TMEM275 - TMEM275

TMEM275 (Трансмембранный белок 275[1]) это белок что у человека кодируется TMEM275 ген.[2] TMEM275 имеет два высококонсервативных спиральный транс-мембрана регионы.[3][4] Предполагается, что он будет проживать в плазматическая мембрана или эндоплазматический ретикулум мембрана.[5]

Ген

Locus

В люди, то ген расположен на хромосомная полоса 1п33 на минусовой нити.[2][6] В частности, он находится на хромосоме 1 по адресу chr1: 46 532 166-46 543 969.[6] TMEM275 имеет длину 11,804 бп.[6]

Ген TMEM275 в геномной локализации: полосы согласно Ensembl.[7] Красная линия представляет геномное положение TMEM275 в хромосоме 1.[6]

Джин соседство

Вверх по течению, на минус прядь, TMEM275 - это еще один ген; KNCN.[8]

Изображение TMEM275 с высоты птичьего полета, изображенное здесь красным, в пределах его генного окружения.

Стенограммы

TMEM275 ген кодирует четыре экзоны, только три из которых включены в окончательный транскрипт мРНК.[9] Два из этих трех находятся в пределах 5 футов UTR и кодирующая последовательность коды на 177 аминокислоты.[2][6] TMEM275 обнаружено, что два имеют два потенциала изоформы вне его ссылки стенограмма. Ссылка изоформа не включает экзон 1, а изоформа X1 имеет укороченный 5 ' UTR а изоформа X2 имеет укороченный 3 ' UTR.[10][11][12] Однако все версии транскрипты мРНК дают те же 177 аминокислотная последовательность.

Протеин

Общие свойства

TMEM275 белок содержит 177 аминокислот с прогнозируемым молекулярная масса 17,2 кДа и число Пи из 8.13.[13] Было обнаружено, что TMEM275 имеет более высокое содержание аланин и пролин аминокислотных остатков, чем у большинства белков.[14] Глядя на ортологичный В последовательностях белков других видов присутствие аланина сохранялось повсюду, но этого нельзя было сказать о присутствии пролина.

Анализ проводился с помощью программы биоинформатики EMBL-EBI SAPS. [2]

Первичная последовательность

TMEM275's белок состоит из 177 аминокислоты.[7] Белок или полипептид цепочка, которая кодируется кодирующая последовательность производится в процессе перевод и показан ниже среди других интересных регионов. Также есть поли-А, или сигнал полиаденилирования, ближе к концу 3'UTR.

Концептуальная трансляция последовательности мРНК TMEM275 с помеченными аминокислотами. Также включает некоторые пост-трансляционные модификации и сайты интересов.

Домены

TMEM275 имеет две высококонсервативные спиральные трансмембранные области.[3][4] Области могут отображаться в указанной выше аминокислотной последовательности в рамках концептуального перевода фиолетовым цветом. Эволюция Анализ показал, что эти трансмембранный домены высоко сохраняются во всех ортолог таксоны.

Визуальное изображение двух спиральных трансмембранных доменов, построенных через Protter.[2] и EMBOSS Pepwheel[15].

Вторичная структура

Многие программы использовались для анализа предсказанных вторичная структура для TMEM275. Было обнаружено, что он имеет очень разнообразную структуру. Однако данные прогноза подтверждают альфа спиральный структура двух трансмембранные домены.[16][17][18][19][20]

Регулирование

Регулирование уровня генов

Промоутер

Предсказанный промоутер область имеет длину 1116 п.н. и расположена на хромосома 1 на минусовой нити и простирается от 46535401 до 46536515.[21]

TMEM275 с высоты птичьего полета, отмеченный местоположениями промотора (желтый), экзонов (зеленый), интронов (серый), нетранслируемых областей (синий) и возможных сайтов начала транскрипции (красный).

Сайты связывания факторов транскрипции

ElDorado через Genomatix использовался для анализа 20 лучших фактор транскрипции участок связывания в пределах промоутер.[22]

Типичная диаграмма TMEM275’s GXP_8972667’s промоутер, помеченные 20 наиболее подходящими сайтами связывания TF, найденными Genomatix, на основании высоких показателей матричного сходства, близости к возможным сайты начала транскрипции и / или высокая сохранность за счет приматов.

Образец выражения

TMEM275's РНК уровни очень высоки примерно к 11 неделям беременность в пределах кишечник.[23] Некоторые другие заметные пики включают легкие, почки и ткани надпочечников на 10, 16 и 20 неделях соответственно.[24] Также было обнаружено, что из 20 протестированных тканей человека РНК заметно присутствует в плод ткани мозга.[25] Дальнейшее тестирование типов тканей привело к открытию, что TMEM275 может иметь тканеспецифичность в отношении семенников, мозга и простаты.[26] Вместе с щитовидной железой и яичниками.[27]

Регулирование уровня протеина

Субклеточная локализация

TMEM275 прогнозируется в пределах плазматическая мембрана или эндоплазматический ретикулум мембрана.[5]

Посттрансляционные модификации

Разные ПТМ были проанализированы на связь с TMEM275. Это включает в себя поиск СУМО -мотив, сайты ацетилирования, присутствие сигнальных пептидов и любой сайт O-GlcNAc и прогнозы N-миристилирования.[28][29][30]

Сайт расщепления
Сайт расщепления из метионин показаны в аминокислотной последовательности TMEM275.[7]
Фосфорилирование
Прогнозирование фосфорилирования TMEM275’s PTM. Анализ проводился через сервер NetPhos, и в баллы указаны местоположения возможных сайтов, выделенные жирным шрифтом.[7]

Гомология

Паралоги

Нет известных паралоги для TMEM275.

Гомологи

Нет гомологи или гомологичные домены существуют в TMEM275.

Ортологи

Всего 105 организмы обнаружены ортологи с генами TMEM275 человека, все из которых являются частью Teleostomi, или челюсть позвоночные, клады.[31] Из 105 организмов, имеющих ортологичный TMEM275: 49 являются млекопитающие, 27 соток птицы, 3 сотки черепахи, 3 сотки ящерицы, 3 сотки амфибии, 19 соток костлявые рыбы, а 1 - аллигатор.[31]

Неудивительно, что группа с наиболее похожими последовательностями по процентной идентичности Млекопитающие. Процент идентичности этих ортологичных белков по отношению к человеку колеблется от 52,1% до 70,9%. Группа, которая имела ортологичный TMEM275, но была наименее похожей, была Актиноптеригии или костлявые рыбы. Их процентное сходство колебалось от 38,5% до 47,6%. Процент сходства был обнаружен путем проведения попарно анализ каждого ортологичного белка внутри каждого вида по сравнению с человеческим белком.[32]

Табличное представление ортологов, выбранных для сравнения с TMEM275 человека, их рода и вида, общего названия, таксономической группы, даты дивергенции, номера доступа, длины последовательности, идентичности последовательности по отношению к TMEM275 человека и сходства последовательностей по отношению к TMEM275 человека. Сортировка по дате расхождения, затем по проценту идентичности.

Филогения

Внешний вид гена

TMEM275, кажется, появился 435 MYA среди костных рыб или Актиноптеригии.

Взаимодействующие белки

Не было известно белковые взаимодействия для TMEM275.

Клиническое значение

TMEM275 не имеет известной связи с медицинскими болезнь.

Рекомендации

  1. ^ "Ген TMEM275 - GeneCards | Белок TM275 | Антитело TM275". www.genecards.org. Получено 2020-05-01.
  2. ^ а б c d е «Трансмембранный белок 275 TMEM275 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-01.
  3. ^ а б «Protter - интерактивная визуализация белковых особенностей». wlab.ethz.ch. Получено 2020-05-04.
  4. ^ а б «Трансмембранный белок 275 TMEM275 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-04.
  5. ^ а б «Прогноз PSORT II». psort.hgc.jp. Получено 2020-05-05.
  6. ^ а б c d е "Ген TMEM275 - GeneCards | Белок TM275 | Антитело TM275". www.genecards.org. Получено 2020-05-04.
  7. ^ а б c d «Ген: TMEM275 (ENSG00000282881) - Резюме - Homo sapiens - Браузер генома ансамбля 100». useast.ensembl.org. Получено 2020-05-04.
  8. ^ «KNCN киноцилин [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-04.
  9. ^ «Средство просмотра геномных данных». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-04.
  10. ^ «ПРОГНОЗИРОВАННЫЙ: трансмембранный белок 275 (TMEM275) человека (Homo sapiens), вариант транскрипции X1, мРНК». 2020-03-02. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  11. ^ «ПРОГНОЗИРОВАННЫЙ: трансмембранный белок 275 (TMEM275) человека (Homo sapiens), вариант транскрипта X2, мРНК». 2020-03-02. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  12. ^ «Трансмембранный белок 275 (TMEM275) человека (Homo sapiens), мРНК». 2019-07-07. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  13. ^ «ExPASy - инструмент вычисления pI / Mw». web.expasy.org. Получено 2020-05-01.
  14. ^ «SAPS <Статистика последовательностей . www.ebi.ac.uk. Получено 2020-05-04.
  15. ^ "EMBOSS: pepwheel". www.bioinformatics.nl. Получено 2020-05-01.
  16. ^ "Сервер распознавания складок PHYRE2". www.sbg.bio.ic.ac.uk. Получено 2020-05-05.
  17. ^ "NPS @: CONSENSUS предсказание вторичной структуры". npsa-prabi.ibcp.fr. Получено 2020-05-05.
  18. ^ "CFSSP: Сервер прогнозирования вторичной структуры Chou & Fasman". www.biogem.org. Получено 2020-05-05.
  19. ^ "JPred: Сервер прогнозирования вторичной структуры белка". www.compbio.dundee.ac.uk. Получено 2020-05-05.
  20. ^ «Инструментарий биоинформатики». toolkit.tuebingen.mpg.de. Получено 2020-05-05.
  21. ^ "Genomatix: Аннотация и анализ". www.genomatix.de. Получено 2020-05-01.
  22. ^ «TMEM275 - Эльдорадо - GenoMatix». www.genomatix.de. Получено 2020-05-05.
  23. ^ «Индукция тканеспецифической кольцевой РНК во время развития плода человека». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-05.
  24. ^ "Экспрессия гена TMEM275 - Ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-05.
  25. ^ «Секвенирование РНК общей РНК из 20 тканей человека - Экспрессия гена TMEM275 - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-05.
  26. ^ "HPA RNA-seq нормальные ткани - Экспрессия гена TMEM275 - Ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-05.
  27. ^ "Транскриптом Illumina bodyMap2 - Экспрессия гена TMEM275 - Ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-05.
  28. ^ «ТЕРМИНУС - Добро пожаловать в конечную станцию». terminus.unige.ch. Получено 2020-05-05.
  29. ^ «СигналП-5.0». www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-05.
  30. ^ "Программа анализа SUMOplot ™ | Abcepta". www.abcepta.com. Получено 2020-05-05.
  31. ^ а б «Ортологи TMEM275». NCBI. Получено 2020-05-01.
  32. ^ «Игла EMBOSS <Парное выравнивание последовательностей . www.ebi.ac.uk. Получено 2020-05-01.