QRICH1 - QRICH1
QRICH1, также известный как Богатый глютамином белок 1, это белок что у человека кодируется QRICH1 ген.[5] Одной примечательной особенностью этого белка является то, что он содержит домен рекрутирования активации каспазы, также известный как CARD домен.[6] Считается, что в результате наличия этого домена QRICH1 участвует в путях апоптотического, воспалительного и иммунного ответа хозяина.[7]
| Номера доступа | Место расположения | Идентификаторы | M.W. | число Пи |
|---|---|---|---|---|
| мРНК: NM_017730.2 белок: NP_060200.2 | 3п21.31 | FLJ20259, MFC131838[5] | 86,4 кДа | 5.59 |
Ген
Ген QRICH1 - 64,363 пар оснований длинный, кодируя мРНК транскрипт длиной 3331 п.н.[8] QRICH1 расположен на хромосоме 3p21.31 и содержит 11 экзоны.[9] Геномная последовательность начинается с пары оснований 49 057 531 и заканчивается на 49 141 201 паре оснований.[8]
Функция
Точная функция QRICH1 не совсем понятна научному сообществу. Однако считается, что он участвует в таких процессах, как воспаление и апоптоз из-за наличия CARD домен около начала белковой последовательности.[7] Предполагается, что этот белок локализуется в ядро и, как известно, взаимодействует с ATXN1 и ATF7IP белки показаны на изображении ниже.[11]
Протеин
Богатый глутамином белок 1 составляет 776 аминокислоты в длину. Глутамин остатков много, они составляют 109 аминокислот или 14% белка.[12] Белок содержит три различных домена. Первый, домен CARD, является членом загон смерти надсемейством и участвует в сигнальных путях апоптоза, иммунной сигнализации, воспалении и механизмах защиты хозяина.[6] Второй домен - это богатый глутамином домен, который составляет большую часть белка и является высоко консервативным среди ортологов.[6] Последний домен - это Область неизвестной функции (DUF3504), обнаруженный ближе к концу белковой последовательности.[6] Все три из этих доменов хорошо законсервированы во всех строгих ортологах.
Прогнозируемые особенности
Свойства QRICH1, которые были предсказаны с использованием Биоинформатика инструменты:
- Молекулярный вес: 86,5 кДа[13]
- Изоэлектрическая точка: 5,59[14]
- Посттрансляционная модификация: Сообщается или прогнозируется множество сайтов фосфорилирования. PhosphoSitePlus содержит три аннотированных фосфорилированных серина в остатках 343, 345 и 659.[15] Программа NetPhos на ExPASy предсказал 45 сайтов фосфорилирования на множественных остатках серина, треонина и тирозина.[16] Существует один предсказанный сульфированный тирозин по аминокислоте 725.[17]
- Не предсказано Сигнальный пептид или расщепление сигнального пептида.[18]
- Взаимодействующие белки: ATXN1, Спиноцеребеллярная атаксия белок 1 типа и ATF7IP, активирующий белок 1, взаимодействующий с фактором транскрипции 7.[19] ATXN1 участвует в связывании РНК in vitro и может участвовать в метаболизме РНК.[20] ATF7IP представляет собой белок-рекрутер, который связывает факторы транскрипции с общим аппаратом транскрипции, тем самым модулируя регуляцию транскрипции и образование хроматина.[21]
Выражение
QRICH1 экспрессируется на высоком уровне, в 3,3 раза больше, чем средний ген.[22] Он экспрессируется повсеместно в организме человека, хотя данные профиля EST показывают, что QRICH1 экспрессируется особенно высоко в тканях, таких как вилочковая железа, яички, кора мозжечка и другие области мозга, трахея, и в эмбриональной ткани. Состояние здоровья, такое как опухоли половых клеток, лейкемия, лимфома, и хондросаркома также сообщили о высокой экспрессии QRICH1.
Гомология
Ортологи
QRICH1 высоко консервативен среди ортологов млекопитающих, наряду с другими хордовые такие как рыбы, птицы и земноводные. Этот ген имеет некоторую сохранность среди насекомых, но не было обнаружено ортологов у растений, грибов или дрожжей.[23]
| Род / вид | Общее название организма | Регистрационный номер | Идентичность последовательности | Сходство последовательностей | Длина (AA) | |
| Пан троглодиты | Шимпанзе | XP_001161499.1 | 99% | 99% | 766 | |
| Macaca mulatta | Макака резус | XP_001110386.2 | 99% | 99% | 659 | |
| Pongo abelii | Орангутанг | XP_002813809.1 | 99% | 99% | 777 | |
| Mus musculus | Домовая мышь | NP_780352.2 | 99% | 99% | 777 | |
| Раттус норвегикус | Норвежская крыса | NP_001128004.1 | 99% | 99% | 687 | |
| Собаки фамильярные | Собака | XP_850904.1 | 99% | 99% | 780 | |
| Bos taurus | Корова | NP_001091484.1 | 99% | 99% | 779 | |
| Sus scrofa | Дикий кабан | XP_003132250.1 | 99% | 99% | 781 | |
| Oryctolagus cuniculus | Европейский кролик | XP_002713458.1 | 99% | 99% | 777 | |
| Ailuropoda melanoleuca | Гигантская панда | XP_002920598.1 | 99% | 99% | 780 | |
| Каллитрикс Яхус | Мартышка | XP_002758378.1 | 99% | 99% | 777 | |
| Equus caballus | Лошадь | XP_001498380.2 | 98% | 98% | 780 | |
| Monodelphis domestica | Опоссум | XP_001367745.1 | 95% | 97% | 776 | |
| Gallus gallus | Курица | XP_001233527.1 | 94% | 96% | 773 | |
| Орниторинхус анатинус | Утконос | XP_001505372.1 | 94% | 95% | 741 | |
| Taeniopygia guttata | Зебра зяблик | XP_002187824.1 | 93% | 97% | 772 | |
| Xenopus laevis | Африканская когтистая лягушка | NP_001083416.1 | 79% | 85% | 755 | |
| Тетраодон нигровиридис | Рыба фугу | CAG11318.1 | 71% | 80% | 729 | |
| Данио Рерио | Рыба-зебра | NP_001020633.1 | 63% | 73% | 717 | |
| Apis mellifera | Пчела | XP_624959.2 | 47% | 64% | 1356 | |
| Camponotus floridanus | Плотник муравей | EFN71787.1 | 45% | 63% | 1724 | |
Паралоги
QRICH1 имеет пять паралоги все из которых кодируют белок цинковых пальцев.[24]
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000198218 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000006673 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ а б "Entrez Gene: QRICH1, богатый глютамином 1". Получено 22 апреля 2011.
- ^ а б c d «УнипротКБ». Получено 3 марта 2011.
- ^ а б "Лаборатория Поусона: домен CARD". Получено 28 апреля 2011.
- ^ а б "Джин: 54780". Получено 2 февраля 2011.
- ^ «GenBank: Homo Sapiens, богатый глутамином 1 (QRICH1), вариант транскрипта 1, мРНК». Получено 29 января 2011.
- ^ "Ген NCBI: 54870". Получено 2 февраля 2011.
- ^ «Прогнозируемые функциональные партнеры». Получено 1 мая 2017.
- ^ "САПС: верстак биологии". Получено 19 апреля 2011.
- ^ Брендель В., Бухер П., Нурбахш И. Р., Блейсделл Б. Е., Карлин С. (март 1992 г.). «Методы и алгоритмы статистического анализа белковых последовательностей». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 89 (6): 2002–6. Bibcode:1992PNAS ... 89.2002B. Дои:10.1073 / пнас.89.6.2002. ЧВК 48584. PMID 1549558.
- ^ «Компьютер pI / Mw». Получено 11 апреля 2011.
- ^ «ФосфоСайтПлюс». Получено 13 апреля 2011.
- ^ «НетФос». Получено 13 апреля 2011.
- ^ «Сульфинатор». Получено 11 апреля 2011.
- ^ Бендцен Дж. Д., Нильсен Х, фон Хейне Г., Брунак С. (июль 2004 г.). «Улучшенное предсказание сигнальных пептидов: SignalP 3.0». Журнал молекулярной биологии. 340 (4): 783–95. CiteSeerX 10.1.1.165.2784. Дои:10.1016 / j.jmb.2004.05.028. PMID 15223320.
- ^ «STRING8.3». Получено 22 апреля 2011.
- ^ «Спиноцеребеллярная атаксия 1 типа». Получено 22 апреля 2011.
- ^ «Активирующий белок, взаимодействующий с фактором транскрипции 7». Получено 23 апреля 2011.
- ^ «AceView: комплексный локус QRICH1 человека человека разумного, кодирующий богатый глутамином 1». Получено 16 февраля 2011.
- ^ "ВЗРЫВ". Получено 16 февраля 2011.
- ^ «Генные карты». Получено 18 апреля 2011.
Эта статья включает текст из Национальная медицинская библиотека США, который находится в всеобщее достояние.