TMEM247 - Википедия - TMEM247

TMEM247
Идентификаторы
ПсевдонимыTMEM247, трансмембранный белок 247
Внешние идентификаторыMGI: 1925719 ГомолоГен: 54379 Генные карты: TMEM247
Расположение гена (человек)
Хромосома 2 (человек)
Chr.Хромосома 2 (человек)[1]
Хромосома 2 (человек)
Геномное расположение TMEM247
Геномное расположение TMEM247
Группа2п21Начинать46,479,565 бп[1]
Конец46,484,425 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

388946

78469

Ансамбль

ENSG00000284701

ENSMUSG00000037689

UniProt

A6NEH6

Q497K7

RefSeq (мРНК)

NM_001145051

NM_001277980
NM_030104

RefSeq (белок)

NP_001138523

NP_001264909
NP_084380

Расположение (UCSC)Chr 2: 46.48 - 46.48 МбChr 17: 86.92 - 86.92 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Трансмембранный белок 247 (также известный как TMEM247 или трансмембранный белок ENSP00000343375) представляет собой многопроходный трансмембранный белок неизвестной функции найдено в Homo sapiens закодировано TMEM247 ген. В белке примечательны две трансмембранные области около c-конец транслированного полипептида. Было обнаружено, что трансмембранный белок 247 почти полностью экспрессируется в яички.[5]

Атрибуты гена

Общая информация

В TMEM247 ген расположен на хромосоме 2 по адресу c2p21, нуклеотид: 46,479,565-46,484,425. В нем три экзоны и два интроны. TMEM247 составляет 4861 нуклеотид (нт) длиной дообработка мРНК, снижается до 661 н. после обработки мРНК, а ее белковый продукт составляет 219 н. аминокислоты (аа) долго.[6] Ген не включает стоп-кодон как и большинство генов, но вместо этого имеет стоп-кодон, созданный в процессе полиаденилирование в течение мРНК обработка. В связи с этим, TMEM247 нет 3 ' UTR (непереведенный регион). TMEM247 коды только для одного варианта.

Регион промоутера

Промоторная область TMEM247 имеет огромное количество предсказанных сайтов связывания в промоторной области, связанной с геном. Ниже собрано двадцать потенциальных взаимодействий, представляющих интерес, хотя существует гораздо больше. Положения базовых якорей основаны на расстоянии от начала гена. промоутер регион, который имеет длину 1302 пары оснований.

Есть ряд заметных предсказанных сайтов связывания на TMEM247 промоутер, а также заметное упущение. У промоутера отсутствует традиционный Коробка ТАТА, типичный сайт связывания белков, которые привлекают РНК-полимераза и начать процесс транскрипция. Вместо, TMEM247 содержит несколько предполагаемых сайтов связывания, которые являются основными промоторными элементами для промоторов без TATA.

TMEM247 имеет промоторную область, которая также содержит значительное количество предполагаемых сайтов связывания, связанных с развитием, таких как плюрипотентные стволовые клетки связанные факторы (Oct4, Sox2, Nanog), определение пола Коэффициенты коробки HMG и различные гомеобокс /гомеодомен участок связывания.[7]

Хвостовой конец промоутер регион из TMEM247 выделен ген с заметными предсказанными сайтами связывания. Начало транскрипции отмечено стрелкой.
МатрицаПодробная матричная информацияАнкерная базаStrandМатричное сходствоПоследовательность
V $ TBX5.01Ген брахьюри, фактор развития мезодермы1040(+)1ctacctcaaaGGTGtcacaccctccacca
V $ EOMES.03Ген брахьюри, фактор развития мезодермы1042(-)0.987tttggtggagggTGTGacacctttgaggt
V $ PDEF.01Факторы ETS1 человека и мыши (фактор Ets, полученный из простаты)998(-)0.974gaactgcaGGATgggcctttg
V $ RFX3.01Факторы привязки X-box1064(+)0.974aaggggccctagCAACttg
V $ SPZ1.01Тестис-специфичные факторы транскрипции bHLH-Zip (фактор транскрипции сперматогенного Zip 1)1046(-)0.966tGGAGggtgtg
В $ TBX20.02Ген брахьюри, фактор развития мезодермы1149(-)0.939catcatttgaggtgctGACAtttggcctc
V $ HSF1.05Факторы теплового шока1198(-)0.938ctgctgccatCCAGaaaaccagaac
V $ MYOD.01Миогенный регуляторный фактор MyoD (myf3)1178(-)0.919cgctGCCAggtggggtc
V $ MTBF.01Сайт связывания Mt, специфичный для мышц человека1128(+)0.906tggaATCTg
V $ RFX3.02Регуляторный фактор X, 3 (предпочтение вторичного связывания ДНК)1278(+)0.889gatggtgcctgGTGActcc
V $ OCT3_4.02Мотив, состоящий из сайтов связывания плюрипотентности или факторов стволовых клеток892(+)0.882acaatctTCATttaaaaaa
V $ HSF1.01Факторы теплового шока1190(-)0.845atccagaaaaccAGAAcgctgccag
V $ EN1.01Факторы транскрипции гомеобокса897(-)0.832gttcctttTTTAaatgaag
O $ XCPE1.01Активатор-, медиатор- и TBP-зависимый коровый промоторный элемент для транскрипции РНК-полимеразы II с промоторов без TATA1243(+)0.831gtGCGGgagaa
V $ DICE.01Последующий элемент управления иммуноглобулином, критический для активности и специфичности В-клеток1091(-)0.827tgtcGTCAtcatagc
V $ ISL1.01Lim факторы гомеодомена1012(+)0.827tgcagttctTAATgttagcatgt
V $ RFX4.03Факторы привязки X-box1064(-)0.814caaGTTGctagggcccctt
V $ EN1.01Факторы транскрипции гомеобокса922(+)0.788aaatggatTTCAaatggtg
В $ SOX9.03SOX / SRY-определение пола / яичек и связанные с ним факторы коробки HMG1061(+)0.786caCCAAaggggccctagcaactt
V $ OSNT.01Составлен сайт связывания Oct4, Sox2, Nanog, Tcf3 (Tcf7l1) и Sall4b в плюрипотентных клетках1151(+)0.784aatgtcaGCACctcaaatg
V $ PROX1.01Гомеобокс, связанный с Просперо1163(+)0.783aatGATGtcttgt
В $ SOX9.03SOX / SRY-определение пола / яичек и связанные факторы бокса HMG975(+)0.781ttTCAAagccatccttatgggca
V $ HSF2.03Факторы теплового шока1075(+)0.777ctagcaacttgtAGAAtgtaggcta
V $ HSF5.01Факторы теплового шока1074(-)0.764agcctacatTCTAcaagttgctagg

Свойства белка

В TMEM247 ген кодирует единственный белок, трансмембранный белок 247 (также называемый TMEM247). TMEM247 имеет два трансмембранных домена на c-конец белка как часть его многопроходной трансмембранной белковой структуры. Они идентичны по длине и состоят из 21 аминокислоты каждая и разделены промежутком из шести аминокислот.[8] TMEM247 имеет прогнозируемую молекулярную массу 25 килодальтон, и предсказанный изоэлектрическая точка из 5.[9]

По составу TMEM247 имеет значительно большее количество метионин по сравнению с набором всех белков человека. Он также имеет немного повышенный уровень глютаминовая кислота в том же анализе. Распределение заряда аминокислот, составляющих TMEM247, относительно однородно. Два предсказанных гидрофобный В белке существуют сегменты, соответствующие двум известным трансмембранным областям.[10][11]

Белковые домены

Трансмембранный белок 247 имеет два трансмембранные домены. Предполагается, что три оставшиеся области белка находятся за пределами мембраны, в которой он находится, на N- и C-конец белка, в то время как сегмент между двумя трансмембранными областями белка, как предполагается, находится внутри мембраны.[12][13]

Анализ TMEM247 предсказывает, что он локализуется в ячейке на эндоплазматический ретикулум. В этом случае внутренние предсказанные домены будут внутри ER, а внешние предсказанные домены будут находиться в цитоплазма.

Обзор TMEM247 на уровне домена с интересными точками на предполагаемых сайтах посттрансляционных модификаций.

Прогнозируемые посттрансляционные модификации

Трансмембранный белок 247 имеет множество предсказанных посттрансляционные модификации это может повлиять на функцию белка. Прогнозируемые модификации включают присоединение O-бета-GlcNAc, Гликирование, и О-гликозилирование.[14][15][16]

Концептуальный перевод TMEM247 и предсказанные модификации его белкового продукта.

Прогнозируемые киназные взаимодействия

Протеинкиназы может модифицировать трансмембранный белок 247, и было предсказано, что различные сайты вдоль транслируемого белка являются сайтами связывания киназы. Они представлены красными квадратами, окружающими потенциально связанные аминокислоты в концептуальном переводе, и перечислены в таблице ниже. Прогнозируемые взаимодействия киназ перечислены в порядке оценки их прогноза (выше, ниже).[17]

Аминокислотное положениеКиназы
17CKI
20PKC
29неопределенные
31неопределенные
43не указано, ДНАПК, Банкомат
48неопределенные
49ЦКИИ неуточненный, ДНАПК
50неопределенные
72не указано, cdk5, p38MAPK
75не указано, PKC
79PKC, не указано
95cdk5, p38MAPK, GSK3
98неопределенные
161PKA
219PKA

Белковая структура

Трансмембранный белок 247 имеет предсказанную вторичную структуру, которая включает две основные особенности в виде бета-листы которые находятся рядом с определенными трансмембранными областями. Это немного необычно для трансмембранных белков, трансмембранные области которых часто альфа спирали.[18][19]

А Метод Чоу-Фасмана предсказание вторичной белковой структуры TMEM247.
Трехмерное предсказание вторичной структуры белка TMEM247.

Эволюционная история

Ортологи

TMEM247 имеет несколько сотен ортологи, наиболее удаленным из доступных ортологов с полной последовательностью является Анолис каролинский.[20][21] Эти ортологи относятся исключительно к наземным животным, поскольку раньше они имели эволюционное происхождение. рептилии не представлены. Дело в том, что TMEM247 не имеет родственников до того, как зеленый анол делает вероятным, что ген был новым, когда он появился у предка вида, и не существовал до эволюции рептилий. Классы, представленные в ортологах, включают: млекопитающие, авес, и рептилии.

Большинство ортологов в млекопитающие строго консервативны по всему гену, включая очень высококонсервативную область рядом с центром транслируемого белка. Наивысшая эволюционная консервация сосредоточена вокруг трансмембранных областей белка, которые высоко консервативны у всех ортологичных видов.[22]

Род и видыРаспространенное имяТаксономическая группаMYAНомер доступаДлина последовательности (аа)Идентичность последовательности для людейСходство последовательности с людьми
Homo sapiensЧеловекПриматы0NP_001138523.1219100%100%
Тупая китайскаяTreeshrewScandentia82XP_006159980.126674%81%
Urocitellus parryiiАрктический сусликRodentia90XP_026241536.122471%77%
Cavia porcellusморская свинкаRodentia90XP_003472978.126269%77%
Vulpes vulpesрыжая лисаХищник96XP_025848559.123176%80%
Sus scrofaДикий кабанПарнокопытные96XP_003125218.325774%78%
Pteropus alectoЧерная летучая лисицаРукокрылые96XP_015442982.128069%78%
Myotis lucifugus Маленькая коричневая летучая мышьРукокрылые96XP_006083536.121273%78%
Рысь канадскаяКанадская рысьХищник96XP_030167645.121474%78%
Leptonychotes weddelliiПечать УэдделлаХищник96XP_006740668.121476%81%
Equus caballusЛошадьПериссодактиля96XP_023474197.128674%78%
Энхидра лутрис кеньониМорская выдраХищник96XP_022371955.121476%80%
Обыкновенная волчанкаСобакаХищник96XP_005626294.123176%80%
Camelus ferusДикий двугорбый верблюдПарнокопытные96XP_032353339.127673%78%
Bos taurusКрупный рогатый скотПарнокопытные96NP_001070537.221773%78%
Bos indicus × Bos taurusГибридный крупный рогатый скотПарнокопытные96XP_027410252.125873%78%
Loxodonta africanaАфриканский слонХоботки105XP_023413034.126573%78%
Эхинопс телфаириМалый ёжик тенрекАфросорицида105XP_004700102.121770%77%
Пелодискус китайскийМягкая черепахаTestudines312XP_006125563.218446%60%
Columba LiviaГолубьКолумбообразные312XP_021154517.119544%62%
Chelonia mydasЗеленая морская черепахаTestudines312XP_027681026.121338%55%
Антростомус каролиненсисВдова Чака УиллаCaprimulgiformes312XP_028940116.115438%52%
Анолис каролиненсисЗеленый анолSquamata312XP_008115619.122333%50%

Паралоги

В людях, TMEM247 есть один паралог (ХГЧ17037), который имеет последовательность, которая теоретически может быть преобразована в белок, идентичный тому, который продуцируется TMEM247 кроме семи позиций, составляющих 96,8% сходства, включая две делеции, которые уменьшают общее аминокислота отсчитайте от 219 до 217.[23] Крайнее сходство TMEM247 ген и его паралог делают его вероятным результатом дупликация гена.

Выравнивание паралога

CLUSTAL O (1.2.4) множественное выравнивание последовательностей TMEM247 и его паралога, hCG17037

Значение / функция

TMEM247 не имеет серьезных известных эффектов и не может использоваться в клинических условиях. Есть несколько исследований, которые указывают на TMEM247, несмотря на то, что он обнаружен почти исключительно в яички, не играет существенной роли в воспроизводстве.[24] Дальнейшие исследования выявили связь с вариантами в TMEM247 и ишемическая болезнь сердца, хотя и не большого значения.[25]

Было отмечено, что мутация TMEM247 необычно распространена в популяциях тибетцев. горцы. Точная мутация - rs116983452, изменение в положении нуклеотида 248 в гене от цистин к тирозин, что вызывает промах в белковом продукте аланин к валин.[26]

Хотя функция TMEM247 неизвестна, он примечателен своим полиаденилирование -синтезированный стоп-кодон. Некоторые исследования показали, что гены, которые полагаются на полиаденилирование для создания стоп-кодонов, относительно часто встречаются у паразитов человека, Бластоцисты.[27]

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000284701 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000037689 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ Трансмембранный белок 247 TMEM247 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI. (нет данных). Получено 28 апреля 2020 г., из https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/388946
  6. ^ Трансмембранный белок 247 (TMEM247), мРНК (345842501) человека (Homo sapiens). (2019). База данных нуклеотидов NCBI. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001145051.2
  7. ^ Genomatix: Добро пожаловать в программный пакет Genomatix! (нет данных). Получено 29 марта 2020 г., из https://www.genomatix.de/cgibin/welcome/welcome.pl?s=ac7927c41e6305cdc1454d08ae910ad4
  8. ^ Homo sapiens трансмембранный белок 247 (TMEM247), мРНК (345842501). (2019). База данных нуклеотидов NCBI. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001145051.2
  9. ^ ExPASy - инструмент вычисления pI / Mw. (нет данных). Получено 20 апреля 2020 г., из https://web.expasy.org/compute_pi/
  10. ^ MitoProt II - v1.101. (нет данных). Получено 20 апреля 2020 г., из https://ihg.gsf.de/cgibin/paolo/mitofilter?seq=MAAEDREMMEARGAGESCPTFPKMVPGDSKSEGKPRAYLEAE SQKPDSSYDYLEEMEACEDGGCQGPLKS% 0D% 0ALSPKSCRATKGQAGDGPKPAELPPT PGTERNPEMELEKVRMEFELTRLKYLHEKNQRQRQHEVVMEQLQR% 0D% 0AERQHEV VMEQLQQEAAPRLFSGGLQNFLLPQNQFAMFLYCFIFIHIIYVTKEMVFFLFAKHYLFCIA AIL% 0D% 0ALCLIKTFWS & seqname =
  11. ^ Результаты SAPS. (нет данных). Получено 20 апреля 2020 г., из https://www.ebi.ac.uk/Tools/services/web/toolresult.ebi?jobId=saps-I20200418-142058-098311033368-p1m
  12. ^ Результат ТМХММ. (нет данных). Получено 20 апреля 2020 г., из http://www.cbs.dtu.dk/cgibin/webface2.fcgi?jobid=5E9CC91C00001F03029DB033&wait=20
  13. ^ Фобий. (нет данных). Получено 20 апреля 2020 г., из http://phobius.sbc.su.se/
  14. ^ Сервер NetGlycate 1.0 - результаты прогнозов. (нет данных). Получено 20 апреля 2020 г., из http://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/webface2.fcgi?jobid=5E9CCC4300001F0306A57D84&wait=20
  15. ^ Сервер NetOGlyc 4.0 - Результаты прогнозов. (нет данных). Получено 20 апреля 2020 г., из http://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/webface2.fcgi?jobid=5E9CCD2200001F033FFFF880&wait=20
  16. ^ Сервер YinOYang 1.2. (нет данных). Получено 20 апреля 2020 г., из http://www.cbs.dtu.dk/services/YinOYang/
  17. ^ Сервер NetPhos 3.1 - результаты прогнозов. (нет данных). Получено 20 апреля 2020 г., из http://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/webface2.fcgi?jobid=5E9CCE08000067A5DE7F60BB&wait=20
  18. ^ Вывод Phyre Investigator для TMEM247__ с c5mv0D_. (нет данных). Получено 3 мая 2020 г., из http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/phyre2_output/055ce555bf871a7d/investigator/c5mv0D_.1/summary.html
  19. ^ CFSSP: Сервер прогнозирования вторичной структуры Chou & Fasman. (нет данных). Получено 20 апреля 2020 г., из https://www.biogem.org/tool/chou-fasman/
  20. ^ BLAST: Базовый инструмент поиска местного выравнивания. (нет данных). Получено 1 мая 2020 г., из https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
  21. ^ UCSC Genome Browser Gateway. (нет данных). Получено 1 мая 2020 г., из https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway,
  22. ^ Игла EMBOSS - выравнивание. (нет данных). Получено 9 февраля 2020 г., из https://www.ebi.ac.uk/Tools/services/web/toolresult.ebi?jobId=emboss_needle-I20200210030452-0663-36912718-p1m
  23. ^ HCG17037, частичный [Homo sapiens] —Белок — NCBI. (нет данных). Получено 1 мая 2020 г., из https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/119620659/
  24. ^ Мията, Х., Кастанеда, Дж. М., Фуджихара, Ю., Ю, З., Аршамбо, Д. Р., Исотани, А., Кийозуми, Д., Крисеман, М. Л., Машико, Д., Мацумура, Т., Мацук, Р. М. , Мори, М., Нода, Т., Оджи, А., Окабе, М., Прунскайте-Хюрилайнен, Р., Рамирес-Солис, Р., Сатух, Ю., Чжан, К.,… Мацук, М.М. ( 2016). Геномная инженерия обнаруживает 54 эволюционно консервативных и обогащенных семенниками гена, которые не требуются для фертильности самцов мышей. Труды Национальной академии наук, 113 (28), 7704–7710. https://doi.org/10.1073/pnas.1608458113
  25. ^ ван дер Харст Пим и Вервей Ник. (2018). Идентификация 64 новых генетических локусов обеспечивает расширенное представление о генетической архитектуре болезни коронарной артерии. Исследование обращения, 122 (3), 433–443. https://doi.org/10.1161/CIRCRESAHA.117.312086
  26. ^ Дэн, Л., Чжан, Ч., Юань, К., Гао, Ю., Пань, Ю., Гэ, X., Хэ, Ю., Юань, Ю., Лу, Ю., Чжан,, X., Чен, Х., Лу, Х., Ван, X., Лу, Д., Лю, Дж., Тиан, Л., Фэн, К., Хан, А., Янг, Ю.,… Сюй, С. (2019). Приоритет сигналов естественного отбора из геномных данных глубокого секвенирования предполагает многовариантную адаптацию у тибетских горцев. Национальное научное обозрение, 6 (6), 1201–1222. https://doi.org/10.1093/nsr/nwz108
  27. ^ Вентон, Д. (2014). Выделите: Не похоже на учебник - Ядерные гены у Blastocystis Используйте полиаденилирование мРНК для стоп-кодонов. Геномная биология и эволюция, 6 (8), 1962–1963. https://doi.org/10.1093/gbe/evu167