TMUB2 - TMUB2
Трансмембранный и убиквитин-подобный домен-содержащий белок 2 это белок что у людей кодируется TMUB2 ген.[4][5][6]
Ген
Карты TMUB2 на человека хромосома 17, в локус 17q21.31.[6] TMUB2 находится между двумя соседними генами, ASB16-AS1 слева и ATXN7L3 справа.[7] TMUB2 - 4,99Кб длинный. TMUB2 ген возможно записано на три возможных мРНК варианты.[8]
Выражение
TMUB2, вероятно, повсеместно экспрессируется в организме человека.[9] Имеет высокий выражение уровень, который в 2,9 раза выше, чем у других людей гены.[10][11]
Протеин
TMUB2 белок имеет функцию, которая в настоящее время неизвестна. Он состоит из 321 аминокислота длинная цепочка у человека. Человек белок имеет молекулярный вес из 33,8кдал, изоэлектрическая точка из 4,73899, и три трансмембранные области.[12] Они, вероятно, будут отличаться ортологи.
Гомология
Паралоги
TMUB1 - единственный паралог из TMUB2.[13][14] Эти белки имеют 38% идентичности и 51% сходства.[15]
Ортологи
В таблице ниже представлены некоторые из TMUB2 ортологи для отображения белок разнообразие среди разновидность.[15]
| Разновидность | Распространенное имя | Регистрационный номер | Длина последовательности (аа) | Идентичность последовательности | Сходство последовательностей |
|---|---|---|---|---|---|
| Пан троглодиты | Шимпанзе | XP_003953053.1 | 301 | 100% | 100% |
| Фелис Катус | Кот | XP_003997025.1 | 322 | 95% | 95% |
| Mus Musculus | Мышь | AAH29841.2 | 319 | 85% | 88% |
| Аллигатор Миссисипиенсус | Аллигатор | XP_006271613.1 | 306 | 61% | 71% |
| Haliaeetus leucocephalus | Белоголовый орлан | XP_010559728 | 301 | 59% | 70% |
| Данио Рерио | Данио | NP_001005573.1 | 291 | 47% | 60% |
| Acromyrmex echinatior | Муравей | XP_011049429.1 | 354 | 23% | 42% |
| Нанохлоропсис Гадитана * | Водоросли | EWM26843.1 | 476 | 41% | 54% |
| Coccidioides immitis RS * | Патогенный грибок | XP_001242306.1 | 418 | 38% | 50% |
* Ограниченный охват запросов
Белковые взаимодействия
В людях, Убиквитин С (UBC) - это белок с известным взаимодействием с TMUB2.[16][17][18][19] Другие предлагаемые взаимодействия включают BCL2L13 (BCL2-подобный 13),[20] SGTA (Малый белок, содержащий тетратрикопептидный повтор, богатый глутамином),[20] и UBQLN1 (Убихилин-1).[20][21][22]
Рекомендации
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000034757 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ Андерссон Б., Вентланд М.А., Рикафренте Ю.Ю., Лю В., Гиббс Р.А. (июнь 1996 г.). «Метод« двойного адаптера »для улучшения конструкции библиотеки дробовиков». Анальный биохим. 236 (1): 107–113. Дои:10.1006 / abio.1996.0138. PMID 8619474.
- ^ Ю. В., Андерссон Б., Уорли К. К., Музни Д. М., Дин Й., Лю В., Рикафренте Д. Ю., Вентланд М. А., Леннон Г., Гиббс Р. А. (июнь 1997 г.). «Крупномасштабное конкатенационное секвенирование кДНК». Genome Res. 7 (4): 353–8. Дои:10.1101 / гр. 7.4.353. ЧВК 139146. PMID 9110174.
- ^ а б «Ген Entrez: трансмембранный и убиквитиноподобный домен TMUB2, содержащий 2».
- ^ Браузер генома UCSC: поиск BLAT
- ^ Ген NCBI: TMUB2
- ^ Средство просмотра профиля EST: Человек
- ^ Aceview: TMUB2
- ^ Профили NCBI GEO
- ^ SDSC Biology Workbench 2.0
- ^ Генные карты: TMUB2
- ^ Ген NCBI: TMUB1
- ^ а б NCBI BLAST: базовый инструмент поиска локального выравнивания
- ^ Даниэльсен Дженни М. Р.; Сильвестерсен Катрин Б; Беккер-Йенсен Саймон; Шкларчик Дамиан; Поулсен Джон В; Хорн Хейко; Дженсен Ларс Дж; Мэйланд Нильс; Нильсен Майкл Л. (2011). «Масс-спектрометрический анализ убиквитилирования лизина выявляет неоднородность на уровне сайта». Молекулярная и клеточная протеомика. 10 (3): M110.003590. Дои:10.1074 / mcp.M110.003590. ЧВК 3047152. PMID 21139048.
- ^ Вагнер С. А .; Бели П .; Weinert B.T .; Nielsen M. L .; Cox J .; Mann M .; Чоудхари К. (2011). «Полноценный протеом, количественный обзор сайтов убиквитилирования in vivo показывает широко распространенные регуляторные роли». Молекулярная и клеточная протеомика. 10 (10): M111.013284. Дои:10.1074 / mcp.M111.013284. ЧВК 3205876. PMID 21890473.
- ^ Ким Ун; Беннетт Эрик Дж .; Huttlin Edward L .; Го Айлань; Ли Цзин; Поссемато Энтони; Sowa Mathew E .; и другие. (2011). «Систематическая и количественная оценка протеома, модифицированного убиквитином». Молекулярная клетка. 44 (2): 325–40. Дои:10.1016 / j.molcel.2011.08.025. ЧВК 3200427. PMID 21906983.
- ^ Повлсен Лу К .; Бели Петра; Вагнер Себастьян А .; Поульсен Сара Л .; Sylvestersen Kathrine B .; Поулсен Джон У .; Nielsen Michael L .; Беккер-Йенсен Саймон; Мэйланд Нильс; Чоудхари Чунарам (2012). «Общесистемный анализ динамики убиквитилирования показывает ключевую роль убиквитилирования PAF15 в обходе повреждения ДНК». Природа клеточной биологии. 14 (10): 1089–1098. Дои:10.1038 / ncb2579. PMID 23000965. S2CID 26442522.
- ^ а б c Роллан Т., Ташан М., Шарлото Б. и др. (Ноябрь 2014 г.). "Карта человеческого взаимодействия в масштабе протеома". Клетка. 159 (5): 1212–26. Дои:10.1016 / j.cell.2014.10.050. ЧВК 4266588. PMID 25416956.
- ^ STRING: Функциональные сети белковых ассоциаций
- ^ База данных BioGRID
дальнейшее чтение
- Хартли Дж. Л., Темпл Г. Ф., Браш Массачусетс (2001). «Клонирование ДНК с использованием сайт-специфической рекомбинации in vitro». Genome Res. 10 (11): 1788–1795. Дои:10.1101 / гр.143000. ЧВК 310948. PMID 11076863.
- Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, et al. (2001). «К каталогу генов и белков человека: секвенирование и анализ 500 новых полных белков, кодирующих кДНК человека». Genome Res. 11 (3): 422–435. Дои:10.1101 / гр. GR1547R. ЧВК 311072. PMID 11230166.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–16903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК 139241. PMID 12477932.
- Кларк Х.Ф., Герни А.Л., Абая Э. и др. (2003). «Инициатива по открытию секретных белков (SPDI), широкомасштабная попытка идентифицировать новые секретируемые и трансмембранные белки человека: оценка биоинформатики». Genome Res. 13 (10): 2265–2270. Дои:10.1101 / гр.1293003. ЧВК 403697. PMID 12975309.
- Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–45. Дои:10,1038 / ng1285. PMID 14702039.
- Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res. 14 (10B): 2121–2127. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК 528928. PMID 15489334.
- Виманн С., Арльт Д., Хубер В. и др. (2004). «От ORFeome к биологии: конвейер функциональной геномики». Genome Res. 14 (10B): 2136–2144. Дои:10.1101 / гр.2576704. ЧВК 528930. PMID 15489336.
- Ван Д., Гонг И, Цинь В. и др. (2004). «Крупномасштабный скрининг трансфекции кДНК генов, связанных с развитием и прогрессированием рака». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 101 (44): 15724–15729. Bibcode:2004PNAS..10115724W. Дои:10.1073 / pnas.0404089101. ЧВК 524842. PMID 15498874.
- Мехрле А., Розенфельдер Х., Шупп И. и др. (2006). «База данных LIFEdb в 2006 году». Нуклеиновые кислоты Res. 34 (Проблема с базой данных): D415 – D418. Дои:10.1093 / nar / gkj139. ЧВК 1347501. PMID 16381901.