Parhyale hawaiensis - Parhyale hawaiensis

Parhyale hawaiensis
Parhyale hawaiensis - взрослый мужчина.png
Взрослый самец
Parhyale hawaiensis - взрослый - ест кусочек моркови.png
Кормление кусочком моркови
Научная классификация
Королевство:
Animalia
Тип:
Членистоногие
Подтип:
Ракообразные
Учебный класс:
Малакострака
Заказ:
Амфипода
Семья:
Гиалиды
Род:
Parhyale
Разновидность:
P. hawaiensis
Биномиальное имя
Parhyale hawaiensis
Дана, 1853

Parhyale hawaiensis является амфипода ракообразный виды, которые используются в развивающий и генетический анализы. Он относится к категории формирующийся модельный организм как основные биологические методы, необходимые для изучения организма.

Среда обитания

P. hawaiensis это Detritovore что есть околотропический, Мировой, приливной, и мелководье морской распределение,[1][2] и это может произойти как видовой комплекс.[3] Сообщалось, что это происходит в больших популяциях (более 3000 на квадратный метр) при разложении. мангровые заросли листовой материал в среде, подверженной быстрым изменениям соленость.[4] Способность переносить резкую температуру и осмотический Изменения позволяют этому виду процветать в типичных лабораторных условиях.

Жизненный цикл

Жизненный цикл P. hawaiensis это занимает около двух месяцев при температуре 26 ° C.[5]

Самки производят эмбрионы каждые 2 недели по достижении половая зрелость. Эмбриогенез относительно короткий, длится около 10 дней при температуре 26 ° C (79 ° F). Самки обычно вынашивают эмбрионы в вентральный выводок. Внимательное изучение эмбрионального развития P. hawaiensis разработала наиболее подробную систему стадирования для всех ракообразных.[6] Полный эмбриогенез разделен на 30 отдельных стадий, которые легко идентифицировать у живых животных или с помощью общих молекулярные маркеры в фиксированных экземплярах. Детеныши обладают полным набором сегментов и придатков, которые морфологически аналогичны таковым у взрослых животных.

Генетические исследования

P. hawaiensis используется в генетических исследованиях, потому что с яйцами и эмбрионами легко манипулировать. Эмбрионы можно быстро и легко удалить из маточного мешка и содержать в морской воде. Яйца можно собирать и выводить по отдельности, а зрелых животных впоследствии можно использовать в попарных вязках сестра-брат или мать-сын для получения инбредный линий.

Оплодотворенные яйца достаточно большие, чтобы выполнять микроинъекции[7] и бластомер изоляции[8] с относительной легкостью. Разработка P. hawaiensis эмбрионы прозрачны, что позволяет проводить как подробный микроскопический анализ на месте и использование флуоресцентно меченых молекул-индикаторов в живых эмбрионах. Раннее расщепление холобластический (всего), что позволяет исследовать судьбы отдельных ранних клеток путем экспериментальных манипуляций.[6][7][8]

В транскриптом из P. hawaiensis был создан с использованием пиросеквенирование техника.[9] Этот ресурс находится в свободном доступе для скачать. В транскриптом данные могут быть использованы для создания на месте зонды и другие экспериментальные инструменты. Геном доступен из NCBI

В геном из P. hawaiensis доступен и был секвенирован с использованием секвенирования короткого чтения Illumina [10]. Эта первая версия (V3.0 ) генома недавно была заменена более последовательной версией, созданной секвенированием в Чикаго с помощью платформы Dovetail. Новая версия Phaw_5.0 доступно на NCBI.

Рекомендации

  1. ^ Кларенс Раймонд Шумейкер (1956). "Наблюдения за родом амфипод Parhyale". Труды Национального музея США. 106 (3372): 345–358. Дои:10.5479 / si.00963801.106-3372.345.
  2. ^ Дж. Л. Барнард (1965). «Морские амфиподы атоллов в Микронезии». Труды Национального музея США. 117 (3516): 459–551. Дои:10.5479 / si.00963801.117-3516.459.
  3. ^ Алан А. Майерс (1985). «Мелководье, коралловые рифы и мангровые заросли Amphipoda (Gammaridea) Фиджи» (PDF). Записи Австралийского музея. Дополнение 5: 1–143.
  4. ^ С. Поовачиранон, К. Бото и Н. Дюк (1986). "Исследования пищевых предпочтений и измерения скорости поглощения мангровыми амфиподами. Parhyale hawaiensis (Дана) ". Журнал экспериментальной морской биологии и экологии. 98 (1–2): 129–140. Дои:10.1016 / 0022-0981 (86) 90078-X.
  5. ^ Као Д., Лай А.Г., Стаматаки Э., Розич С., Константинидес Н., Джарвис Э. и др. (2016). «Геном ракообразных Parhyale hawaiensis, модель развития животных, регенерации, иммунитета и переваривания лигноцеллюлозы». eLife. 5. Дои:10.7554 / eLife.20062. ЧВК  5111886. PMID  27849518.
  6. ^ а б Уильям Э. Браун; Аливия Л. Прайс; Маттиас Гербердинг; Нипам Х. Патель (2005). «Этапы эмбрионального развития рачка-амфипод. Parhyale hawaiensis" (PDF). Бытие. 42 (3): 124–149. Дои:10.1002 / gene.20145. PMID  15986449. S2CID  18213916.
  7. ^ а б Матиас Гербердинг, Уильям Э. Браун и Нипам Х. Патель (2002). "Анализ клеточного происхождения ракообразных амфипод Parhyale hawaiensis". Разработка. 129 (24): 5789–5901. Дои:10.1242 / dev.00155. PMID  12421717.
  8. ^ а б Кассандра Дж. Экставур (2005). «Судьба изолированных бластомеров в отношении образования зародышевых клеток у ракообразных амфипод» Parhyale hawaiensis" (PDF). Биология развития. 277 (2): 387–402. Дои:10.1016 / j.ydbio.2004.09.030. PMID  15617682. Архивировано из оригинал (PDF) на 2012-03-26. Получено 2011-07-04.
  9. ^ Виктор Цзэн; Карина Вильянуэва; Бен Юэн-Кампен; Фредерик Алвес; Уильям Браун; Кассандра Экставур (2011). "De novo сборка и характеристика материнского транскриптома и онтогенетического транскриптома для появляющегося модельного ракообразного Parhyale hawaiensis" (PDF). BMC Genomics. 12: 581. Дои:10.1186/1471-2164-12-581. ЧВК  3282834. PMID  22118449.
  10. ^ Као Д., Лай А.Г., Стаматаки Э., Розич С., Константинидес Н., Джарвис Э; и другие. (2016). «Геном ракообразных Parhyale hawaiensis, модель развития животных, регенерации, иммунитета и переваривания лигноцеллюлозы». eLife. 5. Дои:10.7554 / eLife.20062. ЧВК  5111886. PMID  27849518.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)

дальнейшее чтение