ZGRF1 - Википедия - ZGRF1
| ZGRF1 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | ZGRF1, C4orf21, цинковый палец типа GRF, содержащий 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | MGI: 1918893 ГомолоГен: 34708 Генные карты: ZGRF1 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ортологи | |||||||||||||||||||||||||
| Разновидность | Человек | Мышь | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ансамбль | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (мРНК) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (белок) | |||||||||||||||||||||||||
| Расположение (UCSC) | Chr 4: 112,54 - 112,64 Мб | Chr 3: 127,55 - 127,62 Мб | |||||||||||||||||||||||
| PubMed поиск | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
ZGRF1 это белок у людей это кодируется ZGRF1 ген который имеет вес 236,6 кДа.[5] Продукт гена ZGRF1 локализуется в ядре клетки и способствует репарации ДНК, стимулируя гомологичную рекомбинацию.[6] Этот ген показывает относительно низкую экспрессию в большинстве тканей человека с повышенной экспрессией в ситуациях химической зависимости. ZGRF1 является ортологом почти всех царств Эукарии. Функциональные домены этого белка связывают его с рядом геликасы, в первую очередь домены AAA_12 и AAA_11.
Ген
Полный ген - 97,663 пар оснований длинный и необработанный мРНК то есть 6740 нуклеотиды в длину. Он состоит из 28 экзонов, которые кодируют 2104 аминокислота белок. 12 варианты стыковки существуют для C4orf21.
Locus
ZGRF1 расположен на четвертой хромосоме в позиции 4q25 рядом с геном LARP7. Он кодируется на минусовой нити.
Гомология и эволюция
Гомологические домены
ZGRF1 содержит домен DUF2439 (домен неизвестной функции), zf-GRF домен и AAA_11 и домен AAA_12 (АТФазы, связанные с различными клеточными активностями). Домены DUF участвуют в поддержании теломер и мейотической сегрегации. AAA_11 и AAA_12 содержат мотив P-петли, который участвует в белках конъюгативного переноса. Другие геликазные домены также присутствуют в ортологах c4orf21.
Паралоги
У людей есть 9 умеренно родственных белков, которые паралогичны АТФ -зависимые геликазы, содержащие домены на С-конце c4orf21 после 1612-й аминокислоты. Большинство этих белков относятся к семейству РНК-геликазы. Нет известных паралоги к большой N-концевой части белка.
| Паралогичный белок | Название белка | Идентификация аминокислот | Сходство аминокислот |
|---|---|---|---|
| UPF1 | регулятор бессмысленных транскриптов 1 | 32% | 51% |
| IGHMBP2 | иммуноглобулин-геликаза μ-связывающий белок 2 | 30% | 47% |
| MOV10 | Вирус лейкемии Молони 10 | 30% | 47% |
| SETX | сенатаксин | 29% | 43% |
| ZNFX1 | цинковый палец типа NFX1, содержащий 1 | 28% | 47% |
| ДНК2 | Репликация ДНК АТФ-зависимая геликаза / нуклеаза | 26% | 44% |
| PPARG | гамма рецептор, активируемый пролифератором пероксисом | 26% | 43% |
| HELZ | геликаза с доменом цинковых пальцев | 25% | 42% |
| AQR | интрон-связывающий белок Водолей | 24% | 48% |
Ортологи
Полный ортологи гена c4orf21 обнаружены у млекопитающих. Хеликазный домен, содержащий С-концевую часть гена, является консервативным во всей Eukarya.
Протеин
Первичная последовательность
ZGRF1 составляет 236,6 кДа.
Посттрансляционные модификации
ZGRF1 экспериментально определил фосфорилирование сайты в позициях Y38, S137, S140, S325 и S864.
Вторичная структура
Слабый трансмембранный домен предсказывается на сервере TMHMM с одной петлей на С-конце белка перед ядром геликазы. Этот домен содержит оба конца вне мембраны.
Третичные домены и четвертичная структура
ZGRF1 имеет связанные структуры с Upf1, паралог. Эти структуры обладают способностью связывать ионы цинка и мРНК.
Функция и биохимия
ZGRF1 представляет собой ДНК-геликазу с соотношением 5’-к-3 ’, которая способствует стабильности генома, стимулируя репарацию ДНК путем гомологичной рекомбинации.[6] В частности, ZGRF1 способствует репарации повреждений ДНК, блокирующих репликацию, вызванных такими агентами, как митомицин С и камптотецин. Механически ZGRF1 физически взаимодействует с рекомбиназой RAD51 и стимулирует обмен цепей с помощью RAD51-RAD54.
ZGRF1 имеет гомологию в своем домене DUF2439 с Saccharomyces cerevisiae Mte1[7][8][9] и Schizosaccharomyces pombe Dbl2,[10][11] которые играют аналогичную роль в рекомбинационной репарации ДНК.
Человеческие паралоги геликазного ядра гена ZGRF1 связаны с перевод, транскрипция, нонсенс-опосредованный распад мРНК, Распад РНК, процессинг miRNA, RISC-сборка и сплайсинг пре-мРНК.[12] Эти паралоги действуют под мотивом геликазы РНК SPF1.[13]
Mov10, паралог, и вероятная РНК-геликаза необходима для РНК-опосредованного подавления гена посредством РНК-индуцированный комплекс сайленсинга (RISC). Это также необходимо как для опосредованной miRNA репрессии трансляции, так и для опосредованного miRNA расщепления комплементарных мРНК с помощью RISC, а также для РНК-направленной транскрипции и репликации дельта-вируса гепатита человека (HDV). Mov10 взаимодействует с небольшими кэпированными РНК HDV, происходящими из шпилечных структур генома, которые маркируют сайты инициации РНК-зависимых HDV Транскрипция РНК.
Выражение
Экспрессия c4orf21 относительно низкая по сравнению с другими белками. Экспрессия c4orf21 немного повышена по сравнению со средней экспрессией в ткани в кроветворный и лимфатический систем и выше среднего в мозг также. Более низкие средние существуют в печень, глотка, и кожа ткань.[14]
Взаимодействие факторов транскрипции
Сайт начала транскрипции для ZGRF1 лучше всего совпадает с ATF, CREB, deltaCREB, E2F, и E2F-1 фактор транскрипции участок связывания.
Взаимодействующие белки
C4orf21 показывает предсказанное взаимодействие белка с его AQR, ДНК2, IGHMBP2, LOC91431, и SETX паралоги.[15]
Клиническое значение
При изучении различных профилей GEO было обнаружено много связанных с Гепатит и другие нарушения функции печени. Лучшими коррелятивными исследованиями были исследования печени. неудача трансплантации.[16][17] ZGRF1 показал значительно повышенную экспрессию у лиц, зависимых от никотина, по сравнению с контрольной группой некурящих.[17][18]
Было обнаружено, что паралог ZGRF1 ингибирует ВИЧ-1 Репликация на нескольких этапах. Mov10 участвует в биологических процессах РНК-опосредованного молчания генов, транскрипции, регуляции транскрипции и имеет гидролаза и геликаза активность через связывание АТФ и РНК.[19]
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000138658 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000051278 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ «Энтрез Ген: хромосома 4 открытая рамка считывания 21».
- ^ а б Браннволл А., Сюэ Х, Квон И, Компочоли С., Симонсен А.К., Висвалингам К.С. и др. (Июль 2020 г.). «Геликаза ZGRF1 способствует рекомбинационной репарации повреждений ДНК, блокирующих репликацию, в клетках человека». Отчеты по ячейкам. 32 (1): 107849. Дои:10.1016 / j.celrep.2020.107849. PMID 32640219.
- ^ Сильва С., Альтманова В., Люк-Глейзер С., Хенриксен П., Галлина И., Ян Х и др. (Март 2016 г.). «Mte1 взаимодействует с Mph1 и способствует кроссоверной рекомбинации и поддержанию теломер». Гены и развитие. 30 (6): 700–17. Дои:10.1101 / gad.276204.115. PMID 26966248.
- ^ Сюэ Х, Папуша А., Чой К., Боннер Дж. Н., Кумар С., Ню Х и др. (Март 2016 г.). «Дифференциальная регуляция активности регрессии анти-кроссовера и репликационной вилки Mph1 посредством Mte1». Гены и развитие. 30 (6): 687–99. Дои:10.1101 / gad.276139.115. PMID 26966246.
- ^ Йимит А., Ким Т., Ананд Р.П., Мейстер С., Оу Дж., Хабер Дж. Э. и др. (Май 2016). «MTE1 работает с MPH1 при ремонте двухцепочечного разрыва». Генетика. 203 (1): 147–57. Дои:10.1534 / генетика.115.185454. PMID 26920759.
- ^ Ю И, Рен Джи, Чжан Дж.М., Суо Ф, Фанг ХФ, Ву Ф, Ду ЛЛ (июнь 2013 г.). «Протеомный визуальный экран выявляет белки делящихся дрожжей, локализующиеся в двухцепочечных разрывах ДНК». Ремонт ДНК. 12 (6): 433–43. Дои:10.1016 / j.dnarep.2013.04.001. PMID 23628481.
- ^ Полакова С., Мольнарова Л., Хиппа Р.В., Бенко З., Мисова И., Шлейфер А. и др. (Июнь 2016). Лихтен М (ред.). «Dbl2 регулирует метаболизм совместных молекул Rad51 и ДНК для обеспечения правильной сегрегации мейотических хромосом». PLoS Genetics. 12 (6): e1006102. Дои:10.1371 / journal.pgen.1006102. PMID 27304859.
- ^ Янковский Э (январь 2011 г.). «РНК-геликазы в действии: связывание и перестройка». Тенденции в биохимических науках. 36 (1): 19–29. Дои:10.1016 / j.tibs.2010.07.008. ЧВК 3017212. PMID 20813532.
- ^ Fairman-Williams ME, Guenther UP, Jankowsky E (июнь 2010 г.). «Геликасы SF1 и SF2: дела семейные». Текущее мнение в структурной биологии. 20 (3): 313–24. Дои:10.1016 / j.sbi.2010.03.011. ЧВК 2916977. PMID 20456941.
- ^ "c4orf21". Атлас выражений. Получено 16 мая 2013.
- ^ Анон. «Прогнозируемые белковые взаимодействия между паралогами и c4orf21». C4orf21 Gene - Генные карты. Получено 16 мая 2013.
- ^ Ниссим О., Мелис М., Диаз Г., Кляйнер Д.Э., Тайс А., Фантола Г., Замбони Ф., Мишра Л., Фарси П. (2012). «Сигнатура регенерации печени при острой печеночной недостаточности, ассоциированной с вирусом гепатита B (HBV), идентифицированной с помощью профилирования экспрессии генов». PLOS ONE. 7 (11): e49611. Дои:10.1371 / journal.pone.0049611. ЧВК 3504149. PMID 23185381.
- ^ а б Barrett T, Wilhite SE, Ledoux P, Evangelista C, Kim IF, Tomashevsky M, Marshall KA, Phillippy KH, Sherman PM, Holko M, Yefanov A, Lee H, Zhang N, Robertson CL, Serova N, Davis S, Soboleva A (Январь 2013 г.). «NCBI GEO: архив наборов данных функциональной геномики - обновление». Исследования нуклеиновых кислот. 41 (Выпуск базы данных): D991–5. Дои:10.1093 / нар / gks1193. ЧВК 3531084. PMID 23193258.
- ^ Филиберт Р.А., Рю Г.Й., Юн Дж. Г., Сандху Х., Холленбек Н., Гюнтер Т., Баркхерст А., Адамс В., Мадан А. (июль 2007 г.). «Транскрипционное профилирование предметов из исследований усыновления Айовы». Американский журнал медицинской генетики, часть B. 144B (5): 683–90. Дои:10.1002 / ajmg.b.30512. PMID 17342724. S2CID 6002286.
- ^ Бурдик Р., Смит Дж. Л., Чайпан С., Фрайу Й., Чен Дж., Венкатачари Н. Дж., Дельвикс-Франкенберри К. А., Ху В. С., Патак В. К. (октябрь 2010 г.). «Связанный с телом P белок Mov10 подавляет репликацию ВИЧ-1 на нескольких этапах». Журнал вирусологии. 84 (19): 10241–53. Дои:10.1128 / JVI.00585-10. ЧВК 2937795. PMID 20668078.
внешняя ссылка
- Человек ZGRF1 расположение генома и ZGRF1 страница сведений о гене в Браузер генома UCSC.
дальнейшее чтение
- Андерсен С.Б., Баллют Л., Йохансен Дж. С., Шами Х., Нильсен К. Х., Оливейра С. Л., Педерсен Дж. С., Серафин Б., Ле Хир Х, Андерсен Г. Р. (сентябрь 2006 г.). «Структура комплекса ядра соединения экзона с захваченной DEAD-бокс-АТФазой, связанной с РНК». Наука. 313 (5795): 1968–72. Дои:10.1126 / science.1131981. PMID 16931718. S2CID 26409491.
- Ле Хир Х, Андерсен Г. Р. (февраль 2008 г.). «Структурное понимание комплекса экзонных переходов». Текущее мнение в структурной биологии. 18 (1): 112–9. Дои:10.1016 / j.sbi.2007.11.002. PMID 18164611.
- Schwer B (июнь 2008 г.). «Конформационная перестройка в сплайсосоме закладывает основу для Prp22-зависимого высвобождения мРНК». Молекулярная клетка. 30 (6): 743–754. Дои:10.1016 / j.molcel.2008.05.003. ЧВК 2465764. PMID 18570877.
- Lohman TM, Tomko EJ, Wu CG (май 2008 г.). «Негексамерные ДНК-геликазы и транслоказы: механизмы и регуляция». Обзоры природы Молекулярная клеточная биология. 9 (5): 391–401. Дои:10.1038 / nrm2394. PMID 18414490. S2CID 6176756.
- Лю Ф., Патнэм А., Янковски Э. (декабрь 2008 г.). «Гидролиз АТФ необходим для рециклинга белка DEAD-бокса, но не для дуплексной размотки». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 105 (51): 20209–20214. Дои:10.1073 / pnas.0811115106. ЧВК 2629341. PMID 19088201.
- Сэнгоку Т., Нуреки О, Накамура А., Кобаяши С., Ёкояма С. (апрель 2006 г.). «Структурная основа раскручивания РНК DEAD-бокс-белком Drosophila Vasa». Клетка. 125 (2): 287–300. Дои:10.1016 / j.cell.2006.01.054. PMID 16630817. S2CID 14994628.
- Хирано М., Куинзи С.М., Мицумото Х., Хейс А.П., Робертс Дж. К., Ричард П., Роуленд Л.П. (май 2011 г.). «Мутации сенатаксина и боковой амиотрофический склероз». Боковой амиотрофический склероз. 12 (3): 223–7. Дои:10.3109/17482968.2010.545952. ЧВК 7528023. PMID 21190393.
- Ван X, Хан Y, Данг Y, Фу В., Чжоу Т., Птак Р.Г., Чжэн Ю.Х. (май 2010 г.). «Белок вируса лейкемии Молони 10 (MOV10) подавляет репликацию ретровируса». Журнал биологической химии. 285 (19): 14346–55. Дои:10.1074 / jbc.M110.109314. ЧВК 2863248. PMID 20215113.