Дои:10.1016 / S0960-0760 (03) 00196-1. PMID 12943705. S2CID 46683850.
Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID 14702039.
Будет CL, Schneider C, Hossbach M, et al. (2004). "18S U11 / U12 snRNP человека содержит набор новых белков, не обнаруженных в U2-зависимой сплайсосоме". РНК. 10 (6): 929–41. Дои:10.1261 / rna.7320604. ЧВК 1370585. PMID 15146077.
Sun X, Zhang H, Wang D и др. (2004). «DLP, новый белок семейства Dim1, участвующий в сплайсинге пре-мРНК и прогрессировании клеточного цикла». J. Biol. Chem. 279 (31): 32839–47. Дои:10.1074 / jbc.M402522200. PMID 15161931.
Сузуки Ю., Ямасита Р., Широта М. и др. (2004). «Сравнение последовательностей генов человека и мыши выявляет гомологичную блочную структуру в промоторных областях». Genome Res. 14 (9): 1711–8. Дои:10.1101 / гр.2435604. ЧВК 515316. PMID 15342556.
Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК 528928. PMID 15489334.
Laggerbauer B, Liu S, Makarov E, et al. (2005). «Человеческий белок U5 snRNP 52K (CD2BP2) взаимодействует с U5-102K (hPrp6), мостиковым белком три-snRNP U4 / U6.U5, но диссоциирует при образовании три-snRNP». РНК. 11 (5): 598–608. Дои:10.1261 / rna.2300805. ЧВК 1370748. PMID 15840814.
Батше Э., Янив М., Мухардт С. (2006). «Субъединица Brm SWI / SNF человека является регулятором альтернативного сплайсинга». Nat. Struct. Мол. Биол. 13 (1): 22–9. Дои:10.1038 / nsmb1030. PMID 16341228. S2CID 11587161.
Fan S, Goto K, Chen G и др. (2006). «Идентификация функциональных доменов ANT-1, нового коактиватора рецептора андрогенов». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 341 (1): 192–201. Дои:10.1016 / j.bbrc.2005.12.167. PMID 16414017.
Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф. и др. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Мол. Syst. Биол. 3 (1): 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК 1847948. PMID 17353931.

внешние ссылки

GeneReviews / NCBI / NIH / UW запись об обзоре пигментного ретинита

Эта белок -связанная статья является заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это.

[refGRCh38Ensembl-1] а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000101161 - Ансамбль, Май 2017

[refGRCm38Ensembl-2] а ^б ^c GRCm38: выпуск ансамбля 89: ENSMUSG00000002455 - Ансамбль, Май 2017

[3] "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[4] "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[pmid10561546-5] Нишикими А., Мукаи Дж., Киока Н., Ямада М. (январь 2000 г.). «Новый ядерный белок млекопитающих, подобный факторам сплайсинга пре-мРНК Schizosaccharomyces pombe Prp1p / Zer1p и Saccharomyces cerevisiae Prp6p». Biochim Biophys Acta. 1435 (1–2): 147–52. Дои:10.1016 / s0167-4838 (99) 00203-4. PMID 10561546.

[pmid10788320-6] Макаров Е.М., Макарова О.В., Ахсель Т., Лурманн Р. (июнь 2000 г.). «Человеческий гомолог дрожжевого фактора сплайсинга prp6p содержит несколько элементов TPR и стабильно связан с snRNP U5 посредством белок-белковых взаимодействий». Дж Мол Биол. 298 (4): 567–75. Дои:10.1006 / jmbi.2000.3685. PMID 10788320.

[entrez-7] а ^б «Ген Entrez: PRPF6 PRP6, гомолог фактора 6 процессинга пре-мРНК (S. cerevisiae)».

[pmid15161931-8] Сунь, Сяоцзин; Чжан Хуа; Ван Дань; Ма Далонг; Шен Ян; Шан Юнфэн (июль 2004 г.). «DLP, новый белок семейства Dim1, участвующий в сплайсинге пре-мРНК и прогрессировании клеточного цикла». J. Biol. Chem. Соединенные Штаты. 279 (31): 32839–47. Дои:10.1074 / jbc.M402522200. ISSN 0021-9258. PMID 15161931.

[pmid12620389-9] Юрьев, Антон; Венногл Лоуренс П. (февраль 2003 г.). «Новые белок-белковые взаимодействия киназы raf, обнаруженные исчерпывающим двухгибридным анализом дрожжей». Геномика. Соединенные Штаты. 81 (2): 112–25. Дои:10.1016 / S0888-7543 (02) 00008-3. ISSN 0888-7543. PMID 12620389.

[pmid10848612-10] Юрьев А; Ono M; Гофф С.А. Macaluso F; Венногле Л. П. (июль 2000 г.). «Изоформ-специфическая локализация A-RAF в митохондриях». Мол. Cell. Биол. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ. 20 (13): 4870–8. Дои:10.1128 / MCB.20.13.4870-4878.2000. ISSN 0270-7306. ЧВК 85938. PMID 10848612.

[pmid12039962-11] Чжао, Юэ; Гото Киминобу; Сайто Масаюки; Янасэ Тошихико; Номура Масатоши; Окабе Тайджиро; Такаянаги Рёичи; Навата Хадзиме (август 2002 г.). «Домен функции активации-1 рецептора андрогена способствует взаимодействию между компартментом субядерного фактора сплайсинга и компартментом ядерного рецептора. Идентификация белка, связывающего частицу небольшого ядерного рибонуклеопротеина p102 U5, в качестве коактиватора для рецептора». J. Biol. Chem. Соединенные Штаты. 277 (33): 30031–9. Дои:10.1074 / jbc.M203811200. ISSN 0021-9258. PMID 12039962.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]